再次從基地中甦醒所謂申宮若愚走出了閉關之地，一路走來他發現基地的變化很大，問了無處不在的智腦盤古之後才知道自己已經閉關不出快兩年的時間了。
難怪基地的變化如此之大，隨着賽博坦科技被一點一點的被應用到基地的各個方面，每天都有大量的科學技術與科學壁壘被攻破，然後運用吸收到基地的科技體系當中，整個基地呈現出一種勃勃生機，每天都有很大的變化和改變。
在通過盤古通知衆多科學家一起開會之後，申宮若愚就在會議室裡吃起了兩年來的頭一次飯食，雖然在閉關的時候，自己沒有什麼感覺，身體機能也降低到了最小的消耗，但是就算他的身體比普通人強了很多，此時也感覺到一陣飢腸轆轆。
在大部分科學家到齊之後，申宮若愚終於艱難的從食物中擡起了頭，神色也一下子陰沉了下來，原來他發現大部分被他用心靈寶石控制的科學家都已經衝破了他的控制，他們的眼鏡都變回了原來的顏色就是最好的證明。
臉色不太好的申宮若愚靜靜地看着這些科學家，而這些科學家也有些神思不屬的看着申宮若愚，場面一下子安靜了下來，最後還是諾頓博士站了起來代表這些科學家對申宮若愚做了一個交代，原來在隨着科學技術的不斷提高之下，尤其是超級T病毒血清的實際應用，這些科學家都接受了注射，以期望能夠更好地進行科學研究，而隨之而來的就是肉體和精神的不斷提高，最終衝破了心靈寶石的控制。
起初也有幾個想要逃跑甚至佔領這個基地的科學家，不過在最後都被無處不在的盤古，以及阿西福德博士等人的安排下失敗了。
而大部分科學家其實都是很單純的人，他們感覺自己在這裡很開心，每天都有做不完的實驗還有學不完的知識，也沒有人強迫他們必須研究什麼，生活待遇更是沒的說，想要什麼都能被滿足，他們感覺很滿意，也就從來沒有過其他什麼別的想法。
最後諾頓博士希望申宮若愚能夠相信他們，如果真的不放心，可以在他們的體內安裝一些小保險，甚至同意申宮若愚對他們再次使用心靈寶石。
深思後的申宮若愚當然沒有那麼做，他選擇了相信這些單純的學者。
會議結束，在通知他們要加快基地的改造以及升級還有科技研究等事項之後，申宮若愚通過盤古瞭解了一下這些年來外面世界的變化，得知這些年來在他忙於建設基地的時候外面並沒有什麼太大的改變，只是在原有基礎上稍微前進了一些之後，思考了一下的申宮若愚立馬明白了其中的原因。
他知道並不是科技沒有進步，而是這其中牽扯了太多的利益與變革，就拿石油產業來說，隨着科技的不斷進步，他相信在一些國家或者高端實驗室甚至軍隊，小型的核裂變技術甚至核電池已經開始了實際運用。
至於爲什麼沒有普及開來，並不是不想而是不能，因爲這其中牽扯的人和利益太大，甚至影響到整個世界的能源體系，而現在的既得利益團體不會允許這樣的事情發生，就算強行推廣也可能引起世界經濟體系的崩潰，而且因爲新能源而失去工作的人數將達到一個無法想象的地步，再加上相關的產業鏈，恐怕到時候會導致第三次世界大戰的爆發！
所以只能在等待石油天然氣的徹底枯竭之後，並在此之前慢慢的自然而然的推出新的能源以達到平穩過渡，而現在的各種電器以及電動汽車，都是這一鋪墊的開始。
