此次忍界大戰與前三次忍界大戰性質不同，是衆人爲了守護整個忍者世界，聯合反抗月之眼計劃的戰爭。也是因爲這次戰爭，包括五大忍村在內的八萬忍者前所未有的連成一體。他們也因此漸漸懂得了和平的可貴，更加珍惜彼此之間的羈絆。
戰爭結束後，漩渦鳴人與宇智波佐助在終結之谷進行了宿命之戰，最後二人兩敗俱傷，各斷一臂。佐助認同鳴人的道路並主動認輸，兩人聯手解開了無限月讀。
至此！大戰結束，忍界恢復昔日的和平。而旗木卡卡西，因爲帶領第七班成功戰勝並封印了終極Boss，成爲了木葉村的第六代火影！
因爲戰勝大同木輝夜拯救世界，第七班成爲了衆人心中最大的英雄。特別是世界的主角、命運之子漩渦鳴人，獲得了忍界所有人的尊敬。相對的，宇智波佐助，因爲妄圖使用輪迴眼的力量操控尾獸、殺死五影以達到鎮壓忍界和平的目的，被衆人視作眼裡的罪人，關入了木葉監獄之中。
第四次忍界大戰結束第一天，鳴人哀傷與衆人哀傷的站在日向寧次墓前，日向雛田與日向花火流淌着淚水，多麼希望能回到過去，拯救哥哥……
而這兩天以來，木葉村外大門口被徹底堵死，大量的普通人圍滿出口，紛紛大聲呼喚着想要見拯救世界的“英雄”鳴人一面。爲了解救昔日的好友，只剩下一隻手臂的鳴人準備再次去往火影辦公室，向即將就任的六代火影卡卡西求情，希望對方能夠放過自己的摯友宇智波佐助。（這時候還沒有移植初代手臂）
火影樓內，卡卡西端坐位置上，正在面向三人發佈任務：
“因爲第四次忍界大戰爆發，激烈的戰爭導致地殼劇烈運動，位於風之國樓蘭遺址的地脈出現了暴走現象。傳說龍脈是大地的命脈，那裡蘊藏着超越大地其他地方的查克拉，如果使用不慎極有可能毀滅整個大地。
木葉歷史上曾經多次派出忍者在那裡執行任務，包括我在內，其中四代火影曾經徹底封印過那裡。不過，根據風影我愛羅那裡的情報，四代曾經留下的封印早已經徹底鬆動。
木葉現在沒有多少留守忍者了，因此，我希望綱手前輩您帶領弟子春野櫻、中忍日向花火三人去往那裡執行任務，徹底封印龍脈！”
“只是封印龍脈的話，有我就足夠了，加上我的弟子春野櫻也算勉強……”前代火影綱手雙臂抱胸，瞟了一眼身旁的日向花火道：“可爲什麼要加上這個乳臭未乾的小傢伙？”
“咳咳，綱手前輩您作爲前任火影，早就徹底掌握了封印之書上大部分的忍術，包括複雜的封印術。春野櫻曾經與鳴人、佐井一同執行過龍脈任務，對那裡還算熟悉。”說到這裡，卡卡西頓了頓繼續道：“但是那裡的樓蘭遺址已經因爲忍界大戰徹底成了廢墟，就連封印之地也被徹底掩埋，必須要有一名強大的日向族人通過白眼能力透視找到遺址準確挖掘位置。現在日向一族之人不是受傷就是外出執行任務，日向花火作爲宗家小姐，具備接近上忍實力，相信足矣配合你們完成任務！”
“切！”綱手晃動着碩大圓球，鬱悶道：“好不容易退休了，現在又要去做苦力！我看叫上我們師徒，也是因爲看上我們的怪力，想要我們去挖那樓蘭廢墟的石頭吧！”
