1954年，米國在一次核武器實驗中，意外喚醒了一隻具有超強破壞力的巨獸——哥斯拉！
面對如此龐然大物，常規武器根本沒有效果，爲了將其消滅，米國動用了核彈。
然而最後僅能使哥斯拉沉睡於太平洋深處。
此後各國便聯合展開所謂了“帝王計劃”，以研究徹底消滅怪獸之方法。
1973年，蘇墨青召喚出哥斯拉後，更是堅定了某些人執行“帝王計劃”的決心。
不過史前巨獸數量稀少，要找到活物研究，並不是一件容易的事情。
直到1999年，菲律賓某礦區發生地震，參與“帝王計劃”的學者芹澤市朗前往調查。
在陷坑中發現了蟲形怪獸“穆託”的石化卵囊，然後軍方秘密將其帶回研究。
轉眼數年，一羣科學家圍繞着穆託的蛹進行研究。
原本蛹內的穆託，一直以來都沒有生命跡象，但不知爲何，最近穆託卻產生了生命撥波動，並且頻率越來越頻繁。
主管芹澤擔心出現穆託復活，於是啓動電網，意圖殺死穆託，然而他失敗了！
原來穆託一直在吸收廢棄核電站的放射性能量，待到蓄積到足夠的能量後，便發動【電磁脈衝】癱瘓了研究所內的電子設備，破繭而出。
一頭怪獸，誰能料到對方有如此的智慧。
於是乎，米國軍方又一次成功給自己製造出了巨大的危機。
“昂~”
夜空中，恐怖的嘶鳴聲響徹天地，只見穆託扇動雙翼，行走之間，許多設備發生爆炸，掀起十數米高的火焰，許多工作人員直接被火焰焚燒致死。
火光中，穆託的身形展現在那些倖存下來的研究所工作人員眼中。
穆託與哥斯拉屬於同一時代的怪物，以放射性能量爲食。
同時也將卵寄生在哥斯拉身上，讓卵吸食哥斯拉體內的能量，藉以快速孵化，然後誕生更多穆託，所以哥斯拉與穆託從遠古時期開始，一見面就不死不休。
穆託分爲雄性和雌性。
相較而言，雌性穆託的體型較大，而雄性穆託體積較小，但卻擁有飛行能力。
眼前的便是一頭雄性穆託，它長着三角形的頭和顎、散發紅色的眼睛，有兩對好似翼龍羽翼的巨大前肢，胸部上也長着一堆相對較爲短小的副腕，外形風格接近昆蟲，高約50米，展翼約260多米。
這隻雄性穆託剛剛從沉睡中醒來，有些起牀氣，敲打着周圍的一切。
人類的體積對穆託而言太過渺小，曬牙縫都不夠，所以穆託也沒有吃人的打算。
肆無忌憚的破壞一陣後，穆託吸收了廢棄核電站殘餘的放射性能量，便雙翅一振，向着太平洋彼端而去。
當穆託飛躍過太平洋的一片海域時，深達萬米的海溝中，一雙金色的巨大獸瞳猛然睜開。
多年前被米國核彈擊沉的哥斯拉，感應到穆託身上厭惡的氣息，從沉思中醒來。
與蘇墨青的哥斯拉有所不同，這頭哥斯拉爲棲息於二疊紀的巨大生物，是當時處於生態系頂點的種族的末裔。
體內擁有原子爐一樣的器官，可以自行生成巨大的熱能。
在二疊紀生物大滅絕之際，哥斯拉藏到地底下，得以逃過一劫。
原本哥斯拉一直沉睡在太平洋的海底，可是由於現代的核試驗過於頻繁，導致地表放射能濃度上升，於是再次來到地上活動。
結果剛冒頭，就被米國一顆核彈又炸暈了過去！
這頭哥斯拉，高約108米，首尾長度大概317米，重量約9萬噸。
本來哥斯拉也不想搞事情，只想安安靜靜在太平洋底當個快樂肥宅獸。
可哥斯拉與穆託之間仇深似海，不搞死對方，心裡就不舒服，所以它尾隨着雄性穆託的氣息，開始遊動。
哥斯拉在海中游動，不容易被察覺，可是穆託大搖大擺的橫衝直撞，自然逃不過衛星雷達的掃描。
神盾局總部。
希爾特工快步走到尼克弗瑞的辦公室：“長官，一隻巨型怪獸正向米國飛來，速度很，快預計半個小時後，就會抵達夏威夷海岸。”
“巨型怪獸，還會飛，從哪冒出來的？”
尼克弗瑞負手而立，眉頭深鎖，最近糟心事比較多，雷神事件纔過去沒多久，國務會那些高層吵得不可開交，現在有冒出一頭飛行巨獸。
可是職責所在，事情該辦還是得辦。
“根據軍方提供的資料顯示，這頭飛行巨獸名叫穆託，是二疊紀時期的生物，本來被安置在島國一間廢棄核電站中，由帝王組織的人員負責研究，卻不料今天穆託突然醒來……該怪獸有電磁脈衝的能力，可以破壞大部分電路儀器，上限未知.....”希爾將知道的重要信息一一道來。
尼克弗瑞作爲神盾局局長，自然知道帝王計劃，但並不是很瞭解，因爲他們的分工不同。
從希爾述說的情報來看，這種怪獸很早以前就存在地球上，甚至比恐龍更早，以放射性能量爲食，普通武器根本對付不了！
尼克弗瑞問道：“能確認它的目標在哪嗎？”
希爾說道：“根據穆託的飛行軌跡和生物特性，它的目標應該是夏威夷的核燃料工廠，目前軍方的人已經展開了行動，很有可能會動用戰術核彈！”
夏威夷海域。
夜色之中，暗波涌動，二十六艘鋼鐵戰艦在海面形成一道防線。
主艦的作戰指揮室中，看着雷達上顯示的紅點越來越近，負責此次戰鬥的湯姆將軍表情肅穆，下達命令。
“一旦目標進入射程，立即發動攻擊。”
在湯姆將軍的命令下，戰艦上的軍人都準備起來，諸多炮口開始調整方位，齊齊對準一個方向。
百里之外的海域上，穆託巨大的身影以極快的速度掠過，帶起一片狂風呼嘯。
朦朧的月色下，穆託黝黑的甲冑，反射出金屬般的光澤，猩紅的雙眼冷漠無情，絲毫不知前方的狀況。
“攻擊。”
隨着湯姆將軍一聲令下，萬炮齊發。
“轟轟轟————.”
霎時間，炮火連天，無數炮彈、導彈在夜空中星火迸射，極速飛射向穆託。
劇烈的爆炸聲中，穆託發出刺耳的哀鳴，猩紅瞳孔中透露出兇殘的殺意，它表皮不但厚，而且非常堅韌，能抵禦突擊步槍、導彈、艦炮射擊等。
戰艦的火力雖強，可是並不能對他造成致命傷害。
“昂~”
隨着一聲怒吼，穆託的爪子中放出強力的【電磁脈衝】，那些飛射而來的導彈、炮彈直接被衝擊波引爆。