時間在不知不覺間過了三年。
三年來，忍者世界發生了太多的事情。
首先是來自曉的反攻，曉集團霸佔着五大國的經濟要脈，又從經濟上控制了政治，接着從政治入手，由恐怖組織漂白成了慈善機構，幾大叛忍又用各種讓人無語的理由，像是嘲諷一樣的，光榮的返回了各自的忍村，接受着如英雄一樣的待遇。
這只是曉的第一步，問候。
接着，曉用時空忍術進入相互傳播而創造了報紙。
以慈善的名義，將電視普及到了五大國的各個角落。
極大的改善了民生的同時，也在不爲人知的情況下，得到了最強的武器，大衆的輿論。
陷阱的佈置完畢，第二步，報紙上跟電視上極其現實與直白的陳述了忍村的黑暗面。
五大忍村包括沙隱村在內，那個沒有一點半點不爲人知的黑暗。
如一根刺一樣的刺進了人們的心頭，民衆們對忍者開始抵制起來。
木葉的曾經超級牛X的一代強人，木葉白牙，就是被輿論給弄死的。
無形的中傷中，各大忍村的不同忍者極其艱難展開着工作，有些小忍村都相繼破產，意志不堅的忍者更是自殺了事，不是誰都有鳴人那麼粗的神經的。
大忍村爲了村子的未來，秘密的召開了五影大會，準備秘密的對曉進行反攻。
最後決定以斬首形式，將曉進行清理。
三忍之一的好色仙人自來也這三年來一直打聽着曉的行蹤，這時終於露了一次大臉。
曉在世界各地的各大基地都被這人挖了出來。
反攻，就在這一天。
旦丁三年前出去調查曉的蹤跡就這樣神秘消失了，具可靠情報，他是在跟曉的成員接觸並且大戰後，才消失的，這也變向的增長了木葉一方於旦丁交好的人對曉的仇恨。
新生代忍者忍者中，木葉的十二小強在這三年來各自得到大幅度的成長，已然都成了獨當一面的忍者。其中鳴人與佐助更是達到了影級的實力，小李，日向寧次等個別更是到達了精英上忍的級別。
沙隱村的我愛羅也在一年時間裡接任了風影的位置。
五大國制定戰略，分攤了各大基地，木葉負責的是雨之國，草之國以及鐵之國。
這次決定的是忍者的未來，其中有首領坐陣的小國自然要由五村爲首的木葉一方解決。
三日間，幾乎世界大戰一樣的格局出現在各地。其中甚至包括海外的水之國。
不知不覺已是二年過去。
兩年前的偷襲閃電戰，五大忍者村雖然出奇不意的反攻，讓曉組織與五大國的頂級戰力，以王對王的形式展開戰鬥，以戰略性的武器人力柱進行壓軋。
最後決定戰爭走勢的一戰，被定在了雨之國。
最後的戰鬥自然慘烈無比，其中最有看點的，自然是鼬與佐助的戰鬥，在鼬手下留情的情況下，二人雙雙失去戰鬥能力。
關鍵時刻，就在人們都以爲五村聯盟勝利時，曉的強援，大蛇丸與帶着面具的阿飛登場，一舉扭轉了整個局勢。戰場上，阿飛搶奪了重傷狀態下長門的輪迴眼。以狂風掃落葉之勢橫掃戰場。
在生死存亡之際，雲隱一方的八尾人力柱奇拉維，加上沙隱一方的風影一尾人力柱我愛羅，接連爆種。拖住了獲得寫輪眼，並覺醒萬花筒寫輪眼的大蛇丸。
木葉一方九尾人力柱的鳴人爆出仙人之體，以六道仙人模式對戰真身不明，但擁有永恆萬花筒寫輪眼與輪迴眼的阿飛。
無比激烈的戰鬥中，還是主角更勝一籌，阿飛被重瘡，然後遁走。
二年時間過去，五大忍者村又在經濟制霸與大衆的輿論下，明面上相繼解散。其跟本原因則是人們不再相信忍者了，那一場大戰，所毀滅的地方不計其數，災後的人們自然會把仇恨加註在忍者身上。
忍者雖然實力強大，受着各式各樣的尊敬，跟其跟本，也是依附在人民身上，人們不到你這裡出任務，你用什麼錢養活自己。人民是盲從的，也是無知的，有個帶頭，就會形成一股無法忽視的力量。
....
秋天吹着清爽的風扶過大地。
波之國，平和的小國里人們日出日落，靠海吃海。
伊那裡是這個海邊小國普通小民，這天到海邊收網時，見到了一生都難以忘懷的場景。
巨大到無邊的飛艇從上空遊過，同時上面傳來聲音。
“吾將統治這個世界，從此以後，你們這些雜碎都將是我的奴隸”。
飛艇的速度極快，一閃而過，而那聲音卻傳播的老遠。
飛艇上那狂妄的聲音不僅火之國聽的到，在飛入空中消失後，進入了風之國的境內。
同樣的聲音響起，五大國，無數小國都聽到了相同的聲音。
這個聲音帶給五國大地上的人們是一種惶恐與恐懼。
第二日。
水之國邊境，海岸裡走出了無數的一身純白的絕，以及，人們熟悉的身影。
那是在兩年前的大戰中喪生，或者在更久遠的時間裡戰死，或逝去的人。
黏土轉生。
戰爭再次爆發了。
只是這次民衆們發現，抵抗這些不死人的忍者，都不見了。
忍村消失了，忍者自然不會出現。
當第三個村落的民衆被殺光，而被殺死去的人又再次復活，帶着不死的身軀向着下一個村落進發時，忍者，終於出現了。
這些由明轉暗的忍者們也是肉長的啊，而且這些復活的人當中也有自己過去的戰友啊~。
五大忍村以及無數小忍村的忍者紛紛再次由暗轉明，再次進入人們眼中時，這些不死人已經聚集了相當恐怖的數量，上忍之上的強者也紛紛出現。
其中最後恐怖的，是五大忍村的歷代影級強者以不死之身重現江湖。
由暗轉明的五大忍村爲了這次末日一樣的戰爭，五大忍村合而爲一，合併抗日部落。
而首領，則推選了在預言裡稱爲希望之子，擁有六道仙人模式，完全控制九尾，實力最強的漩渦鳴人，雖然在二年前，他跟佐助因爲不明身份的暗算，生理上轉變成了女性。不過實力最強，依然毫無爭議。
這起戰爭進行了半個月，忍者們雖然找到了封印術式封印這些不死之身的忍者，但無數找到跟源，封印再多的不死忍者，也是白搭。
於是，自來也進入了妙蛙山問了妙蛙仙人，指明一條明路。
妙蛙仙人通過預言，爲人們指出一條正確的道路。
樓蘭，忍者們也終於知道了散播所有術式的源頭就在風之國。
於是，在奈良鹿丸與其父奈良鹿久的制定下，名爲‘終級抗日’的戰略被定了下來。
鳴人，奇拉比，我愛羅，是抗日部落僅存的三名人力柱，也是可以完全控制住尾獸的三人，剩下的六名人力柱在二年前的戰爭中，或投入曉的懷抱，或在當時戰死。
而奈良父子的計劃裡，三位人力柱要在正面佯攻，吸收大部分火力，關鍵時候，放出尾獸。
然後再組織一支奇兵，從背後直搗黃龍，破壞術式的源頭。
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