自從孫承宗主持遼東之事之後，在朱由校的支持下，政策穩定，士氣高昂，整個遼東上下一心。如果在這種情況下，朱由校還命喪遼東，那隻能說是天意了。
朱由校的信心是最重要的，他的信心使得全軍高呼道：“必勝，必勝！”
“建鬥，你看軍心可用，此戰必勝。朕要在山海關犒賞大軍，吾師還在山海關等着朕了，不能讓吾師久等。傳令，進軍山海關。”朱由校大笑道。
“諾。”盧象生此時也是意氣風華。
……
五月初六，皇太極以明朝在錦州、大淩河、小淩河築城屯田，沒有議和誠意爲藉口，親率數萬軍隊出瀋陽，舉兵向西，進攻寧遠和錦州。五月十一日，抵達錦州，四面合圍。
錦州城的是由趙率教鎮守的，錦州防務：以副總兵左輔統金國奇爲左翼，以副總兵朱梅爲右翼，平遼總兵趙率教居中調度，賈勝領奇兵東西策應。
寧錦防線卡在了後金進軍的咽喉之上，不打通寧錦防線，後金無法寸進一步。而且皇太極也收到了朱由校巡視遼東的消息，但是他無法直接越過寧錦防線而攻打山海關。
後金突然圍城，趙率教準備不足。五月十二日，趙率教派人和後金議和，拖延時間，以待援軍。中午時分，皇太極不見趙率教回覆，便立刻下令攻城，此時的明軍野戰不行，但是守城絕對是沒有問題，半天的戰鬥，後金軍損失慘重，臨近傍晚，後金不得不後退五里紮營。同時皇太極派人去瀋陽調集援兵。
五月十三日，皇太極先用騎兵圍城，再次派使者勸降。勸降被趙率教再次拒絕，皇太極傳令攻城，依然一無所獲，只是徒增了後金軍的傷亡。
五月十四日，皇太極用箭連發數封勸降書，趙率教依然不爲所動。皇太極的攻城也一無所獲。
攻城接連不利，皇太極求和心切，同時等待援兵，五月十五日，再派使者勸降趙率教，趙率教依然閉門不納。
五月十六日，皇太極想激趙率教出城野戰，趙率教倒是沒有中計，反而皇太極中了袁崇煥調虎離山之計。這日尤世祿、祖大壽等率軍一萬，馳援錦州，皇太極中了計，但他們運氣也不好，遇到了後金護衛糧隊的偏師，雙方激戰片刻之後，就迅速撤離了戰場。
袁崇煥的援軍被皇太極探知之後，五月十七日，皇太極收縮包圍圈，聚兵於城西兩裡紮營。
五月十八日，皇太極最後一次對趙率教勸降，趙率教再次拒絕。
從十九日起，後金軍再不勸降，一味強攻，一直到二十五日，後金軍也是一無所獲。但在二十五日，後金固山額真博爾晉、圖爾格率領援軍從瀋陽來到錦州，增強了後金軍攻城的兵力。
前後攻打錦州十五日，皇太極在錦州城下碰得頭破血流，而此時時值初夏，後金官兵暴露荒野、糧料奇缺、人馬疲憊、士氣低落。
五月二十七日，皇太極分兵，一部繼續圍困錦州，大部在皇太極的率領之下往功寧遠。
而就在此日傍晚時分，朱由校抵達了山海關。
“吾師，寧錦戰況如何？”朱由校迫不及待地問道。
“趙率教已經數次擊退建虜的進攻，現在錦州一切安好。今天臣得到消息，建虜留少量兵馬繼續圍困錦州，大部已經抵達寧遠。不日，建虜必定會對寧遠發起攻擊。”孫承宗問道。
“寧遠現在情況怎麼樣？”朱由校問道。
“袁崇煥善守，陛下請看！”孫承宗指着桌面的沙盤說道，“寧遠城堅、池深、炮精、械利，寧城三萬五千人，人人精而器器實。袁崇煥已經指揮大軍撤進濠內，總兵孫祖壽、副將許定國率軍在西面，祖大壽、尤世威等率軍在東面，餘在四周，分守信地，整備火器，準備迎戰。城外，佈列車營，前掘深濠，作爲屏障，大軍都撤到濠內側安營。而此時毛文龍已經準備徑襲遼陽，此戰帝國必勝。”
“好，朕就在山海關等待帝國獲勝的消息。”聽到孫承宗的解釋，朱由校高興地說道。
……
二十八日，皇太極圍攻寧遠。今天這一戰是寧錦之戰中最激烈的一戰。
袁崇煥列重兵於城外，背靠城牆，迎擊後金。尤世威和祖大壽等率精銳之師，出城東二里結營，迎擊後金。皇太極見明軍主動出擊，便不顧其他人的勸阻，決定要在野戰擊潰明軍。
這是孫承宗來遼東之後，組建遼東的騎兵第一次與後金騎兵在野戰。遼東的騎兵都是由遼東的流民組成的，他們深受後金的荼毒，跟後金仇深似海。明遼東騎兵在此戰中毫不畏懼，個個奮勇當先，一時之間與名滿天下的後金騎兵殺得難解難分，領兵的大將尤世威和祖大壽等將領坐騎受傷也死戰不退。
袁崇煥此時親登城堞指揮，城牆上各種大炮紛紛開火，炮轟東山建虜大營，攻擊其後方。明軍的車營馬步官兵，在袁崇煥的指揮下，也是不畏生死，鱗次前進，相機攻剿。
這一場大戰僅僅打了半天，到中午就結束了，明軍死戰不退，後金軍寸步難進，雙方都是傷亡慘重，就連後金的三員大將俱受重傷。
僅僅打了半天，皇太極就意識到寧遠城比錦州城更難打，無論是軍隊素質還是炮火，城牆都比錦州城勝出一籌。
皇太極見寧遠難圖，二十九日，皇太極便撤離寧遠，轉過來又攻打錦州，這是他繼承汗位後對大明的第一場戰爭，他不想揹負辱名無功而還。還一個原因就是趙率教趁皇太極攻打寧遠之時，突然出兵攻擊圍困的錦州後金軍，殺了後金軍一個措手不及，皇太極害怕腹背受敵。
皇太極抵達錦州之後，再次勸降。現在皇太極已經是困獸之鬥，趙率教更是不會搭理他了。六月初四，皇太極猛攻錦州，這次皇太極像是吃了藥樣的，完全不顧忌傷亡。