世界上唯一剩下的一男一女兩個人類，開始了探尋人類毀滅，和地球未來的旅途。在那股神秘的聲音的指引下，魯魯修和CC的腳印踏遍了已經被毀滅的世界的每一個角落，將曾經查魯魯沒有找到的遺蹟，全部找了出來。
亞洲三座，歐洲三座，美洲三座，非洲一座，澳大利亞一座！
總共十一做遺蹟神殿，十一扇通往C世界的大門。
但是，魯魯修和CC找到的時候，這些門，已經打不開了。即使結合他們兩人CODE印記，加上那足以移山倒海的能力，也無法驅動這扇大門分毫。但是，魯魯修和CC並非一無所獲，結合從十二座遺蹟得到的信息，魯魯修推測，還有第十二座神殿，也是所有遺蹟的中心。
它的位置，坐落在世界的中心，傳說中的上古文明，亞特蘭蒂斯文明淹沒的太平洋底。
以非人之軀，達成奇蹟的兩人，花費了百年的世界，利用逐漸熟悉的力量，將整個太平洋中心的大海溝從中分開，終於發現了地十二座神殿。
亞特蘭蒂斯文明，曾經的國都，也是最後一處遺蹟！
踏入這座淹沒在海底上萬年的皇城，魯魯修和CC終於抵達了位於古城最中心的總神殿。在這裡，魯魯修和CC終於從遺留在神殿裡那銘刻在牆壁上的壁畫，推知了發生在數萬年前，亞特蘭蒂斯文明，一夜之間消失的謎底。還有魯魯修和CC的CODE印記，以及GEASS，C世界，所有的一切，都在此刻，真相大白。
不錯，無論是C世界，還是CODE，以及這些遺蹟，都是數萬年前，亞特蘭蒂斯文明留下來的遺物。而直到這個時候，魯魯修和CC才最終得知了，人類戰爭，以及毀滅的真相。
毀滅人類的，並不是人類自己，而是……地球，所有生物的母親，生命的起源！
她的名字，叫蓋亞！
數百萬年輕，毀滅橫行地球兩億年的恐龍一族，然後又將極度發到的高等人類文明亞特蘭蒂斯一舉埋進太平洋的，正是地球的抑制力的象徵，蓋亞！
蓋亞不光是抑制力，沒錯，因爲在生命出現之前蓋亞就存在。那時的它沒有要抑制的對象，它的存在是在生命之後，爲了保障生命中某一類的生存而出現的，存在的理由就是爲了抑制所有能威脅靈長類全體存在的人、事、物所以它除了抑制力之外什麼都不是。
數百萬年前，恐龍一族膨脹到極限，已經威脅到了地球上所有的生命。所以，蓋亞召來了一顆隕石，將所有的恐龍滅絕了。
第一次，蓋亞慢慢擁有了自己的意識，也明白了自己的使命。
幾萬年前，靈長類的一隻族羣，三眼族人逐漸擁有了自己的文明，他們自稱亞特蘭蒂斯人，他們的文明，就叫做亞特蘭蒂斯文明。亞特蘭蒂斯人天生擁有強大的力量，能夠行使精神力做到各種匪夷所思的事情。隨着科技的發展，他們漸漸的將研究的對象轉變到自己的身體。
身體的進化，精神的力量，以及最最神秘的靈魂。
這種行爲，觸犯到了生命的禁忌，引起了地球蓋亞意識的注意。但是因爲亞特蘭蒂斯人的研究並沒有威脅到其他生命的存在，而且也沒有造成太大的破壞，所以蓋亞意識只是在暗中監視着亞特蘭蒂斯人的一舉一動，並沒有干涉他們的行爲。
然而，隨着亞特蘭蒂斯人對於靈魂和精神力量越來越深入的研究，他們自身的力量，也變得越來越強大。終於，有一天，亞特蘭蒂斯人的十二位元老，在族人有意識的信仰下，他們的靈魂，得到了進一步的昇華，感應到了天地之間那無所不在的偉大意識。
蓋亞！
循着時光的河流，他們在歷史的長河中，發現了前幾次大滅絕的真相，從而推測出了蓋亞意識的本質。
天地不仁，以萬物爲芻狗，蓋亞意識，會消滅所有，危害到其他生命，破壞生命之間平衡的生物。從這時開始，亞特蘭蒂斯人有了強烈的危機意識，他們全身心的投入到對靈魂力量的研究之中。
