庫福爾抓住科奎拉，倒是一件比較傳奇的事情，傳奇得讓在場的人有些受不了，特別是李大憨，更是鬱悶無比，自己辛辛苦苦攻下馬尼拉總督府，反倒便宜了庫福爾這個西洋鬼子。
鬱悶歸鬱悶，反正科奎拉是抓回來了，這個屠殺華人的劊子手，他將得到大明政府的公正審判。
葉思文來到科奎拉的面前，上下打量了一下這個四十多歲的西班牙人，問道：“你就是科奎拉？”
通譯把葉思文的問題翻譯了之後，科奎拉整理了一下衣服，道：“我就是科奎拉，你又是什麼人？”
通譯向葉思文翻譯了科奎拉的問題，葉思文示意通譯，實話實說。
通譯回過頭，驕傲的答道：“這位就是我們大明的虎威侯葉侯爺，這次討伐你們西班牙人的統帥！”
“不可能！”科奎拉聽說眼前這個年輕的不像話的人居然是一位侯爵大人，還是此次討伐菲律賓的統帥，簡直就要抓狂了，他科奎拉奮鬥這麼多年，從一個小小的軍校畢業生幹起，一直幹到四十多歲，才混了一個海軍少將、菲律賓總督，而眼前這個年輕人，年齡不過三十，居然就是侯爵了，這讓一向自視甚高的科奎拉情何以堪？
更讓科奎拉鬱悶的是，他居然成了這個年輕侯爺的階下囚，想他科奎拉縱橫沙場二十幾年，何曾想過會成爲一個年輕人的俘虜？
“你的爵位是世襲的嗎？”科奎拉有些不服氣的問。
通譯怒斥道：“閉上你的鳥嘴，我們侯爺的爵位是一刀一槍拼出來的，絕對沒有靠半點祖蔭！”
面對答案，科奎拉沉默了。
看着沉默的科奎拉，葉思文用生硬的西班牙語問道：“科奎拉先生，是不是你組織和參與了屠殺華人的運動？你爲什麼要這樣做？”
這句話，是葉思文從庫福爾哪裡學的，學習的目的就是當場質問菲律賓總督科奎拉。
科奎拉當然不會承認自己組織和參與了屠殺華人，他辯解道：“不，侯爵大人，我沒有屠殺華人，我只是在平定華人的叛亂而已，侯爵大人，你知道他們幹了什麼嗎？他們衝擊了馬尼拉的總督府，他們在叛亂，當然，我們西班牙人在平叛的時候可能傷及了一些無辜的平民，這不是我們想要的，這是戰爭的必然。”
科奎拉的辯解冠冕堂皇，但是他冠冕堂皇的辯解在血淋淋事實面前，顯得是如此的蒼白無力。
面對科奎拉的辯解，葉思文淡淡的笑了笑，道：“科奎拉先生，你有沒有組織和參與屠殺華人，你我說了都不算，自然會有我們大明的官員對你進行公審。”
葉思文說完，大手一揮，命人把科奎拉押了下去。
之後，葉思文正式帶着大明的官員住進了馬尼拉總督府，大明正式佔領了馬尼拉。
大明軍隊佔領了馬尼拉，並不代表大明軍隊佔領了整個呂宋島，呂宋島的北部城市拉瓦格和南部城市黎牙實比都有西班牙駐軍，還有呂宋周邊的一些島嶼，都有西班牙人的據點，一天不除，一天是禍患，這些據點，需要一個個的拔出，大明在呂宋的統治纔會安穩。
在葉思文眼中，只要能用軍事解決的問題，都不是問題，進入總督府之後，葉思文即刻下令，威遠軍兵分兩路，一路向北掃蕩，一面向南掃蕩，一路上，無論是當地土著還是西班牙人，只要敢抵抗，一律槍斃。
軍事問題好處理，政治問題就有些棘手了。
馬尼拉西班牙富人的處理問題，呂宋土著問題，當地華人問題，千頭萬緒，就連強悍無比的葉思文也感到頭疼。
不過還好，有趙文昌帶領的參謀團在葉思文左右幫襯，他們很快就把要乾的事情一件一件的列出來，然後一件一件的解決。
第一件事，當然是爲當地死難的一萬多華人報仇。
葉思文下令，抓捕當地參與了屠殺華人的土著，至於參與屠殺的西班牙軍人，在馬尼拉港口攻防戰和馬尼拉城攻防戰中幾乎全部戰死，碩果僅存的幾十個西班牙軍人也被俘虜，只需要拉上公堂審判就行了。
由於不知道哪些土著參與了屠華事件，所以葉思文下令，無論是否參與屠華，凡是馬尼拉周邊的土著，都有嫌疑，無論男女，無論老少，都要抓來審問。
於是，一場大追捕開始了，馬尼拉周圍成千上萬的土著被抓捕，由於抓捕的土著太多，馬尼拉警察局的牢房都不夠用了，葉思文不得不下令把土著關押進了原西班牙軍人的營房。
