階段二，顧名思義就是天啓星一干新神對所選中的目標，被達克賽德所分化的神格所侵蝕，腐蝕的第二階段。目前爲止，在天啓星新神掌控中的只有超人，閃電俠和被放逐到天啓星的萊克斯·盧瑟，而在地球上，同樣被選作目標的蝙蝠俠，沙贊還有柯文也在這場針對他們的佈局中苦苦掙扎着。
中心城內，已經被閃電俠巴里·艾倫用聖賢力洗腦的柯文，在確定後天就能夠見到便利貼中所提醒自己去尋找的諾拉·艾倫後，也恢復了日常的生活。駕駛着賽特朗號戰車回到自己所住的公寓，下車的柯文回頭看了一眼自己這輛愛車，不知爲什麼，他總感覺之前一直沒有動靜的愛車，今天好像一直在看他，但，車子怎麼會看人呢。
“一定是我想多了，這年頭外星人雖然存在，但也不能莫名其妙蹦出來個汽車人啊，寫小說也不能這麼扯不是。”
低聲嘟囔一句，柯文這才離開，在確定柯文回到公寓後，原本停在停車場中沒有任何動作的賽特朗號，那裝載着AI蝙蝠俠顯示界面的Drive驅動器也亮起白光，儀表盤投射，就在車內將柯文之前進入中心城，從第一次遭受巴里用聖賢力屏蔽記憶到最後這次洗腦的一切畫面都播放了一遍。
在確認沒有任何遺漏後，這才結束了投影，同時，AI蝙蝠俠的聲音也從Drive驅動器中傳了出來。
“爲了你的母親，你選擇了這條路嗎，巴里，還真是跟不義蝙蝠俠分析的一樣，你太善良，但也太容易動搖了，你從來沒有想過你母親的感受，即使只是一個機器。也罷，柯文，讓我看看即使沒有了記憶，你能做到什麼程度吧，作爲假面騎士的你。”
低聲自語的AI蝙蝠俠也陷入了沉寂，從柯文一開始進入中心城受到巴里的聖賢力影響時，在柯文即將被屏蔽掉關於Drive一切記憶的最後一刻，他被柯文從系統空間裡召喚了出來。繼承了不義宇宙蝙蝠俠全部記憶，閱歷再加上氪星的幻影科技，從AI蝙蝠俠誕生開始，他就是一個獨立的個體了。
繼承了蝙蝠俠的一切，但比蝙蝠俠更理性，更能夠以旁觀者的角度看待一切問題。所以從被柯文召喚出來後，AI蝙蝠俠就沒有表現出任何異常，就是把自己當成一輛有點智能的高級跑車，全程記錄着一切，作爲柯文不知道的後手在必要的時候翻盤。這也是柯文將自己召喚出來的意義，一個連自己都不知道的底牌才能騙過暗中搞事的敵人。
只是在沉寂之際，AI蝙蝠俠也說道：“其實，你也想要我們阻止你的對吧，不然，你又怎麼會忽略我呢，當初他就在你們面前召喚過我，巴里，夢該醒了。”
說完這最後一句話，活躍過來的賽特朗號再次變回那輛平平無奇的跑車。而就在柯文和AI蝙蝠俠等待着後天那場與諾拉·艾倫的見面時，在天啓星，從天啓星的敵對星球新創世星出發，成功潛入到天啓星中的新神，奇蹟先生斯科特也與天啓星反抗軍領袖萊克斯·盧瑟接觸了。
此時的奇蹟先生正與萊克斯·盧瑟一塊，試圖潛入到達克賽德的宮殿中，而在斯科特身後，這位在地球上呼風喚雨，依靠着自己那絕頂聰明的智慧，數次拯救過世界的光頭盧瑟，也在天啓星這個磨練人的星球上成爲了一名合格，優秀的戰士。哪怕是作爲新神的奇蹟先生，也不得不對眼前這位人類感到驚訝。
雖說他也成功從天啓星上逃脫了，但作爲新神，本身他的起點就比萊克斯高出了許多，再加上從小接受的教育，訓練，只需要一分運氣，機會，自然能夠做到逃出天啓星。可萊克斯不是，在重新潛入到天啓星這段時間，奇蹟先生也在暗中觀察着這位混在天啓星反抗軍中的人類。
