錢塘水師成功的突破了蘭溪的防線，在由於錢塘水師水左營遊擊身負重傷垂斃，清軍不得以在重新整飭一番後才分出大部轉而向西，這些清軍的目的便是驅逐明軍在衢州的水營，奪取衢江的控制權，以及掩護衢州一線的清軍渡江。而另一部分，則繼續留在蘭溪，以防陳文渡過東陽江回援金華。
衢江西岸的清軍在陳文離開後數天才從潛伏在衢州府城的探子那裡察覺到了不對勁，可是水營的戰艦在側，卻也不敢對強渡衢江有什麼太多的想法，只是將騎兵徹底撒了出去，以爭奪衢江北岸的控制權。
錢塘水師一路向西，迅速的將龍遊縣城的那幾艘戰艦或毀或逐，但是他們的目標不是這裡，所以也沒有做任何停留便繼續前進。只是抵達到衢州後，由於城頭的炮火和明軍水營的配合下，不得不放棄了聚殲的打算，轉而掩護、運送清軍越過衢江。
陳文的提前離開時出乎清軍衆將預料之外的，但是這一舉動也使得衢州守軍在清軍的威脅下放棄了衢州城外的一切，退而固守府城。清軍利用嚴家淤的江心洲在後世衢江大橋以南的一段區域搭建大片的浮橋，並利用城外在明軍火炮射程之外的碼頭來屯集戰艦以保護浮橋。
浮橋搭建完畢，三萬衢州方向的清軍裹挾着略多於此的輔兵大部越過了衢江，將衢州府城團團圍住，並開始修建長圍和用以防備明軍回師的壁壘。
這本就是洪承疇計劃中的一部分，只是對於衢州方向的南線清軍而言，似乎有點太過容易，也稍微早了一些。
按照洪承疇的計劃，清軍此番按照地形兵分四路圍剿。
起初，北線的浙江提督標營、浙江巡撫標營以及僞裝成杭州駐防八旗的定海總兵標營逼近安華鎮棱堡，以牽制明軍在北線的浦江營；東線的台州綠營和溫州綠營則進逼處州府城，牽制那裡的守軍；而南線來自於江西和福建的兩路清軍則設法完成合流，與明軍主力隔衢江對峙，是爲整個計劃的第一步。
而到了第二步，僵持的同時，杭州駐防八旗及其援軍輔以嚴州綠營在錢塘水師快速突破明軍在蘭溪的攔堵後，直取金華府，這是整個計劃的關鍵所在。
金華府城是明軍的根本之地，重要性不是任何一座城池能夠比擬的——明軍的各級衙門、倉儲、工坊、軍官培訓基地和新兵訓練營以及軍中衆將的家眷都在這裡。只要攻陷了金華府城，甚至無需久佔，只要將那些官吏殺死，將一應設施焚燬，浙江明軍就是無本之木、無源之水，清軍只要嚴守各處要點，這支浙江最後的明軍就會在軍需無從補充的絕境下自行瓦解。
爲此，洪承疇除了抽調了錢塘水營，還從台州水營裡抽調了部分運兵船參與運輸清軍，只把戰艦留在臺溫沿海以防備福建明軍。
另外，爲防錢塘水營失敗，他還給了田雄一招不知道管不管用的招數來作爲備用計劃。只是從戰略戰術上而言，洪承疇還是更傾向於由錢塘水營突破蘭溪的計劃，雖然必須等候風向對其有利，但是這樣也更有突然性，即便是有什麼意外情況發生對其造成的影響幅度也是最小。
至於能否快速攻陷金華這個核心的關鍵問題，洪承疇還是充滿了信心的，除了這一次作爲圖窮後的短劍的漢八旗軍外，他的手下還有一個人，這個人知道一個算不上秘密，但也不是一般人會意識到其利用價值的細節。
不管怎樣，錢塘水營已經成功突破了蘭溪，衢州一線的清軍也展開了圍城。衢州乃是明軍在金衢盆地西部的防禦重心，這裡一旦有失，直到金華府明軍可謂是無險可守，清軍的兵力優勢便可以更好的發揮出來了。
況且，這座府城裡除了那兩個戰兵營外，還有孔家南宗和陳文最重要的行政助手孫鈺的存在，可謂是價值難以估算。
錢塘水師突破蘭溪的同時，早已分配下船的那支作爲一錘定音作用的西線清軍已經分出了一部分趁夜攻打蘭溪縣城。
蘭溪縣城始建於北宋，宋洪遵的《東陽志》記載：“城週二裡三百四十五步”。舊有“安政”、“清波”、“明德”、“拱宸”四門，城樓頗稱壯麗。沿江一帶壘石爲陡岸，上築女牆，兼有防洪功能。
清軍自北而來，突然發動襲擊，守軍雖然此前已經接到了烽火的警示，但是兵力只有兩百餘人，在這入夜時分竭盡全力的拉了大批的民夫登城協防，可也給潛入城中的細作抓住了時機。
那些細作自稱是來自於嚴州府淳安縣的商隊，前來出售的更是作爲戰略物資存在的硫磺，據說是從嚴州的一處新礦中挖出來的，並且表示如果明軍能夠光復淳安的話，他們可以繼續嚮明軍出售更多的硫磺。
硫磺是用來製造火藥的必備原料，這支商隊由此也得到了特殊的對待，獲准進入驛館之中。可也就是他們入城的第二天，西線清軍就發起了突襲，當清軍兵臨城下發起進攻之時，這些細作便竄出了驛館在四下放火。
城內火勢一起，登城協守的民夫登時就亂成了一團，清軍幾乎是一鼓作氣就攻陷了城池。而蘭溪的守軍，除了城南和城東的還有逃出昇天的，其他的不是戰死在城北，就是沒於最後的陣地——告天台。
清軍攻陷蘭溪縣城後，並沒有急着按照慣例屠城，因爲烽火狼煙已起，急於完成攻陷金華的任務的清軍便在第二天一早就啓程出發，直奔着金華府城而去。
這支清軍的主力皆來自於漢軍八旗，其中一半是杭州駐防八旗，足足出動了四千大軍，而另一半則是由北京調來的漢八旗軍，同樣有四千之衆，爲首的叫做石廷柱，乃是漢八旗的前身——烏真超哈初建時便作爲昂邦章京佟養性的副手存在的老資格。
這個佟養性就是有清一朝所謂的“狼一窩、佟半朝”的那個佟家的家主，他的後代中多有與滿清皇室聯姻的，就連順治的兒子康熙的老孃都是這家子出去的。
和這個佟家一樣，石廷柱的後人也否定了他們祖上漢人的身份，一口咬定他們祖上都是韃子，是到了遼東亂起前不久才改成的漢姓，而後跟了老奴自然又改了回去，姓瓜爾佳氏。至於是不是真的，就未嘗可知了。
漢軍八旗此番攜帶了大量的火炮，這本就是他們的老本行，而他們抵近到金華府城之下，火炮則集中在了城西的通遠門外，因爲那裡正是金華之屠時清軍破城的口子所在。