正所謂大戰之前必有牀X，有了牀上的劇情，自然也就距離大戰不遠了。
這幾日裡生了些事，先是明日香的二號機被封存，這讓她很不滿，也很不安，不過還好有碇真嗣可以欺負，不……是可以安慰她，而且不久就得到消息，新到達的eva三號級由她來試作駕駛，這讓她心情好受多了。
至於說二號機被封，自然是楚軒和羅甘道得功勞，一位擁有超強駕駛天賦的駕駛員，加上楚軒的佈局，提前觸發某些劇情並不是什麼難事。
甚至於楚軒他們都成爲了nerv的高級顧問，並且把急於知道使徒真相的葛城美里忽悠的找不着北。
這幾日也讓明日香與碇真嗣的關係有了新進展，也說不上是好是壞，總之，雖然她很不想承認，但是確實是在這幾日裡，她的心安寧了許多。
明日香正在電纜車上換衣服，進入eva有特製的戰鬥服，可以增加少許同步率，更有利於駕駛eva，雖然郝任一直以爲是爲了展示女主角們的身材才這樣設計。
明日香則進入到了三號機內部，這時，明日香臉上還帶着微笑，那是一種憧憬的微笑，她，也有了希望，對於未來的希望，只要未來越來越好，每個人都會有對未來的希望，沒有人例外……
“未來，旅遊，大笨蛋，或許還有結……”
明日香臉上的笑容越來越溫柔，而這時eva三號機的啓動已經開始，而就在這時，她看到了eva三號機內部，從最底層開始，紅黑色氣息綿延而上，瞬間而已，吞噬了她，吞噬了三號機全部……
與此同時，在指揮所裡的葛城美里也接到了信息，三號機啓動出現了異常，明日香在eva的插入栓深入度已經過了危險領域，葛城美里立刻叫停啓動，但是所有電腦控制的斷開都是無效，緊接着，eva三號機自行啓動，同時，at力場色彩圖譜所顯示的是……
使徒！
nerv的基地中，楚軒推了推平光眼鏡，道：“計劃可以開始了，時間就是生命，湯姆，你乘坐nerv的飛船前往月球，奪取朗基努斯之槍。
我羅甘道和銘煙薇，阻擋量產機與天神隊可能得圍攻，速度要快，天神隊降臨後，每一秒我們都可能會死，所以你送回朗基努斯之槍的速度，決定了我們的生死！
現在各自出發！”
……
另一邊，隨着三號機被確認爲使徒，信息很快傳遞到了nerv，而nerv也很快的告訴了兩名駕駛員，本就有不祥預感的碇真嗣，手中的播放器掉在地上，第一時間跑去nerv總部，要登上初號機出戰。
不得不說，nerv的效率確實是非常高，他們以最快度將兩名駕駛者載了基地，然後因爲eva零號機還處於破損維護狀態，所以就只能夠由eva初號機出擊。
即便已經有了預感，但看到顯示爲使徒的三號機，碇真嗣仍然陷入了呆滯。
因爲此刻的他已經不是動畫裡時的他了，一是性格的變化，二是他和明日香關係的變化。
事實上，雖然沒有言明，甚至他對凌波麗還有莫名的好感，但是這些日子裡的那種奇特感覺，他和明日香的那種默契感，他也是感覺到了的，雖然沒有言明，但是他已經在心裡默認了和明日香的關係，他要守護她，無論如何都要！
eva的全息屏上，傳來碇源堂月球上的投影：“這是使徒，你可以攻擊了。”冰冷的聲音不帶絲毫感情波動。
“攻擊什麼！？你讓我攻擊明日香嗎！？可惡，可惡，可惡！我是絕對不會攻擊她的！”碇真嗣大聲吼叫着，瘋狂的拍打着eva駕駛艙裡的座椅。
“那你會死。”碇源堂面無表情，彷彿只是在陳述一個事實而已，而陳述的對象，則是他的兒子。
“死就死！那怕是死，我也絕對不會攻擊她，她，她……她是我要用生命去保護的人啊！”碇真嗣依然大聲吼叫道。
此時的三號機已經弓着腰，邁着野獸一樣的步伐朝着初號機走來，在距離千米左右的時候，三號機便是一個虎撲，猛的將初號機按倒在地，猙獰的大口狠狠的咬在初號機的肩膀上。
爲了操控eva，駕駛員的所有感受都是和eva同步的，初號機鮮血淋漓的肩膀上的疼痛，都會絲毫不差的傳遞給碇真嗣，這樣的劇痛，讓還只是高中生的他，臉上露出猙獰的神色。
大腦是會欺騙身體的，如果他的大腦真的認爲他的手臂被斬斷，那他的那條手臂真的可能會很快壞死。
三號機在滿足了嗜血的慾望後，就第一時間要殺死初號機，伸手一把掐住了初號機的脖子，這樣的情形直接反應到了碇真嗣的脖子上，他的脖子上也出現了被掐住的痕跡，但是即便如此，他也依然沒有任何攻擊，而與此同時，碇源堂就冷冷的問道：“爲什麼不攻擊？”
“不能攻擊！裡面是明日香！我是絕對不會攻擊她的！”
碇源堂似乎是在冷笑，只是看不到表情：“你不攻擊會死的。”
“那怕是死也不會攻擊！”
聞言，碇源堂就準備下令切換到傀儡系統，一種明面上說是幫助駕駛員駕駛eva，其實是另有目的而存在的一種設備機關。
碇真嗣此刻已經被掐得快無法呼吸了，但他依然還是從牙齒縫裡憋出話來道：“我……會戰鬥，但是絕對不會傷害有明日香的插入栓，爸爸……我要救出明日香！”
大吼着，初號機一腳將身上的三號機踹飛出去，碇真嗣增長的身體素質，讓他能更加遊刃有餘的操控身體。
加上初號機本就更強，很快便壓制了三號機，但因爲不能傷害插入涮，導致戰鬥束手束腳，一時間無法解決。
不過好歹也算壓制住了，就等着他拔出插入栓，然後解決掉這個使徒了。
這是明眼人都可以看得出來的情景，而這時碇源堂卻忽然說道：“啓動傀儡系統。”