“蒼龍丸”號陡然停止了上浮，艇身晃了晃，但仍在快速向後退去，伊東佑直顧不上去擦臉上的血，猛地衝到潛望鏡前，升起了潛望鏡，快速的轉動起來，觀察着周圍的情況。
伊東佑直首先看到“比睿”號和“金剛”號相繼向這邊衝了過來，他立刻將潛望鏡對準了“扶桑”號。
潛望鏡中，“扶桑”號明顯的傾斜了，伊東佑直能夠看到艦體水下進水產生的漩渦將一名落水的政府軍水兵吸走，禁不住長出了一口氣。
他知道，“扶桑”號肯定是完蛋了。
“擊沉敵艦了嗎？長官？”有人興奮的問道。
“敵艦受到了重創，浮不了多久了！”伊東佑直興奮地回答道。
“萬歲！”聽到長官的回答，潛艇裡的水兵們全都興奮的高呼起來。
伊東佑直壓抑住內心的激動，定了定神，開始確定撤退的路線，防止和趕來的已方戰艦碰撞。
在伊東佑直的指揮下，“蒼龍丸”又倒車後退了一會兒，伊東佑直才下令停止倒車，並重新調整了航向，改爲前進的狀態。
確定了航向之後，“蒼龍丸”又開始快速前進，這時伊東佑直感到眼前有些花，似有金星亂閃，他以爲是頭部剛纔受到撞擊產生的結果，沒有在意，可當他看到操縱螺旋槳搖桿的一名水兵突然一頭栽倒，這才發現有些不妙。
“田中，你怎麼樣？”伊東佑直大聲問道。
“我……喘不上氣來！長官……”叫田中的水手聲音微弱的回答道。
伊東佑直這才發現潛艇內部的空氣已然變得分外污濁。他意識到是因爲作戰的勝利讓自己和大家過度興奮，忘記了空氣已經不足，他想起訓練時林逸青的告誡（林逸青其實是吸取了“亨利”號的教訓，當然伊東佑直不會知道），不由得心下暗自慶幸。
“升起通氣管！”伊東佑直看了一下表示潛艇深度的儀表，大聲的下令道。
兩名水兵應聲上前，奮力的搖動橫杆，將通氣管升了起來。驀地，一股清涼的帶着鹹味的氣流涌進了潛艇，讓所有的艇員全都精神爲之一振。
而就在這時。海面上傳來了隆隆的炮聲。
伊東佑直轉動着潛望鏡。立刻便看到“比睿”號炮口噴吐出的火焰。
此時在“比睿”號上，出羽重遠看到一發發炮彈落在“扶桑”號的艦面爆炸，心中激動不已。
這艘政府軍最強大的主力艦，多日以來。一直是他和東鄉平八郎的心頭大患。現在。終於就要毀滅了。
此時因這海水的不斷侵入，“扶桑”號失去了航行能力。緊接而來的場面，是“蒼龍丸”號內的人們很難想象的。“比睿”號和“金剛”號用近距離幾乎百發百中的炮火轟擊着這這艘軍艦，“扶桑”艦的兩座主炮塔因爲艦體傾斜的關係，根本無法開火還擊，只有75毫米舢舨炮和諾典費爾德機關炮在奮力還擊，但抵抗很快便被“比睿”號和“金剛”號強大的炮火粉碎，爲了防止“扶桑”號的兩座威力巨大的主炮塔重新開火，“金剛”號在東鄉平八郎的指揮下不斷的向“扶桑”號剩下的兩座科爾斯炮塔射擊，由於“扶桑”號的艦體不斷的傾斜，“金剛”很輕易的便用炮彈打中了兩座科爾斯炮塔的頂蓬，讓這兩座炮塔失去了作用，接着“扶桑”號的彈藥艙爆炸了，艦體進一步傾斜，艙面一片死寂，只有桅杆之顛的日章旗還在哀傷地飄揚着。
“金剛”號的飛橋之上，西鄉隆盛看着被濃煙和火焰包圍的“扶桑”號，眼中閃過不忍之色。
