御史趙炳麟趁機火上澆油，上疏密陳用人之大計，稱曰：袁世凱當軍機大臣令人擔心，理由有二：
其一、袁世凱爲人變化多端，“善構骨肉”，光緒皇帝“以三十餘年之長君尚束手就箱，終身鬱結，而袁世凱得以樹植私黨，挾制朝廷。方今主少國疑，似此包藏禍心、罔知大義者久在樞恆，他日必生意外之變。”
其二、“今日袁世凱黨羽雖多，幸皆富貴利達之人，袁世凱一出軍機，必多解散。若待其黨根深固結，謀定後動，他日監國攝政王雖欲去之，亦無可如何。至是時唯有敢怒不敢言，俯首聽其所爲而已”。
因此，必須迅速將其罷斥，“以奠國本而杜後患。”
善愭和載澤同時秘密向載灃進言：“此時若不速作處置，則內外軍政方面皆是袁之黨羽；從前袁所畏懼的是慈禧太后，太后一死，在袁心目中已無人可以鉗制他了，異日勢力養成，削除更爲不易，且恐禍在不測。”主張果斷的除掉袁世凱。
袁世凱現在簡直是牆倒衆人推，而在這個時候，御史陳田緊接着又恨恨奏了袁世凱一本。
他揭奏袁世凱如何反對和阻撓度支部尚書、鎮國公載澤清理直隸財政，說明其是害怕在直隸總督任上的亂帳被揭露。還說袁世凱擅用軍機處名義發電，企圖鼓動隆裕太后垂簾聽政，其陰險用心是挑撥隆裕太后和攝政王的關係。
陳田，字崧山，貴州貴陽人。著名學者。出身書香門第，自幼勤奮好學。清同治八年（一八六九年）與兄陳燦同科舉人，且名列第一，光緒十二年（一八八六年）進士，授翰林院編修，改官御史。爲人剛正不阿，不畏**，敢仗義直言，在朝堂威信極高，他的這一奏摺分量極重，幾乎成了“壓到駱駝的最後一根稻草”。
陳田也是一位詩人，留下好些妙筆生花的詩篇。御史任上反而是參奏袁世凱使他名震天下。
載灃，這位年輕的攝政王誰也不知道他在想什麼？一切都好像視而不見、聽而不聞。
但袁世凱已經明顯感覺到自己正在被邊緣化。很多交辦給軍機處的事務，都繞過他，而是通過張之洞等人去辦，他預感到了凶多吉少。
十二月二十五日，朝廷重組了禁衛軍，直屬於攝政王載灃。
此時，所有的軍權都掌握在載灃的親兄弟手中，載灃要對袁世凱動手了。
原來，攝政王載灃早就打定主意要除掉袁世凱，只是在等待着時機的成熟。
奕劻聽到了風聲，急忙通知了袁世凱，讓他趕緊出去躲避。
袁世凱本來早有思想準備，但事到臨頭還是嚇得驚恐萬狀。
他換上了便裝，隻身逃到了天津，住在英租界利順德飯店，想通過直隸總督楊士驤搭船逃亡日本避禍。
楊士驤認爲事情不至於那麼糟，爲了避嫌自己沒有出面，而是讓自己的兒子楊毓瑛找到袁世凱陳說厲害。勸袁世凱返回京城，不要落人口實，被人說成是畏罪潛逃。
袁世凱權衡利弊後，聽了楊士驤的勸告，鼓足勇氣，返回了京城。
載灃本意是要殺袁世凱的，在徵求奕劻和張之洞的意見時，首先遭到奕劻的反對。
奕劻說殺袁世凱容易，但北洋軍起來造反怎麼辦？
張之洞也不同意殺袁世凱。他說他所以不同意殺袁世凱，不是爲了袁世凱而是爲了國家。
言道：“主少國疑，不可輕於誅戮大臣。”
都知道張之洞和袁世凱關係很不好，他出來說話，自然令人信服。
載灃似乎也沒下定殺袁世凱的決心，他不會不知道大清王朝到了他手裡，國勢有多艱難。如果因爲殺袁世凱引起動亂，實在是得不償失。而且，國家也未必能經得起這樣地折騰。
最終，對袁世凱地處置變爲“開缺回籍養病”。
此上諭於一九零九年一月二日發佈：“軍機大臣，外務部尚書袁世凱，夙承先朝屢加擢用，朕御極後復予懋賞。正以其纔可用，俾效馳驅，不意袁世凱現患足疾，步履維艱，難勝職任。袁世凱着即開缺回籍養痾，以示體恤之至意。”
