一九一四年七月第一次世界大戰爆發。八月，日本對德宣戰，派兵侵入中國山東，至十一月，奪得了德國在膠州灣和山東的全部權益。
一九一七年八月十四日，段祺瑞政.府按照日本的意圖對德、奧宣戰後，不僅沒有向日本提出歸還山東權益的要求，反而在西原借款中進一步出賣了山東的權益。
一九一八年九月二十四日，即中日簽訂高徐、濟順鐵路借款合同的前四天，日本外務大臣後藤新平照會中國駐日公使章宗祥，要求中國同意日本駐兵濟南、青島，同意在經營和管理膠濟鐵路方面日本享有種種特權。實際上是以此作爲高徐、濟順鐵路借款的條件。
段祺瑞政.府爲了取得借款，竟接受了日本的要求。同日，章宗祥在致後藤的復照中，把後藤照會所提要求一字不漏地照抄之後，明確表示：“中國政.府對於日本政.府上列之提議，欣然同意。”
後來在巴黎和會上，日本便以此爲藉口，拒不退還山東。
對此結果，段祺瑞當然是不會想到的。那個時候，他最需要的是錢，只要是能借到錢，其它就顧不得了。
早在一九一六年十月，段祺瑞就提出“應該將中國關於農工商礦有價值的開列出來，同日本商量，何者中國自辦，何者中日合辦，何者讓日本人辦。一方面日本幫助中國，一方面日本亦獲得利益，不必支支節節，遇事麻煩，以達到中日親善之目的。”
同年十二月，日本內閣首相寺內正毅派西原龜三來華活動，在與曹汝霖、陸宗輿的密談中，商談了所謂“中日密切合作”問題。
一九一七年七月，段祺瑞重任總理後，爲推行“武力統一”政策，鎮壓孫中山倡導的護法運動，向日本大量借款。
一九一年至一九一八年，中國向日本的貸款數量驚人。據不完全統計：
（1）善後續借款第一次墊款日金一千萬元。民國六年八月二十八日財政總長梁啓超，與橫濱正金銀行代表締結，借款期限一年，年利七釐，以鹽餘擔保。
（2）交通銀行借款日金二千萬元。民國六年九月二十八日曹汝霖、陸宗輿與日本特殊銀行團代表締結，借款期限三年，年利七釐五，以交通銀行所有國庫券二千五百萬元爲擔保。
（3）吉長鐵路借款日金六百五十萬元。民國六年十月十二日曹汝霖、梁啓超與南滿鐵路代表締結，借款期限三十年，年息五釐，以吉長鐵路之財產及收入爲擔保。
（4）第一次軍械借款日金一千八百萬元。民國六年十二月三十日北京陸軍部與日本泰平公司締結，雙方皆嚴守秘密，不將契約發表。由日方交付軍械，以作現款。
（5）善後續借款第二次墊款日金一千萬元。民國七年一月六日財政總長王克敏與橫濱正金銀行代表締結，借款期限一年，年息五釐，以鹽餘作擔保。
（6）無線電臺借款五十三萬六千餘英鎊。民國七年二月二十一日海軍部劉傳綬與三井物產株式會社代表締結，借款期限三十年，年息八釐，以無線電信局之收入爲擔保。
（7）有線電信借款日金二千萬元。民國七年四月三十日曹汝霖與中華匯業銀行代表締結，借款期限五年，年息八釐，以全國有線電訊之一切財產並其收入爲擔保。
（8）吉會鐵路墊款日金一千萬元。民國七年六月十八日曹汝霖與日本興業銀行代表締結，借款期限四十年，年息七釐半，以吉會鐵路財產及收入擔保。
（9）第二次軍械借款二千三百六十餘萬元。民國七年七月三十一日由陸軍總長段芝貴與日本泰平公司代表締結。由日方付軍械，以作現款。
（10）金礦森林借款日金三千萬元。民國七年八月二日農商總長田文烈及曹汝霖與中華匯業銀行代表締結，借款期限十年，年息七釐五，以吉黑兩省金礦及國有森林與其收入作擔保。
