雙方的分歧在於對這件外星來物的處理上。
宇空的父親認爲這件外星文明造物中最有價值的東西是那些他們無法看懂的含義未知的外星符號。如果它們的含義能夠被解析出來絕對能讓人類的科技更進一步，少走很多很多彎路。
這些恰恰是他們手上沒有條件實現的，所以他建議教授把它上交給國家以便最大限度地發揮出它的作用。
然而柳教授卻不同意：
那是他知道我的秘密四年後，31年的事情，你父親提出這個建議後，我就像被踩了尾巴的貓一樣炸了毛，突然無緣無故地大發雷霆跟他吵了一架。
人都是有貪慾的，我知道這個東西中蘊含着世界上最大的寶藏，價值無法估量，而我卻是唯一擁有它的人。所以自拿到它的那一日起，我的心裡就一直有一個聲音在鼓動我，告訴我它蘊含着偉岸的能讓我與衆不同的力量——哪怕它並沒有給我帶來什麼實質上的改變。
只有持有它，才能讓我享受到一種超凡的神靈般地與衆不同的快感，而失去它，我將跌下神壇萬劫不復。
那時候起，我也不知道怎麼地鬼迷心竅，就開始漸漸異化成了一個自私自利的怪物。每一天，我都做着依靠這個東西改變世界的白日夢，性格也變得孤僻很少信任被人，因爲我不允許任何人能把它從我手中奪走！
宇空，不知你是否看過2000年左右時候我那個年代的一部叫做《指環王》的電影，這種感覺就像持有裡面那枚誘人心智的至尊魔戒，一旦接觸，便永遠也放不下直到癲狂，而我就像那持有蘊含着強大力量的它但自己卻無法發揮分毫的咕嚕。
哪怕我心裡也明白交出去很大可能換來的就是一生也揮霍不盡的榮華富貴，但我就是膽小怕事，害怕像電影演得的那樣引來關注使我遭到殺身之禍，再加上我年輕時候也看了不少超級英雄類的電影，也算被“洗腦”了所以對政府本身就有着一種先入爲主的天然恐懼……
當天，我無緣無故地大發脾氣，鬧得很不愉快。不過，作爲我的學生，宇隕也是個尊師重道的人，不管怎麼說畢竟東西是我的，我冷靜下來後他也理解了我的反應，沒再作多餘的辯駁，也依然信守着當初的承諾替我保守着秘密……
可自此後，雙方的關係便疏遠了：
那次爭吵後，我們之間有了矛盾，雖然表面上仍然一團和氣，但談話開始變少，工作上的交流也隨之變少而衝突與爭吵卻漸漸增多，且自那以後他再也沒來過我家。我依然傻傻地守着自己的秘密，而你父親雖然也仍然把握着分寸，但卻也不再考慮我的意見，開始按照他自己的想法走……
時間進入30年代中下旬，恰逢生物技術飛速發展的最風光的那幾年。恰逢主場，宇隕憑着優秀的學術造詣如時代的主角般開始嶄露頭角。而隨着獲得的學術榮譽與成就越來越多，鼓搗出的科研成果與專利越來越多，爲了更進一步忍不住誘惑的他甚至開始不再遵守當初與恩師之間的諾言
——當然，並不是直接把秘密透露出去，而是間接地把從前看見的有所啓迪的東西，比如那些被記錄下的細胞結構等以科研成果的形式發表出去。
這之後的事不用筆記本中的內容提及，宇空也清楚：自37年起，父親就開始忙於一項爲了39年的那場舉世聞名的在悉尼召開的學術交流會準備項目設計，經常一連數月都不回家。
項目是通過基因改造手段，製造出一種特殊的能吸收一切，用作處理有毒有害物質的黏菌，其構建方式由宇隕提出，他本人也是這個項目組的負責人——現在看來，這應該是從那些場景中記錄下的東西。
本來，一切如常，但誰也沒有想到，一場災難突然降臨，赫然是綠色森林組織針對這場舉世矚目的學術交流會發動的震驚全球的331事件！
唉，都是我害了他們啊……
文中這樣寫道，有些歪斜的字旁出現了幾滴水漬，明顯是觸景生情時滴落下的淚痕：
那一場交流會學校也派了代表團去，你的父母和我恰好又都是其中的成員，我們誰也沒想到開幕第二天我們在各自的項目展點進行演示的時候，恐怖分子就突然闖了進來！
他們持槍闖掃射，見人就殺，讓我們倉皇無比。那時候，我跟你父親的冷戰依然在繼續，關係很冷漠，我怎麼也想不到他竟然會……
是的，在看到這裡之前，宇空也沒想到，柳生玄教授的命竟然是父親挺身換來的——殺紅眼的恐怖分子當時本來要殺的是教授，但宇隕卻在千鈞一髮之際將他撲倒自己卻身中數彈，後死在送往醫院的途中。
慘絕人寰的屠殺中，柳生玄在混亂的場面中依靠裝死撐到了救援到來，而宇空的父親則強撐着，彌留之際中除了將宇空託付給他外，還告訴了教授一些驚人的消息：
他當時告訴我說，其實在那場恐怖襲擊之前，綠色森林等恐怖組織勢力早就在暗中對我們搞生物的這一行展開了針對。