本來是罷官，但被很客氣的被說成是照顧回老家養病。
而這也不完全是藉口，因爲上年的十月七日，袁世凱曾因爲足疾請假五日。而近一段時間以來，常稱足疾，讓人攙扶上朝。
命保住了，在袁世凱看來，無論如何這是不幸中的大幸。
但他還是如驚弓之鳥，不敢有絲毫的大意。
爲了防備清室親貴對其下手，他既不敢在京都停留，也不敢乘京漢鐵路火車回河南老家。而是換上便服先到天津，住進了租界。
待了幾天，做了嚴密的佈置後，才只帶着五姨太和七姨太前往彰德。
有書這樣描寫袁世凱離開天津的場景：“一九零一年一月六日，天氣陰霾，朔風怒吼，滴水成冰，寒氣砭骨，袁世凱在天津東站乘火車南下。
“到車站送行的只有從北京趕來的嚴修、楊度等三、四人，專車更沒有，昔日的威風排場一變而爲冷冷清清，悽悽慘慘慼戚，其心情之悲涼可想而知。
“他握住嚴修的手說：＇好冷啊！＇語意雙關，實感於宦情之冷也。”
袁世凱被開缺以後，在朝廷還是有很大地反響的。
很多人發聲，開缺袁世凱是排斥漢臣。更有人說這是對立憲運動的清算，因爲袁世凱是立憲的積極推動者。
有人則針鋒相對，說這些聲音是來自袁世凱的黨羽。在蠱惑人心，製造混亂，爲重新起用袁世凱大造輿論。
更有很多人主張把袁黨連根拔出，防止其東山再起。
御史趙炳麟密奏解散袁黨，罷黜奕劻，調走直隸總督楊士驤，用人不分滿漢，以息謠言。
載灃召見趙炳麟。詢問具體意見。趙炳麟提出宣佈袁世凱的罪狀，獨用張之洞爲相，表示重用漢人。啓用苓春暄統率禁衛軍，鞏固朝廷。召立憲派康有爲，鄭孝胥、張謇、湯壽潛和趙啓霖等入京，成爲攝政王的顧問，教授皇帝讀書。以收海內外人望。大刀闊斧地“實行立憲，大赦黨人，示天下以爲公”。
但是，這個意見遭到了歷來與康有爲、苓春暄等人關係不睦的張之洞地反對，他認爲奕劻老成持重，在當前人心不穩的條件下，穩定朝政，平衡和安撫各方，非奕劻這樣的人不可。
載灃本就屬於皇族親貴派，對漢臣勢力存有很深地戒心，最後還是接受了張之洞的意見。
但對袁世凱的勢力，不能不有所忌憚。於是將東三省的總督徐世昌，調任郵傳部尚書。又借京察的機會，令民政部的侍郎趙秉鈞退休，等等。
袁世凱被解除官職，說到底是戊戌變法中的所做所爲，釀成的苦果。也是在丁未政潮中，他主導的朝廷內鬥，留下的後遺症，和自食其果。
爲官的這些年，總的說來他是一直在努力做事的，在那個時代，這樣的官是不多見的。他的被開缺，不能不是清廷的一大損失。
在朝廷之中，也有一些有識之士，看到了這一點。比如在他開缺的諭旨一下，就有學部侍郎嚴修上折，請朝廷收回將袁世凱開缺的成命。
他歷數了袁世凱在小站練兵，山東巡撫任上保境安民，特別是直隸總督任上的政績。也點評了袁世凱在推動立憲和在外務部任上的擔當和作爲。指出袁世凱是個勤政務實之人，是那些善空談、說空話而不做實事的人，無法相比的。
嚴修,字範孫,天津人,晚清進士,是清末著名的思想家，教育家，我國近代著名的學者...曾任各直省鄉試試卷磨勘官、貴州學政、直隸學校司督辦等職。光緒二十年八月,嚴修被授爲貴州學政。在貴州三年多。任職期間,他恪盡職守,整飭考政,剔除積弊;設立官書局,刊印書籍;改革書院課程,並奏請開設經濟特科,對近代貴州文化教育的發展做出了較大的貢獻。被稱爲貴州傳播新思想的第一人。
他不是袁黨，完全是站在公正的立場上，爲袁世凱說公道話，在朝中也具有一定的代表性。
當然，這些不平之聲，改變不了袁世凱這時的開缺回籍，但卻爲將來袁世凱的東山再起，做了輿論準備。