徐樹蘭家有藏書四萬餘卷，蔡元培如魚得水。從20歲到23歲的四年裡， 在此讀書，可謂收穫滿滿，學問也有大進。
他爲徐氏校刊了《紹興先正遺書》中的四部書，《重訂周易小義》、《羣書拾補初編》、《羣書拾補補遺》、《重論文齋筆錄》以及《鑄學齋叢書》等若干書著。這期間，他的讀書已“漸從泛覽百家進入學有歸旨”的境界。
如他自己所說：“治經便於故訓及大意。治史偏於儒林文苑諸傳。藝文志及其他關係文化風俗之記載。”
值得注意的是，這期間他受到常州學派今文經學家的影響很大。有段時間，他“讀莊方耕氏、劉申受氏、宋於庭氏諸家之書，乃致力於《公羊春秋》，而佐之以《太史公書》。油油然寢窺於其間”。
經學是指中國古代研究儒家經典學說並闡明其含義的學問。
今文經學一般是指經學中研究今文經籍的學派。今文經，是指西漢學者用當時通行的隸書傳授的儒家經典。
今文經學的常州學派，則是指清代乾隆、嘉慶年間出現的，以莊存與、莊述祖、莊綬甲、劉逢祿和宋翔鳳爲代表的，研究《春秋公羊傳》的今文經學派。
特別是莊存與、劉逢祿和宋翔鳳，是常州學派一脈相傳的中堅人物。並且，他們的研究已經有了時代元素，所謂“常以微言大意比附現實。初啓後來經世致用的端緒”。
莊存與（1719—1788），字方耕，號養恬，江南武進（屬常州）人。幼誦六經，尤長於《書經》，乾隆十年（1745年）中乙丑科一甲第二名進士（榜眼），授編修，遷內閣學士。入值南書房及上書房。乾隆二十一年，督直隸學政。官至禮部左侍郎。
性格耿直清廉，在浙江督考時，巡撫送他金子他並沒有接受，後來巡撫給了他一個二品官員（侍郎是二品）的頂戴，他接受了。
等到了路上，隨從對他說“那帽子頂上的可是真珊瑚，可值一千兩金子。”
莊存與大怒，說：“你爲什麼不早說”。
於是，奔馳千餘里將帽子歸還。
他當講官的一天，皇上親自駕臨文華殿，講習（主要是經史）完畢，同朝爲官的人正在等待皇上起身離開。
“公（莊存與）忽然奏告皇上說講的文章有錯誤”，說臣的意思是不能這麼講。於是，捧着書本近前講解。同朝爲官的人大驚，皇上爲此停留了一會並對他的講解點頭認同。
莊存與爲今文經學常州學派首創者。
劉逢祿（1776-1829），是清代經學家，字申受，號申甫，又號思誤居士，江蘇武進人。年十八，補博士弟子員。年三十二，舉順天鄉試。嘉慶十九年成進士，改翰林院庶吉士，散館，授禮部主事。道光四年，補儀制司主事。於禮部十餘年未遷。卒於官。逢祿祖綸，官至大學士。
莊存與是他的外祖父，對他影響極大。
著有《尚書今古文集解》三○卷、《書序述聞》一卷、《左氏春秋考證》二卷、《公羊春秋何氏解詁箋》一卷、《春秋公羊經何氏釋例》一○卷《後錄》六卷、《穀梁廢疾申何》二卷、《論語述何》二卷、《四書是訓》一五卷、《箴膏肓評》一卷、《發墨守評》、《詩聲衍》無卷數、《劉禮部集》一二卷，俱行於世。又有《易虞氏變動表》、《六爻發揮旁通表》、《卦象陰陽大義》、《虞氏易言補》各一卷、《庚申大禮記注長編》一二卷、《春闈雜錄》一卷、《東陵勘地圖說》一卷、《石渠禮論》一卷，等等。
