使徒已經全部消滅了，在最後一位使徒渚薰被擊殺後，NERV迎來了前所未有的平靜時光。
這段時間平靜讓人難以想象，以至於很多人都在暗中討論，是不是NERV要解散了。畢竟他們的任務就是對付使徒，阻止第三次衝擊降臨。
現在使徒已經全部伏誅，那它們這個組織也就沒有存在的意義了。
“唉，最近都沒有使徒來襲了，突然都覺得我們的生活是不是太安逸了！”一名短髮的年輕人抱怨道。
“我靠，你的腦袋有毛病，使徒來襲是要死人的，你還希望有使徒來攻擊我們這裡。像這樣平平靜靜的，大家上上班喝喝茶不是挺好的嘛？”坐在短髮年輕人旁邊的一位中年人有些不爽的訓斥了這個年輕人一頓。
他們這些中年人巴不得沒啥事，畢竟自己還有一家老小要照顧，早就不是尋求刺激的時候了。
看着底下的人員在哪三三兩兩的聊天喝茶，無所事事的樣子，葛城美里擔憂的看着身後那個空蕩蕩的指揮席。
碇源渡總司令不見了，冬月副司令也不知所蹤，沒有人知道他們去了哪裡，也沒有人告訴她下一步NERV將要去做什麼，這種難得的平靜下面總有一種山雨欲來風滿樓的感覺，讓葛城美里心中不得安寧！
“是我太多疑了嗎？使徒已經全部殲滅，人類阻止了即將到來的第三次衝擊，我們應該勝利了纔對啊！”
葛城美里自言自語的說道。
但即使自我催眠，她也無法欺騙自己，NERV的目標絕對不是什麼擊殺使徒，而是有更加深一層的目的。但是她這個指揮官卻被矇在鼓裡，絕大數的NERV成員也都被矇在鼓裡。
他們就像乘坐一艘快要觸礁的輪船，明明前方就是萬丈深淵，但是沒有人會跳出來告訴大家我們即將死去，而是爲了保持穩定，默認讓這些不知情的無辜者就這樣白白的去送死！
葛城美里討厭這種感覺，她討厭這些虛僞的政客，爲了各自的利益，將這個世界變得如此複雜，將人類最黑暗的一面體現的淋漓盡致。
就在葛城美里沉思的時候，一個秘密的通訊傳遞到了她的耳機中。
“美里小姐，末日即將來臨了，你準備好了嗎？”一個熟悉的聲音在她的耳邊響起，讓她不由得愣住了。
“三號機駕駛員雲啓，你，你到底知道些什麼？什麼末日，我們不是已經阻止了末日的出現了嗎？”
“美里小姐，碇源渡的話你也信嗎？”
“哼，你一個小孩子，居然會質疑大人，既然你懷疑碇源渡總司令，那爲什麼我不可以質疑你的話？”
聽到美里的質問，雲啓一下子愣了一下。小孩子？也對，現在他這個身體才十六歲多，還真的是小孩子一個。
無奈的笑了笑，雲啓接着說道：“好吧，美里小姐，我知道你還有懷疑，我剛剛發給你一封郵件，相信你看完後就會明白我說的話是真還是假了！”
說完，雲啓就通過秘密通信渠道，將一封加密文件發到了美里的私人郵箱內。
接到通知的美里立刻打開郵箱瀏覽起來裡面的信息。
“這，這不可能，人類補完計劃的真面目怎麼會是這樣？”
看完這封郵件，美里的雙手都在顫抖，她完全無法相信，自己信任的NERV欺騙了她，碇源渡也欺騙了她。而SEELE甚至欺騙了整個世界。這些隱藏在幕後的黑手纔是最大的BOSS，他們的目的並不是拯救世界，而是爲了完成和神的約定。
特別是看到SEELE成立的時間超過了兩千年，他們從人類文明誕生之初就在謀劃這個事情，這些被宗教徹底洗腦的瘋子們結成秘密結社，暗中統治了人類世界絕大部分的力量。他們通過推動整個人類社會的科技進步來完成和莉莉絲的約定，從而完成最終補完計劃。
可是這種將全人類獻祭，讓靈魂迴歸莉莉絲的手段根本就是毀滅整個人類文明。難道成神就這麼有吸引力嗎？難道人類憑藉自己的力量就不能抵達最終的彼岸嗎？
這一刻，美里對NERV的忠誠，對碇源渡的忠誠徹底消失，遺留下來的只有阻止他們拯救人類的決心。
“你能保證這些信息絕對準確嗎？”美里臉色鐵青的問道。
“當然，不過你現在已經沒有時間來揭露NERV，揭露SEELE的罪行了，因爲他們已經開始發動最後的獻祭儀式。很快就會有不明身份的部隊對NERV本部發動攻擊，你們抵擋不了多久。”
“你說是SEELE會向我們動手，是嗎？”
“不，應該說是被SEELE矇騙的各國政府，根據我的信息渠道反饋，對方派出了三個特種作戰旅，即將對NERV本部進行全方位滲透攻擊，同時第十一，第十三聯合艦隊以及第五，第七聯合航空大隊也將加入攻擊。NERV是對使徒要塞都市，對於人類軍隊的攻擊，是無法抵抗的！SEELE已經在聯合國會議上將NERV定義爲了毀滅世界的元兇，現在你們全部都被定性了爲恐怖分子，遭到全世界的通緝！”
聽到了這個勁爆的消息，美里一時間都有些不知所措。拯救世界的NERV瞬間從英雄變爲了魔王，而那些暗中準備毀滅世界的元兇卻逍遙法外，甚至倒打一耙將自己等人變爲了人類的敵人。
“我答應你，無論什麼要求我都答應，我只有一個請求，保護NERV，保護住這些拯救了世界卻被污衊的無辜者！”
“我答應你，美里小姐！記住我的要求，一定要修好三號機。不能讓初號機被碇源渡或者SEELE奪走！否則一切都將功虧一簣！至於外面的敵軍，就交給我了，我會讓這些躲在幕後的傢伙們看看，什麼是人類的力量！”
說完，雲啓就切斷了通信，獨自向第三新東京市的外圍走去！在哪裡，他需要阻擋住對方的大軍，爲美里爭取一點時間。
而同一時間，在第三新東京市的外圍，大量的神秘部隊正在隱秘的靠近NERV的勢力範圍。
如此大規模的部隊調動居然沒有驚動任何人。不，應該說，整個NERV的信息渠道都被某些別有用心的人屏蔽，他們根本沒能察覺到聯合國軍對他們的包圍。
一場突如其來的襲擊戰即將展開。