佐助的修煉依然在繼續着，他要提高自己的實力之後再去草之國，具體提升到一個什麼樣的程度他說不清楚，畢竟一個人單獨的修煉是有弊病的，那就是沒有一個參考，也沒有人指導，不過佐助有一個優勢，或者說是穿越者的優勢，那就是他可以清晰的知道很多事情，尤其是忍術的使用方式，開發起來也相對容易了很多。
他一直都在讀書，尤其是上學的時候，大量的基礎理論書籍閱讀了很多，就是爲了今天，同時查克拉的控制也是爐火純青的，那麼剩下的就是研究忍術的手印了，十二種手印擁有千變萬化的組合方式，但是不能隨便的亂用，因爲你不知道那些隨便使用出來的組合會有什麼樣的效果，也許沒有用處，也許會弄出一個大炸彈出來，這都是沒準的事情，所以佐助的開發需要小心翼翼的，也不知道動漫裡的佐助是怎麼做到的。
佐助的忍術開發遇到了不小的困難，尤其是結印組合這裡的困難很大，十二個手印確實不多，但是組合起來就太困難了，這都不是幾次方的問題了，因爲手印的重複使用讓這個可能無限的放大了，忍術多的手印可以數十個，其中很多是重複使用的，這樣的情況下想要開發新的忍術，首先你需要對手印有足夠的瞭解，但是佐助恰恰忽略了這個問題，一直以來他都沒有深入的研究過這個問題。任何發明創造都是要有基礎的，忍術同樣如此，結印速度自己練的不錯，查克拉的控制也沒有問題，但是手印的具體研究怎麼就忽略了呢？
對於現在的情況佐助陷入了兩難，但是再難也要進行下去的，不然忍術怎麼開發，這種情況是他不能接受的，於是佐助一咬牙決定馬上開始研究手印。首先是查克拉的運行軌跡來說了，讓精神力和細胞中的能量匯聚丹田，應該是丹田吧，然後形成一個頭、足、腹、胸、手再到頭這麼一個循環，流通所經過的經脈這個佐助是知道的，然後是就是單手結印，左手和右手結印的效果不同，分別控制着身體裡面左右兩邊的經脈，佐助不是學中醫的，不過學習醫療忍術的時候他知道了，人體的經脈名稱。手三陰經、手太陰肺經、手厥陰心包經、手少陰心經、手三陽經、手陽明大腸經、手少陽三焦經、手太陽小腸經、足三陰經、足太陰脾經、足厥陰肝經、足少陰腎經、足三陽經、足陽明胃經、足少陽膽經、足太陽膀胱經，這是十二正經的名稱。而手印對應的就是這十二種經脈了，而左右手結印都是這些經脈內查克拉的流動，而不同的手印組合在一起，就是讓這些經脈中的查克拉不停的流動達到的一種效果，你結印的速度越快，那麼產生的效果發生的越快。
根據這個原理佐助再次認真的研究了起來，還有他的過目不忘，研究起來的速度十分的快速，把不同的組合全部記住了，只有這樣他可以在接下來的開發中得心應手。這個工作量有點兒大了，但是佐助不得不去研究，雙手相同的手印是個什麼樣效果，雙手不同的手印是什麼樣的情況，一點兒一點兒的慢慢來，他不怕浪費時間，而且他一次就可以記住這些變化和不同，這給了他新的希望，同樣這種研究更加增強了他查克拉的控制能力，同時一些小發現讓他十分的驚喜，因爲一直以來他都是溫養全身的經脈，這讓他的經脈都十分的堅韌和寬闊，一個手印調動的查克拉可以擴展開了，調動更多經脈中的查克拉，使得忍術的威力可以增強，也可以減小，但是工作量又大了不少。
同時佐助每天把自己的觀察和發現全部的記錄下來，他準備以後弄個宇智波佐助忍法帖，將自己會的東西全部收錄進去，這也算是青史留名了吧？外界的一切都和佐助沒有關係了，他現在成了一個‘科學狂人’，廢寢忘食的研究着。他的做法讓團藏十分的鬱悶，找不到佐助的蹤跡了，雖然他現在可以動用的人手有限，但是也不應該完全找不到的，雲忍村和霧忍村的事件，他都是懷疑的對像，雖然沒有證據，但是懷疑是不需要證據的，所以現在他被盯死了，完全動彈不得，而三代火影完全不管事兒了，就算是團藏去找三代都沒有用處，三代火影直接閉門不見。
而‘根’的成員一部分上交了名單，這些人基本上都是團藏並不看重的，綱手藉着各種的理由開始給他們分配任務，你可以不去，但是馬上就會成爲叛忍，直接殺了你都沒有問題，同時一大批綱手的舊部得到了啓用，自來也的舊部也同樣如此，要知道，他們兩人和大蛇丸曾經都是木葉的指揮官的，大蛇丸都有死忠呢，別說他們兩個了。卡卡西、邁特凱這些上忍們很多都在他們三人麾下戰鬥過的，同時一些家族的現任族長以前也在他們手下幹過，鹿丸的父親鹿久就是其中的代表人物，直接成了綱手的參謀。
同時，綱手藉助佐助的兩次遇襲事件，直接拿下了渦之國的管理權，開始派人去接管了，這裡十分的富足，同時對於木葉的忍者沒有什麼芥蒂，平民很歡迎木葉接管這裡，他們不過是交點稅而已，但是安全得到了充足的保證，木葉直接在這裡設立的基地。渦之國的大名和忍者村已經沒有了，接管這裡沒有絲毫的阻礙，綱手直接下令在這裡建立一個基地，正好隔絕了火之國和水之國，形成了一道海上防線。而且這裡的稅收直接歸到了木葉，而不是火之國的大名，木葉的收入增加了不少，這讓綱手的聲望一時無兩，團藏想要對抗也不可能了。
宇智波佐助並不知道他給木葉帶來的變化，依然沉浸在漫長的研究裡面，很有大蛇丸的風範了，現在佐助知道動漫中爲什麼佐助可以快速的開發忍術了，因爲大蛇丸多年的研究對他的幫助太大了，加上藥師兜這個出色的醫療忍者，想不快都難啊，但是他根本不想去，那裡太噁心了，沒錯，佐助就怕噁心。