生命的禁忌，從此刻被真正打開了。所有的亞特蘭蒂斯人都沉迷在對靈魂和精神力量的研究中。除了十二位先驅元老，其他的亞特蘭蒂斯人也在逐漸升華着自己的靈魂。而同時，被他們信奉的十二位首領，也就是一件完成昇華的十二位元老，他們的力量，也在飛速提升着。
這個時期，是亞特蘭蒂斯文明最爲繁盛的時代。
隨着時間的推移，亞特蘭蒂斯人發現，他們肉體的死亡，並不是他們生命的終結。他們的意識，不僅是在生前，在死後，也依然可以得以保留。每個人從誕生，他們的大腦就在無意識的發送着一種奇異的電波，每個人類的電波雖然各有不同，但是本質，還是一樣的。
亞特蘭蒂斯人以自己高超的科技和對靈魂的瞭解，在世界各地建立了十二座神殿，將這種波有意識的收集了起來，隨着時間的推移，無論是已經死去的人，還是依然活着的，他們的意識和精神，都慢慢的聚集在這十二座神殿之中。
龐大的精神能量，在逐漸成長的過程中，終於影響到了地球的裡世界，打破了物質界通往蓋亞所在的空間的通道。十二座神殿收集的人類精神能量，順着這個通道，聚集融合在了一起，變成了一個意識體。
亞特蘭蒂斯人將這個世界，命名爲C世界，意味通往神靈的世界，所有生命的起源與歸宿之地。而將這個偉大的意識，命名爲——阿賴耶。
十二座神殿，每一座神殿都擁有一位元老坐鎮，負責守護族人的靈魂和意識，以及看守那扇通往C世界的大門。因此，十二位元老，又被稱爲十二守護者。作爲看守通往最終歸宿之地的守門人，他們每個人，眉心的第三隻眼睛都被一種神秘的烙印包圍着。
展翅欲飛的紅色V型印記，圍繞在第三隻眼睛兩側，是唯一能夠打來C世界大門的烙印。那是人類的意識集合，阿賴耶對守門人的祝福，不僅可以讓他們擁有不可思議的力量，同時還能夠獲得永生。
亞特蘭蒂斯人將這個烙印，稱之爲CODE，意爲法則。象徵着生命最後都將依循生命的法則，通過這扇大門，抵達最後的歸宿之地，融入阿賴耶之中。
可惜，在亞特蘭蒂斯人剛剛完成阿賴耶這個意識的構築，正要讓他進化，成爲一個擁有獨立意識的個體的時候，蓋亞發現了亞特蘭蒂斯人的秘密。
沒有像今天對待人類那樣寬和，蓋亞就像對曾經的恐龍一族那樣，直接召喚地球的第二顆衛星，一個月球，朝着亞特蘭蒂斯的皇城砸了下來。將誕生才數百萬年的亞特蘭蒂斯人，連同他們的文明，一起埋葬進了數萬米深的太平洋海底！
而阿賴耶，也就是人類意識共同體，也隨着亞特蘭蒂斯人的滅亡，永遠的也被永久的封印在了C世界之中。那十二位獲得永生的守門人，在自身即將毀滅之時，將各自擁有的CODE，留在了神殿之中，只要有人類進入神殿，獲得CODE的認可，就能夠繼承守門人的烙印，獲得CODE的力量，成爲新的守門人，打開通往C世界的大門。
歷史變遷，滄海桑田，幾萬年過去了。靈長類的另一分支，原始人類再次出現在這顆星球，並且慢慢發展，並且擁有了自己的文明。
直到公元5世紀左右，在古不列顛島，羅馬帝國瓦解之後，一位名爲亞瑟的少年，拔出了傳說中的石中劍，成爲了不列顛的新一代國王。他和麾下的十二位強大的騎士率領不列顛人民奮起反抗，通過十二次戰役最終成功擊退了自北面來的薩克遜入侵。最終在巴頓山之役的交戰中一舉擊潰敵軍，將所有外來入侵者驅逐出不列顛，第一次統一了不列顛羣島。
亞瑟在執政初期，這位年輕的國王對梅林顯露出了強烈的依賴。不列顛迎來了空前的統一和強大。他扶貧濟弱，建立起一個繁盛的王國，騎士精神和最早的騎士的行爲準則就是在這時形成的。
