四月十三日，國民黨人在張園爲宋教仁舉行盛大的追悼會，當天到場人數近兩萬。
衆多輓聯中，黃興所寫的一副特別顯眼：前年殺吳祿貞，去年殺張振武，今年又殺宋教仁；你說是應桂馨，他說是洪述祖，我說確是袁世凱。
當天，黃興因病未出席。
同樣未出席的孫中山也送來一副輓聯，曰：作民權保障，誰非後死者；爲憲法流血，公真第一人。
從輓聯上看，黃興的態度激烈而孫中山反顯得平和，但背後的事實並非如此。
宋教仁遇刺案應該是民國第一大疑案。
巡捕房在應桂馨家中搜獲兇器，以及密電碼三本，封固函電證據兩包，皮箱一個。
證據顯示，應桂馨策劃暗殺了宋教仁無疑，但誰又是應桂馨的背後指使呢？讓我們來梳理一下。
第一個懷疑對象當然非袁世凱莫屬，因爲他有太多理由要殺宋教仁。
袁世凱曾經很欣賞宋教仁，並試圖將他拉進自己的陣營中。譬如宋教仁在準備回湖南老家省親時，袁世凱曾贈予其一本五十萬元的交通銀行支票，讓宋教仁隨意支用。可宋教仁除用了二三百元外，將支票基本原物退還。
另外，袁世凱還爲宋教仁訂造西裝，連尺碼都量得非常準確，足見其用心良苦。
可是，在袁世凱的如此用心地結交之下，宋教仁卻是這樣的“不識擡舉”。他在各地演說中曾毫不忌諱地攻擊袁世凱政.府並言動一時，由此引起袁世凱的惱怒與仇恨，似乎也在情理之中。
如今，國民黨在國會選舉中獲勝，宋教仁也即將成爲一個難以對付的對手，袁世凱怎能不萌生殺意?
當然，如果真要是宋教仁組閣，對袁世凱還真的麻煩。因爲，按《臨時約法》當時的中華民國基本上是內閣制。袁世凱這個臨時大總統，其實是個虛銜。
除掉了宋教仁，不就去了這個麻煩嗎？
其次說趙秉鈞，作爲代理國務總.理。趙秉鈞殺人動機很簡單，宋要來做總.理了，趙往哪擱呢？
從應桂馨家搜出的密碼本上注有“國.務.院”、“應密”、“民國二年一月十四日”等字樣，而電文內容將矛頭指向了國.務.院秘書洪述祖。
比如：三月二十日半夜兩點鐘，即宋教仁被害之日，應桂馨致電洪述祖有“所發急電令已達到，請先呈報”等語。次日又致電洪述祖稱“匪魁已滅，我軍一無傷亡，堪慰，望轉呈”。 從上述證據來看，洪述祖涉案似乎是逃不掉的。
更重要的是，上面應的電報，均有“轉呈候示”、“請先呈報”、“望轉呈”。那麼轉呈的對象是誰？應桂馨與洪述祖的電文公之於衆後，趙秉鈞便成了刺殺宋教仁的另一最大嫌疑人。
還有陳其美殺宋教仁說。辛亥前，同盟會發生過兩次倒孫風潮。在這兩次倒孫風潮中，宋都沒有站在孫一方。由此，陳其美等鐵桿擁孫派對宋頗爲懷恨。
南京臨時政.府成立後，宋與孫幾乎處處唱反調。孫主北伐，宋主南北議和，推袁作總統。
孫主定都南京，宋和章太炎都主張定都北京。倆人政見也大相徑庭，孫主張實行美式總統制，宋主法式責任內閣。
孫堅持要做大權獨攬的大總統，不願受人制約，理由是內閣制“斷非此非常時代所宜，因爲在此非常時代，吾人不能對唯一置信推舉之人，而復設防制之法度，而誤革命大計”。
雙方爭到面紅耳赤，不歡而散。
於是，作爲國民黨內的激進派，陳其美有可能利用孫中山出國之機，在孫中山不知道的情況下，貿然殺宋。以造成既成事實，進而達到一箭雙鵰的作用。近可以讓自己更上一層樓，順理成章地接孫的班，遠可以激發黨人國人，發起反袁“二次革命”。
首先我們看袁世凱。
宋教仁其實在早年的同盟會中，一直被他的同志們視爲親袁派。所以袁也一直對他是加意籠絡，如果袁想殺宋也不會選擇這個敏感時間。
宋此行北上正是與袁商談國事，袁大可以先“聽其言，觀其行”。
國民黨當時已經選舉獲勝，宋教仁死了，依然會有國民黨的代表來做總.理的，換一個火爆的黃興來不是更難擺平？袁難道想不到這一點？
以當時國民黨在國會的得票率，還不能肯定宋教仁一定能夠組閣，也就不存在誰怕誰、非要殺誰的問題。
