八岐大蛇一役之後，地球恢復了往日的寧靜，除了程凡時不時會放幾隻開菊獸到日本督促迪迦“鍛鍊”之外，世界其他地區那是一片和平美好，沒有外星人，沒有哥斯拉！
這等和平大好的環境讓暗中潛水的幽憐一臉懵逼，當初她出場時，可是扮演了一個相當神棍的預言家角色，自稱是三千萬年前超古代文明製造的時光機器，告訴人類地球將相繼發生許多鉅變，併成功預言哥爾贊和美爾巴的出現，還偷偷摸摸告訴大古，“小夥子，只有你變成光讓巨人復甦纔可以拯救地球和人類！”
可是，說好的全球鉅變呢？這些怪獸爲毛只在日本地區出現？
並且，據幽憐在人類那裡獲取的資料所知，地外文明發出的電波早在1998年就被世界各國觀測到，按理來說，早該有外星人來地球，可到了現在，除了地球上二十年前被“撿到”的一隻外星人（注：TV裡34和35集代號“睡美人”的戴西斯星系人），一隻活的外星人都沒發現，甚至連“睡美人”也被什麼人給偷了！
一晃，時間過去了快三年，人類的科技蒸蒸日上，麥格斯動力系統在兩年前已經測試成功，正式投入使用，有了這種新動力，人類邁向宇宙的步伐越來越快，以這種速度下去，載不過一兩年，遲早會發現這個太陽系的不對。
程凡的本體站在太陽之上，遙遙望着太陽系中那顆水藍色、排行老三的星球，他在考慮，是毀滅人類，或者消其文明，將其打回史前狀態，還是離開太陽系，將太陽系讓給人類。
三年時間裡，程凡抓捕了太多的外星人和怪獸，摧毀或殖民的外星文明過百，控制的行星系總數達數百多個。通過對各種外星文明的知識掠奪，以及無數哥斯拉研究員日夜不休的研究，程凡的科技呈爆發式增長，到了極爲恐怖的地步。
科技的爆發，知識的積累，對大多數人類而言，科技發達會讓他們生活變得更好，但對程凡來說，文明即是吾身，他本身隨着認知進步成長爲一個可怕的生命！
加庫瑪石化光線解析成功，讓程凡掌握了元素轉換，配合上他自身變異後G細胞的能力，程凡在這片宇宙中能量和物質可謂無窮無盡。
通過對休拉諾斯、戈爾德拉斯等擁有空間能力的怪獸進行研究，程凡對空間的理解幾乎是空間是他兒子，想怎麼搓就怎麼搓。
尤其是基蘭勃、艾能美那、摩志（注：戴拿奧特曼22集《月夜的士兵》，能吸收人的恐懼）等生物解析完成後，程凡的生命層次再次飛躍，不僅可以吸收實質性的能量和物質，還可以吸收各種心靈能量作爲能源。
他的基因已經發生了變化，不拘泥外在的形式，可爲物質，可爲能量，甚至可化爲一股股心靈能量，植入到生靈心靈之中，只要世間仍有一個生靈記得他，他便永生不死。
程凡自己都覺得，這個宇宙怕是已沒有能殺死他的存在！
“地球上沒探索過的地方，也只剩下南太平洋海底，幽憐口中黑暗支配者沉睡的超古代遺蹟，是時候該去看一看它了。‘黑暗支配者’，支配‘黑暗’？好大的口氣！”
一想起黑暗支配者，程凡眼裡閃過一絲光芒，再看了一眼那顆在太空中漂浮、蔚藍色的星球，他對這顆星球上人類的命運已經有了決定……
地球，南太平洋一片海域，今天天氣十分之好，一望無際的洋麪上，海水隨風輕涌起波濤，一羣海豚追逐着浪花嬉戲，時而從海里躍起，在陽光下展現優美的身姿，翻起朵朵潔白的水花。
好一派自然和諧的海洋景色。
可在這片祥和寧靜的海域之下，一座超古代文明遺蹟在深幽的海底長眠，兩股龐大的黑暗能量正沉睡其中。
“好大的地方啊，在沉到海中之前，這裡應該是一座城市吧？！超古代文明的城市，希望沒有被破壞得太嚴重。”
這片海底遺蹟被黑暗能量籠罩，連深海生物都不敢過於靠近，今日卻有一個人聲在遺蹟之中響起，一束手電的光打破了遺蹟三千萬年以來的黑暗，一道人影自由地走在海底，視巨大的水壓和無所不在的黑暗能量如同無物。
湊近一看，這人是一位人類青年，年齡在二十歲出頭，身高一米七左右，相貌普通平凡，穿一件白色的T恤和一條灰色的牛仔褲，好似一個假期前來探險的大學生，手裡打着一個小手電，手電的光到處照着，慢悠悠從一個洞口進入到遺蹟內部。
從外面看，這片遺蹟像是一座沉入了海中的島，等進入內部之後，才發現遺蹟內地形複雜，不僅有超古代文明留下的通道，而且到處是洞，四通八達，一條連着一條，要不是青年記憶夠好，說不定在探路上就會花不少時間。
遺蹟之中匿伏着大大小小、衆多的黑暗能量反應，其中以兩股最爲龐大，青年感應了下，這兩股最強的黑暗能量正是他經常感應到的那兩股，又有兩股能量次之。
青年走到一個岔口後，腳步停了下來，因爲這些能量並非聚在一處，而是兩股稍遜的跟一股龐大的在一起，另一股龐大的另在一端，他在想先去看哪一股強大的黑暗能量？
“‘黑暗支配者’，這名字一聽就很威武霸氣，既然是支配者，肯定得有牌面，有小弟護衛纔是，那股黑暗能量孤零零的，一看就不像，沒有格調。倒是這股黑暗力量……從其位置判斷，兩個小弟護衛在前，老大在後，才符合‘黑暗支配者’的稱呼。決定了，先去看這一股了！”
青年打着手電筒，在遺蹟中左轉右繞，繞了幾個圈圈後，終於繞到了一座巨大的石門之前，手電的光照在石門上，青年看到門面上寫滿了超古代文明文字。
由於分體之一的程凡博士從幽憐那裡學過超古代文明語言文字，青年自然也能讀懂石門上所寫的內容。
“警告，此處爲禁地，請遠離此地！”
“警告，黑暗巨人封印於此，嚴禁打開！有違者，將被處以極刑！”
“後來人，請不要打開石門，毀滅世界的黑暗被封印於此……”
閱讀完石門上的文字，青年方自語道：“我好像走錯了地方，這裡的似乎不是‘黑暗支配者’，而是什麼黑暗巨人！這豈不是說‘黑暗支配者’居然是孤家寡人一個，連個端茶送水的小弟都沒有，過得也是悽慘！”
本卷，主角不會被懟走。謝謝各位大佬支持！超古代文明究竟是被誰毀滅的？TV裡說是加坦傑厄，《最終聖戰》裡說是黑暗四巨人。我覺得是黑暗四巨人先將超古代文明打殘了，然後幽憐再把迪迦洗白變成了光之巨人，接着纔是加坦傑厄出場，把殘餘超古代文明毀滅。