（11）滿蒙四路墊款日金二千萬元。民國七年九月二十八日駐日公使章宗祥與日本興業銀行代表締結滿蒙四路（開原海龍至吉林，長春至洮南，洮南至熱河，洮南熱河間一地點至海港）預備借款契約，借款期限四十年，年息八釐，以四路現在將來之一切財產及其收入作擔保。
（12）濟順高徐二鐵路墊款日金二千萬元。民國七年九月二十八日駐日公使章宗祥與日本興業銀行代表締結，借款期限四十年，年息八釐，以二路之財產及收入作擔保。
（13）參戰借款日金二千萬元。民國七年九月二十八日駐日公使章宗祥與朝鮮銀行代表締結，借款期限一年，年息七釐，以中國將來整理新稅中收入，作爲償還財源。
上述借款總額高達2.2億日元。而中國因西原借款所損失的有：
一、吉長鐵路、吉會鐵路及滿蒙四路均被抵押。
二、無線電臺、有線電信事業管理權的讓與。
三、吉林、黑龍江兩省金礦及森林的讓與。
四、山東濟順、高徐二鐵路的讓與。
五、山東問題換文的損失。
六、中國參戰軍必用日本軍官訓練。
西原借款從名目上看，除參戰借款外，均屬經濟借款。但實際上並未用於該項名目，而是90%以上都用於政.府的軍政開支和償還內外債本利。
段祺瑞政.府財政總長曹汝霖承認，當時北京政.府軍政費用每月需二千萬元，而財政部可靠收入每月不足一千二百萬元，所缺八百萬元則依靠借款彌補。
章宗祥也供認，借款常被政.府移用，由於軍費所需，所借款項就無形地消失了。段祺瑞政.府利用日本的支持，維持其統治，進行“武力統一”。
如同段祺瑞的心腹徐樹錚所說：“我北軍權勢消長，與日本寺內內閣利害相通。”日本政局雖有變更，然“扶持我派宗旨，始終不變”。
與此同時，日本政.府建議中日合辦鳳凰山鐵礦，中日各投資二千五百萬元，中國資本可以由日本代墊，並提出在浦口建立鋼鐵廠，聘用日本技師，以陸宗輿爲督辦。
這個消息首先由北京的英文《京報》登出來，段派軍警逮捕了《京報》主筆陳友仁，接着把《京報》查封。
這一來，便成了一件中外軒然大波的事件，各方遍傳：“中國軍械將由日本管理，所有各省兵工廠、煤鐵礦亦由日本控制。”
於是全國人民和各種團體，一致反對軍械借款和鳳凰山採礦合同，要求段內閣宣佈真相。同時美國公使抗議中日軍械借款，亦要求公佈鳳凰山採礦合同，英國公使則認爲長江流域是英國勢力範圍，不能容許日本染指。
段認爲這個秘密條約是總統府方面故意泄漏的，同時堅信馮國璋有意推波助瀾，縱恿反對。
因爲就在此時，江蘇督軍李純在南京召集了秘密軍事會議，會議結果，不但提出了取消軍械借款的要求，還提出了改組內閣的要求。
他們認爲內閣中有親日分子，所以需要改組。
不止是江蘇督軍李純在反對，直系的其他督軍如：江西督軍陳光遠、湖北督軍王佔元都電請政.府明白表示。
十月二十八日，段內閣和日本方面擬訂了鳳凰山開礦草約。
李純又來一電，指出鳳凰山是江蘇轄境，事關地方問題，應先徵求地方當局意見才能簽約。語氣中含有即使內閣簽訂開礦條約，他也不會允許日本人前來開採鐵礦。
段祺瑞慣於我行我素，對所有反對聲音不理不睬。
鳳凰山開礦合同簽定要由農商總長批准和簽字。可是張國淦竟拒絕簽字。
十一月一日，日本駐華公使林權助親自到農商部威脅張簽字。