從他被反抗軍接收，然後再依靠着自己的智慧，指揮逐漸在反抗軍中掌握話語權，一直到成爲反抗軍領袖，這才讓奇蹟先生選擇出現在萊克斯面前，並且與之合作。就像現在，由萊克斯掌控的天啓星反抗軍在達克賽德的領地上製造騷亂，吸引着那些達克賽德爪牙的注意力，而他們兩個，則是進入到達克賽德宮殿，尋找達克賽德已死的真相。
“把我扔到這顆星球上受苦受難，然後就這樣什麼都不知道的離開了？我萊克斯·盧瑟從來沒做過這麼吃虧的生意，達克賽德已死？就是真死了，我也得親眼看到他的屍骸成灰，把他的一切拿走我才覺得自己不虧！”
這是奇蹟先生在跟萊克斯·盧瑟合作的時候，萊克斯跟他說的，雖然對於萊克斯這番厥詞感到好笑，但奇蹟先生得承認，在智慧這一方面，他沒有眼前這個人類強大，他的智慧，配合自己的技術還有經驗，讓本該困難重重的潛入變得輕鬆起來，就像現在，在他的帶路下，兩人已經來到了達克賽德宮殿的地牢。
“到了，從這裡就可以進去，就能到達克賽德的宮殿了。最後再問一次，你真的不打算離開？現在父盒還能將你傳送走，如果待會進去了，就算到時候想走，也不好說了，天啓星強大的存在，可不止達克賽德一個。”
通過自己手中的父盒，將路線確定下來的奇蹟先生也再度對身後穿着一身用天啓星材料打造的裝甲的萊克斯。因爲環境原因，萊克斯這次的裝甲審美倒沒有那麼惡趣味了，基佬紫配力量綠的搭配沒了，取而代之的紅色和黑色相間，依舊是把自己那顆大光頭給露了出來。
“那我也重複一遍我自己的話，他死了我也得從他身上取走我應得的東西，這段時間在天啓星受苦受難的損失，不拿一點回來，我不爽。搞快點，我的人可沒法在達克賽德軍隊手裡堅持太久。”
對於奇蹟先生的勸告，一向自負的萊克斯也不爽催促道，自己爲什麼會被放逐到天啓星，這個原因他不想跟眼前這個自稱爲新神的傢伙說，但萊克斯心裡也明白，要想在天啓星上得到些什麼，還得依靠眼前這位新神的幫助，這個傢伙就跟自己認識的超人一樣，一樣善良好忽悠。
“爲什麼這麼堅持呢，”對於萊克斯的執着，完全不明白原因的奇蹟先生只是在那多問了一句，天啓星就是一個永遠沉淪的地獄，每個人都想逃出來，但都沒有辦法，而眼前這個人類，卻要在這個地獄裡獲取想要的東西，有什麼東西能比自由更寶貴，他搞不懂。
“要你管？！做你的事吧，神！”
懟了奇蹟先生這位新神一句，在奇蹟先生轉頭用手中的父盒破解進入程序的時候，萊克斯也悄咪咪打開自己手部的護甲，一張照片也從中露了出來，裡面是兒時的自己和妹妹萊娜·盧瑟的合照，原本在他們身後應該還有父母的影像，卻被萊克斯撕掉了。在看到照片中的妹妹時，萊克斯的眼神也變得柔和起來。
‘很快的，老哥就會回去了，萊娜，別擔心，超女有超人撐腰，那個扎塔娜也有個魔法老爹，你也不差，你還有老哥我，媽的，我就不信那個臭小子敢欺負你，誒，那個臭小子是誰來着？’
心中，萊克斯也在那對着自己僅有的這張照片說着心裡話，同樣的，他也受到了曼哈頓博士修改現實的影響，沒有了與柯文相關的記憶。只知道自己一定有着給自己妹妹撐腰的力量，才能暴打一個自己氣到連名字和長相都忘了的臭小子一頓。就在萊克斯想着回去怎麼給自己妹妹撐腰的時候，在前方帶路的奇蹟先生，也用自己手中的父盒打開了通往達克賽德宮殿的道路。