“敵艦已經沒有抵抗力量了，停止攻擊吧！”西鄉隆盛嘆息了一聲，對東鄉平八郎說道，“叫‘比睿’號也停止攻擊，派人上去看看。”
東鄉平八郎明白西鄉隆盛的心意，立刻下令停火，並升起了信號旗，很快“比睿”號看到了信號，也停止了炮擊。
不久，一艘“比睿”號的蒸汽舢舨靠近了四處起火的“扶桑”號，薩摩海軍軍官山崎少尉帶着幾名水兵爬上了“扶桑”號的舷牆，又順着繩梯上到桅杆頂端，撕下日章旗，升起了一面“十字丸”軍旗。
“這艘該死的船（指‘扶桑’）燒得很利害，根本無法靠過去，而且還冒着煙，我們被裹在煙霧裡面嗆得咳嗽……然而有一段時間我們總算登上了船。那是什麼樣的場面啊！真的，就在這時候，儘管他們行爲卑鄙，我還是很同情這些可憐的敵人……甲板上到處都是屍體，有的人被炮彈打得稀爛，有的被火烤焦，有的被鍋爐破裂被泄出來的蒸汽燙傷……”山崎少尉這樣描述自己看到的景象。
就在薩摩海軍官兵登上“扶桑”號之際，“蒼龍丸”號潛艇也已經駛近了岸邊，在浮出海面之後，此時天色已晚，太陽完全落山，天空一片灰暗，按照事先的約定，“蒼龍丸”號向岸上發出了燈光信號，不多時，一艘蒸汽小艇駛來，將“蒼龍丸”號拖向了碼頭。
“蒼龍丸”號靠上了碼頭，伊東佑直和艇員們從潛艇裡出來，大口的呼吸着外面的新鮮空氣。
“看！那是敵艦吧！”一名艇員指着遠處海面上的火光說道。
“是的。”伊東佑直平靜的點了點頭。
伊東佑直和艇員們上了棧橋，走到岸邊時，赫然發現，林逸青正站在那裡等候他們。
“大家平安歸來！太好了！”林逸青上前，高興的依次拍了拍伊東佑直和艇員們的肩膀，“敵艦完蛋了！你們大家立了大功！”
“我們開創了一個時代，是嗎？將軍？”伊東佑直晃了晃纏着繃帶的腦袋。開心地笑着問道。
“是的！伊東君！”林逸青用力點頭道，“你們開創了水下進攻作戰的新時代！你們創造了奇蹟！將永遠的載入史冊！”
聽到林逸青的嘉勉讚美之言，伊東佑直和幾名艇員竟然激動得流下淚來。
對他們來說，這樣的話，勝過任何的獎勵。
9079年（大乾光旭五年，日本明治十二年）6月13日的大阪灣海戰，最終以“扶桑”號的徹底毀滅拉下了帷幕。
在這場打了整整一天的激烈海戰中，明治政府海軍損失了最後一艘主力鐵甲艦“扶桑”號，此次海戰“扶桑”號共計戰死官兵121人，52人受傷。包括海軍少將井上良馨和艦長坪井航三大佐在內一共117人被俘。而薩摩海軍方面則以損失3艘杆雷艇、1艘杆雷艇重傷、1艘鐵甲艦受損，戰死官兵105人，79人受傷的代價，取得了這場關鍵性的海戰的勝利。
大阪灣海戰對交戰雙方來說都是一場至關重要的戰鬥。因爲如果這場戰鬥薩摩軍失敗了。則海上通路勢必會被截斷。不但海軍喪失了之前的優勢地位，陸軍的行動也將大大受制；而對政府軍來方面說，這場海戰的失敗意味着在這場明治政府孤注一擲的大反擊行動中。陸軍喪失了海軍的支援和掩護，爲之後的全面潰敗埋下了伏筆。
