卻說蚩尤與軒轅一戰後，見諸多聖人門下相助軒轅，當天夜裡在兩軍陣前擺下玄陰煉魂大陣。
此陣乃是巫族記載的三大陣法之一，蚩尤也是個不是出的奇才，與軒轅一方剛開始交戰之時，連連獲勝，將戰死的兵魂盡皆收入幡中，這九九八十一面玄陰煉魂幡乃是蚩尤用自己的八十一個兄弟以身養旗之法練成，再融合無數人族魂魄，威力極大。
第二天，來到軒轅帳前叫陣，軒轅一方，闡教金仙以廣成子爲首，加上趕來相助的玄都大法師和天庭的九天玄女，可謂是陣勢宏大。
蚩尤見衆仙出來，一拍坐下黑虎走帶陣前：“此乃我巫族秘傳玄陰煉魂陣，爾等可敢入陣走上一番？”
衆仙駕雲來到陣前，之前前方百里黑雲密佈，煞氣翻滾，黑雲煞氣之中，有無數冤魂厲魄，有人族的，也有妖族的，鬼火粼粼，魔火森森，慘風呼嘯，陰魂哀嚎。不禁齊齊變色。
眼見衆仙色變，蚩尤哈哈大笑道：“軒轅小兒，任你大羅金仙也難破此陣。”
軒轅怒道：“蚩尤，你肆行不義，妄動刀兵，今日又擺此惡陣，若不殺你，如何對得起天下百姓。”
闡教衆仙相互對視一眼，入了大陣，衆仙剛一入陣，只見陣內煞氣沖霄，瀰漫惡毒黑煞，慘霧陰雲聚攏，鬼哭魔嘯之聲不絕，陰風瀰漫，有八十一尊魔神在煞氣中若隱若顯，相貌猙獰，都是身高百丈，操蛇踏龍，或龍首人身，或虎面鳥身，無盡的壓力從陣中席捲而來。
進入大陣之後衆仙面色又是一變，巫族秘傳，果真是不凡，不愧是昔日的天地主角之一。
蚩尤見衆仙入陣一陣狂笑：“今日爾等入陣，就休想再或者出去，我讓爾等有進無出，死無葬身之地。”
蚩尤狂笑不絕：“軒轅小兒，少說廢話，今日又本事就破了此陣，我這項上人頭給你又何妨。”
蚩尤一聲怒喝，手掐法訣，將陣門關閉，絕了衆仙的退路，開死戶，閉生門，瞬間發動陣法，霎時間天地變色，日月無光。
蚩尤一聲令下，八十一名兄弟各持一杆本命玄陰幡，狠狠一晃，無數黑霧煞氣席捲向衆仙，黑煞之中，鬼哭之聲不絕。煞氣奔騰，使人遍體發寒。
蚩尤發動大陣，衆仙自然也是知曉，紛紛現了神通，頂上天光大放，三花聚頂，五氣朝元，金仙頂上金燈瓔珞不絕，頂上三花旋轉，五道氣浪來回沖刷着大陣內的煞氣。
玄都大法師大喝一聲：“無量天尊。”頭上紫光奔騰，竟然將煞氣逼退了百丈遠。
仙光與黑煞不住的旋轉，其中隱藏無數玄陰神雷，打在仙光之上，茲茲聲響徹不絕，噼噼啪啪之聲不絕於耳，衆仙雖然將黑煞逼退，卻也壓力大生。
此陣號稱巫族三大奇陣之一，雖然比不上十二都天神煞大陣和七煞陣，但是另有玄妙，煉製八十一杆玄陰幡，有八十一名巫人以身祭陣，未傷敵，先傷己，威力豈是等閒？
蚩尤見玄陰黑煞傷不得衆仙，一聲怒吼，八十一名巫人搖動玄陰幡，黑煞慘霧奔騰不休，無數玄陰神火燒向衆位金仙。
玄都大法師腳踏乾坤圖，手持紫府劍，朝着陣內一揮，一道百丈的劍氣將七尊魔神斬碎，乾坤圖籠罩着其餘魔神，身上陰陽兩股氣息流轉，紫府劍道道劍氣斬向魔神，將玄陰幡毀去。
玄都畢竟是斬去一屍的準聖，更是太上聖人的弟子，不想那些散修沒有完整的體系神通靈寶，玄都大法師是樣樣不缺，樣樣不少。
玄都斬了魔神，廣成子等人也趁機毀去玄陰幡，斬殺那些九黎戰士們，廣成子更是一擊翻天印打向蚩尤，蚩尤躲閃不及，登時被打了個跟頭，見魔幡被毀，玄陰煉魂陣瓦解，拿着大刀砍向闡教衆仙。
虎魄魔刀帶起萬丈鋒芒，殘月型的刀氣席捲整個大陣，闡教衆仙大驚，紛紛祭出寶物將自己護住。
玄都一劍將刀氣斬碎，攔下蚩尤使之無法去對付闡教中人，而闡教中人則是去對付雨師與風伯。
黃龍真人祭龍珠，文殊祭遁龍樁，普賢的吳鉤劍，盡皆被風吹會，雨師伸手一指，兩條巨大的水柱好似兩條長鞭，四下揮舞，如怒海蛟龍，將黃龍真人打得倒飛而回，哎，爲啥每次受傷的都是這倒黴娃呢。
廣成子翻天印大如山嶽，狠狠砸向風伯，每次吃風伯三昧神風一吹翻天印都會頓住片刻，風伯趁機躲過，清虛道德真君手中五火神焰扇烈焰騰騰，因風屬金，正被火克，三昧神火雖然傷不得風伯，卻也讓他狼狽非常。