而亞瑟在年輕時選王而拔出的石中劍在與King Pellinore決鬥時因違反騎士精神的戰鬥後斷裂，失去了聖劍的亞瑟王非常悔恨。於是大魔法師梅林指引他來到了聖湖旁。
亞瑟從湖之仙女那裡得到被稱爲“王者之劍”的聖劍Excalibur，此劍在是精靈在阿瓦隆所打造，劍鍔由黃金所鑄、劍柄上鑲有寶石，並因其鋒刃削鐵如泥，故湖夫人以“Excalibur”（即古凱爾特語中“斷鋼”之意）命名之。
之後，亞瑟王就娶了蘇格蘭的格尼薇兒爲王后，作爲嫁妝，王后的父親送給亞瑟王那張著名的圓桌，因爲亞瑟在這個圓桌上和追隨自己的十二位騎士商談國事，所以十二位騎士又被稱爲圓桌騎士。
這個時期，是亞瑟王朝最爲輝煌的時刻，然後，跟父親尤瑟王一樣，亞瑟王也有私生子。比父親更大膽的是，他偷情對象竟然是自己同父異母的姐姐摩根。亞瑟王和這個孩子既是叔侄也是父子，這個私生子就是後來叛亂並使王國最終走向滅亡的莫德雷德。
時間推移，亞瑟王的領土在不斷擴大。傳說，他統治了法蘭西，隨後最終擊潰日漸衰落的羅馬帝國，在羅馬大聖堂接受主教的加冕，這是亞瑟王傳奇生涯中最輝煌的一段日子。之後，亞瑟王的興趣開始轉移到尋找傳說中的寶藏上。他手下的騎士們或出於受命或出於自願，相繼離開都城卡梅洛去尋找傳說中的聖盃，這些人大都有去無回。就這樣，圓桌上的騎士越來越少，強大的帝國開始走下坡路。
這時，圓桌騎士，同時也是亞瑟王的第一位騎士——蘭斯洛特爵士與王后格尼薇兒的私情被曝光。傳說蘭斯洛特還是嬰兒時由於父親過世而被棄置湖邊，被湖中的仙女養大，因而也被稱爲“湖上騎士”。他行俠仗義、個性溫柔體貼、善於與女性相處，不僅在亞瑟王的圓桌上很受支持，在整個王國內都有很好的口碑。所以他也被稱爲亞瑟王的第一騎士。亞瑟王對蘭斯洛特信賴有加，任命他爲王后桂妮維亞的守護騎士。
所以得知蘭斯洛特與桂妮維亞有私情後亞瑟王非常憤怒。然而蘭斯洛特與桂妮維亞是私情而非通姦，也就是單純的兩人互相吸引互相欽慕的“柏拉圖式”精神戀愛，並不涉及肉體慾望。根據當時的基督教道德標準，男性不得對愛人的“精神外遇”懷有嫉妒之心。因此亞瑟王沒有辦法公開殺死蘭斯洛特，否則就會受到輿論譴責。
於是當這兩人在森林裡幽會的時候亞瑟王派出十二名騎士前去暗殺，卻被蘭斯洛特盡數殺死。蘭斯洛特逃脫，桂妮維亞則被亞瑟王處以火刑。然而對王后一往情深的蘭斯洛特與戰友強襲處刑場，硬生生劫走桂妮維亞，兩人渡海逃往法蘭西。
雖然其後經過教皇的調解，迫於騎士的榮譽，蘭斯洛特交還了格尼薇兒，但故事並未到此結束。另一位著名的圓桌騎士，亞瑟王的外甥高文，他的兄弟在阻止蘭斯洛特劫走桂妮維亞時被蘭斯洛特所殺。亞瑟王本來就對王后被拐的恥辱耿耿於懷，加之高文慫恿，終於決定親征法蘭西。
就是這次征討蘭斯洛特給了莫德雷德篡位的良機。親征法蘭西的亞瑟王留下高文和侄子莫德雷德管理王國。莫德雷德意識到這是千載難逢的良機，他從Wallingford的武器庫裡偷走了名劍Clarento並發動叛亂，在全城散播謠言說國王已戰死的謠言，並欲強娶格尼薇兒。亞瑟王聞訊後，急忙趕回不列顛，在雙方進行對策和談時，有一條蛇悄悄爬到了一位騎士身上，那騎士拔劍欲把蛇給斬斷，於是印證着一場血腥的戰爭隨之爆發。
在卡姆蘭（又譯劍欄）戰役中，雙方軍隊血流成河兩敗俱傷。
亞瑟王最終用聖劍Excalibur殺死了莫德雷德，而自己也受到莫德雷德的致命一擊，身邊只剩下一名騎士貝狄威爾。
