以叛國罪名斬殺了曾經投降滿清的勳貴官員士紳名流之後，查抄了無數的錢財糧食宅院田產，這批財富是如此的巨大，看的任思齊都膽戰心驚。
要知道被殺掉的這批人可是整個南京的最上層，雖然清兵攻陷南京之後對他們進行了一定的清洗和勒索，可是清廷爲了自己的統治並不敢做的太過火，也不敢像李闖進北京那樣對明朝官員勳貴進行大清洗，生怕引起民變。所以一切都便宜了任思齊。
事情過後，負責進行抄家的內衛副統領盧宗漢，以及協同抄家的鎮撫司司長陳生，敵情司司長安東尼，都分別向任思齊進行報告，列了查抄財富的清單。
總共查抄白銀八千餘萬兩，黃金兩百多萬，各種大小宅院五千餘座，南京附近各府的田地五百多萬畝，其他財富不計其數。這麼多財富足以抵大明國庫一百年的收入！
任思齊當即下令把所有查抄的財富封存起來，並派人嚴密看管，嚴查敢於上下其手貪污之人。同時命令立刻從崇明遷移士兵們的家屬，現在有了大量空閒的宅院，有了大量的財富田地，正好可以用來安置崇明軍士兵的家屬。崇明島到底太過狹窄，根本不適合大量的人居住。任思齊決定利用半年時間把所有崇明島百姓遷移到南京附近，島上僅僅留下部分士兵防守。只要大量的崇明百姓遷移過來，南京纔算真正的掌握在自己手中。
於此同時，爲了爭取民心，消減南京百姓的恐懼，任思齊下令減去治下所有百姓三年的稅賦，此舉立刻引發了百姓們的一片歡騰，人人都在稱讚越國公愛民如子菩薩心腸。
以叛國罪名處死數千人的事情迅速傳到了各地，引發了崇明軍治下府縣的混亂，當清兵南下之時，剃髮降清的士紳數不盡數，誓死不降的反倒鳳毛麟角。擔心會被以叛國的罪名殺頭查抄家產，很多士紳攜家逃離的崇明軍治下，逃到了相鄰的浙江以及福建。也有人聚集鄉丁試圖反抗崇明軍的統治，可是崇明軍不是滿清，而是官府，很少有百姓會聽從士紳們的蠱惑起來作亂，而且免稅賦三年的消息由官府傳出之後，百姓們擁護崇明軍還來不及，又怎麼會作亂？
各府縣知府縣令都是由崇明派出的官員，每個府縣也都有崇明軍的駐軍，在任思齊的命令之下，開始和南京一樣進行了大清洗，以叛國的罪名查抄曾經投降滿清士紳的家產，把田地分給貧困的百姓。
任思齊要做的就是徹底摧毀可惡的士紳特權階層，以叛國投敵的罪名最爲恰當。衆所周知，大明是士紳們的天下，他們有着七成的田地卻不用繳納一丁點的賦稅，沉重的賦稅都壓在無權無勢的百姓頭上，使得他們辛苦一年種下的糧食連肚子都填不飽，使得國庫的稅收一年比一年少，連士兵們的餉銀都發不起，搞的官兵們吃不飽肚子穿的像叫花子一樣。
如果說大明落到了如今積重難返的境地，其中貪婪無恥的士紳階層要佔絕大一部分責任！
可是士紳們畢竟是大明的統治階層，是大明的根基，代表着大明的民心，是最爲龐大的勢力。野蠻如滿清都不敢悍然向士紳們宣戰，只能對他們進行安撫。唯一敢野蠻對待士紳們的李自成已經化作了一抔黃土！
任思齊自然知道士紳們的強大，知道若是得罪了所有的士紳必然會使得抗清大業成爲一場空。所以他在以投敵叛國的罪名進行清洗的同時，也對貧困的讀書人進行安撫。下令開設應天書院，自己親自擔任山長，以沈廷揚爲院判，面對治下所有讀書人進行招生，只要考入應天書院，經過數年的學習，畢業之後即可到官府任職。
應天書院採取岱山書院的模式，除了教授八股文章以外，還要兼修算術，農經，格物各科。由於書院管吃管住還不收學費，立刻引得貧困讀書人趨之若鶩。
任思齊對士紳們的清洗引發了隆武朝廷和魯王朝廷的震動。當聽聞任思齊攻克南京之後，隆武帝朱聿鍵大喜，以爲大明中興有望，並積極和大學士黃道周等人商議還都南京之事。消息泄漏出去，引發了平虜伯鄭芝龍的不滿。隆武朝廷的軍隊財權都掌握在鄭家兄弟的手中，可以說是鄭芝龍的傀儡。
鄭芝龍本人根本沒有驅逐滿清的雄心，他一心只想保住自己福建的地盤，保住自己龐大的船隊和海外貿易。江浙各地引發抗清狂潮之時，朱聿鍵就打算派兵北伐響應各地的起義，奈何鄭芝龍根本不願派出手下的軍隊，沒辦法朱聿鍵只好派黃道周金聲等人呢，前往徽州太平等地招募義兵。結果金聲招募了數萬義兵卻被洪承疇派兵剿殺。
隆武帝早就對鄭芝龍非常不滿，早就想着擺脫他的控制，所以聽說任思齊攻下南京之後，他就打算朝廷搬到南京。
就在隆武朝廷扯皮之時，突然有大量的士子從應天府逃到了福建，隨後復社名士陳子龍帶領大批文士也來到了福京，言說任思齊突然拿讀書人開刀的事情。頓時引得隆武朝廷一片譁然，再也沒有人提起搬都南京的事情。
士紳們本來就是守望互助，本來就同年鄉黨的名義盤根錯節，當然其中偶有內鬥，但是大體上還是很團結的。
“任思齊要謀反了！竟敢向士紳們開刀。”一個大臣大叫道。
“可是他是以叛國的罪名殺的人。”有人小聲說道。
“他只不過是個武夫，有什麼權力對勳貴士紳開刀，這不是造反又是什麼？”叛國投敵的罪名根本沒法洗地，只好拿任思齊的身份做法。
“咱們不能對他聽之任之，必須派兵對他進行討伐！”有人大聲叫道。這下所有人都閉上了嘴巴，開什麼玩笑，人家連八旗大兵都不怕，去討伐他，想找死不成？