玄都是準聖境界的修爲，雖然蚩尤有着大巫之身，可是還是敗與玄都之手，劍氣激射而出，直指蚩尤四肢，蚩尤一個躲閃不及，四肢立刻出現四個血洞，四肢受傷，蚩尤腳步不穩，倒在地上，乾坤圖一卷把蚩尤收入其中。
而在蚩尤敗後，雨師與風伯雙雙逃走，闡教衆仙也沒有阻攔，畢竟巫族後面還有着地府六道輪迴中的那位后土聖人，他們也不好太過殺戮這些剩下的大巫。
大戰過後，蚩尤被抓，那些九黎戰士們也紛紛投降，表示臣服於軒轅之下，軒轅收下這批驍勇善戰的戰士自然也是十分欣喜。
軒轅大殿中，軒轅看着地上跪着的蚩尤：“蚩尤，你肆行不義，妄動刀兵，你可知罪？”
蚩尤怒視着軒轅：“成王敗寇，又何須多言，若非人、闡二教門下和天庭助你，你如何是我的對手，人族不過螻蟻般的存在，如何配佔領洪荒？”
軒轅聽了大怒：“既然你冥頑不靈，來人，推出去斬了。”
帳外進來兩個士兵將蚩尤推了出去，過了片刻，士兵來報，蚩尤頭硬如鐵，殺之不得，反倒損毀了數柄大刀。
旁邊有廣成子進言，去火雲洞借伏羲天皇的龍馬，可是蚩尤大巫之身怎麼可能如此輕易的斬殺。
突然在軒轅面前出現一把劍，劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木，劍身雪亮，隱隱透出一絲金黃之色。
此劍乃是當年帝俊煉製的屠巫劍的一道劍意加上首陽銅所煉，帝俊身殞之後，歸帝炎所有，不僅屠巫劍被帝炎所得，就連巫族的十二都天魔神旗，祝融的祝融神火鞭，蓐收的太白金刀，帝江的時空杖，玄冥的雨神幡等等也被帝炎在巫妖大戰中獲得。
此次帝炎在軒轅降世後，他就抽出屠巫劍的一道劍意，加上首陽青銅煉製了一把軒轅劍，此劍雖然沒有屠巫劍可以破開祖巫那種堪比先天靈寶般的身軀之利，但是也已經可以砍開大巫的身軀了。
帝炎煉製成功後，就想借軒轅之手斬去巫族的一些大巫，他卻是沒有想到玄都突破準聖之境界，怎麼快就穩固修爲靈活的運用準聖手段，也沒有想到蚩尤居然敗的如此之快，那些盤古殿中的大巫們都沒有出來幫助他，所以纔剛剛那個時候出現在軒轅面前。
最終蚩尤被軒轅以軒轅劍斬去四肢與頭顱，分別被封印在洪荒六處，除去軒轅外其他人都不知道。
時間一晃就是數年，如今軒轅也到了證道之時，廣成子從崑崙山中前往人族陳郡，他身爲軒轅之師傅，軒轅證道之日卻是不能不到。
到了陳郡，此時的陳郡遠非伏羲和神農在位之時可比，城牆高達百丈，一條巨大的護城河，將陳郡爲了起來，四個城門高達威嚴，兩隊精銳的士兵分立兩旁，維持着入城的順序。
廣成子心中微微一笑，一步跨出來到陳郡中央的高臺上，高臺上擺放着一張石桌，上面滿是貢品，軒轅領着一種文武大臣站在桌前。
到了午時，禮儀官高聲大呼：“吉時已到，大典開始。”
軒轅在高臺上誦讀祭文，過了片刻，天光大亮，一道好似金光架起的橋樑自天外綿延而來。天上仙樂陣陣，異香撲鼻，地上金蓮狂涌，龍吟不絕。
衆人只覺一陣舒爽，一架九匹龍馬所拉的輦車自天外飛來，天皇伏羲和地黃神農端坐其上，人尚未至，陣陣朗笑已經傳來。
隨着而來的還有道教首徒，玄都大法師，衆人見禮之後，玄都大法師取出三清玉敕，朗聲念道：“人皇軒轅，外圍期間，定國體，造曆法，平叛亂，如今功德圓滿，證得人皇果位，自此萬劫不壞。
自今日起，與天皇伏羲，地黃神農同往火雲洞清修，人族聖器崆峒印帶入火雲洞，爾其欽哉。”
此時，天上有感軒轅證道，降下無邊功德，一道七彩霞光自天外飛來，軒轅得了七層，廣成子身爲帝師，教化人皇有功，得了一成修爲大漲達到大羅金仙巔峰之境只要一個契機便可突破準聖，崆峒印得了兩層，剩下的功德爲闡教衆仙和天庭九天玄女還有那些幫助軒轅平亂過的仙人所得。
軒轅將功德吸收完畢之後，立時證了準聖巔峰境界，他卻是不如伏羲和神農，兩人都是轉世歸來突破亞聖，軒轅是真正的人族人皇如今突破準聖巔峰也已經是了不起了，上了龍輦，與天皇伏羲，地黃神農攜手而去，自此，三皇歸位，人族進入五帝治世時期。