網絡管理侷限於職權，察覺不到暗流洶涌。日本政府則因爲數次關於數碼世界的危機而陷入了無休止的政爭，執政黨地位岌岌可危，首相接連更迭。而在美國，數碼VT公司總部。維納斯獸在保護着彩羽麗在數碼世界重建後回到人類世界後本想趁着彩羽尼奧不在一走了之，但突如其來的弧光機讓她陷入混亂之中。
彩羽尼奧被黑色污泥侵染後似乎多出了某些性質，導致他無法回到人類世界，高石武亦是如此。這或許是因爲兩個世界的不兼容。僥倖不死的西格爾帶着彩羽尼奧的意志回到洛塞勒摩斯研究所。托馬、西格爾、藤本秀人、倉田明宏，在失去彩羽尼奧的彌合後各行其是。基於此時相對安全的環境，以及與彩羽麗的羈絆，維納斯獸最終決定留下來。
因爲生化雜合技術使得雙腿被治癒的彩羽麗乍一獲得自由，頓時不願意再被拘束在公司裡，萌生了外出遊玩的想法。彩羽尼奧不在，西格爾、托馬等人自然做不了彩羽麗的主，加上有維納斯獸的保護，又有藤本秀人的支持，彩羽夫婦也就同意了——彩羽尼奧和彩羽麗當然不是石頭縫裡蹦出來的。
甚至托馬也將妹妹莉莉娜託付給彩羽麗，兩個同病相憐的女孩（莉莉娜要更嚴重一些，小時候基本上就是在搶救中度過）又因爲相同的原因治癒，如今能夠出去走一走，就如飛出鳥籠的金絲雀，頭一次呼吸自由的空氣。維納斯獸則幻化成一名成熟貴女，作爲兩個女孩的監護人陪伴她們。
彩羽麗和莉莉娜從美國出發，首先去了黃石公園，然後是好萊塢、舊金山、拉斯維加斯，幾乎按照《美國國家地理》走了一遍，她們喜歡這種用腳丈量大地的感覺。之後是歐洲，英國的巨石陣、法國的盧浮宮、挪威、瑞典……幾個月後，她們踏上了意大利的土地。
視線回到黑暗區域，暴君天使獸X·天人形態放棄了整治大罪之門的想法，對彩羽尼奧卻不會放心，他仍在思索斬斷大罪之門“觸手”的方法——如何殺死彩羽尼奧和高石武。
按理說，有了墮天地獄獸的例子，只要用X抗體將莉莉絲獸踢出七魔王之位，就能阻止高石武的行動。同時死亡獸的例子又告訴他這種方法治標不治本。何況陸峰手上也只剩最後一份X抗體，給莉莉絲獸？有點捨不得啊。
這時，從地牢裡傳來的消息轉移了陸峰的注意力——美樹原諾倫在奈奈美各種無節操的刑訊手段下終於屈服了。
從美樹原諾倫那裡能得到什麼？很多很多……
首先就是數碼世界的歷史和各種隱秘信息。衆所周知，數碼世界從最原始的數碼獸到龍族數碼獸蓬勃發展，一直是由主計算機エニアック（ENIAC）與影子主機アタナソフ（ABC）管理，它們是數碼世界最初的主機。即使エニアック被千年獸派去的人造馴獸師所傷，又在光明獸暗算克羅倫獸時不計代價阻擋暴君天使獸X·混沌形態所毀，那也還有影子主機アタナソフ在！管理數碼世界的權限又是如何到了伊古德拉希爾手裡？
這就要詳細說說最初的數碼世界究竟是個什麼形式了。秋山遼的穿越之旅因爲只涉及主機與千年獸，對這方面沒有描述，但從美樹原諾倫嘴裡就能知道很多事情了。
如果稱エニアック管理數碼世界的那段時期成爲太古時代的話，那麼這個太古時代一定還有另一個名稱，叫做“神話時代”！在久遠的不可想象的時間以前，阿卡迪獸·超究極體層作爲反抗軍的領袖，反抗善行的存在，而死亡獸、究極魔獸、莉莉絲獸等一大片天使系元老都有參加。有猜測這個存在是人類，有猜測這個存在是光明獸。但當天頂之門的光輝灑下之時，所有人都應該知道，這個善行的存在指的是天頂之門裡的那位。
從美樹原諾倫嘴裡，陸峰和奈奈美也得知了它的名字——無聖！
以及大罪之門裡的那位的名字——古蛇！
無聖，即大悟之鏡無凡聖，不捨凡，亦不求聖。易經有言：羣龍無首，天下大吉。無聖，頗有這個意味。
據說無聖是百翼天使的樣子，它的真實面貌無人見過，當它行走於大地時，善行之光明耀於天地，那光芒並不刺眼，卻遮掩了無聖的真實樣貌，人們只能看到那光環中朦朧的上百羽翼，以及漂浮上善行之光上的神聖符文。