在這場海戰中，交戰雙方都表現出色，薩摩軍方面，爲了擊沉“扶桑”號，採用了多種戰法，在出動了主力鐵甲艦的同時，杆雷艇和潛水艇等新式兵器輪流上陣，並使用漁網纏住了“扶桑”號的螺旋槳，最終得勝，表明薩摩軍戰術新穎，擅長採用新戰法戰鬥；政府軍方面，“扶桑”號以一艦之力不但掃清了薩摩軍的海岸炮臺，還同薩摩海軍兩艘鐵甲艦、四艘杆雷艇和一艘潛艇交戰，並接連擊沉三艘敵軍的杆雷艇，最後雖然在薩摩軍從水面到水下的立體攻擊下失敗，但其官兵作戰之勇敢，炮術之優秀，都給時人留下了深刻的印象，可以說雖敗猶榮。
“扶桑”號的毀滅意味着明治政府海軍徹底失去了制海權，戰爭的主動權掌握在了薩摩軍的手中，而大阪灣海戰的失敗，直接導致了明治政府陸軍在戰場上的潰敗。
在“扶桑”號毀滅的次日，戰敗的消息便已經由逃回的“清輝”、“天城”兩艦傳回了登陸的政府軍（因作戰是在敵軍側後展開，是以名爲“衝背軍”）指揮部當中。“衝背軍”參謀長兒玉源太郎得知後，下令封鎖消息，爲了穩定軍心，他建議繼續進攻，是以6月14日，“衝背軍”的第五、第六旅團便加緊推進，而薩摩軍中的土佐武士部隊探知政府的大隊援軍正在北上，便向參謀本營報告，這引起了參謀本營的高度重視。經過商議，林逸青決定在依那古——青山町一帶佈置防線，阻擊政府軍。青山町地形險要，是西進大阪的必經之道（由於西南戰爭中在此爆發了激烈戰鬥，因而又被稱爲“地獄町”），當時加入大阪隊第一小隊的佐佐友房在《戰袍日記》中講到：“顧青山町爲西山咽喉要道，取則勝，失則敗。兵家所謂必爭之地者也。如往昔山崎之役之天王山，殆是歟。”
薩摩軍的計劃是首先佔領青山町，以此爲前進陣地，14日推進到西河南岸，15日渡河進入青山。然而沒有想到的是，政府軍於15日拂曉搶先進入了青山，並在河岸構築了胸牆。下午四時，雙方爆發了戰鬥。薩摩軍的三個中隊從上游發動攻擊，而佐佐友房所在的部隊則從附近渡河，攻擊當面的政府軍。戰鬥沒有進行多久，就因爲夜幕降臨而暫停。夜間，薩摩軍放棄臨時構築的陣地，退回比土。當日，政府軍戰死325人，傷92人；薩摩軍傷亡近300人。
次日，戰鬥首先在上林一帶爆發。這是由於政府軍第五、第六旅團相繼推進，其一部向上林進發，剩餘部隊分爲兩個集團，第一集團由田邊大佐指揮，第二集團由長谷川大佐指揮，分別向柏木和青山方向進軍。而相對的。薩摩軍投入了在正面的越山休藏指揮的三個中隊，以及大阪守軍的佐佐、深野、杉野諸隊。此外，兒玉強之介率領的三個中隊在西青山之間佈陣。而薩摩軍的主力則開始在依那古附近集結。
田邊大佐的第一集團於凌晨四時開始行動，長谷川大佐的第二集團則於五時三十分開始出動。他們渡過西河，第一集團在田間展開，與越山休藏的三個中隊相對峙；第二集團則在西面的平原上與大阪諸隊相對。正午時分，第五旅團下屬的近衛步兵第一聯隊加入了左翼的第一集團。越山的三個小隊不支，向柏木撤退。政府軍吹着喇叭追擊，津森、高井兩中隊甚至追到伊勢阪一帶。在右翼，大阪隊也在長谷川少佐的第二集團的壓迫下。放棄陣地。逃往伊勢阪。然而下午三時，第六旅團司令長官三浦梧閣少將意外地命令撤退，這讓好不容易纔嚐到勝利滋味的第十四聯隊官兵十分不滿，三浦梧閣少將屢下嚴令。並且許諾明日由十四聯隊擔任先鋒。這才使得十四聯隊後撤。
