外人根本不知道神盾局是個多麼龐大的組織。
神盾局特工學院總部；
神盾局科技研發總部；
神盾局戰爭武器研發部；
神盾局高級監管委員會；
神盾局公關形象策略發展部；
神盾局信息資源管理分局；
神盾局國際空間站；
神盾局外太空遙感探測站；
除了華盛頓的三曲翼總部，以上這些都是神盾局在數十年間設立的各種部門，它們互相協作，監控着世界每個角落的一舉一動。
神盾局分裂後，開始和九頭蛇互相征伐，世界安全理事會已經宣佈兩者皆是非法組織。
這還不算，美國軍方開始通緝神盾局和已經暴露的九頭蛇成員，九頭蛇幾大派系之間也開始吞併整合。
自從亞歷山大.皮爾斯的洞察計劃陰謀破產後，他的遺留下來的資源被另外三個最大的九頭蛇勢力瓜分。
這三個派系是丹尼爾.懷特霍爾（沃納.萊因哈特）領導的一派，吉迪恩.馬利克領導的一派，還有東歐的沃爾夫.馮.斯特拉克男爵一派。
懷特霍爾一直研究方尖碑和異人族，馬利克研究超空間巨石，夢想能迎回九頭蛇始祖，斯特拉克男爵最近比較低調，不知道在策劃什麼。
這三派歲同屬九頭蛇，但互不統領，各自爲政。而且因爲爭奪皮爾斯留下的資源，還摩擦不斷。
總之，全世界都亂了套，殃及了無數無辜民衆。
忠誠於神盾局的特工們不得不轉入地下，繼續與九頭蛇進行戰鬥。
弗瑞最終將工具箱交給了菲爾.科爾森，讓他重建神盾局。他和希爾則轉入了地下，不知道策劃着什麼。
這艘本該在神盾局陷落後失蹤的空天母艦—阿賈克斯號，被天網系統持續不斷地搜尋下，終於露出了身影。
黛西立刻將消息報告給了副局長維多利亞.漢德。
漢德又將消息轉告給了科爾森，勢單力薄的科爾森立刻懇求天劍局能給他一些技術支援。
維多利亞有些爲難，天劍局的力量幾乎都投入到香格里拉計劃當中，留守地球的只有一艘守衛超空間接收裝置的護衛艦和一些附屬的新星戰機。
而且，天劍局是一個與外星高級文明聯合協作的組織，如果過多的參與地球內部的紛爭，會給那些極端保守勢力授以口實。
自從紐約之戰後，地球很多普通民衆受到了無妄之災，失去了家人或者一切。
這些不明真相的人，在某些政客的煽動下，將一切罪責歸到了外星文明身上。
這些人經常組織遊行示威，高舉“滾出地球！”的口號。
不過，漢德和科爾森在神盾局的時代，兩人關係還算不錯，現在神盾局面臨解體，作爲統一戰線的戰友，不幫忙顯得有些過意不去。
於是，漢德將黛西.約翰遜和格蘭特.沃德派了過去，幫助科爾森奪取母艦。
原本他們計劃是這樣的，梅琳達.梅駕駛着隱身狀態的空中巴士，悄悄靠近被九頭蛇控制的阿賈克斯號。
然後，黛西和沃德身上裝備着可以隱身的二代戰衣，他們去中央機房，先奪取母艦控制權，然後芭比，亨特分別帶上一組人，清剿船上的頑抗分子。
只是沒想到，這艘船在九頭蛇手裡進行了改造，反隱形能力大大提高。
懸停在母艦上方的空中巴士被九頭蛇發現，結果，隱秘行動變成了強攻。多虧了先上艦的黛西解除了母艦的武器控制，不然空中巴士早就被擊落了。
“這該死的光量子智腦，九頭蛇怎麼搞到的！”
看到女友不停抱怨，警戒四周的沃德笑了一聲，說道：“往好處想，如果你能搞定這個，那麼等於你是一個人就完成了西塔規程！”
“謝謝你的信任！再有30秒。。”
“趴下！”
沒等黛西說完，沃德猛地一把將她按低下來，擡手就是三發點射。
“呯！呯！呯！”
“噗通！”
一個想衝進來的九頭蛇士兵倒在了地上。
“呼！謝了！親愛的！”
“不客。。嗚！”
沒等沃德說完，黛西摟住他就是一個Kiss。其實兩人裝備的都是天劍局自己設計的新一代戰衣，小口徑槍械根本造成不了傷害。
“你們到底搞定沒。。”
蘭斯.亨特衝進機房，正好看到辣眼睛的一幕，頓時無語了。
我和芭比在外面和九頭蛇交火，你們兩口子躲在這裡卿卿我我。。。MMP！
黛西一把推開了沃德，略顯尷尬。
“嘀~嘀！”
這時候，黛西腕部的虛擬屏幕發出了聲音，自動解碼程序已經破解了母艦的中央處理器。
“所有人戴上防毒面具！”沃德大聲向聯絡器中發出了命令。
空中巴士，控制室內，一名漢德支援過來的天劍局技術官，關閉了母艦的所有艙室，將芭比放置在中央空調的催眠氣體灌入船體內部。
那些負隅頑抗的九頭蛇猝不及防，紛紛中招，昏倒在地。
“已經搞定了！科爾森長官！”
“做的好！上尉，將母艦降落到阿拉斯加基地。”科爾森拍了拍這名叫漢森的技術官。
神盾局被宣佈爲非法組織，神盾局學院也隨之關閉，那些還未畢業的學員們各奔東西，誰都不願意再趟這渾水。
科爾森招攬人才是難上加難。
還好有些忠於神盾局的成員們被他組織到了一起，纔有了與九頭蛇對抗的資本。
不過，艾拉將黛西，科學二人組都挖到了天劍局，導致科爾森手下的技術人才極度缺乏。
要不是黛西過來支援，奪取阿賈克斯號，根本就不可能實現。
“裡面的俘虜怎麼辦？”漢森問道。
“將他們都丟到東海岸海軍司令部，通知格倫.塔爾伯特少將，讓他接收處理吧！”
“收到，長官！”
黛西一行人控制着阿賈克斯號飛向阿拉斯加秘密基地，科爾森將那些昏迷不醒的俘虜全都扔在了匡梯柯基地附近。
基地副司令格倫.塔爾伯特收到科爾森的電話，立刻帶上部隊，將捆成糉子一樣的九頭蛇們全部抓獲。
白撿一個大功勞的塔爾伯特少將投桃報李，對神盾局可能奪取了一艘戰力強大的空天母艦隻字未提。