亞瑟要求貝狄威爾將Excalibur投入湖中，貝狄威爾知道捨棄王者之劍即表示王將逝去；他兩次去到湖邊都未能下定決心，回去向亞瑟王謊稱劍已丟入湖中。但都因未能正確描述劍被湖中妖女收回的景象而被亞瑟識破。第三次貝狄威爾終於狠下心來將王者之劍投向湖心，這時湖中伸出女人的手接住了劍柄，隨後沉入湖中。聽完貝狄威爾回報所見後，亞瑟與世長辭。他的墓誌銘爲：“Hic jacet Arthurus Rex quondam Rexque futurus（永恆之王亞瑟長眠此處）。”
而傳說中，瀕死的亞瑟王被三位神秘的仙女用船載向Avalon（阿瓦隆），傳說他最終葬在那裡，而人民都相信亞瑟王並未死去，他會再度回來拯救世人。
因爲格尼薇兒從嫁給亞瑟王開始，容貌就一直沒有改變，加上正是因爲格尼薇兒和蘭斯洛特的事情，纔會引起亞瑟王的憤怒，並最終讓傳奇國度亞瑟王朝覆滅。所以期盼亞瑟王的人們，將魔女之名冠于格尼薇兒頭上。
被所有國民詛咒的魔女格尼薇兒，孤身一人在聖湖邊建立了一所修道院，成爲了一個修女。
在歷史的長河中，魯魯修和CC透過阿賴耶識的記憶，看到了看到了CODE的最初起源。格尼薇兒，就是收養了戰爭中的孤兒CC，最後將CODE印記交給她的修女。
湖中仙女，就是格尼薇兒自己，她送給亞瑟王的，並不是傳說之劍Excalibur，而是CODE賦予的人類之王，GEASS的力量。
至於所謂的阿瓦隆，王者的沉眠之地，永遠的理想鄉，根本就是人類的最終歸宿，C世界。
魯魯修和CC猜測，格尼薇兒，應該是發現了一處亞特蘭蒂斯人的神殿，並且意外的得到了守門人的傳承，獲得了CODE印記的力量。
不列顛的歷史，在數千年，就已經和CODE有了不解之緣。而VV，應該也是同樣，從某種古老的途徑得知了神殿的存在，然後和千年前的格尼薇兒一樣，得到了守門人的傳承，獲得了CODE印記。
十二座神殿，總共有十二個CODE印記。但是，魯魯修的，是第十三個，在C世界的時候，魯魯修通過人類之王的力量，解脫了被封印在C世界中的人類意識共同體，從而得到了阿賴耶識的認可，得到了CODE印記。
到這裡，以魯魯修和CC的智商，已經足以猜到後面發生的事情了，阿賴耶識在C世界中消散，蓋亞再次迴歸，並且發動了對人類的毀滅行動。因爲曾經揹負了全世界人類的詛咒的魔王，但是其實卻是暗中拯救了世界的救世主的魯魯修，已經獲得了CODE的印記，成爲了人類之王的存在。所以，在人類滅亡後，那些得知了真相的人類意識們，再次匯聚在十二座神殿，結合了亞特蘭蒂斯人和現代人類所有的意識和靈魂的力量，阿賴耶，再次重生了。
並且指引着魯魯修尋找出了人類滅亡的真相，以及埋葬在時間長河中的歷史。
他們不甘心死亡，不甘心消失在這個世界。他們，想要再次得到魯魯修的拯救。因爲，他是他們的王，所有人類共同的王。
魯魯修和CC，是擁有CODE印記，被阿賴耶認可的王和後。除非阿賴耶徹底消失，不然，人類之王和王后，他們永遠都不會死亡。而且，被所有人類信仰的王和後，他們的力量，比曾經的亞特蘭蒂斯的十二位守門人，還要強大。
因爲，自從人類誕生以來，所有生命的意識，全部都凝聚在這裡。他們是王的子民，他們的精神，他們的靈魂，都是屬於王的所有物。在無數意識的期盼下，王，是無所不能的。魯魯修和CC的力量，其實正是無數意識信仰的具象化。
而那些呼喚，其實是無數生命最後不屈的信念，在乞求着王再一次拯救他們，改變人類滅亡的歷史。
這裡，曾經是亞特蘭蒂斯文明最後的神殿，他們還沒有完成的，最後唯一可以改變他們命運的“武器”。而此時，卻成了魯魯修挽救人類，改變歷史的唯一希望。
