其實，魏源打心眼裡就不相信鼓這些搗起太平天國的頭頂草棵子、兩腿滿是泥的狂野之人，能夠把諾大的中國整治好。
在他還沒有一心的參禪悟道之前，他甚至也是毫不懷疑地認爲，中國有史數千年來，真正能夠扯得上“盛世”的年代，僅有康乾。那個時候的他滿心眼子想做的，就是一個他的大清的中興之臣。他相信，只要皇上，哦，後來是太后，甭管是誰了，只要他們能夠採納了他的思想，大清不但能中興，而且還一定會比康乾更出彩。
然而，事實卻是並非如此。
在獄中，不管他願意不願意看，太平天國方面出版的《新天京報》和《東方報》，總會按時地擺放到他囚室的案頭。起初他絕對不願意看，那些造反者的宣傳，對他這種飽學之士來講，哪裡會有什麼值得一看的，那無非也就都是一些譁衆取寵的庸俗東西而已，要說有用的話，也只配在他坐馬桶的時候，替他清理清理米田共。爲了防備自己不經意間墜入那些大清的反叛者的陷阱，他甚至時刻地提醒自己，絕不在這些污七八糟的文字上看半眼。不僅如此，就是那個已經背叛了大清，轉而又歸順了太平天國的曾國藩給他的數次來信，也同樣看都沒看過，就被他丟盡了馬桶中。
但這種堅持的時間並不長，大概一個月左右，偏偏還就是在一次蹲馬桶的時候。他實在閒來無事，順眼就在手上拿着預備做擦屁股紙地一份《東方報》上瞟了幾眼，這一瞟之下，他上癮了。
當然，他還會勸告自己，即便對方的報紙有多麼多麼的容易使人誤入歧途，但只要自己帶着批判的觀點去看。則可使自己一方面會對牢獄以外的世界有所瞭解，另外一方面。也可以從其中看出太平天國這些人的真實嘴臉。如果有一天自己還能拿起紙和筆，失去了自由的他，同樣可以在牢獄中與他地敵人繼續戰鬥下去。
好象是蒼天理解了他的苦心，沒過幾天，已經有一年多沒見過地筆墨紙硯，居然就被送進了他的囚室。
魏源似乎忘記了他早已經遁入空門這檔事，從此開始。讀報、寫文章，又成了他的第一嗜好，那些獄方送進來的佛經典籍，卻被他漸漸地冷落到了一邊。
他必須得承認，太平天國這些報紙上刊載的主要文章，都絕非是出自一般人的手筆。尤其是他所看到過的那些署名林海豐和鄭南地文章，其文采之優那是自不必說，其內容卻不僅如投槍似匕首。對於老百姓來說，還極具蠱惑和煽動性。
正因爲如此，在隨後的一段時間裡，儘管不會有人把他的文章也能拿到那些報紙上去公開給全天下的人看，但這並不妨礙他，他照樣曾經寫出過諸如“大同若夢”和“均貧富實屬盜匪之舉”、“無恥的欺騙與無知的愚民”等等的隨筆。用來批駁太平天國政府鼓吹的那種夢幻般地所謂天下大同的理想世界，並“深刻地揭露”太平天國政府在其統治區域內所進行的土地革命，根本就與打家劫舍的瘋狂盜匪一般無二。
在隨筆中，他痛斥太平天國的洪秀全、楊秀清等人裝神弄鬼，用一些低級可笑的歪門邪教，欺騙大衆。尤其是近幾年被太平天國上下一力吹捧地那兩位所謂的“真神”——林海豐和鄭南，更是太平天國滑天下之大稽的愚民手法。他“一針見血”地指出，太平天國領導的這場歷史罕見的大規模造反之舉，不但不會給中國的百姓帶來任何的幸福，還會把中國引進更加墮落、更加愚蠢的深淵之中。
他還寫過“軍事同盟絕非開門揖盜”。在這類的隨筆中。他一反過去在他的著作中，再三警示人們務必要提防沙俄地狼子野心地論調。甚至也不再提他過去的“師夷”只是手段不是目地，而目的只是爲了“制夷”，即要戰勝和制止西方列強對中國的侵略，改變中國落後捱打的局面，從而使中華民族立於世界民族之林的理念。
他開始謳歌原本是中國的兩個入侵者之間的狼狽爲奸，爲“忠實的中俄之友誼”，從政治、軍事，甚至詳細到武備等各方面，來論證他那“中俄同盟將令無知的反叛者徹底警醒”的正確性。他預言，在中俄聯軍面前，太平天國的軍隊勢必將一敗塗地。
而沙皇俄國的介入，正好能夠爲中國走向世界打開一個敞亮的大門。從此，過去閉關自守的中國，將會主動地融入世界這個大家庭，他一向鼓吹但始終難有人願意接納的種種偉大思想，必將煥發出勃勃的生機。“夷之長技”絕不是“奇技淫巧”的觀念將深入人心，而以往中國人見所未見、聞所未聞的諸如量天尺、察天筒（水銀溼度計）、定時鐘、天船（熱氣球）、風銃（氣槍）、甲板船（軍艦）、千里鏡（望遠鏡）、天炮、水琴、風琴、風鋸、水鋸、風磨、水磨、吊橋、顯微鏡、自來水、自轉礁、樂櫃（管風琴），以及伏打電池、靜電儀、避雷針等等的一切，在不遠的將來，都會成爲中國人的掌中玩物。