“咳咳……”卡卡西尷尬一笑，他還真是這麼想的，不過絕對不能這麼說，於是補充解釋道：“根據現有資料，和木葉情報分析部門的最新推測……樓蘭所在位置，很可能就是十尾前身‘神樹’首次紮根的地方！而那附近，也是大筒木輝夜與六道仙人兄弟二人發生決戰的地方！！
因爲最初遠古的大戰給大地帶來了不可抹平的創傷，所以風之國成了沙漠，土地變得永久貧瘠！而樓蘭因爲聚集過整個大地的力量，那裡依然擁有綠洲。但也成爲了整個世界的創口，聚集了大地的無窮力量，噴薄着整個星球核心的寶貴力量。所以封印樓蘭也就相當於護衛我們的世界，這種偉大的任務也只有綱手前輩您可以做到呢！”
“哼！”綱手傲嬌撇過頭去，卡卡西的馬屁非常到位，讓她感覺很滿意。
“那……那個……”就在這時，默不作聲的鳴人舉起唯一的左手道：“既然是這麼重大的責任，其實我覺得我和佐助也應該過去，畢竟我們第七班……”
“你給我閉嘴！”還未等卡卡西回答，綱手就一巴掌呼嘯着過去，把鳴人打飛鑲嵌在了牆上，看着對方抖動的雙腿，咆哮道：“你個臭小子傷還沒好，出來嘚瑟什麼，醫療部馬上就要給你移植祖父細胞的手臂知道嗎！？還有，我看你去執行任務是假，爲佐助的罪行開脫是真吧？！”
鳴人用力把身體拔出牆體，抱怨道：“說我是個病號，綱手婆婆還下手這麼重，一點也不懂得溫柔，難怪現在還是單身狗……”
咔咔……
“你說啥？！”綱手接近暴走的邊緣，拳頭捏的梆梆響。
“咳咳……”卡卡西也起身道：“我記得我已經直接將你破格升職爲上忍了吧，你現在這麼閒，難道是我給你的資料都學習完畢了？！”
“額……對對！！”鳴人想起那如山的資料就崩潰，還不如一輩子當下忍呢，識相的他二話不說準備跑路……
“等等！”卡卡西叫住了鳴人道：“很奇怪，有關於樓蘭的旅程，我總覺得有一部分記憶被封印過，所以好多事情都忘記了。鳴人，聽說你是唯一被龍脈能量直接衝擊而活下來的忍者，對於那裡的情報，你有什麼補充嗎？”
“額……”鳴人仔細想了想道：“其實我也不太記得了，似乎我的記憶也被封過。不過在獲得六道仙人爺爺的陽遁力量後，似乎有了一些印象，那裡有個漂亮的紅髮小姐姐，還有年輕時候的老爸，好年輕的卡卡西老師……”
“出去吧！”卡卡西一指門口，顯然覺得鳴人在說胡話來着。
其實他不知道，那裡就是另一個平行世界的入口，他曾相遇過另一個時空的鳴人，鳴人也相遇過另一個時空的卡卡西……
（以下爲究極風暴4劇情）
任務派遣結束後，離開火影樓的花火暗中跟蹤觀察鳴人，目的是確認姐姐雛田喜歡的人到底是否是個靠譜的傢伙。居然說什麼樓蘭紅頭髮的漂亮小姐姐，沒準就是是外面有“狗”了。
結果她被鳴人發現，逃脫兩次之後花火提出與鳴人交手的請求。而鳴人在不知道花火的身份下無奈接受了挑戰，花火三次被擊敗，並因此承認鳴人的實力。
鳴人覺得花火的傲勁很像一個人，花火感慨鳴人的遲鈍並說出自己的身份。最後希望鳴人能好好照顧姐姐。鳴人大吃一驚，後來雛田趕到，並害羞表示不用在意花火的說話。
當天下午，在綱手帶領下，春野櫻、日向花火三人接受了風之國的任務，踏上了前往樓蘭的旅程，目標是找到並且徹底封印再次暴走的龍脈！
另一方面，平行時空木葉12年也即將有個隊伍踏上樓蘭旅程……