集合了亞特蘭蒂斯人和現代人所有信仰和靈魂，即使沒有意識，阿賴耶也足以和蓋亞對抗，可惜，這個時候，已經太晚了。魯魯修和CC，他們之間，根本無法生育。所以，現在，該做的事情只有一個。
那就是，利用聚聚了所有人類的力量的阿賴耶，打破時空，回到人類沒有滅亡之前，改變歷史，避免末日戰爭的爆發。
從踏入這個神殿開始，魯魯修和CC就知道了。
因爲這是集合了所有人類的意識，想出的，唯一能夠拯救人類的方法。也是曾經，亞特蘭蒂斯人，沒有完成的事業。
以此時阿賴耶足以對抗蓋亞意識的力量，加上魯魯修和CC兩人的CODE以及散佈在世界各地還沒有聚集過來的那些人類最後的意念，打破時空法則，將一份記憶或者意識，傳到過去，並不是不可能的事情。
也許只是一個靈魂，一個意識，甚至一段話，一個字。但是，卻足以撥動過去的歷史，在蝴蝶效應的作用下，改變人類滅亡的結局。
就像當初，如果魯魯修知道自己放棄統治世界，反而會讓人類滅亡一樣，他是絕不會自編自導那場魔王隕落的鬧劇。
滿臉自嘲的魯魯修，站在了神殿的大門前，那座荒廢了數萬年的祭壇上。沉寂了數萬年的所在，今天終於引來了變化。
“魯魯修，你決定了嗎？就是你回到過去，也見失去自己的記憶，只會保留最原始的意識！歷史即使發生變化，也未必會朝我們希望的方向改變！但是你我，將會永遠的消失在這個世界！”
“當然了，CC，我們之所以站在這裡，不就是爲了改變歷史嗎！做了，未必會改變，但是不做，卻一定不會改變！”
魯魯修撩起CC一縷髮絲，輕輕的摩挲着自己的臉龐，堅定的回道。
“消失和死亡並不是一切的終結，只是變化的一種！而現在，我需要這種變化，CC，讓我們，在過去相會吧！”
“我知道了！”
從魯魯修的眼睛裡，CC看到是一片堅定，這個時候，她已經知道魯魯修的決心了。既然王要做，作爲後，也將義無反顧的支持。
但是再次之前，CC將會送給王最後一個忠告，同時，也是最後可能，讓變化朝着他們有利的方向前進的話。
“魯魯修，去吧，去挽回曾經的悲劇，成爲真正的世界主宰，人類之王！得到你想得到的一切，所有的慾望，所有的渴求，所有的期待，不要在意世俗的眼光，不要放棄任何一個希望，去追求，去佔有，去侵犯，去掠奪！”
CC雙手捧着魯魯修的臉，將自己的嘴脣送了上去。
“這個世界，所有的一切，都是你的！吾王！”
如果魯魯修擁有佔有一切，掠奪一切的野心，那麼，曾經的悲劇，根本就不會發生。因爲，作爲人類之王的魯魯修，絕不會讓自己的僕人，被蓋亞毀滅。
成爲魔王，揹負蓋亞對全人類的詛咒，將是他唯一能夠拯救人類的方法。
耀眼的光芒，從整個神殿的核心散發出來，無數的靈魂，無數的意識，從四面八方，這顆已經死去的星球的各個角落，飛了出來，朝着同一個地方，匯聚在一起，凝聚在魯魯修的正上方。
一顆深邃的空洞，正在形成。
“魯魯修，一定要成功啊！”
CC的脣邊留下這最後一句話，在所有的光芒全部消失後，也化作了一個虛影，慢慢的和魯魯修融合在了一起。
“我一定會成功的，CC！”
魯魯修感受着嘴脣上還沒有消失的溫度，看着已經空無一物的雙手，眼睛深處，換上了一片堅定。
CC！娜娜莉！卡蓮！尤菲！夏莉……
我回來了！
擡起頭，魯魯修仰望着上方那顆聚合了地球所有人類的意識打開的時空隧道，身體也逐漸化成了一陣光點，然後被隧道中心的那個漩渦，吸了進去。
皇曆2000年12月5日，隨着神聖布尼塔尼亞帝國白羊宮傳出的一聲嬰兒的哭聲，皇妃瑪麗安娜·VI·布里塔尼亞誕下了帝國皇帝的第十三個兒子，賜名爲——魯魯修·VI·布里塔尼亞！