當日的戰鬥中。十四聯隊戰死249人，傷155人，失蹤72人；近衛第一聯隊死傷共計304人；第五旅團死122人。傷564人。獲勝的也並不輕鬆。
那麼三浦梧閣少將爲何要在形勢有利的情況下下令撤退呢？這大概是由於當日早晨四時三十分山縣有朋發來的一份電報。其中提到，風聞薩摩軍善從後路抄襲，因而要求三浦梧閣少將嚴加防守，尤其要提防薩摩軍的夜襲。
薩摩軍對16日的戰鬥十分不滿，因而決心在17日大舉進攻，一舉攻佔青山。爲此，共投入了第一大隊、第二大隊、第四大隊和第六第七聯合大隊的14箇中隊，約7800人。分爲三個集羣：右翼爲池上四郎率領的三個中隊，自柏木沿出雲川南下，攻擊青山的側後；中央突破隊爲野村忍介的6箇中隊，從城山方面攻擊政府軍；左翼爲村田新八的5箇中隊，從伊勢出發，經明倉後再分爲兩路，一路從出雲川下游的小川向開平原進發，另一路則從德勝寺、平野津從南面進攻青山。《西南戰史》曾這樣記述道：“十七日青山之戰，薩摩軍三路名將，各盡其精銳，一舉決雌雄。”
政府軍偵察隊探知了薩摩軍的動向，於是根據情報，政府軍派出了兩個大隊，以一個大隊守備青山，在其右翼則是近衛步兵一個大隊，以側擊薩摩軍。不知就裡的薩摩軍落入了政府軍精心安排的陷阱中，在渡河時遭到猛烈側擊，頓時陷入混亂，只能由士兵們尋找遮蔽，自行還擊。而政府軍發動了幾次反衝擊，也被薩摩軍擊破。戰鬥進行的非常激烈，《戰袍日記》記載道：“次日，敵軍（政府軍）亦善戰。兩軍吶喊之聲與炮聲混雜，震天動地，硝煙瀰漫，遮蓋天空，日色爲之黯淡。”戰鬥進行到下午，形勢逐漸對政府軍不利。此時第五旅團的黑川通軌少將從北面趕來，他以山炮3門加強第十四聯隊，第十四聯隊乘勢從千葉村的山上發動進攻，與第二大隊和第三大隊從三個方面一起突擊，第六旅團也派出一個大隊繞至薩摩軍左側，截斷了其退路。薩摩軍雖腹背受敵，但仍死戰不退，至六時，林逸青率6箇中隊的薩摩軍來援，政府軍終於不支，全線撤退，青山之戰終以政府軍的失敗而告終。政府軍損失部隊近2000人，而三浦梧閣少將在當日的戰鬥中陣亡，對政府軍來說更是一個沉重打擊。不過，薩摩軍也爲此付出了相當的代價，當日傷亡人數在3000人以上，池上四郎和野村忍介都在戰鬥中受了傷。
青山之戰的意義在於它扭轉了整個戰局的攻守態勢。儘管薩摩軍之前對政府軍“衝背軍”對大阪的攻擊發動的反擊未能取得效果，在青山之戰前，政府軍始終保持着攻勢。而青山之戰後，由於政府軍海軍的失敗，失去了制海權，後緩不能到達，“衝背軍”轉而採取守勢，從此一守再守，再也未能扭轉被動防禦的態勢，直至失敗。然而，此時的薩摩軍距離全面勝利尚遠，在前面等待他們的就是伊勢阪的血戰。
“衝背軍”在青山一戰失利後，退守到伊勢阪、賀田、山川一線，將進攻權讓給了薩摩軍。而薩摩軍也稍事休整，並沒有急於發動進攻。就這樣，這幾天交戰雙方就在相對平靜中渡過。6月22日，黑川少將（因爲三浦少將戰死，因而兩個旅團都暫時由他指揮）決定“將青山屯在的第五、第六旅團分爲本支兩道，明日大舉進擊。”
6月23日，風雨交加。政府軍還在休整，薩摩軍已然兵分兩路冒雨疾進，衝到了政府軍的前沿。