弗朗西斯在被困閣樓之後的棄械投降，意味着馬尼拉守軍自城防司令起，海陸兩軍都已經完全失去了自上而下的指揮體系，被打散的武裝部隊基本不可能再重新組織起來抵抗海漢的入侵了。城內外或許還有一些散兵遊勇不願接受馬尼拉城易主這個事實，但他們所能採取的抵抗措施都已於事無補了，頂多也就只是再讓海漢軍浪費一點彈藥來解決他們罷了。
被海漢士兵仔細搜過身之後，弗朗西斯纔再次見到了錢天敦。前日兩人在談判桌上會面的時候，大概都沒想到這麼快便又換了個地方碰面，只是此時兩人的處境又各自有了新的變化。如果說上次弗朗西斯還有討價還價的一點點空間，那麼此時作爲階下囚，就很難再在錢天敦面前說出什麼豪言壯語了。
“沒想到這麼快我們就又見面了。”錢天敦的語氣很平靜，但眉眼之間依然是有壓抑不住的笑意浮現出來。能夠活捉馬尼拉地區的陸軍指揮官，這個戰果必然也是要給特戰營記功的。如果不出什麼意外，已經拖了多時的特戰營編制升級應該在戰後就會很快兌現了。
由營升團，這個編制升級看似簡單，但錢天敦等人已經爲此爭取了好幾年時間。這可不僅僅只是升個編制的事，由此多出了一大堆的高級軍官職位，對很多人來說都是難得的上進機會。錢天敦要爲自己手下的兄弟爭取更好的前程，而國防部卻要考慮這支幾乎是以錢天敦私人班底爲基礎的王牌部隊，其政治立場和忠誠度是否一如既往地可靠，還得計算編制改變之後，需要給這支部隊增加多少軍費，配發多少武器。
這其間還參雜有許多政治、軍事因素的考量，也不僅僅只是國防部一家的事，執委會爲了這事前前後後開了很多次討論會，平衡各部門的意見。錢天敦對於這些官場上的東西沒有太大的興趣，而且他長期駐紮在外，也沒什麼機會在執委會上爲自己去做爭取。在他看來這個編制升級會在三亞那邊卡住，最主要的問題還是自己這支部隊的戰功不夠豐厚，但這次攻打馬尼拉期間所立下的戰功，應該足以讓特戰營跨過這道坎了。
能夠活捉弗朗西斯，錢天敦認爲這是給馬尼拉攻城戰劃上了一個比較完美的句號，算是徹底瓦解了本地的武裝抵抗力量。至於說仍然在逃的那位菲律賓總督，錢天敦反倒是沒有那麼在意，因爲從目前已知的情報來看，那位總督大人在軍事方面的才能極爲有限，缺少了弗朗西斯和胡安路易斯這兩員大將的輔助，基本就不太可能再在菲律賓羣島組織起人馬展開像樣的反擊了。
海漢遠征馬尼拉的真正目的，是要藉助武力手段完成對馬尼拉地區的佔領，並且以此對西班牙在遠東地區的殖民統治進行打擊。至於將西班牙人完全逐出南海，那可不是憑這一戰就能做到的。馬尼拉城是西班牙在南海經營規模最大的一處殖民地，但卻不是唯一的一處，在菲律賓羣島範圍內，其實還有多處類似甲米地港這樣的小型殖民地。從馬尼拉出逃的西班牙移民，多半都會前往這些地方落腳。
海漢要想將西班牙殖民者從南海地區完全清除出去，並不是一時半會就能完成的工作，而且軍方也不打算幹這種費時費力收效又不大的差事。如今西班牙人已經無力反抗，海漢只要拿下馬尼拉灣，將呂宋島上的自然資源都控制在自己手上，這次的任務就算是圓滿完成了。
弗朗西斯對錢天敦的調侃也沒有什麼激烈的反應，他知道這種場合下再說什麼都於事無補，只是低聲應道：“這都是上帝的安排。”
錢天敦聽了翻譯之後不禁笑道：“看來上帝真的是很不喜歡你們西班牙人，連一絲獲勝的機會都不肯給你們留下。”
