朱由崧的御營人馬雖然不多，但卻兵種卻是齊全的，有步兵，有騎兵，有輕重火器營和弓弩手，另外還有工兵營。
朱由崧當初讓劉肇基訓練的這一複合兵種能功能守，可以與韃子野戰，也可以攻堅，攻堅的手段之一便是動用工兵營爆破，這六百人朱由崧不能白養着他們，現在是啓用他們的時候了。
工兵營包括工程兵和爆破兵，炸藥和火炮應用於軍事，讓工程兵和爆破兵有了用武之地。
城的清軍連吃敗仗，士氣低靡，如驚弓之鳥。只要能把九江城炸開一個缺口，堅城優勢喪失了，朱由崧的人馬能攻入城，問題解決了。
朱由崧立即與工兵營、輜重營、輕火器和馬步營以及水師營的統領研究具體的爆破方案，因爲工兵營要完成爆破作業，須得這由這幾個營掩護協助。
兩天後的深夜，數條小船悄悄地從江逆流而，然後沿着九江護城河向前划行，一直到九江南門外小舟才靠岸停下，船裝的是炸藥，還有風乾的柴草，另外是鍬鎬，再是工兵營的將士了。
夜幕下數條黑影帶着各自的應用之物棄舟岸爬到了城下。爲了穩妥起見，這六百人在南城外選了三個爆破點，工程兵和爆破兵結合，每二百人負責一個爆破點。
九江城城高三丈五，城外的護城河又寬又深，城的氣死風燈發出昏黃的光，夜深人靜，距離又高，守城的兵將和巡城的兵將一時竟然沒發現他們。
不過接下來麻煩來了。工程兵要首先開始作業了，必須得在城牆下面打洞，然後由爆破兵把炸藥放進去，這才能算完功，如果把炸藥簡單地堆到城下，對這麼厚重堅固的城牆來說，這樣爆破一點把握都沒有，清圖浪費炸藥。
儘管工程兵受過這方面的訓練，但挖土鑿石不可能沒有響動，這是一個大工程，三下五除二完工不了，最快也得半個小時左右。
工程兵叮叮噹噹這一開工，沒幾分鐘城頭的兵將便知道了，因爲他們即非聾子也非瞎子，因此他們一邊命人飛報兩位清廷的王爺和少帥左夢庚，一邊往城下射箭放滾木，用這種方式來干擾工兵營的作業。
好在朱由崧早有準備，九江城頭一有動靜，護城河岸伏兵四起，一時間銃炮齊鳴，城頭的清軍紛紛彈。原來，朱由崧早命輕火器營連夜埋伏在護城河畔，以掩護工兵營作業。
輕火器營埋伏的位置正好在九江城頭弓箭射範圍之外，因爲隔着一條寬寬的護城河，但卻又在城頭火炮打擊的範圍之外，鬧了半天火炮有效射程要除去兩個距離，太遠了不行，太近了也不行，這五百輕火器鑽的是這個近距離空檔，或者叫大炮的盲區。
因此這五百輕火營的火銃和鳥銃能有效射擊城頭的清軍，而城頭清軍的弓箭和火炮卻沒辦法傷及他們。半夜三更這一頓對射，自然是城頭的清軍被壓制住了，然而很快他們的火炮開始怒吼了。
這邊朱由崧的火炮營也開火了，雙方對轟，城頭的炮火自然沒有朱由崧的炮火威猛，清軍的炮火沒放幾炮便於是被壓制住，六百名工兵營的將士照樣在城牆下作業。
城的尼堪和博洛、左夢庚他們已經得報了，他們從睡夢驚醒，還以爲朱由崧要大舉攻城了，從被窩裡爬出來，頂盔摜甲之後帶着親衛冒着炮火登城頭，藉着火把的光芒一看，大明的軍隊並沒有大舉攻城，雙方只是這麼遠距離地炮轟。
但他們手扶垛口往下仔細觀看，城下面有三明軍正在施工，他們揮舞着鍬鎬，像要把城牆挖透。
正這時，幾聲呼嘯，火銃的子彈擊他們眼前的垛口，火星飛濺，發出刺耳的聲音，嚇得尼堪、博洛和左夢庚趕緊趴到了垛下面，他們預感到不妙，但城的清軍卻無法有效阻止，他們想派一支軍隊出城消滅這些在城牆下挖牆角者，但又不敢開城，他們心裡清楚，朱由崧的人馬肯定在暗處已經做好了攻城的準備，這一開城，他們肯定會趁機殺進來。
清軍三猶豫兩不猶豫，六百工兵營的三處作業已經完成了，城牆下面被鑿出三個鑽下狗的大洞，工程兵收了鍬鎬，然後爆破兵將事先準備好的炸藥放進去，然後將柴草堆到洞口處，三處的柴草均有一人來高。
然後往柴草倒油料，這些柴草是他們的安全火索。做完這些後工兵營把柴草點燃，三堆大火熊熊燒起來，工兵營的將士們以最快的速度紛紛往回跑。
到了護城河邊，他們了來時的小舟，然後順河而下。
工兵營撤退的同時，輕火器也在撤退了。這時城牆處的三堆大火越燒越大，城頭的清軍甚至還能聽見下面燒噼啪響聲，烈焰將夜空都燒紅了，但他們卻束手無策。
尼堪他們猜得沒錯，此時朱由崧集了八萬將士，御營在前面也已經做好了一切準備，此時朱由崧立馬城外一隱蔽高處，雙眼緊盯着九江城，看到這三堆火，便知道工兵營得手了，只等待令人期待和振奮的爆炸聲了。
九江城外三裡處的朱由崧炮營陣地，炮營頭目李柱石看到九江城的三處火光後，用手在夜空劃了幾次，便立即把大炮的仰角和射程計算出來，然後命手下兵將調試紅衣大炮的照門和準星。
一切緒之後，李柱石對手下兵將大喊了一聲：“開炮！”
“咚，叨，轟隆……”數門紅衣大炮怒吼起來，一顆顆炮彈突破夜空準確地擊九江城外三處起火的柴草堆，接着便是驚天動地的三聲巨響，震得朱由崧腳下的土地都在顫抖。三處起火的柴草間的九江城牆，伴隨着磚石滿天飛，厚重的城牆在這裡被炸開一個幾米長的大豁口。
朱由崧一看大喜，立即傳旨：“衝，一舉拿下九江府!”