在回到住所後，華楓和雲夢接着更深入的瞭解和研究後慢慢的發現，地球的歷史遠比想象中更加複雜，在還沒有人出現的時候，地球上的物種已然以不可思議的生命奇蹟出現，並統治地球達到數千萬年。
有專家提出，隨着地球從最開始的熾熱到逐漸冷卻，簡單的有機化合物（單分子物）漸漸形成，混合後形成較爲複雜的混合物（聚合物）。
後來，洋流把這些大個的微粒匯聚到海岸和深海溫泉等“熱點地區”，它們可能最終形成了首批原始細胞。 也有證據證明，首批細胞複製使用的是核糖核酸(RNA)，而不是脫氧核糖核酸（DNA），而DNA複製是在經歷了非常漫長的進化後纔出現的。
也有理論認爲生物出現在外星球。
寒武紀生命大爆發：
1909年，美國古生物學家、史密森學會秘書查爾斯-沃爾科特（Charles Walcott）在加拿大不列顛哥倫比亞省的伯吉斯山口發現了伯吉斯頁岩石，岩石塊中含有化學記錄歷史上許多重要動物羣中已知最古老的例證。
沃爾科特的研究發現爲所謂的寒武紀生命大爆發（Cambrian Explosion）提供了進一步的證據。寒武紀生命大爆發被稱爲古生物學和地質學上的一大懸案，在寒武紀（距今約5.42億年前至4.9億年前）的化石記錄中，地球上突然涌現出各種各樣的結構複雜的動物。雖然伯吉斯頁岩中以前從未記錄過如此規模的複雜動物，但古生物學家對三葉蟲和寒武紀其他動物的存在並不陌生，這讓查爾斯-達爾文困惑不已。
寒武紀生命大爆發對科學家提出的挑戰是，在達爾文所處的年代及其以後多年，在寒武紀岩層以下年代更久遠的岩層中，並沒有發現動物化石。對於達爾文的進化論來說，這是一個極爲的不安事實，因爲在化石記錄中，結構簡單的動物形式應該在結構複雜的動物形式之前出現。
在《物種起源》中，達爾文提出了這樣的主張：“在這些跨度如此之大但卻鮮爲人知的時期，地球上遍佈着活的生物。”但他坦言，“對於我們爲什麼沒有發現這些原始時期的化石記錄的問題，我不能給出一個令人滿意的答案。”
無脊椎生物主導時期（5.1-4.38億年前）：
奧陶紀開始於距今5億年前。藻類變化不大，三葉蟲數量仍居首位。此時其它無脊椎動物數量和種類都超過了寒武紀。最常見的有珊瑚、腕足類、腹足類、海百合和鸚鵡螺等。
奧陶紀時期的地球陸地變化不大，由於水生植物不斷的光合作用。空氣中氧氣含量進一步增加。大致比珠峰頂部的氧氣還少一點，廣闊的海域，繁育着大量的各門類無脊椎動物，除寒武紀業已產生的外，某些類羣還得到進一步的發展，如筆石、珊瑚、腕足、海百合、苔蘚蟲和軟體動物等。
志留紀和泥盆紀（4.39-3.63億年前）：
在經歷了漫長的演化之後，地球終於進入到由脊椎動物占主導地位的時期。魚類成爲當時的霸主。
3．67 億年前，巨大的流星劃破夜空墜人大海，天空中電光閃閃。這時全球氣候變幹，溫度下降。洋流以新的形式渦動，使海洋進一步降溫，表層水的鹽度更高，海洋中的含氧量下降到很低的水平。隕石的撞擊可能還引起更多的氣候變化。這一時期可能至少有3個或多至6個來自太空的巨大天體撞入海洋中，結果導致包括造礁動物、多種魚類和腕足類等許多海洋生物絕滅。
泥盆紀晚期，由於地球氣候變得惡劣起來，湖沼乾涸，盾皮魚類絕種，許多種魚也同樣面臨着威脅。在這漫長的年代中，總鰭魚中的某些支很好地適應了環境，它們依靠偶鰭、內鼻孔和鰾爬上陸地尋找水源和食物，久而久之，其中的一部分逐步演化爲原始兩棲類動物。
由於大氣圈中氧氣增多，在平流層形成能夠吸收大部分紫外線的臭氧層，使地球表面除海水對生物起到庇護作用以外，又增加了一層保護層，從而爲古生代植物的登陸創造了條件。最早的昆蟲已經絕滅了，但昆蟲是迄今居住在地球上的最成功的動物。
它們是最早的陸生動物。熱帶雨林是生物最繁盛的地方，昆蟲構成了其中動物和植物總重量的三分之一。
