山南城被屠之後，山南府所轄各縣均被明軍暴行震住，當地官員紛紛派兵約束境內，不許對漢人進行仇殺，同時士紳商人花重金請漢人出面前往明軍處說和，仿寶州例以贖城費用換取縣境安寧。對此，明軍欣然笑納，除錢糧以外，另要安南地方各縣提供500至1000不等的青壯勞力以供大明僱傭。
僱傭時間爲三年，屆時結算工錢使人回鄉，大明保證僱傭之安南工人人身安全。同時，明軍還提出條件，鑑於前陣安南大規模屠戮漢人無辜百姓，爲防此事再次發生，當地漢人聚居處當成立保安隊，擇漢人青壯授以武器以求自保。漢人保安隊之錢糧供應開支，當由安南地方負責，以示懲戒。
若單是給錢給糧便罷了，明軍還要人，更過份的還要武裝治下漢人，這條件不是喪權辱國埋下大禍是什麼。
山南各縣安南官員也不是傻子，當然知道明軍沒安好心。所以9個派人來洽談的縣只有3個捏着鼻子同意了明軍要求，其餘要麼是怒聲指責，要麼是不置一言。結果短短數天之內，明軍又打破兩城，盡如山南府城例被屠戮一空。於是，苦等中央援軍未果，自身又無力保家衛國的安南地方官員們紛紛再次派人攜帶大量酒食前往明軍駐地犒軍，隨後，便各自簽下條約。這些條約被明軍統稱爲地字約，即非鄭氏中央所籤條約，不具備法理性，但大明講究禮信，爲免兩**民再有傷亡，對簽署地字約的安南地方一視同仁。
在山南各縣安南地方官員的“配合”下，安南人民大規模反抗侵略軍的壯舉被鎮壓，無數青壯男丁在家人的哭泣下被安南官兵用繩子捆綁送往明軍營地。山南境內的漢人因爲明軍的支持，也紛紛組建保安隊，一方面自保，另一方面卻又配合明軍和安南官軍鎮壓境內安南人的反抗力量。
山南境內還未徹底平定時，牛根生又率部進犯清化。因南方河靜屠漢風潮越演越烈，已經波及到北方諸府，安南漢人爲求自保，紛紛組織起來反抗安南官府，約請明軍相助。僅河靜一地，便有兩萬多漢人聚衆結社，乞求明軍給予軍械幫助。清化府，有漢人龐炳德拉衆數千攻陷縣城，響應明軍。
對於各地漢人反抗力量，趙自強傳下命令，各部必須無條件支持援助，若願意歸納，即加以改編爲太平軍，不願歸納者，發給繳獲安南軍械，使其有自保之力，替明軍掃蕩剿滅佔領區內大小安南反抗組織。而對願意花錢消災的安南地方，則效仿山南例處置。
七月初四，第十二鎮攻陷清化平湖城，發起清化之戰。安南鄭氏清化鎮守官李化成戰死，在明軍屠城威逼下，清化統領鄭德開城投降，至此，山南清化兩鎮首府均爲明軍佔領，升龍府同南方聯絡被明軍切斷。此後，水師鄭成魁部又入錦羅江，以戰船43艘，水兵3000陸軍600及安南漢人反抗軍4000餘溯江上犯，準備切斷安南內陸交通大動脈湄公河。7月9日，明軍發起德慶之戰，遭安南鄭軍頑強抗擊，被擊斃擊傷169人後攻陷德慶。
北路周勝部在得到海陽水寨增援的1000水兵和第十一鎮緊急調去的600陸軍後，開始向廣寧進軍。明軍將大量艦炮拆下帶到岸上，憑藉強大的火力一下便突破廣寧鄭軍防線，軍心士氣大漲，氣焰十分囂張，叫囂“先下廣寧，後下太原，直取升龍！”
廣寧境內漢人雖然沒有遭到鄭軍屠戮，但也紛紛起來效仿南方，或組織武裝力量反抗安南官府，或投奔明軍，或充爲嚮導，或提供錢糧。