弗朗西斯對錢天敦所說充耳不聞，他是一名軍人，同時也是一名虔誠的信徒，自然不會在意錢天敦的說辭。如今自己是階下囚，已經沒了跟對方平等對話的條件，根本不可能在這種細節上與錢天敦一爭高下。
“弗朗西斯先生，出於對你的尊重，我還是要告知你接下來的安排。由於你的身份比較特殊，我們會把你送到某個秘密地點單獨進行關押。當然在一年之內你要是能爲自己湊出一筆贖身費，那麼我們可以在收到錢之後立刻釋放你，如果你需要聯繫什麼人來籌措這筆費用，我們也可以設法代勞。”錢天敦不急不慢地向弗朗西斯說明了他所能得到的最後一次脫身機會。
弗朗西斯苦笑道：“很遺憾，我的個人財產並不多，而且我想這個時候已經被你們查抄得乾乾淨淨，大概沒辦法再擠出另一筆錢來換取自由了。我想你最好是給我一個痛快的處理，這樣就不用浪費貴國的糧食了。”
“我們不打算殺你，但也不會白白養着你，等馬尼拉這邊的局勢穩定下來，就會把你送到別的地方去，給你一份差事讓你自己養活自己。但我必須要說的是，那將是一份很苦很累的差事，甚至會讓你生不如死，所以你如果還能聯繫到什麼人替你籌錢，就儘快說出來。”錢天敦倒是不肯輕易放過從弗朗西斯身上榨取錢財的機會，仍然在勸說他想辦法籌款贖身。
弗朗西斯卻始終不肯就範，無論錢天敦如何勸說，仍是堅持先前的態度，不求脫身。錢天敦無奈之下，只能讓人先將他押走。
西芒看着弗朗西斯的背影，忿忿道：“這傢伙真是不知死活，錢將軍乾脆就順了他的意，給他一個痛快好了！”
錢天敦搖搖頭道：“之後怎麼處理戰俘裡這些高級軍官，那還得執委會說了算。這個弗朗西斯也算是有點骨氣，居然還留在城裡想做最後一搏，比起那個什麼總督可強多了。”
已經身在數十里之外的阿拉貢內斯突然打了個大大的噴嚏，不過他並未當回事，心裡想的全是接下來的逃難路線。按照他的設想，如果一直往北邊內陸地區逃也不是個事，馬尼拉城以北百里開外，便是一些本地土著部落的領地了，他這個菲律賓總督身份在當地吃不開，而且那裡的土著也未必願意替他安排食宿。
阿拉貢內斯原本想過沿着馬尼拉灣的海岸線一路繞向西邊，然後穿過山地去往蘇比克灣，從那裡出海逃生。但據說蘇比克灣也已經被海漢人所佔領，這條逃生通道就變成了死路一條。爲今之計，就只有冒險趁夜從馬尼拉灣北部出海，在夜間通過馬尼拉灣灣口的狹窄航道，到外海之後便轉向南方，前往八打雁港先避一避風頭。
當然了，完成這個逃生計劃的先決條件，便是海漢軍不會對他個人展開追擊，並且出入馬尼拉灣的航道能有漏子可鑽。不過阿拉貢內斯對此倒是比較樂觀，他認爲海漢軍在攻佔馬尼拉城之後不會就此輕鬆下來，還有一大堆的後續事宜需要他們妥善處理，所以無暇顧及像他這樣的漏網之魚纔是正常的表現。
而事實也正如阿拉貢內斯所預料的那樣，攻佔馬尼拉城只是意味着海漢發動的這場戰爭取得了階段性的勝利，而並非整個行動宣告結束。在剛剛完成易主的這座濱海城市，還有許多事務在等待新主人一項項地去進行處理。
首當其衝的便是馬尼拉港的岸防工事。西班牙當局在戰前花費了大量人力物力財力修建的炮臺等岸防工事，由於提前被海漢蒐集到了相關的軍事情報，海漢軍對這個區域一直採取圍而不攻的策略，導致這些防禦設施在戰爭期間幾乎沒怎麼派上用場。雖然起到了足夠大的威懾作用，但也僅僅只是威懾的程度而已，沒能對海漢軍造成真正意義上的殺傷。