堅固的外骨骼保護了小動物使其免受傷害，在乾旱少雨的時候也能避免被幹死。昆蟲一次能產幾百只，有時甚至幾千只卵。即使在最危險或最惡劣的環境裡卵也能夠孵化長大，產生更多的昆蟲。
在植物和昆蟲爲兩棲類創造好條件的4000萬年以後，兩棲類才從水中爬上岸邊，這裡的植物和植食性動物提供了充足的食物。因爲沒有更大的動物與之競爭，兩棲類迅速擴散開來。在距今3.5億年前的泥盆紀晚期，總鰭魚的一支已進化成原始兩棲類。其中主幹爲迷齒類，其次爲殼椎類和滑體類。
石炭紀和兩疊紀（約3.63-2.51億年前）：
石炭紀時期，氣候潮溼，因而出現了新的奇特的森林，這是陸地上最早的森林。這些森林不像今天的沼澤森林那樣茂密、黑暗，它們由木賊、厚層的蕨類植物和又高又細的樹木組成。新的奇怪的動物在這奇特的景觀中定居下來。
各種形狀和大小的兩棲類動物在溼潤的環境中繁盛起來，體形巨大的昆蟲也是如此。
昆蟲是最先掌握飛行技術的動物。爬行類、鳥類、哺乳類甚至魚類都是在它們之後飛上天空的。飛行大大有利於躲避捕食者、征服新的領地和尋找新的食物來源。起初，昆蟲可能跑、跳或從樹上滑行下來，體型更有利於運動的昆蟲常常存活下來，終於它們發育出翅膀。
到距今二億五千萬年至六千五百萬年前，生物史稱爲中生代，包括了地質史的三疊紀，侏羅紀和白堊紀。
中生代生物界最大的特點是繼續向適應陸生生活演化，裸子植物進化出花粉管，能進行體內受精，完全擺脫對水的依賴，更能適應陸生生活，形成茂密的森林。動物界中爬行動物也迅速發展，演化出種類繁多的恐龍，成爲動物界霸主，佔據了海、陸、空三大生態領域。
爬行類的進化 （約2.5-2.05億年前）：
爬行動物包括大型肉食性動物，輕巧的捕獵動物，身披鱗甲、嘴巴像豬一樣的植食性動物和像鱷魚一樣的食魚動物，它們與最早的恐龍生活在一起。許多爬行動物比最早的恐龍大而且更常見，但這些爬行動物與恐龍都比最早的哺乳動物大得多；這一時期出現的哺乳動物長得都不比老鼠大。
從脊椎動物的方面來說，三疊紀雖部份繼承了古生代的生物成分，但更重要的新的生物類型的出現。在脊椎動物中，除新出現龜鱉類外，更爲重要的是槽齒類爬行動物的出現，並從它進化出鱷類、恐龍，以及後來的翼龍、鳥類等，爲地球開創一個嶄新的生物局面。
武氏鱷、吐魯番鱷均爲早期槽齒類代表。不過，三疊紀最具進化意義的事件要算哺乳動物的出現，它是從一支基底爬行動物進化來的。當時它雖還弱小，但進步的構造特徵預示它日後統治世界的強大的生命力。肯氏獸類是爬行動物向哺乳動物進行過程中的一旁枝。
三疊紀早、中期植物的面貌，多爲一些耐旱的類型。晚三疊世生長在沼澤中的木賊類、羊齒類相當繁茂，低丘緩坡則布有和現代相似的常綠樹，如鬆、柏、蘇鐵等。盛產於古生代的主要植物羣，幾乎全部減絕，種子蕨大部消失，柯達樹類趨於衰減。
從大約3億年前直到7000多萬年以後的三疊紀時期恐龍剛剛興起之前不久，異齒龍這樣的動物是陸地上的統治者。
海中的爬行類怪物:2．35 億年前，爬行動物於三疊紀中期進入水中。它們的身體長到像鯨魚那樣巨大，並在隨後的1．7億年裡統治海洋直至恐龍時代結束。最早的大型海洋爬行動物是幻龍類。
它們的牙齒長而尖，適於捕捉魚類，腳趾具蹼有助於划水。盾齒龍類生活於同一時期。這些海生爬行動物體長 1．8米，體側具甲。盾齒龍用大而平的牙齒壓碎並攝食海底貝類。它的牙齒長在頜骨邊緣和口腔頂部。
到了2億年前，蛇頸龍類出現了。這些海生爬行動物尾巴短，前肢呈寬闊的槳狀，大多數脖子很長。
短頸的上龍類是所有蛇頸龍中最大的，體長12米，超過大型運貨車。魚龍也在這一時期出現，它長得更大，體長 15米。它們在9000萬年前謎一樣地消失了。同樣大小的滄龍是兇猛的海生爬行動物，以魚爲食，它們則存活到 6500萬年前恐龍時代結束。