66號令，絕地武士團的末日。
在原劇情當中大約是在一年之後的19BBY，當時銀河共和國在戰爭當中節節勝利，分離主義的末日已經來臨，而議長希夫-帕爾帕廷對於權力的掌控也達到了新的高度。
因此絕地武士團對帕爾帕廷日益戒備，但帕爾帕廷這時候早已準備完成，他也不再掩蓋自己的身份。在得知帕爾帕廷就是西斯尊主達斯-西迪厄斯之後，溫杜大師率領基特-費斯托、薩斯-汀和阿金-科拉三位絕地委員會的大師前去逮捕達斯-西迪厄斯。
然而達斯-西迪厄斯此刻的力量超出了他們所有人的預料，三位委員會大師幾乎瞬間被殺，只剩下溫杜大師和他奮力戰鬥。
得到消息的安納金-天行者迅速趕往議會大廈，卻看到達斯-西迪厄斯正假裝要被溫杜大師殺死。安納金之前就已經因爲母親的死，以及對絕地武士團的不信任而逐漸朝着黑暗面靠攏，現在他認爲達斯-西迪厄斯能夠幫助自己復活母親，所以出手阻止。
但是安納金在憤怒和恐懼之下失去了理智，一劍砍斷了溫杜大師的雙手，隨即溫杜大師被達斯-西迪厄斯用原力閃電打下了議會大廈。
至此安納金-天行者徹底墮入黑暗面，成爲了達斯-西迪厄斯的弟子。而希夫-帕爾帕廷也因爲終於抓住了絕地武士團的把柄，所以以絕地武士團試圖謀殺議長作爲藉口，宣佈絕地武士團叛國，並且啓動了66號指令。
66號指令是預先植入克隆人士兵腦中生物芯片的150條緊急指令之一，這些指令包括了各種極端情況，比如67號指令就是議長叛國的處理方式。而66號指令，對應的就是絕地武士團叛國的處理。
這些指令都是正常士兵可能很難接受和難以下手的，所以通過生物芯片的方式強制他們執行。
其實這些指令以及生物芯片的存在，絕地武士團也是知道的，這並不是什麼秘密。當時塞弗-迪亞斯大師簽字同意克隆人士兵的項目，以及後來派駐卡米諾星球監督克隆人士兵生產的莎克-緹大師都知道生物芯片和這150條指令的事情。
但問題就在於，66號指令的執行邏輯上，有一個細微的文字遊戲。這個文字遊戲在報送樣本給絕地武士團看的時候並不存在，只是在實際生產的時候存在，絕地武士團並不懂生物技術，看到真正形成代碼的150條指令，也分辨不出來其中的區別。
這個文字遊戲就是，其它的149條指令如果要執行，都必須要包括議長、絕地武士團、最高戰略司令部、共和國情報部等部門的同意，或者是如果涉及到這些部門的指令，也需要其它部門共同簽署纔會執行。
而66號指令，議長自己就可以直接下令執行，接下來他只需要對其它部門進行告知就可以了！所以當時達斯-西迪厄斯只需要自己有一個理由支撐自己作出絕地武士團叛國的判斷，那麼他馬上就可以執行66號指令。
根據這條指令，所有克隆人士兵都將對每一個絕地武士進行就地格殺！結果就是，那些正在前線奮戰的絕地武士們，在毫無徵兆的情況下就被和自己出生入死三年的戰友從身後開槍殺死！
除了少部分極爲出色的絕地武士逃過這一劫之外，總共一萬多名絕地武士死在66號指令之下！
在清除了絕地武士團之後，達斯-西迪厄斯直接撕下最後的僞裝，宣佈銀河共和國改組爲銀河帝國，自己，就任帝國皇帝！
當然，在達斯-馬薩伊爾來到這裡之後，他自然不可能讓達斯-西迪厄斯這麼舒舒服服的完成自己權力的整合，在一切準備完全之後執行66號指令消滅絕地武士團，登基稱帝。
這樣的結果，只能是接下來的銀河帝國迅速整合完成國內的權力和利益分配，迅速重新走上戰爭和強權的道路。
但另一個角度，達斯-馬薩伊爾也不希望絕地武士團在66號指令之下倖存。他和絕地武士團之間，絕對就是不死不休的關係，僅僅只是他的存在，就不可能被絕地武士團允許。所以，絕地武士團的覆滅，卻也成了他和達斯-西迪厄斯之間唯一還有默契的事情。
所以，達斯-馬薩伊爾就設計了這麼一個計劃——他在十多年前，被達斯-普雷格斯派去殺死可能造成納布之戰計劃泄露的洛恩-帕萬的時候，就留下了這麼一個心眼，將洛恩-帕萬得到的情報隱藏在他的機器人I-5YQ身上，並且讓超蓮花把這個情報隱藏得非常巧妙，讓賈克斯-帕萬沒這麼容易找出來。
這樣一來，I-5YQ就成了達斯-西迪厄斯和絕地武士團兩者的不定時炸彈！一旦其中的情報被賈克斯-帕萬察覺，他肯定會上報給尤達大師，而絕地武士團也肯定會作出反應。同時……達斯-西迪厄斯，自然也會立刻着手對付絕地武士團。
於是這樣的結果就是，達斯-西迪厄斯在準備不充分的情況下被迫對絕地武士團動手，而這時候他手中的權力還沒有完成整合，自然將會付出巨大的代價。
而另一方面，因爲66號指令的存在，絕地武士團也有很大的概率被達斯-西迪厄斯消滅，但是存活下來的絕地武士也肯定比原劇情的66號指令更多！
這樣一來，他的目的就完全達到了。
現在，在得知科洛桑突然進入封鎖狀態的情報之後，達斯-馬薩伊爾立刻就明白，這個不定時炸彈終於引爆了。現在的他只需要坐山觀虎鬥就好，但也不意味着什麼都不做，他需要到科裡班星球來，去完成他沒有完成的黑暗儀式。
達斯-西迪厄斯一直盯着科裡班，他知道讓達斯-馬薩伊爾完成儀式的危害，所以上一次達斯-馬薩伊爾來到科裡班的時候，他就迅速趕來，並且在馬卡-拉格諾斯的幫助下擊退了馬薩伊爾。
達斯-馬薩伊爾自從那次也知道，如果達斯-西迪厄斯一直盯着自己，自己是不可能達成目的的。
所以，必須等到他無暇他顧的時候，而這時候，就是現在！！