想通了這些的申宮若愚剛走出會議室，就被盤古的一個消息給說的愣在了那裡，原來他當初救下來的那個女孩孫玉，竟然還在基地的浮空山上，當初自己只是想要留下她幾天，然後放她回去，通過她放出仙家門派真實存在的消息，結果自己在穿越回來之後一下子閉關了兩年，在沒有自己命令的關係下，誰也沒有敢放她離開，就這樣在這裡住了快兩年的時間。
有些頭大的申宮若愚詢問着孫玉這兩年來的情況，結果又收到了一個“驚喜”，原來在他閉關的時候，盤古經常經常利用三維立體影像裝作他的樣子與孫玉交流，並在一年前拜了“自己”做師傅，目瞪口呆的申宮若愚不知道應該說些什麼了，看着有些不好意思的盤古申宮若愚吶吶地說了句“你又調皮了”。
但是既然事已至此自己只能想一下能教給孫玉些什麼了，絞盡腦汁的申宮若愚發現自己雖然經常冒充仙人，但是自己並不會什麼修煉之法，有些頭疼的問着盤古有什麼辦法，盤古竟然回答已經教給孫玉一些功法了，但是那只是假象，每次都是盤古利用催眠和藥物使她進入一種自己在修煉的感覺，其實只是在她的飯菜里加入了一些超級T病毒基因強化藥劑，使她的實力慢慢增長，給她一種修煉有成的感覺而已。
看着面前越來越人性化的盤古，申宮若愚差點說出一句經典臺詞“高，實在是高”。
這兩年來盤古的能力越來越強大，各種新型計算機技術甚至一些理論科技都用在了它的身上，其能力不知道比以前強了多少萬倍，雖然它是一個智腦，但是申宮若愚早已經不再把它看做一個工具，而盤古也沒有叫他失望，把基地打理的井井有條。
快要走出盤古主機房的申宮若愚停了下來，沒有回頭的說：“盤古，我們是夥伴吧？我也能夠相信你吧？”盤古沒有猶豫的回答道“當然，你是我的主人，我的一切都是你給的”“我不是你的主人，我是你的朋友和導師，如果有一天我能登上頂峰，我希望我的身邊有你的存在”申宮若愚說着頭也不回的用念力將火種源放在了盤古的主機箱前。
“這是什麼你應該知道，交給你了，我希望你可以融合它甚至吞噬它，”頓了頓後再次開口說道：“不要叫我失望。”
在解決了孫玉的問題之後，申宮若愚安心的在地裡適應自己暴漲的念力，每天沒事和孫玉聊聊天，和科學家一起觀看一下試驗進度，雖然最後老是被人趕出來卻依然樂此不疲，或者實驗下新的裝備，做一下小白鼠以更好的做出適合自己的裝備，或者到山谷裡欺負一下各種傳說中的動物，雖然大部分都只是虛有其表，這時的山谷早就撤掉了當初的三維立體成像儀，一切都如同真正的仙家景象一般。
尤其是駐守在各個山峰之間的“天兵”，各個金盔金甲手拿銀槍金盾站立的挺拔如鬆，這是黃巾力士的升級版，無論力量和反應還有智力都遠遠超越了黃巾力士，雖然沒有感情但是更加忠心耿耿。
其盔甲看似華麗古樸，其實全部是新型艾德曼合金製作的高科技盔甲，成本比天兵本身還高，自帶宇宙魔方能量電池供能的防護罩，一般的小型導彈都打不破加上艾德曼合金的堅硬，防禦力簡直爆表，加上反重力系統和隱秘的推進系統，絕對是絕佳的行星內陸戰部隊，手中的銀槍也是艾德曼合金製成，更能釋放出能量射線，如同仙家法力一般，不知道的人絕對看不出有什麼不對。
在放孫玉回家解決一些自己的事情，安排了一個最新型的生化機器人保鏢陪同她一起回去處理事情，並答應她這裡的情況可以有選擇的告訴一些自己的親人，還給了她三個名額之後。
徹底沒事幹的申宮若愚決定開始再次進入電影，開始收集各種強大的生物樣本，在配齊資源還拿了一些冷凍倉之後，申宮若愚消失在了基地的核心區域裡面。