城防軍投降之後，陷入完全孤立的港口防禦工事自然也就沒法再進行獨立作戰了，在明確了馬尼拉城的形勢之後，這裡的守軍也就只能選擇投降保命了。
不過要如何處理這些岸防工事，海漢軍卻有些犯難。西班牙人在興建這些岸防炮臺的時候還是頗爲用心，即便是臨時趕工完成，工程質量也並不差，而部署在這裡的岸防大炮，也集中了西班牙在遠東地區最好的一批大口徑火炮。如果只是簡單地將這裡拆毀，未免有些暴殄天物，從經濟角度講也有些不太划算。
最後顏楚傑把葡萄牙人找來，主動詢問他們是否有意向作價把這些岸防炮全買下來。如果葡萄牙人不買，那回頭再找大明、安南、馬打藍這些對軍火買賣很感興趣的國家，勸說他們來購買海漢在馬尼拉城繳獲的大量武器。
西芒作爲葡萄牙代表到港口看過實物之後，對這批岸防炮的狀況倒是很滿意，只是他要求在價格方面給予更大的折扣力度，並且他希望海漢能將馬尼拉城內繳獲的所有火炮也一併打包出售給葡萄牙，這倒是讓軍方求之不得的事。
雙方討價還價一番之後，最終西芒以一百一十萬海漢元的打包價，訂購了西班牙人在馬尼拉城內外部署的總共六十餘門火炮，以及目前繳獲的一千三百餘支火槍。因爲葡萄牙人在這場戰爭中也算是出了一些力，所以海漢在處理這些武器裝備的時候，給予葡萄牙的價格也還算公道，這價錢比購買同等數量和規格的海漢武器可要便宜多了。
而在戰爭期間所俘獲的西班牙炮兵，也同樣是軍方想要爭取的對象。這個特殊兵種對作戰經驗和實際操作能力要求極高，西班牙守軍中頗有一些從正規軍退下來的老炮兵，在戰鬥力方面也不亞於海漢的炮兵部隊。海漢軍希望這些炮兵能夠爲己所用，便答應他們可以用服役年限來兌換今後的自由身。
這種條件雖然聽起來有些不可思議，但實際操作下來卻受到了西班牙炮兵的歡迎。這些西班牙人大多沒有條件爲自己籌款贖身，如果爲海漢服役幾年就能換來自由，那又何樂而不爲，這總比當礦工當到死好多了。至於國籍、忠誠什麼的，命都快沒了，還講究那些東西幹嘛？他們從歐洲跑到遠東來的目的是爲了發財，至於爲西班牙王國效力還是爲別的什麼國家效力，對這些只是受僱於馬尼拉當局的僱傭兵而言其實沒什麼差別，頂多也就是語言方面有點障礙而已。
當然了，這些西班牙炮兵即便願意接受條件，進入海漢軍中服役，也不是馬上就會分配到部隊中去。他們仍需在戰後接受爲期百日的新兵訓練，在此期間還要學習漢語，合格之後才能進入軍中，而被淘汰者依然還是會被送去礦場當力工。
至於那些沒有一技之長的普通士兵，如果沒有贖身的財力，那就只能被送去外地當礦工了。當然像弗朗西斯這樣有一定文化基礎的高級軍官，即便是被分去當礦工，也一定會物盡其用，讓他當個文書之類的，不至於像普通礦工一樣下到坑道里去勞作。
而對於城內的清理工作，就沒有接收港口那麼順利了。馬尼拉當局在戰爭期間組織了幾千人的武裝部隊與海漢對抗，但戰死和俘獲的人員只是其中一小部分，許多準軍事人員都分散躲藏在城中各種隱蔽之處，或是乾脆就恢復了普通平民的身份，期望以此來躲過海漢軍隊搜捕。然而這又談何容易，海漢軍已經在弗朗西斯的官邸找到了軍方的花名冊，按圖索驥進行緝拿，誰也別想輕易躲過。
一時間整個馬尼拉城內都是雞飛狗跳，不得安寧。按照指揮部的估計，緝拿抓捕工作至少要持續三四天的時間，才能大致完成任務。