軒轅在得到了九天玄女的幫助後，逐漸地掌握了人族的大權，平定了人族中不滿的心聲，在這個過程中軒轅深深地被九天玄女那驚人的才華與氣質氣吸引，九天玄女則利用軒轅的好感在人族中傳播天庭的存在，讓人族感受天庭的威嚴。
至到此時廣成子方纔清醒過來，明白自己犯下了大錯，竟然讓天庭插手到人族的事務中來，可是現在他想阻止也爲時已晚，人族已有少數人開始對天庭產生了好感。
就在廣成子不知該如何是好的時候，玄都大法師奉太上老君之命下凡，賜於軒轅後天功德至寶‘軒轅劍’，此劍是以首山銅合功德玄黃之氣所鑄，可鎮壓人族氣運，玄都大法師在下界之時元始天尊讓其傳話於廣成子，小心防備九天玄女，儘早結束與蚩尤的爭鬥。
元始天尊之所以沒有提示廣成子如何破解蚩尤的‘玄陰大陣’是因爲天庭既然插手了人皇之爭，那麼就不能白得好處，怎麼也要出一點力，九天玄女不是想用夔牛獸鼓與周天星斗之力來破陣嗎？那正好成功了闡教可以順利地解決蚩尤，而巫族的怒火也會轉移到天庭之上，不成功那麼這主意是你九天玄女所出，後果自然由你負責。
廣成子在得到元始天尊的提示後，心情十分的複雜，正是因爲自己等人的無知，才使得人皇軒轅一步步走入了天庭的陰謀之中，現在他雖然也想提醒軒轅不要輕易相信九天玄女，可是已爲時太晚，軒轅已經被九天玄女給迷惑住。
天庭之上玉皇大帝與西王母見九天玄女如此容易就得到了人皇軒轅的信任，也是十分的高興，天庭終於在人族中有了一定的地位，雖然還比不了聖人但這也是一個不錯的開始。
廣成子明白如果不快點結束人皇之爭，那麼隨着九天玄女的宣傳天庭的名字將會深入人心，這對日後他們傳教會造成不必要的麻煩。
廣成子在與闡教諸仙商量之後，便開始鼓動軒轅早日出兵平定蚩尤及他的九黎部落，也好早日讓九天玄女離開人族。
九天玄女是個聰明之人，在見到闡教諸仙的這一舉動後立即明白對方看穿了自己的意圖，如果不是顧及軒轅恐怕自己難逃闡教諸仙的毒手，如今她已經完成了玉皇大帝的詣意，所以並不想與闡教諸仙發生衝突，也順水推舟鼓動軒轅早日出兵平定蚩尤，闡教諸仙見九天玄女如此知趣也放心了許多。
人皇軒轅在上次被蚩尤伏擊之後，便考慮到人族士兵沒有闡教諸仙那樣的神通，無法在‘玄陰大陣’中辯別方向，於是便在九天玄女的提醒下創造出了‘指南車’，有了‘指南車’人族大軍就不會再受‘玄陰大陣’的迷惑。
在準備好一切之後，軒轅一聲令下，人族大軍再次開拔向蚩尤所在的九黎部落殺去。
這一戰是決定勝負的一戰，自從廣成子殺了夔牛獸後，女媧娘娘便取消了對龍族的命令，四海龍王理所當然收回了大軍，可是應龍不滿當時龍王的決定便脫離龍族加入了軒轅大軍，人族大興乃是天道大勢，軒轅爲人皇四海龍族也不敢在此時與之鬧翻，免得得罪了闡教諸仙，於是也就沒有對應龍進行抓捕。
經過了數次的失敗，軒轅也明白蚩尤的厲害，所以人族大軍一路上是小心依依，生怕再次受到蚩尤的伏擊。
軒轅大軍一動，蚩尤便已知曉，這時九黎部落也做好了戰鬥的準備，蚩尤明白這一戰是他與軒轅之間決定勝負的一戰，所以九黎部落也是傾盡全力，蚩尤並不想過於背動，在軒轅大軍出動之後，也率領大軍出擊，準備給軒轅應頭一擊。
軒轅大軍終於與蚩尤的九黎部落大軍在涿鹿平原相遇，如今軒轅大軍有廣成子等闡教諸仙相助，九黎部落有蚩尤、九鳳、河伯、雨師等幾位大巫。實力倒也相差不大。
軒轅一騎當先，對蚩尤說道：“蚩尤，我爲人皇乃天下共主，你竟然以下犯上還勾結巫族，難道你想讓人族天下變成巫族天下麼？”