任何技術都有負面的作用，剛出來時難免引發恐慌，而大衆則難免由於無知走向偏激，比如19世紀時候對工廠煙囪造成的污染的恐懼，還有我年輕時候人們對於核電站的恐懼，哪怕這些都是社會發展的必然產物，但舉着反對旗號的人卻永遠見不到停，直到現在都沒有消失。
我們這一行更不例外，而且由於難免涉及人體這種禁忌的領域，它引發的恐慌要比前面幾個更大，特別是在它有可能被某些別有用心的壞人利用的時候。
宇空，我想你應該清楚42發生在北邊R國的基因嫁接生物因看管不嚴從實驗室中出逃將一個村莊裡十幾口人殺死，E洲36年出過基因改造病毒泄露事故導致上千人死亡，差點釀成波及全球的生化危機，還有40年爆出的A國的一些私人財團在非洲利用兒童偷着進行基因改造人體實驗，就連我們學校30年代也出過病毒泄露感染導致一名參與實驗的研究生殘疾的事故。
這些都是我們這一行知名的事故和醜聞，而發展途中這樣的彎路，錯誤，事故，在大概率前提下總是不可避免的，就像上個世紀曾經導致數千人死亡的倫敦煙霧事件。
我們都清楚不能因噎廢食，因爲會有這樣的危機就禁止工業，放在這裡同理，可無知的大衆們卻不知道。或者說，即便心裡清楚也會因爲害怕自己不幸成爲那極少數的受害者而惶恐地爲了反對而反對，而綠色森林組織正是利用了這一點。
它們爲了營造這樣的氛圍，最大的一條鋪墊就是在這些事故上做文章。方法有兩種。
一種是比較普通的，即在媒體上刻意將事故放大化，政治化，極端化以此煽動公衆的情緒；而另一種，就是在暗中作梗刻意地製造這種事故，比如上面所說的那些！
你父親當時還告訴我說，學校裡有叛徒，跟這一事件相關，可是……
跟終衡想的一樣，還沒有說出是誰，宇隕就撒手人寰了，而想不到竟然被已冷眼相待，卻依然念記着恩情的學生救了的柳生玄，自此也開始活在深深的自責與良心的譴責的陰影中：
“對不起，宇空，是我害了他們……”筆記上這樣寫道“是我的懦弱害了他們。你父母死後，每一天我都活在自責中，幾乎天天晚上我都做噩夢夢見他們滿身是血地站在我面前，質問我爲什麼當初沒有聽從你父親的建議把那東西交出去……”
一環接一環，教授在文中分析道：是啊，如果當初我把這東西交上去了，人類也許就能通過破解其中的信息，從而獲得成熟的技術；而如果有了成熟的技術，也許那些導致公衆越發對我們不信任的事故就能避免很多；也就不會出現現在一年比一年高的反對浪潮；這樣，失去了支持，也就不會有什麼綠色森林組織，也不會有那場恐怖襲擊，你父母也就不會死……
但現在木已成舟，說什麼都晚了。雖然我也想過，要不要把這東西交上去彌補我的過錯贖罪，但你應該明白最佳的時間已經錯過了，現在這種敏感時候如果暴露它比以前要危險得多，所以每一次我想起這個決定後，我懦弱的一面就會強制把這種想法壓下去。
就這樣，我徘徊了兩三年，才作出了決定——雖然大勢上我不可能改變什麼，但我可以盡我所能地作出一些彌補……
這彌補就是以宇隕的方式，將那些記述下的資料暗中公開出去，比如最近那篇引發了討論的進化方程式論文。
最後翻過幾頁流水賬似的對近些年外星來物發生狀況的記述後，筆記終於迎來了尾聲：
宇空，我不知道是不是每個人都會這樣，年齡越大，距離生死之際越近的時候，就會越相信那些玄之又玄的命運啊，因果啊之類的東西。最近我突然有了一種奇怪的感覺，它無法用語言形容，但如果非要說的話，我便把它稱作第六感，直覺吧。
我有一種預感，在這越來越亂的世道下，死亡離我越來越近了。也許再過不久我就會死，就像你的父母一樣被綠林組織殺死，儘管生活中沒有任何跡象證明這種猜測。
不過，這幾年良心的折磨讓我已經不怕了，畢竟誰都有那麼一天，所以它來就來吧。
也許，這就是報應吧，都是我應得的。
但我必須在這之前留下點什麼。
所以，宇空，我們言歸初始，這就是我要留給你的東西——真相，和這些秘密。
還有那東西。
呵呵，說真的，我真希望你永遠都不要知道它的存在，但我的時代已經過去，總得有人替我爲它做出選擇，而那個最合適的人就是你。如果有朝一日你看見了這些，是把它交出去，還是像我一樣繼續私底下保留，抑或偷偷地丟掉就此遠離這個麻煩，怎麼決定全看你，我只希望你謹慎地作出選擇。
對了，還有一件事。
我知道，看見這些後你肯定會很憤怒，甚至想要找綠色森林組織報仇。我無力阻止你接下來的行爲，但我必須勸告你一句，保護好自己，別不自量力去送死。
宇空，廢話我也不多說，因爲我知道你那時候的情緒肯定也聽不進去，我只希望你能多考慮考慮。
以後的路就全靠你自己走了，祝你好運。
你的老師，柳生玄，此頁寫於2043年12月31日