當然也有那機靈的土著，見勢不妙，立刻腳底抹油開溜，學習當初華人，跑進了馬尼拉周圍的森林裡，不過他們忘了，華人們對森林也是熟悉無比，很快他們便如山老鼠一般，一個接一個的被趙輝組織的華人兵團揪了出來。
幾天之後，馬尼拉周邊的土著全部被捕，即使有漏網之魚，也無關緊要了。
接下來，大明政府對土著進行了公審和判決，土著的犯罪等級被分爲三級，第一級，組織參與屠華搶劫；第二級，參與屠華搶劫；第三級，參與屠華者的家屬。
經過馬尼拉當地華人公正的指正，一級罪犯一共有四十三人，二級罪犯一萬多人，三級罪犯三萬多人，這幾乎是馬尼拉周圍所有的土著，因爲馬尼拉周圍的土著都參與了屠殺。
亂世須用重典，呂宋就是一個非常混亂的地方，西班牙人、土著、華人三種勢力錯中複雜，特別是愚昧無知且膽大包天的土著，更是社會的不安定因素，所以大明想要長期統治呂宋，就必須先把土著威懾住。
在葉思文的授意下，大明政府對四十三名一級罪犯的處理方法只有一個——凌遲處死，只有這種極其恐怖的處死方法，才能在土著的心裡留下恐怖的種子，讓他們以後一動壞腦筋，就想起這些被凌遲的同類。
不過凌遲是個技術活，放眼呂宋，放眼葉思文的軍中，沒有人能勝任這份工作，沒有人，葉思文不怕，他修書一封，朱由檢立刻給他派了二十個可以執行凌遲的劊子手。
本來二級罪犯也是要全部處死的，但是人太多了，一萬多人，殺了影響不好，不符合葉思文一貫以來的溫和形象，所以在葉思文的授意下，一萬人中，每一百人中挑出一個代表，代表什麼？當然是代筆大家去死！
這種挑選方法，沒有規律可行，誰倒黴誰上，挑出來的一百個土著，也只能怪他們的運氣不好，代人受過了。
至於剩餘的二級犯罪，葉思文給他們取了一個很好聽的名字——終身監禁勞改犯，他們將承擔馬尼拉港和馬尼拉城的重建任務，說不定他們還會承擔呂宋島其他的地方的建設任務，最後，他們有可能死在工地上，有可能死在礦山裡，誰知道呢？
這就是代價，頭腦一時發熱的代價，有因必有果，土著既然敢屠殺華人，就應該有被反倒清算的覺悟。
最後犯罪行爲最輕的三級罪犯，給他們的宣判是，有期勞改二十年，也就是說，他們只要能免費給大明幹上二十年苦力，他們就可以重新獲得自由，至於他們能不能活過二十年，還真是個未知數。
爲了顯示大明皇帝朱由檢的仁慈，也同時顯示葉思文的仁慈，其中還是有免罰條款的，土著男子十二歲以下、六十歲以上免責，土著女子十四歲以下、五十五歲以上免責，其餘人，一個都跑不掉，即使現在跑掉了，以後也會被揪出來。
處理了土著人，葉思文又開始處置當地的西班牙人，以科奎拉爲首的西班牙軍人並沒有得到審判，他們乃是整個屠華事件的策劃者和參與者，他們將會被押回大明本土接受審判，其實這也就是葉思文的一句話，他要利用科奎拉這些人，和西班牙政府談判。
處置西班牙人，最主要的還是處置呂宋當地的西班牙富人，文明的西班牙紳士雖然沒有參與屠殺，但是他們有見死不救的罪過，也有沒有阻止科奎拉的罪過，所以葉大侯爺也要對他們進行處罰。
對於西班牙富人，沒啥好說的，直接沒收財產，然後把他們趕上一艘開往西方的商船，送他們回家，不過，仁慈的葉侯爺也沒有把西班牙富人往死裡坑，他還是給了西班牙人留了一點車馬費，十兩銀子，愛要不要。
接到葉侯爺的十兩銀子，西班牙富人都哭了，往昔的腰纏萬貫已成浮雲，只餘十兩銀子回家，這讓當慣了富人的西班牙人情何以堪？
自此，土著殺的被殺，服刑的服刑，留下來的，不過是一些老弱婦孺罷了，而西班牙人，基本上被趕出了馬尼拉。
葉思文在馬尼拉執行的政策，讓馬尼拉的社會構成產生了劇烈的變化，以前高高在上的西班牙人被趕跑了，二等公民被拉去幹苦力了，而地位最低的華人，現在翻身當了主人，成爲了馬尼拉的核心力量。
現在在馬尼拉的大街上，行走的基本上都是華人，要不是當地的華人，要不就是大明的將士；土著們寒蟬若驚，一個個躲在家裡不敢出來；至於西方人，更是少見，除了和葉思文有約定的荷蘭人，還暫時沒有西方人敢登上馬尼拉的土地。