當然，從太平天國的報紙上，他也知道了法蘭西等國與太平天國政府打得火熱的消息。但他並不因此就感到氣餒，或改變他的定論。他經過一番之後所分析得出的結論是，那些洋人之所以會跟太平天國裹在一起，無非就是爲了謀求各自的利益，從太平天國政府這裡得到比大清那裡更多的實惠而已。他們之間的友誼僅僅是暫時的，不穩定地。一旦北方的中俄聯軍捲土重來，太平天國政府勢必將成爲孤家寡人，而這些列強就會從背後向太平天國政府捅刀子，尤其是英吉利。
唉……真要是到了那一天，中國的大災難的就難以避免了。不知道又會有多少的領土被英法美等列強瓜分，大清即使有一天想收回，那得付出多少的銀子和心血啊！
不過。魏源雖然這麼想，卻並沒把他所分析到的這些關鍵點寫到他地隨筆裡去。他其實是生怕他的這些文章會被搜走。並由此引起太平天國政府地注意。
然而事與願違。太平天國工農紅軍，一夜之間突破了所有“中俄聯軍”的黃河防線。儘管這個消息還是來自太平天國方面的報紙之上，但魏源不得不相信。因爲，沒有哪個政權敢拿這種天大的事情來忽悠老百姓的。要說魏源真是有些可憐，他忘記了，在類似這種天大的事情面前，他的大清朝廷可是沒少忽悠過。廣州、鎮海、定海等等……
在此之前。魏源地身體就已經感到不適，好在獄方爲他提供了規格極爲高檔的治療，他才能將他拿起筆做刀槍的日子延續下來。如今，又遭到這麼一記超強的迎頭痛擊，他再也支撐不住了。
病情急劇惡化的魏源離開了監牢，被送進了杭州的一家紅軍醫院。在這裡，自感去日無多的魏源，清楚地看到和感受到了太平天國政府上上下下對他的無比關心。儘管他從不睜眼看那些杭州太平天國地“草頭”官員們。但是，那位杭州市的市長和他的同僚們，卻照樣隔三差五地走進他的病房。
“無論付出多大的代價，必須要挽救他的生命！”
不管魏源愛不愛聽，或是相信不相信，杭州官員對醫生們這種毫無商量餘地地言語。是他所能聽到的最多的話。隨後，就是一批批由各地趕來的中外名醫，走馬燈等似的在爲着他一個人奔忙。
經過多方的會診，一個令魏源難以忍受的治療方案出臺了。爲了延緩他的生命，他必須要接受外科的手術。手術？那就要意味着被破膛開肚！
這還了得，身體髮膚受之父母，豈容他人隨意擅動？別看魏源長期高唱“師夷”，可輪到這種事情，他是無論如何都不肯幹的。不僅魏源不幹，就是被請到了杭州地他地子女們。同樣也一百個不願意。
但是最後。手術依然如期進行。
經過了半年的恢復，魏源地精神好了許多。他發現。“開膛破肚”這種西洋的招數倒是蠻有用的，幾刀下去，居然就把他從鬼門關上拽了回來。然而，他還是不明白，他們爲什麼要在自己的身上下這麼大的氣力？
這個時候的魏源突然想家了。
十幾天後，在太平天國杭州市政府的周密安排下，魏源終於踏上了迴歸揚州之路。其實，魏源這次之所以能夠迴歸揚州，並不是因爲他自己親口提出過什麼要求，而僅僅是因爲守在他身邊的看護們，曾聽到過他連續幾天的夢囈。
在揚州，魏源又被安排住進了醫院，他也可以隨時見到他的任何一個親屬了。直到這個時候，魏源才鬧清楚，原來，他的“夢話”經由看護轉告到了紅軍醫院的高層，繼而被迅速通報到了太平天國政府在杭州的最高長官，隨即，又被加急呈報到了天京。是天京方面做下了決定，要求杭州市府務必絕對安全地把他護送回揚州。此時的魏源終於明白了，儘管這幾年來他一直置身於杭州的牢獄中，但他的一切，卻全部都在天京太平天國的最高方面的直接掌控之下。
不僅如此，躺在揚州醫院病房內的魏源，還終於弄清楚了，爲什麼儘管他和他的家人再三反對，但“開膛破肚”的“野蠻”治療方法還是照樣用在了他的身上？原來，批准他的手術方案的不是別人，正是被太平天國那些“無知的愚民”們奉之爲真神的神秘人物——林海豐。