張問林權助是代表日本商人，還是代表日本政.府？他說：“如果是代表貴國商人，則當按照我們中國的礦業條例辦理。如果是代表貴國政.府，這裡是農商部，我和閣下沒有談話的地位，請閣下到我國外交部接洽。”
林權助被張說得啞口無言，又不好意思翻臉，只好退出。
隔不久又來訪張，換了一副和善的面孔，建議依照日本鋼鐵業由軍部管理的成例，將此案移陸軍部辦理。
張答覆說：“這是我國內政，不勞閣下操心。”
段祺瑞怕事情鬧僵，派孫潤字以一百二十萬元向張行賄，賄款最後增至二百萬元，均被拒絕。
國務院秘書塗鳳書也奉派前來，勸張以考察各省農會爲名離開北京，由代理部務的次長代簽鐵礦合同，張也拒絕。
段又採取以前對付內務總長孫洪伊的辦法，勸張外調省長，以免身當其衝，張也不肯。張平日爲人隨和，可是這次卻非常堅決。
段最後派親信曾毓雋訪張，說了許多好話，請張幫忙，張說：“不簽字就是幫總理的忙！”
段祺瑞一方面受到直系和諸多方面的反對和限制，另一方面，湖南情勢又發生突變，他無路可走，只能是辭職一途了。
當他辭呈尚未提出時，江蘇督軍李純又來電建議總理不兼陸軍總長、解散臨時參議院、派唐紹儀爲北方議和總代表、迅速召開南北和議。
十一月十六日段被迫提出辭呈，同時發出“正密”電報嚴正指出北洋派團結的必要，以及自己不得不辭職的苦衷。
電雲：“祺瑞自五月罷職以後，久已厭絕人事，閉門謝客，國變再出，大違初衷。就任以來，賴諸君子羣策羣力，共濟艱難，私冀發揮我北洋同袍之實力，統一國家，奠寧宇內，庶幾人民得以安堵，法治乃能設施。此次西南之役，……迭經閣議，詢謀無間，既非私心自用，又非黷武佳兵，耿耿此心，可對同志。（指北洋同志）……乃奸人煽惑，軍無鬥志，刪日王汝賢、範國璋等通電傳來，閱之痛惜。
“不意我同袍中，競有此不顧大局之人，幹紀禍國，至於此極也。……今日中國，盜賊盈途，奸人恣肆，綱紀日夷，習俗日敝，所謂護法護國，有名無實，徒供欺詐者譸張爲幻之具。……環顧國內，惟有我北方軍人實力，可以護法護國。果能一心同德，何國不成，何力不就。辛亥癸丑之間，我北方軍人，人數不及今日三之一，地利不及今日三之一，所以能統一國家者，心志一而是非明也。
“近來南方黨徒，亦知我北方軍人，宗旨正大，根底盤深，非彼西南勢力所能兼併，乃別出陰謀，一曰利用，二曰離間，三曰誘餌，昌言反對者，固爲彼所深仇，即與之周旋，亦是佯爲結好；無非啓我鬩牆之爭，收彼漁人之利，始以北方攻北方，繼以南方攻北方，終至於滅國亡種而後快。王汝賢爲虎作倀，飲鴆而甘，撫今追昔，能無憤慨，湘省之事，非無收拾之法，我不忍使北方攻北方，以自抉藩籬，落彼陷井也。王汝賢等不明大義，原不足惜，我不忍以王汝賢之故，致今同室操戈，嫌怨日積，實力一破，團結無方，影響及於國家也。我北方軍人分裂，即中國分裂之先聲，我北方實力消亡，即中國消亡之朕兆。
“祺瑞愛國家，不計權力，久荷諸君子深知，爲國家計，當先爲北方實力計，舍祺瑞辭職之外，別無可以保全之法，決計遠引，已於昨日呈中乞休，既非負氣而去，又非畏難苟安，大勢所趨，宜觀久遠，倘能達我愚誠，北方實力得以鞏固，艱難時局，得以挽回，則祺瑞今日之辭職，實爲萬不可緩之舉。……自北以往，伏願諸君子……時時以北方實力，即國家實力爲念，團結堅固，勿墮彼輩陰謀之中，以維持國家於不敝，此祺瑞鰓鰓愚衷所禱祈以求者也。臨別之贈，幸審存之。段祺瑞。銑印。”