蚩尤冷笑一聲，說道：“軒轅，你那人皇之位不過是幾位聖人所商量的，人族衆多部落可曾都承認過你那人皇之位？天地乃是巫族父神盤古所開，在巫妖統治大地之時巫族也曾照顧過我人族，祖巫后土化身六道輪迴，這是何等的造化，所以我請巫族相助也算不得過分之舉，而軒轅小兒，你這人皇之位卻是名不正言不順，只是依靠着闡教諸仙強行霸佔着而已，他們又爲我們人族做過什麼？”
軒轅說道：“我爲人皇是經過聖母女媧娘娘及人教教主太上老君的認同，而你卻是沒有得到任何聖人的認同。”
蚩尤冷笑着說道：“女媧娘娘雖爲我人族聖母，可是在當年人、妖兩族大戰之時她已經放棄了人族，與我人族再無關係，而太上老君雖爲聖人但與我人族並無太多關聯，所以你這人皇之位當不得真，還有人族自誕生起，一向是受聖師鯤鵬的照顧，上兩任人皇都是有聖師鯤鵬出面認可，方纔得到人族衆多部落的承認，而你軒轅在繼位之時並沒有得到聖師鯤鵬的承認，所以你這人皇之位，並沒有得到人族的認可，人族當興有至寶出世，除非你有人族至寶‘崆峒印’，否則你這人皇之位當不得真。”
軒轅在聽到蚩尤此言後，心中也爲之一怔，論在人族中威望最高的還要屬聖師鯤鵬，可以說人族能有今天都是他一人之功，伏羲與神農這兩位人皇都得到聖師的輔助，所以得到了人族衆多部落的支持，而自己繼位人皇之時，雖然有聖母女媧娘娘、人教教主太上老君及其它聖人的認可，但聖師卻沒有出面，他的權威自然受到了人族各個部落的置疑。
人族大軍在聽到蚩尤這番話後，也都軍心震動，人族認可的是聖師鯤鵬，軒轅並沒有得到聖師鯤鵬的認可，這人皇之位自然名不正言不順，一時間人軍大軍氣勢大跌。
廣成子見狀，心中不由地大急，此戰是人皇之爭的最終決戰，容不得半點差錯，連忙說道：“蚩尤，你不必在此擾亂人心，人皇繼位之時鯤鵬雖然不在，但他也派了自己的弟子前往，這就充分說明白他也認可軒轅爲人皇。”
蚩尤哈哈大笑道：“廣成子，你身爲人皇之師，卻對聖師鯤鵬如此不敬，由你這樣的人教導出來的人皇又如何能得到人族的認可。”
廣成子一向驕傲自大，這下被蚩尤抓住了把柄，不但沒有爲軒轅解圍，還間接地連累了軒轅，人族大軍都知道鯤鵬對人族的幫助有多大，他們能有今天這讓好的生活聖師鯤鵬有着很大一部分的功勞，於是紛紛對闡教諸仙有所不滿，這也間接地影響到日後闡教在人族中的傳道。
軒轅上前說道：“蚩尤事情走到了今天這樣的局面，口舌之爭已沒有太大的意義，成王敗寇，我還是手底下見真章。”
蚩尤心道如今是最後一戰，也是無須保留了，於是命令手下襬開‘玄陰大陣’，此陣一成，只見蚩尤軍中陰風陣陣，殺氣沖天，蚩尤站在陣前高舉虎魄寶刀說道：“軒轅小兒，可敢前來一戰！”
軒轅這邊幾位闡教金仙都知道這‘玄陰大陣’的厲害，但看眼前的那陣勢，就要比上次的‘玄陰大陣’要厲害百倍，他們都有自知之明，知道此陣不是他們所能攻破的，只好面面相噓。
闡教諸仙的此舉卻是讓投靠軒轅的應龍卻是有些看不起，應龍本是龍族有數一數二的高手，雖然知道眼前這‘玄陰大陣’兇險無比，但他相信以自身的修爲即使破不了此陣，也不會有所損傷，便上前說道：“小小陣法，何足掛齒，且待我應龍前來一試！”應龍說完，便帶着一小部人族戰士向蚩尤殺了過去。
闡教幾位金仙見應龍此舉，心中暗道先讓應龍前去試試也好，且看看那大陣如何運轉自己也好有所應對，因此他們也不阻攔應龍。軒轅見到幾人表情，暗道應龍此去定是凶多吉少，想要叫住應龍，卻又如何來得及？這時他不由地對闡教諸仙產生了一絲的反感。
應龍帶領一小部兵馬殺進蚩尤的‘玄陰大陣’後，傾刻間便消失不見，陣中一陣鬼哭狼嚎，緊接着又傳出了一陣的哀號之聲。
片刻後，大陣就恢復平靜，只見一條身影徑直飛到軒轅等幾人面前，滿身鮮血，正是那剛剛入陣的應龍，此刻他全身是傷痕累累，如不是本身修爲高強恐怕已是命葬黃泉。