黃巢出身鹽商家庭，善於騎射，粗通筆墨，進士不第，曾組織鹽幫，與朝廷緝查私鹽進行過多次武裝衝突。乾符二年（875年），王仙芝、尚讓等在長垣起兵。黃巢在冤句與子侄黃揆和黃恩鄴等八人起兵，響應王仙芝。
黃巢軍最初東攻沂州不克；轉攻山東、河南等地，攻佔陽翟、郟城等八縣；進逼汝州。乾符三年九月，攻克汝州，殺唐將董漢勳，俘汝州刺史王鐐，直指東都洛陽。王鐐是宰相王鐸堂弟，王鐐爲王仙芝寫信給蘄州刺史裴偓，表示願意接受“招安”。是年年底裴偓誘降王仙芝，願授左神策軍押牙兼監察御史之職，黃巢堅決反對，大罵仙芝“始吾與汝共立大誓，橫行天下。今汝獨取官而去，使此五千餘衆何所歸乎？”隨後以杖擊傷仙芝頭部，頭破血流，其衆喧譁不已。招安不成，蘄州刺史裴偓逃奔鄂州，不久兩軍分裂，三千餘人從仙芝，仙芝乃大掠蘄州，黃巢引兵二千北上。乾符四年（877年）二月，黃巢率軍攻陷鄆州，殺節度使薛崇。
三月，又破沂州。仙芝一度攻破鄂州，王、黃又再度合兵攻宋州，不久又分兵，仙芝轉攻郢州，唐朝招討副都監楊復光再次誘降，仙芝遣尚君長、楚彥威等人洽降，中途爲唐招討使宋威所劫持，宋威貪功，妄報戰勝，尚君長等人移送長安被殺，仙芝大怒，降敵之事再次未遂。朝廷以宋威“殺尚君長非是”，鎮壓“無功”，解除其兵權，擢升曾元裕爲招討使，又調西川節度使高駢任荊南節度使。乾符五年初，張仙芝軍攻破荊南羅城，由於沙陀兵援軍到達，焚掠江陵而去，轉至申州。
乾符五年（877年）二月，王仙芝在黃梅兵敗被曾元裕部斬殺，餘部奔亳州投靠黃巢，推黃巢爲黃王，自稱“沖天大將軍”，轉戰黃淮流域，又進軍長江下游一帶。
乾符五年（878年）三月，黃巢軍進攻汴、宋二州，爲東南面行營招討使張自勉所阻，轉攻衛南、葉、陽翟等地，朝廷徵調義成兵三千人守衛東都附近的伊闕、武牢等地，河南一時勢壯。黃巢率軍渡江南下，與舊部王重隱相呼應，攻下饒、信等州。同年十二月，進入福州，轉入廣東。乾符六年（879年）九月，攻克廣州，俘唐嶺南東道節度使李迢。又分兵西取桂州，控制嶺南，自稱“義軍都統”，併發布檄文，斥責朝廷“宦豎柄朝，垢蠹紀綱，指諸臣與中人賂遺交構狀，銓貢失才”。廣州是唐朝最大的對外貿易港口和重要的財賦供應地之一，黃巢軍在廣州大肆濫殺無辜，阿拉伯、波斯等***商人被殺者有二十餘萬。
由於嶺表氣候溼熱，黃巢軍多患瘴疫死者，諸將“勸請北歸，以圖大利”，農民軍士氣低落，黃巢乃決意北還。是年自桂州編木筏，沿湘江而下，進逼江陵，北向襄陽。唐廷得知黃巢將北上，遣宰相王鐸爲南面行營招討都統，屯兵江陵，又任命李係爲行營副都統兼湖南觀察使，統兵十萬屯駐潭州，“以塞嶺北之路，拒黃巢”。此時農民軍連下永州和衡州，抵潭州城下，李系驚恐，緊閉城門。黃巢揮兵力戰，一日而下潭州，**十萬人血染湘江。尚讓乘勝追擊，以五十萬大軍進逼江陵，王鐸奔襄陽，黃巢兵不血刃佔據江陵，北趨襄陽。山南東道節度使劉巨容和淄州刺史曹全晸合兵，大破之於荊門，俘斬十分之七八，黃巢與尚讓收餘衆渡江東走，這時劉巨容以“朝廷無信”停止攻勢，曹全晸正要渡長江時，朝廷命泰寧都將段彥謨代曹全晸爲招討使，全晸攻勢亦止，段彥謨殺宋浩及其二子。詔任命段彥謨爲朗州刺史。黃巢轉掠江西，饒、信、池、宣等十五州。
廣明元年（880年）三月，高駢派驍將張璘渡江南下，狙擊黃巢，黃巢退守饒州。張璘乘勝進軍，五月，黃巢又退守信州。春夏之際，嶺南大疫，黃巢軍兵力損失慘重，“死者十三四”，張璘窮追不捨，黃巢佯降，又賄張璘大量黃金，懇求他手下留情，高駢上奏朝廷，聲稱黃巢軍“不日當平，不煩諸道兵，請悉遣歸”。宰相盧攜以朝廷名義，遣散了諸道唐兵。黃巢得知唐諸道兵已北渡淮河，立即與高駢絕交，五月又北上，乘勝攻佔了睦州、婺州，張璘於信州戰死，六月，相繼攻克池州、睦州、婺州和宣州等地，七月強渡長江，兵勢甚盛。