在者說，袁世凱是憑着手中的北洋軍，憑着實力問鼎最高權力的，能輕易通過民主的方式交出權力嗎？對所謂的議會道路，政黨政治會當回事嗎？要知道，從取消帝制到相對成熟的民主共和，肯定要有很長的路要走。在當時的條件下，通過民主的方式取得政權多半是天真地幻想。
何況當時跨黨人士比比皆是。引退後的伍廷芳，就被先後拉入十一個黨。國民黨議員的組成也是“什麼人都有”。到關鍵時刻伍廷芳式的議員會投哪個黨的票？
宋教仁雖然公開競爭總.理，但一直明確主張總統要選袁世凱。而宋死後，國民黨內還有孫中山、黃興這樣威望遠高於宋的領袖。
憤怒的國民黨在國會佔有多數，在正式總統選舉中把袁從總統寶座上拉下來是極有可能的。
而且國民黨當時確實有這樣的計劃，即所謂“法律倒袁”。
所以袁世凱在宋案後非常恐慌，對人說：“這是怎麼好！國民黨失去了宋遯初，少了一個大主腦，以後越難說話！”
考慮到激怒國會的嚴重後果，袁世凱完全沒有必要爲相對次要的內閣問題冒險刺宋。 根據現有證據，袁世凱對刺宋是否知情只能存疑。但是根據對民初政局的分析，刺宋並不符合袁世凱的利益，很難設想袁世凱會有這樣鹵莽的舉動。
僅憑函電就認定趙秉鈞是謀殺主犯嗎？他承認主使應桂馨與洪述祖圖謀陷害宋教仁名聲一事，但“絕無謀殺之意”。
趙秉鈞發給應桂馨的密碼本包含了公務成分，如果憑着這一條，不經偵查審訊，僅僅根據應、洪往來函電便將趙秉鈞“指爲主謀暗殺之要犯”，確實是“實非法理之憑”。
事後不久，趙秉鈞給上海地方檢察廳一封公開信爲自己辯護說：“程都督、應民政長宣佈宋案證據，其涉及秉鈞者，惟手書兩件，然一爲發給密碼，一爲請領津貼，均屬因公”。
而且按照趙宋二人的交情與利害來說，趙秉鈞殺宋說也顯得可疑。
趙秉鈞曾在北京《新紀元報》上發表談話，說他在唐紹儀內閣期間和宋既是同僚，又是至友。宋住在西直門外的農事實驗場，離城十里，有時天晚無法出城，宋總是住在他家，彼此無話不談。宋離京南下時，欠了五千多元的債，都是他替宋還的。
法庭呈現的“密電”中並不能得出趙參與並贊成殺宋密謀的結論。因爲所有密電、信件中最惡毒的字眼是“毀宋”，而“毀宋”不一定就是殺宋，有證據證明之前應桂馨已經蒐集了一些試圖詆譭宋教仁名譽的黑材料。
主犯應桂馨此人應是個兩面間諜角色。趙秉鈞曾自辯說：我只和他有“書信往來”，他卻幫黃興將私存公債六十萬轉抵義豐銀行私存，趙質問：“書信往來與銀錢往來孰輕孰重。”
證據顯示，趙秉鈞確實涉嫌，但僅以“宋要來做總.理，我往哪擱”這種理由去推論，幾乎無說服力。
民國初年，各種制度極其混亂，各種官職也是走馬燈似地輪換，僅半年多就換了三個總.理。
趙秉鈞出任總.理，孫中山和黃興是贊同的。當時有個人選是國民黨的沈秉堃，黃與國民黨員們商議，多數人不服沈，而那時，趙秉鈞已加入國民黨。
在國事未定、國會未開、憲法未定的情形下，總.理之職是很虛的。今天你做，明天可能他做，爲此殺人，怎麼能殺得過來。
宋教仁遇刺後，因爲輿論反應很大，趙秉鈞馬上就辭去了總.理職務。可見其對這個總.理職務，並非如有些人想象那樣地貪戀。
趙秉鈞的結局：辭去了總.理職務後被袁世凱任命直隸都督，一九一四年二月二十六日。在天津督署死於中風，即今所謂腦溢血，“厥逆撲地”而亡。
上海《申報》當時曾報道：“總統府得電，都督趙秉鈞今早八時痰厥，十二時死。”
從以上可以看出，趙秉鈞確實沒有必要殺宋。
最後看一下陳其美，當時上海是陳其美勢力的大本營，宋案從刺殺到審判都發生此處。和以往刺殺案懸而未破相反的是，刺宋案的破獲卻是出乎意料的順利，幾乎要用難以置信來形容。加之兇手武士英在監獄之死看似蹊蹺，似乎也與陳其美有關。
當時看守武士英的滬軍六十一團，是國民黨人黃郛的部隊。而陳其美、黃郛和蔣介石是拜把子兄弟。這一切不禁使人開始懷疑上了陳其美。