鄭氏廣寧鎮守官黎子元爲文官出身，經陣便怕，見明軍再次來攻，且一下就突破了鄭軍防線，嚇得在鎮守府內惶惶不可終日，每日所做便是不斷派人到京中活動，試圖能夠從廣寧調離。黎文元無能，統領大將閔文蓮在部下的支持下接受了廣寧兵馬指揮，針對明軍來犯路線，部署東西兩路防線，其中西路防線以安子山爲依託，最爲險峻。
安子山，位於廣寧府城以南60裡，海拔852米，因地勢險要，自古就是兵家必爭之地。明軍突破鄭軍防線後，統帥周勝驕狂之下兵分兩路直撲廣寧。東路直指廣寧，西路則繞道先安海屯方向。28日，明軍攻陷先安，安子山便成爲守衛廣寧的最後屏障。
爲阻止明軍向廣寧推進，閔文蓮親自率兵扼守安子山。他召開軍事會議，要求所有鄭軍北線部隊集中攻擊明軍從先安到安子山一帶的運輸線，打斷明軍運輸線後，將進攻安子山的明軍包圍於此。然而，由於東路戰場上的連連失利，許多鄭軍將領產生了畏戰情緒，真正主戰的只有閔文蓮一人，其實際能夠指揮的部隊也不足五千人，其中還要分兵扼守東路防線。
7月2日，明軍率先進攻安子山南的成先關，鄭將武應林以不足1000人奮死抵抗，先後兩次擊退明軍進攻。但進攻明軍在火部掩護下還是衝過鄭軍防線，爲避免全軍覆沒，武應林率部突圍，成先關陷落。明軍攻佔成先關後，稍事休整，隨即便開始猛攻安子山，而閔文蓮在安子山的守軍已不足2000人。
5日，明軍800水兵500陸軍和2000安南漢兵驅趕700多安南降軍在水師參將王國明的帶領下向安子山發起試探性攻擊。爲迷惑明軍，閔文蓮巧用疑兵計，在山林中佈置數千面旗幟，安排衆多戰鼓號角，並發動附近百姓前來助戰。當地百姓聞訊踊躍報名，瞬時聚集數千之衆。
驕橫的明軍發起衝鋒後，即遭到了鄭軍守關炮兵的猛烈攻擊，打得明軍無法前進且傷亡慘重。隨後，明軍再次集中兵力妄圖奪取鄭軍炮兵陣地，但陣地前方的一片開闊空地使得明軍無處可藏，明軍士兵在鄭軍的強大火力下，再次遭受重大傷亡。此時，隱藏在周圍的戰鼓齊擂號角轟鳴，又見山林中旌旗飛動，人影綽綽，明軍指揮官王國明發現勢頭不妙，只好率隊向山下逃去。
閔文蓮見勢指揮部隊乘勝追擊，附近百姓也是紛紛助陣涌向明軍。明軍狼狽地逃回成先關，王國明請求指揮官周勝派大部隊增援，但此時駐守先安城的明軍主力由於遭到安南義勇襲擊，運輸線被切斷，無兵可派。王國明只得率部龜縮在成先關與鄭軍相持。
士氣大振的閔文蓮決定奪回成先關，7日晚，安子山區天降大雨，明軍認爲鄭軍不會在這種天氣下發動進攻。而閔文蓮卻親率300餘騎兵和100多象兵突襲明軍營壘，將毫無防備的明軍打個措手不及。當閔文蓮衝入明軍指揮帳時，軍官們看見突然殺入的鄭軍大驚失色，閔文蓮騎在馬上，右手馬刀乘勢斬下，將一名明軍軍官斬殺，而此人正是明軍安子山指揮王國明。主將戰死，餘下明軍不支，棄關而逃。隨後，閔文蓮又率部追擊，在德家河大破明軍，擊斃明軍數百人，徹底收復了成先關。這是明越開戰以來，鄭軍首次收復失地。
此後，閔文蓮依託有利地形，在固守陣地的同時，不斷派兵與明軍遊擊周旋，最後迫使明軍全部退回先安城。此後，直至戰爭結束，北線明軍也始終未能跨過安子山一步。
閔文蓮在鄭軍一路潰敗軍心渙散的情況下，成功指揮了安子山之戰，有力遏制了明軍的進攻，打擊了其囂張氣焰。此戰雖未能扭轉整體戰局，但在南方沿海各路鄭軍一觸即潰的情況下，堪稱奇蹟。
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