廣明元年（880年）八月，黃巢軍擊敗曹全晟，渡過淮河，淮北相繼告急。高駢懾於其威勢，坐守揚州，保存實力。各州縣望風而降，十月，黃巢攻陷申州，入潁州（、宋州、徐州、兗州。十一月，黃巢至汝州，十七日攻下東都洛陽，留守劉允章率百官迎接；十多天後從洛陽揮兵西進，僅激戰六日，十二月初三，攻下潼關，初四攻下華州，後抵霸上。
初五（881年1月8日），唐僖宗帶隨從宦官田令孜等倉皇逃奔四川成都，田令孜恐僖宗見責，獨歸咎盧攜，貶盧攜爲太子賓客。盧攜仰藥死。
中和元年（881年），黃巢軍進入長安，金吾大將軍張直方率衆迎接黃巢大軍進城，“整衆而行，不剽財貨”，羣衆達百萬軍，入城後，軍紀嚴明，閭里晏然，曉諭市人：“黃王起兵，本爲百姓，非如李氏不愛汝曹，汝曹但安居無恐。”向貧民散發財物，百姓列席歡迎。
廣明元年十一月（881年1月16日），即位於含元殿，建立了大齊政權，年號金統。原朝官員，四品以下留用，餘者罷之，以尚讓爲太尉兼中書令，趙璋爲侍中，孟楷、蓋洪爲尚書左、右僕射，皮日休爲翰林學士。不久，其部屬“殺人滿街，巢不能禁”，唐宗室留長安者幾無遺類，唐室官員惶惶不可終日，《秦婦吟》言：“華軒繡轂皆銷散，甲第朱門無一半”；“內庫燒爲錦繡灰，天街踏盡公卿骨”。又沒收富家財產，號稱“淘物”，宮室皆赤腳而行。
次年，**曾一度攻入長安，齊軍暫時撤出，駐軍霸上，**入城後燒殺擄掠，不得民心，齊軍當夜反攻，將**驅逐出城。這一次黃巢恨城民協助官軍，於是縱兵屠殺，血流成河，謂之“洗城”。黃巢未派大軍追擊唐僖宗，讓**有喘息機會，黃巢說到底只是一般流寇氣息，軍隊所過之地，只顧著吃糧，極少建設，百姓淨盡、赤地千里。
中和二年（882年），四川的唐僖宗反攻，九月，齊軍將領朱溫在同州與王重榮交戰中，投降**，被任命爲右金吾大將軍，賜名全忠。沙陀族李克用又率援軍助唐，率兵一萬餘人南下，齊軍大將趙璋戰死，華州、蘭田相繼失守。黃巢於中和三年四月撤出長安，逃入商山，沿途拋棄黃金珠寶，**爭寶竟不急追。後以齊將孟楷爲先鋒，攻逼蔡州，**守將秦宗權戰敗投降，六月圍攻陳州，遭遇刺史趙犨頑強抵抗，大小數百戰，始終未能攻拔其城。齊將孟楷挺進河南途中，中俘犧牲。黃巢聞知孟楷遇害，大怒，部隊屯於溵水，“掘塹五重，百道攻之”，誓爲孟楷報仇。爲了應付全軍糧食，黃巢以人肉爲糧糗，數百巨錘，同時開工，成爲供應軍糧的人肉作坊，無論男女老幼，悉數納入巨舂，稱之爲“搗磨寨”。
黃巢圍陳州幾三百日，啖食數十萬人。**在陳州附近的西華大敗黃思鄴，齊軍退軍故陽裡。陳州之圍遂解。黃巢引兵向汴州行進，尚讓以五千精銳直逼大梁。
中和四年（884年）春天，李克用率兵五萬，自河中南渡，連敗齊軍於太康、汴河、王滿渡。黃巢只好轉戰山東。中和四年（884年）三月，朱溫大敗黃巢於王滿渡，黃巢的手下李讜、葛從周、楊能、霍存、張歸霸、張歸厚、張歸弁等投降朱溫；而黃巢殘部向東北逃亡，又遇李克用於封丘，時遭大雨，黃巢集散兵近千人奔兗州，“克用軍晝夜馳，糧盡不能得巢，乃還。”
六月十五日，武寧節度使時溥派李師悅率兵萬人，與降將尚讓緊追其後。是年六月十七日（7月13日），黃巢在狼虎谷爲部下林言所殺（一說自殺，也有黃巢最後出家的說法。清代學者聶劍光《泰山道里記》載：“黃巢死於泰山……九頂山南有大冢，俗稱黃巢墓。”