宋翔鳳，字虞庭，一字於庭，江蘇長洲（今蘇州）人。生於乾隆四十四年（1779年），卒於咸豐十年（1860年），享年82歲。其母是莊存與之侄莊述祖之妹，他常“隨母至常州，得聞莊氏今文經學”。莊述祖說他的兩個外甥“劉甥可師，宋甥可友”， 劉謂劉逢祿，宋謂宋翔鳳也。嘉慶五年（1800年）中舉人，選爲泰州學正，歷官湖南新寧（今資興）、耒陽等縣知縣。咸豐九年以名儒重宴鹿鳴，加銜爲知府。宋翔鳳爲學，把闡揚微言大義的經典從《春秋公羊傳》擴展到《論語》等多部經典，把義理闡發的重點從政治方面轉移到倫理道德方面。
宋翔鳳也深諳考據學，著作還有《論語鄭注》10卷、《大學古義說》2卷、《孟子趙注補正》6卷、《孟子劉熙注》1卷、《四書釋地辨證》2卷、《卦氣解》1卷、《尚書說》1卷、《尚書譜》1卷、《爾雅釋服》1卷、《小爾雅訓纂》6卷、《五經要義》1卷、《五經通義》1卷、《過庭錄》16卷以及《論語發微》、《經問》、《樸學齋札記》等。其中《過庭錄》一書，是其考據學的代表作，在晚清經學扎記諸書中成就較高。
清代今文經學派。因創始人莊存與﹑劉逢祿都是常州人，故名。最初根據今文《公羊》經說，故亦稱"公羊學派"。
鴉片戰爭前後，龔自珍﹑魏源以《公羊》經義，發揮政見，抨擊封建專制制度的腐朽。光緒年間，廖平分析經學，詳論漢今古文學的歧異，以爲古學系僞造，今學乃孔子自創新制。後來康有爲利用今文"託古改制"，作爲戊戌變法的理論依據。
此時蔡元培對今文經學興趣濃厚。甚至發願要編輯《公羊春秋大義》。這對於他後來積極投身於社會變革潮流，有着必然的關聯。
在徐家伴讀和讀書的同時，蔡元培與山陰龍山書院。會稽稽山書院均有一定的聯繫。他在書院中偶爾寫寫八股文。按說八股文引經據典必須取自“四書五經”，但蔡元培這是候寫的八股文卻大相徑庭。“以古書中通假之字易常字，以古書中奇特之句易常調”。例如他喜歡王引之《經傳釋詞》上的古字和俞樾的《古書疑義舉例》上的古句與求文章的奇僻古奧。使得常人幾乎難以讀通。
如他自己所說：“我有一時做八股文，很喜歡用《經傳釋詞》的古字，《古書疑義舉例》的古句。好像同人開玩笑一樣。”
開始他可能是在開玩笑，沒想到山陰龍山書院和會稽稽山書院的兩位院長錢篪仙和王止軒，對此卻十分欣賞和推崇。有首創精神的蔡元培在此基礎上又不斷髮揚光大，竟創造出他的獨門絕技——被大家稱做的“怪八股”。
他後來就用這種怪異風格的文章，參加了後來的幾次科考，被大家當作趣談。
再者，他在此期間還結交了許多知交好友，如精熟清代先人掌故的王左，爲人豪爽而又善寫桐城派古文的朱茀卿，習武能文魏彧等人。
一般年齡相若的朋友薛炳，馬用錫等，也時常來此讀書和談天說地。青年書生聚在一起，壯志雄心，相約編撰大部頭書籍，諸如《二十四史索引》、《經籍纂詁補正》等等。但年輕的人們多半做事虎頭蛇尾，最後都不了了之。
無論如何，蔡元培這幾年讀書交友的生活，還是頗爲愜意的。
1988年，蔡元培第二次趕往杭州參加鄉試。直到晚年，他回想起這一次的經歷還心有餘悸。
