某型月平行世界，2004年，冬木市——
原本正在進行第五次聖盃戰爭的城市，不知何時開始，就已經毀滅了，人類消失了，城市葬身在末世的熊熊烈焰中。剩下的Servant，也不知何時起，自行開始了另一種廝殺。
圓藏山，地下大空洞——
一個水藍色的光球，從天兒降，落在了大聖盃上方。
“什麼？”一個打扮奇怪的禮帽紳士，目光有些詫異地看着那個光球，明明這個時空已經被神拋棄了，事到如今這個存在還打算干預？
水藍色光球朝禮帽紳士散發出了一條條光紋。
“我明白了。”禮帽紳士只能畏懼地低頭答應。
隨後水藍色的光球消失了。禮帽紳士繼續靜靜地看着遠方，注視着“不速之客”降臨的方向。
這個末世之地，突兀地出現了三個不屬於這個時空的漂流者。
不，準確來說，這個世界，是名爲人理保障機關·迦勒底用疑似地球環境模型做出的世界，模擬出的人類“未來”，預示人理會在2016年消失，而這三個人，是靠靈子演算裝置轉移到這個模型中調查這個可能引起人類滅亡的原因的人。
不，更進一步準確來說，這其實是一次迦勒底內起火爆炸引起的事故將這三個人給送來的。這三個人是——
奧爾加瑪麗·亞斯密雷特·阿尼姆斯菲亞，頗有些遠阪凜氣質的銀髮女子，迦勒底的所長，對事故非常沮喪，爲此一定要調查出成果將功補過。
藤丸立香，一個明顯有着隨處可見的高中生特徵的男生，原本打算用來和英靈契約作爲修正人理戰力的御主後補中，爲了填補人員空缺而被找來的“外行人”。
瑪修·基列萊特，與藤丸立香偶遇的粉發少女，現在是和藤丸契約的半英靈，職階Shielder，裝備了一身暗色的輕甲，和一塊比人還高的巨大十字盾。
一個魔術師，一個普通人，一個半英靈，這個看起來寒酸到極點的陣容，竟然真的創造了奇蹟，結束了這場變異的戰爭，來到了大聖盃前。
真的是一場惡鬥呢。
幾人登錄這個燃燒的城市時，並不在一個地點，藤丸作爲瑪修的Master，當即受到了黑化英靈衛宮的遠程大範圍箭雨攻擊，瑪修也差點捱了一發螺旋劍。
奧爾加瑪麗被一大羣龍牙兵追擊，要不是她的魔術水平對付龍牙兵還勉強，而瑪修也及時趕到，就死定了。
三人匯合後不久就遭到了黑化美杜莎的攻擊，剛剛成爲半英靈的瑪修，甚至不能發動寶具，怎麼可能敵得過？
要不是唯一沒有黑化的英靈庫丘林救場，就又一次死定了。
最後，三人聯合庫丘林與僅剩的黑化英靈——亞瑟王和英靈衛宮在大聖盃附近決戰。
庫丘林靠英靈衛宮不瞭解的盧恩符文魔術取得了勝利，而瑪修在藤丸的激勵下成功解放了寶具，勉強擋下了亞瑟王的“誓約勝利之劍”，最後也是庫丘林及時趕到偷襲了一發寶具將亞瑟王擊倒。結束了聖盃戰爭。
對此，禮帽紳士只能苦着臉鼓掌了：“哎呀，沒想到你們真能走到這一步，真是太出乎意料了。能夠把握你們的行爲的，只有剛纔那位大人了吧。”
“雷夫教授？”瑪修驚訝地看着那個人，明明這個人，發生事故的設備的負責人，已經在事故中……卻在事故最中心活下來，在這裡等他們，還說那種話，怎麼想都詭異。
“雷夫，雷夫……太好了，你還活着！”奧爾加瑪麗卻沒發現這點，喜出望外地想要向這個昔日的同事飛奔過去。
“呀，奧爾加，你也真不容易啊。”
“啊，真不容易啊，事情太出乎意料，腦子都要炸了，但要是你在的話…………”
但是，瑪修立即警覺地跑到奧爾加瑪麗身前，架起了十字盾。
“瑪修？”藤丸本身只是個普通人，什麼也沒發現的他對瑪修的反應很詫異。
“不愧是半英靈，覺察到我的存在的不同之處了？以及那個最後一位御主後補，因爲太弱了，本來想要無視的。居然走到了這裡，剛纔那位大人，所說的世界最後一刻來臨之時，世界剩餘的氣運可能會全部擊中到最後的倖存者身上，說的就是這麼回事嗎？”雷夫說道。
說到這份上，藤丸和奧爾加瑪麗也發現不對了。
而雷夫的演講並不會因此受到影響：“爲什麼人類總想反抗註定的未來呢？重新自我介紹一下吧，我是雷夫·萊諾爾·佛勞洛斯，爲了完成2016年人類註定的未來，而被派遣而來的負責人。
“知道爲何會註定這樣的未來嗎？你們，並不是在進化的盡頭衰退，也不是在與異族的交戰中被毀滅，而是死於自身的無意義，死於自身的無能，死於失去了吾等神明的恩寵，就像沒有任何價值的紙屑一般，被燃燒殆盡了。現在迦勒底想必無法對外聯絡吧，並不是通訊故障，而是世界已經毀滅了，只不過迦勒底在磁場的保護下暫時形成了一個特異空間，呢。”
“…………”
“但是，有位大人認爲，就算是紙屑，也有燃燒的價值，現在你們就爲了實現這個僅有的價值，啓程吧。”
雷夫說完，鞠了個躬，化作光線消失了，隨後，大空洞開始崩塌！
“不好，整個空間都開始不安定了！”瑪修用盾輕鬆擋下了所有崩塌產生的落石，但依舊發出驚恐的聲音。
“不要不要不要……爲什麼會遇到這樣的事情啊……明明我還什麼都沒做成，還沒有受到任何表揚的！”明明平時看起來是個幹練的所長，此時的奧爾加瑪麗由於信念的崩塌，顯得像個哭鬧的孩子。
“重點是還沒有受到任何表揚嗎？”雖然有作爲路人主角的性格的藤丸很想這樣吐槽但顯然不是時候。
儘管有試着用聯絡器聯絡迦勒底進行轉移魔術，但這也被更加神秘的力量暫時阻斷了。
在完全崩塌前，一股法則級的力量將三人傳送離開…………
（待續）