然而，無論是蓋亞，還是阿賴耶，都沒有想到的事，她們原本只是想要守護這個是世界建立的英靈之座，甚至還不惜代價的將之移動到世界外側，讓它從這個世界的時間束縛中解脫出來的這一舉動，在更好的守護了這個世界的同時，卻也爲這個世界帶來了更多的麻煩。
首先，因爲英靈之座遊離於這個世界的時間之外，不受世界的時間線束縛，使得不同的時代人們，都可以溝通英靈之座召喚出英靈，而這些被召喚的英靈們，卻又偏偏都來自於不同的時代，如果只是召喚出了古代或者是架空世界的英靈還好說，但是，未來的英靈也可能會被召喚出來，當他們被召喚出來之後，就會在過去留下未來的名號，這就導致了一個個時空悖論的產生，從而引發了時間線的混亂，更有甚至，在遠古時代被留下了未來的科技，或者說，一些能夠影響人類進程的大人物，知道了自己的歷史軌跡之後，並想要將之更改。
這些混亂的時間線被世界記錄了下來，從而又導致了許多虛假錯亂的歷史產生，而這些錯亂的歷史所引發的動盪，甚至足以更改整個人類文明的進程，這個結果自然也是有好有壞，好的結果可能會讓人類變得更加繁榮了，而壞的結果，則可能導致人類在未來被滅絕了，甚至於連星球，都有可能被影響到。
而且，隨着這些英靈的亂入和時間線的混亂，使得蓋亞對神秘力量的封鎖也出現了漏洞，有的人類藉助着英靈的力量，成功溝通了他們本不應感知到的根源之地，竊取了被蓋亞封印在那裡的魔法知識，從而在神秘力量不斷消褪的大環境下，再度誕生出了一些擁有超凡之力的人類，這些人類中，甚至於還包括了五個成功領悟出涉及了世界根源法則魔法的，這種超乎常規的不合理存在，而根據這五個人領悟魔法的先後順序，這五種涉及了世界根源法則的魔法，則被冠以了第一魔法到第五魔法之名。
因爲這種根源魔法足以對世界產生巨大的影響，在發現這個情況之後，蓋亞和阿賴耶及時出手，制止了根源魔法知識的擴散，具體手法嘛，無非就是通過威逼利誘等手段，和領悟了根源魔法的存在簽訂鍥約，讓他們成爲這個世界的守護者，將他們的力量和知識用於守護世界，並且不準將這份力量再傳授出去，當然，五個人裡面也有不同意的，結果自然是被蓋亞和阿賴耶給抹消掉了。
雖然蓋亞和阿賴耶的行動很果決，沒有讓根源魔法擴散出去，可是有關根源魔法的消息，還是被傳了出去，包括如何溝通根源等等，這自然引起了無數人的覬覦，掌握着根源魔法的幾個存在，無一不成了衆人追逐的對象，只不過，因爲和蓋亞以及阿賴耶簽訂的嚴密契約，他們也不可能將這力量傳授出去。
問題出現在了第三魔法的領悟者上面，所謂的第三魔法，也就是靈魂物質化魔法，換言之，就是可以隨時用魔力構築肉體或者是軀殼，同時又將靈魂化身爲永動機一樣的存在，擁有着無窮無盡的魔力，可以不停地構築出各種物質，達到另一種意義上的不死不滅的魔法。
這位第三魔法的領悟者，仗着自己領悟的靈魂物質化魔法，擁有着不死不滅的魔法特性，絲毫不害怕蓋亞和阿賴耶的威脅，不僅沒同意和她們簽訂契約，還大張旗鼓的招收弟子，傳授關於靈魂物質化魔法的知識，結果她的行爲自然引起了蓋亞和阿賴耶的怒火，最終被消滅掉了。
諷刺的是，這位第三魔法領悟者，雖然擁有着大量的弟子，卻沒有一個能真正繼承到她的魔法，領悟出靈魂物質化，反而是她生前實驗靈魂物質化魔法時，所製造的一具人偶，卻意外的繼承了一部分關於第三魔法的知識。
只不過，因爲當時人偶並沒有被激活，還不算是一個生命，所以無論是蓋亞，還是阿賴耶，都完全沒有注意到那具人偶的特殊性，直到許多年以後，那些在第三魔法領悟者隕落之後，四散到各地的弟子們，心有不甘的重新回到了，他們老師曾經教導他們的地方，在那裡找到了那具人偶，並花費了數百年時間，將那具人偶成功激活之後，靈魂物質化魔法纔再度出現在了世人的視野之中。
雖然人偶成功被激活了，但是這具人偶本身所繼承的第三魔法並不完整，每次使用靈魂物質化魔法，不僅在效果上完全不能和第三魔法的領悟者本人使用的魔法相提並論，而且還要歷經數十年的漫長冷卻時間，才能再次使用，再加上玩偶也根本沒有辦法離開，這一片她曾經被製造出來的範圍之外，否則就會急速衰老，最終滅亡，這當然也是後來，阿賴耶和蓋亞注意到玩偶的存在時，沒有過多去理會的原因。
因爲當初被第三魔法的領悟者，使用靈魂物質化魔法制造的人偶太過珍貴，只流傳下來了這麼一具，那些第三魔法領悟者的弟子們，在研究這句人偶的時候，不得不萬分謹慎的對待，他們用盡了辦法，嘗試着想要複製出一批人偶來進行研究，然而數百年間，卻沒有一次能夠成功。
轉眼又是百餘年的時間，那些第三魔法領悟者的弟子們，漸漸的感到絕望了，他們紛紛選擇了放棄，離開了這片傷心之地，只留下了那一具玩偶，和一些在數百年間弟子們不停仿製玩偶時失敗的造物，相當數量的人造人們，依舊堅持不懈留在那裡，想要重現第三魔法。
時間推演到了無數年之後，也就是在未來的一個時間點上，一個懷揣着復興魔法時代偉大夢想的年輕魔術師，機緣巧合之下，進入了玩偶所在的那片領地，並且結識了依舊在堅持不懈的嘗試着，想要重現第三魔法的玩偶，兩者不謀而合的決定，嘗試着通過一個儀式，重現第三魔法。