“學而優則仕。”讀書、考取功名，是傳統社會裡世世代代的父母對下一代的殷切期望。讀書人一旦博得入仕的機會，更在身份名位上榮寵無比。在民間一般的百姓中間，知書達理的知識分子總是備受推崇。
鄉試，中國古代科舉考試之一。唐宋時稱“鄉貢”、“解試”。由各地州、府主持考試本地人，一般在八月舉行，故又稱“秋闈”。
明、清兩代定爲每三年一次，在各省省城（包括京城）舉行，凡本省生員與監生、廕生、官生、貢生，經科考、歲科、錄遺合格者，均可應試。
逢子、午、卯、酉年爲正科，遇慶典加科爲恩科，考期亦在八月。
各省主考官均由皇帝欽派。中試稱爲“舉人”，第一名稱“解元”第二名稱爲亞元，第三、四、五名稱爲經魁，第六名稱爲亞魁。中試之舉人原則上即獲得了選官的資格。凡中試者均可參加次年在京師舉行的會試。
所謂千軍萬馬過獨木橋，那一年，整個浙江省參加鄉試的學子多達10600人。
蔡元培在“自述”中寫道：“每次留場二日，飲食須自備，學生自攜帶白米及冷餚、湯料等。每號有一勤務兵，時稱號軍，所攜之米本可付號軍代煮，但號軍多不良。所以我等都自攜紫炊具，叫做五更飢的，用火酒炊飯。 “ 每號之末間即廁所，坐近末間，每聞惡臭。又登廁時也常常呼吸困難，則攜艾繩進場以避穢。 “集萬餘人於考場，偶有神經錯亂，於試卷上亂寫情詩或漫畫雜事，甚至於自殺。聞者每附會事因，認爲報應，並且說點名將畢時，有官役舉一黒旗，大呼“有恩報恩，有冤報冤”云云，皆無稽之談，但那時候常常聽人道及。”
這一次，還是沒有考中。六叔是和他一同參加的。在蔡元培看來，六叔在學問上是遠勝於他的，六叔考了這麼多年都沒中過，他年紀輕輕第二次考，不能榜上有名是再正常不過了。但蔡元培這一次和第一次還是不同的。第一次，他不過是試試水，這一次下的功夫是不一樣的，他自我感覺還是不錯的，所以還是有些失落的。
第二年的春天，蔡元培與紹興城內錢莊出納王榮庭的次女結婚，婚後數月，便第三次赴杭州參加鄉試。這是因光緒皇帝親政而特別舉辦的一次恩科。
剛剛經歷了一次失敗，或許是他對這次科考根本就沒抱希望，反而是放開了，在考場上把自己擅長的“怪八股”發揮得淋漓盡致。
乃至於鄉試房官宦汝梅閱其試卷後認定，必是“老儒九困場屋者”所爲。主考官李文田看了蔡元培的“怪八股”，拍案叫絕。
李文田（1834-1895）字畲光，號芍農、若農，廣東廣州府順德縣均安上村人。自小有“神童”之稱。十四歲時，由於在佛山經商的父親去世，家貧輟學。幸賴當時任教的南海何鐵橋老先生照顧，得以繼續就讀。
十八歲應縣考第一，二十六歲獲咸豐九年（1859年）已未科甲第三名探花，授翰林院編修。放江蘇、浙江、四川鄉試主考，提督江西、順天學政。入直南書房，官至禮部右侍郎兼工部右侍郎。
工書善畫。慈禧太后作畫，“常命探花李文田、狀元徐郙和陸潤庠、進士陸寶忠爲之題志”。
在這次鄉試，蔡元培有幸得遇這位博學的伯樂李文田李大人做主考官，考中了第二十三名舉人。同科考取的還有張元濟、汪康年、汪大燮、徐仲可，以及他伴讀的徐維則等。
考官對蔡元培試卷的評語是：“不落恆蹊，語無泛設，引證宏博，詞意整飭。”