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在22世紀，聯邦的主要對手是羅慕倫帝國，而到了23世紀聯邦的主要對手則成了克林貢帝國。
克林貢帝國與聯邦第一次的接觸發生在2218年，這一次接觸很不愉快，此次不幸的事件導致兩國敵對達近一個世紀之久。2237年克林貢與聯邦的交涉幾近破裂。克林貢帝國向聯邦發出最後通牒，若聯邦不從雙方皆宣稱爲自己領域的地區撤退，克林貢將對聯邦宣戰，兩國從而開始了武裝對峙狀態。
一切便從此開始。
面對很有可能爆發的戰爭，一部分人開始積極備戰。這些人中，以聯邦星際艦隊亞歷山大·馬庫斯上將最爲積極。
瓦肯人的母星瓦肯星，被來自未來的羅姆蘭帝國的採礦船納蘭達號船長尼祿，運用一個世紀後的未來武器所摧毀，這導致瓦肯全球60多億人死亡，只有1000多人倖存。在瓦肯星被毀後，聯邦星際艦隊加大了對太空中遙遠星區的探索，亞歷山大·馬庫斯上將的心腹手下發現了一艘漂浮在太空的古舊飛船，飛船內有着數十個在冰凍倉中低溫休眠的人類，其中有七十三人存活。
亞歷山大·馬庫斯上將有着31區作爲後盾，這是一個不被官方承認，類似於秘密警察組織的情報與防衛組織。亞歷山大·馬庫斯上將很快就知曉了這些人的來歷，這些人是基因改造人，源自三百年前地球爆發的優生戰爭。
優生戰爭（EugenicsWars）是1992年至1996年在地球發生的一系列戰爭。科學家爲了改良人類通過優生和基因改造等方法，製造出了一批‘超人’，他們擁有更好的身體素質和更高的智能，可隨之而來的還有更大的野心。
當時世界上大部分地區都被基因改造人統治着，所有基因改造人中最著名的則是可汗·努尼恩·辛格，他統治着全世界四分之一的領土。因爲這些‘超人’的統治。使得非基因改造人的地位十分低下。後來由於非基因改造人的反抗而引起了世界大戰，最終導致基因改造人的獨裁政權被推翻。而可汗等八十個基因改造人逃過了制裁，自我流放到了外太空。當時新政府由於害怕可汗消失的消息引起恐慌，就對公衆隱瞞了這個事實。此後基因改造技術被禁止。
馬庫斯上將發現一切後。決定喚醒了可汗，利用這個全面超越人類的基因改造人，推進他的聯邦星際艦隊軍事化大業。在亞歷山大·馬庫斯看來，現今的聯邦人民實在是太安逸了，無法扛起戰爭。要對付野蠻的克林貢帝國。亞歷山大·馬庫斯需要一個同樣野蠻的、殘忍的、野性的、戰士的頭腦來輔助，而基因改造人可汗·努尼恩·辛格則滿足所有的要求，這些高智商的強橫基因改造人就是爲戰爭而生的，他們的體魄、他們的思維、他們的一切皆是爲了戰爭服務。
利用活着的七十二個基因改造人，這些可汗·努尼恩·辛格僅存的族人，亞歷山大·馬庫斯與可汗達成了協議。在人質的威脅下，可汗·努尼恩·辛格迅速適應這個時代，迅速的學習新世界的科技、規則，來爲31區設計武器和戰艦，來幫助亞歷山大·馬庫斯實現聯邦星際艦隊軍事化的願望。
而亞歷山大·馬庫斯則答應在事成之後。釋放所有的基因改造人，還可汗等人自由。但亞歷山大·馬庫斯從一開始就沒想着放可汗等人活路，而曾經身爲一個統治者的可汗也清楚的知曉亞歷山大·馬庫斯的心思，但族人之命握與他人之手的他無可奈何，只能在暗地裡籌備計劃。可汗製作了一批先進的光子魚雷，並將自己的七十二個族人裝入其中，準備攜帶自己的族人逃出生天。
但是，可汗的暗中行動被亞歷山大·馬庫斯發現了，無奈之下他只能逃亡。可汗雖然逃了出來，但他覺得自己的七十二個族人肯定被亞歷山大·馬庫斯全部殺掉。於是開始了一條復仇之路。
作爲一個精銳戰士，可汗爲此制訂了詳細而縝密的計劃，並將其付諸實施。首先，可汗要將位於倫敦。表面上是星際艦隊的檔案館，實則爲31區分部的機構毀掉。
爲此，可汗找到了一個在31區工作的星際艦隊文職軍官。這位軍官有着一個身患重症，即便以星際時代的醫學也無法治癒的女兒。而作爲基因改造人的可汗，擁有着細胞重生的能力，而他的血液更是萬能良藥。可以將這種能力帶給受血者，治癒任何疾病。可汗很清楚一個人，會爲了自己的親人付出所有，於是他跟這位軍官達成了協議。
可汗答應用自己的血液救活軍官的女兒，而軍官則爲可汗炸掉31區分部，並給馬庫斯上將發一份郵件，宣佈可汗與聯邦星際艦隊之間處於戰爭狀態。
爲了讓自己的女兒遠離病魔的折磨，軍官毅然答應此事，在親眼見到血液起效後，軍官帶着製作出一枚戒指的超級炸彈，在可汗的一路監視下進入了31區。很顯然，可汗以軍官女兒的安危威脅他，刺殺一個人對可汗來說實在是太容易了。
一個父親爲了自己的女兒鋌而走險，並且搭上了許多人的性命，這樣的行爲即無私又自私。無私是因爲他根本不在乎自己的性命，自私是因爲他救一人卻殺死了四十二人。
爆炸發生後，按照聯邦艦隊的規章條例：聯邦星際艦隊的設施受到襲擊時，高級指令會召集星艦艦長和大副們到舊金山市的星際艦隊總部，在緊急會議室召開緊急會議。
已經熟悉聯邦星際艦隊規章條例的可汗早就計劃好了一切，就在所有人以爲他在逃避星際艦隊的追捕時，他武裝了一艘沒有曲速航行能力，防守不嚴的普通逃生飛船，直接殺到了舊金山市的星際艦隊總部。已經習慣了使用星際戰艦交戰，早就忘卻了近身刺殺的聯邦艦隊的高層指揮官們，就在這間緊急會議室內遭到了可汗的屠殺。
大批的星艦艦長和大副死去，讓可汗一泄心頭恨，然而還不等他殺掉罪魁禍首馬庫斯上將。一向不走尋常路的詹姆斯·泰比裡厄斯·柯克也恰好來此開會，在使用來福相位槍攻擊逃生船無效後，用消防栓毀掉了逃生船的進氣裝置，進而使逃生船墜毀。
但早有準備的可汗，則用便攜式空間扭曲發射器，逃離了地球，直接抵達了克林貢帝國的一顆廢棄星球。
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