無聖有無上大能，傳聞它的隨意一擊都能逆轉時空，隔斷生死。
古蛇，通俗地說就是最古之龍（同理，大龍即是最初之蛇），神話中使撒旦的具象化。宗教意義爲惡魔之首。
古蛇的形象比較明確，它擁有七個頭，十個角，全身被七**法陣包裹，無人能夠靠近。它的尾巴粗壯有力，只要輕輕一揮，便能掃掉天空中三分之一的星辰……
這個形象是不是很熟悉？光明獸·撒/旦形態是一條紫龍，擁有七片翅膀，每片翅膀上都有一種顏色的魔法陣。某種程度上說，就是簡化版的古蛇。
無聖座下有星辰砂數般的天使，古蛇則擁有無盡的黑暗之海以及……深潛者！從無數屍骸（數據殘骸）中誕生的古怪生物。
無聖在星空王座之上，俯瞰腳下的世界，而古蛇盤踞在深淵之下，眺望人間。
一上一下，無聖與古蛇代表了世界的兩端，它們是數碼世界存在的基石，是世界的框架，是世界的根源，亦是世界的真理！
從這個角度上來說，數碼獸，乃至管理它們的主機都是外來者！都是人類投射到這個數字的世界裡的異物！這也符合第六部數碼世界自古長存的設定。數碼獸只是網絡世界在與數碼世界交叉後在野生動物研究小組等等人類的異想天開下誕生的產物。
如此一來，エニアック與アタナソフ壓力不要太大，這也是爲何太古時代需要兩臺主機來管理世界的根本原因！
由此可見，神話時代的平衡是非常脆弱的，而千年獸的舉動恰好打破了這個平衡！主機力量的削弱帶來的是全面戰爭！擁有無上力量卻智商不夠用的古蛇最終被無聖封印！
沒錯，大罪之門的建立者是無聖！
事實上，古蛇亦是獸型數碼獸的源頭，而早期的獸型數碼獸通常都智商不夠用。無聖，理所當然是人形數碼獸的源頭。
不是說它們是兩種數碼獸形態的原型，而是指它們影響了整個數碼獸種族朝着這兩種形態演化，乃至發展爲對立。
而無聖，作爲天使系的創造者，它的性格，比光明獸還要冰冷，這纔會引起阿卡迪獸的起兵反抗。從大宇宙意識或者命運的角度來看，理想之鄉以及阿卡迪獸的誕生，更是數碼世界爲了平衡無聖而做出的補救舉動。這裡面當然也少不了封印中的古蛇的手腳，理想之鄉最後化爲黑暗區域，漂浮在黑暗之海上就可見一斑。
那場大戰中間的變故無人知曉，美樹原諾倫只知道最終的結果是影子主機アタナソフ毀於一旦。無聖被限制在天頂之門中，還有三百六十扇門戶合力封印天頂之門……
那個時候，伊古德拉希爾剛被建造不久，而建造它的，正是美國51區！兩臺主機或損傷，或毀壞，使得伊古德拉希爾順利接替了主機權限，成爲鼎鼎大名的“世界樹”。與伊古德拉希爾一同或稍後出現的還有“蓋亞計劃”與統治者蓋亞、伊利亞斯計劃與主機荷馬……
這或許就是爲何數碼世界會誕生那麼多平行世界的原因。
四大龍的出現就在這場大戰稍後的時間。那時候古蛇被封印，數碼世界最大的種族，龍族數碼獸於是誕生了自己的至強者。正應了尼采的那句話：“神死，然後超人誕生！”，可以說伊古德拉希爾所做的第一件事就是封印剛剛誕生的破滅魔龍獸。
七魔王的傳說則要早一些，在阿卡迪獸兵敗身死的時候就有魔王登位。相對的，光明獸那個時候還只是一隻普通的成長期。正常的光明獸本來就應該只是成長期，各種意義上的。
這一切的改變都是從一條黑蛇潛入了天界都市開始……
所以說古代數碼世界被吹的神乎其神的光明獸用自己的側面創造出三大天使這樣的高位天使的事蹟，如今看來就很有些水分了。光明獸很可能只是按照神話時代的高位天使重新“創造”出了三大天使。至於其公認的天使型數碼獸始祖的地位……好吧，起碼在Belldandy層，這種說法是正確的。
從美樹原諾倫口中述說的歷史，即使早有準備的陸峰也大吃一驚，這些東西，即使是神聖天女獸的神聖城堡中那座號稱“數碼世界最大最全的圖書館”，或者是早年基路比獸的圖書館也完全沒有記錄。
心頭之震撼，久久不散。