隨着道路的指引，兩人也有驚無險的進入到了達克賽德宮殿之中，而擺在萊克斯和奇蹟先生面前的，則是天啓星的生物科技結晶，母盒電腦，而在電腦上，則是用投影顯現出一塊塊大屏幕，屏幕上有着超人，蝙蝠俠，閃電俠，沙贊，萊克斯，以及柯文的頭像。而在這些投影的屏幕後方，則是蜷縮着一具屍骸，那巨大的身軀，還有盔甲上那個歐米伽符號，以及這個地方。
都讓萊克斯和奇蹟先生明白這具屍骸是誰——天啓星的君主，達克賽德！
只是他們無法明白的是，爲什麼在這裡會有正義聯盟成員的頭像跟一個自己不知名的年輕人，天啓星把這些人放在電腦這裡，又是爲了什麼。
“這···到底是怎麼回事！”看着電腦上投影屏幕上的頭像，奇蹟先生也疑惑了。
他自然知道正義聯盟，畢竟是整個宇宙裡，唯一一個除了新創世星外，打退天啓星和達克賽德入侵的文明。但那個年輕人，他卻不認識，在看到這樣的畫面後，也將眼神轉向了自己身後的萊克斯，想知道這個聰明絕頂的地球人，能否從這些圖像中找到一些相關的線索，還有那具屍骸，到底是不是達克賽德。
“這你問我，我也沒法第一時間回答你啊，我只能說，我被放逐到天啓星，一定是這些傢伙搞的鬼！”
對於奇蹟先生的質問，此時的萊克斯·盧瑟也只能做出這樣的回答，畢竟眼前所看到的畫面對他衝擊也不小。誰能想到自己還有正義聯盟的成員，包括蝙蝠俠都成爲了天啓星某個計劃中的一部分。還有這具屍骸，如同小巨人一樣的屍骸，如果真的是達克賽德，那麼現在，在天啓星擁有着最高話語權的，又會是誰？！
“很高興，你們終於到了這裡，還有，好久不見，斯科特。”
就在奇蹟先生和萊克斯爲眼前的景象感到震驚時，一道聲音也在他們身後響起，聞聲轉頭，奇蹟先生斯科特和萊克斯就看到一個高大的身影站在黑暗中。無法看清全貌，但是那雙赤紅色的雙眼，在黑暗中是如此的顯眼。還有那氣場，讓曾經直面過達克賽德的奇蹟先生第一時間驚叫出聲。
“達···達克賽德？！”
“誰讓你直呼我父親名諱的，斯科特。”
站在暗處，一道赤紅色的射線就從這道身影雙眼釋放，朝着奇蹟先生攻擊過來，面對這樣的攻擊。作爲新神的奇蹟先生自然釋放出了護盾進行防禦，只是這道射線直接無視了奇蹟先生所釋放的護盾，輕鬆在其大腿上穿了一個洞，在給奇蹟先生造成傷害後，這道身影才從黑暗中走出來，也讓奇蹟先生看到其全貌。
與達克賽德如出一轍的裝甲，只是在裝甲下的這個人，他認識。
“奧利安？！”
“是的，是我，斯科特，我得感謝你，你把我要的人帶來了。”
話語一出，被射線擊倒在地的奇蹟先生也看向一旁的萊克斯，這時候的他，也明白自己從進入天啓星與萊克斯接觸開始，就已經在奧利安，這位達克賽德的兒子監視下了。
“還有你，你想要從偉大的達克賽德身上取走你應得的東西？很好，我滿足你，你來了，我也不用自己動身了，來吧。”
“父盒，帶我們離開這裡！”
【遵命】
奇蹟先生手中的父盒放出光芒，就打算帶着奇蹟先生還有萊克斯離開，而早就在這等着的奧利安又怎麼會讓他們這樣輕鬆逃離。這裡可是天啓星，一個一旦踏入就永遠無法逃脫的無間地獄，雙目紅光凝聚，滿功率釋放的射線也與奇蹟先生手中的父盒撞擊到一起，巨大的光芒也覆蓋了整個達克賽德宮殿，將一切喧囂掩蓋。
光芒閃爍了許久，才從達克賽德宮殿中消失，而在之後，原本發生在天啓星各處的反抗軍暴亂也一下安靜了下來。只剩下穿着達克賽德裝甲的奧利安從宮殿中飛出，手中也出現了母盒，對其說道。
“傳訊，階段二即將結束，階段三成神開始，一切，都是爲了達克賽德。”
【是，一切都是爲了達克賽德！】