如賽義德所料，隨着清洗推進，帝國各軍團雖陷入動盪，但總體平穩，哪怕是阿斯塔特內部，躁動也在控制之內。
阿斯塔特崇尚兄弟情意，主張親親相隱，同胞互助，當並肩作戰的兄弟被當做間諜帶走時，難免出現騷動。
這時原體親自出面，保證審訊絕對公正，才平息了躁動的罐頭戰團。
後面事實證明，賽義德並沒有抓錯人，解除催眠後，在午夜領主的恐怖手段下，擊潰心理防線，紛紛招供。
清洗進一步擴大，直到帝國方方面面，猶如腫瘤切除手術，將病竈和周圍腐化的筋肉骨頭一起切除，造成強大的副作用。
最直接問題，就是星區軍團大面積癱瘓，由於大批軍官和戰團長被處決，導致組織度崩壞，軍團戰力直線下降。
賽義德無比慶幸阿巴頓被綠皮牽制，如果此時黑軍團搞事，帝國基本沒有招架之力。
但黑軍團不搞事，不代表沒人搞事，當淨化遠征進度超過一半時，帝國各世界發生叛亂。
軍團雖然癱瘓，但pdf和星系艦隊沒有，阿爾法雖然間諜通天，但不能代替軍隊，更無法抵禦廣大忠誠的人民羣衆。
弗拉克斯終究只是個例，許多叛亂剛剛掀起，就被治安警察甚至pdf消化，沒有掀起半點波瀾。
不過阿爾法也沒打算讓他們做成績，畢竟星域封鎖，掃描艦隊將至，無論做什麼，這些特務都死路一條。
索性發揮最後餘熱，牽制帝國的力量。
賽義德遙望星圖，面色沉靜，雖然銀河再次燃燒，但沒有外部力量干預，戰火被快速撲滅。
此刻，帝國世界淨化超過七成，軍團清洗接近尾聲，賽義德開始重建癱瘓的軍團組織。
傀儡充當各級長官，接過指揮權，開始由於長官被清洗，手下士兵不服傀儡管教，但在憲兵的槍決下，成功予以震懾。
那些被滲透戰團的成員回到忠嗣學院重新教育，之後他們會被打散，重新編入各個新戰團。
此時帝國內部，各原體子嗣混編現象愈發普遍，一個戰團幾乎囊括了所有忠誠原體的基因子嗣。
如此一來，基於血脈的凝聚力削弱，取而代之的是對神皇的忠誠。
阿爾法清洗之後，這種現象得到進一步增強，在賽義德刻意引導下，同志取代了戰鬥兄弟，忠於神皇和帝國取代了忠於血緣和氏族。
賽義德將此舉稱爲戰團混編，原體們開始存在異議，但看到阿爾法清洗中各個戰團的舉動，便支持戰團混編，削弱山頭主義。
在超人議會團結一致下，帝國軍團緩慢恢復戰鬥力，與之相對的，則是阿爾法活動空間被壓縮。
所以阿爾法坐不住了，叛亂被鎮壓後，銀河某處，傀儡遭到綁架，頭套摘下，看到一個九頭蛇紋身的阿爾法戰士。
他平靜打招呼：“你好，親王殿下，別來無恙！”
賽義德冷冷回答：“叛徒，說出你的名字，馬上你就死了！”
傀儡有定位功能，賽義德能快速召集附近艦隊前來圍剿。
阿爾法平靜道：“你做不到，這艘艦船馬上進入亞空間，所以我們有足夠的時間。”
“首先回答你的問題，我叫阿爾法瑞斯，每個阿爾法都是阿爾法瑞斯，另外我們不是叛徒，我們忠於帝國！忠於神皇！”
賽義德嗤之以鼻：“荒繆！策動叛亂，勾結混沌異形，這叫忠於帝國？別笑死人了！”
阿爾法說道：“你太狹隘了，親王殿下，或者說太過傲慢，忠誠的方式有很多種，復興人類的道路有千萬條。”
“我們只是走在不同的道路上，沒有必要你死我活！”
賽義德冷笑：“你這話不僅混沌邪教說過，基因竊取者也說過，還有新星泰拉，甚至投向鈦帝國的叛徒總督…”
“所有三害都堅信自己的道路正確，可誰知道呢？人類只有一次復興的機會，經不起折騰，乖乖去死吧，別反抗了！”
阿爾法嘆氣道：“我知道很難取信於你，但馬卡多和陛下知道我會叛變，他們並沒有阻止我，知道原因嗎？”
賽義德聳聳肩，平靜道：“這重要嗎？帝國論跡不論心，你們做的事情，足夠全部處死！”
阿爾法說道：“身體總有腐敗和潰爛，貿然切除會帶來劇烈疼痛，所以一般不敢這麼做，帝國也一樣！”
“人類的劣根性註定帝國將藏污納垢，只有戰爭和變革，才能將腐敗和污穢清除！”
“而我的職責，就是讓帝國在永恆的戰爭中壯大，避免在永恆的和平中毀滅！”
傀儡平靜擺手：“這就不勞您操心了，淨化遠征會清除一切污穢，帝國軍團將肅清銀河，神皇將找到隔絕亞空間的辦法，而你這叛徒只會添亂！”
”再告訴你一件事，神皇知道你會叛變但沒阻止，是因爲知道你們成不了事，反倒能削弱荷魯斯的力量。”
原體叛亂期間，阿爾法和午夜領主參與了對泰拉的滲透，但滲透很快被挫敗，原體也被殺死。
阿爾法拳頭一緊，片刻後搖頭：
“你做的很好，親王殿下，有足夠的資格取笑我們，無論是混沌那邊的阿爾法，還是變節戰幫都承認這一點！”
“正因爲萬億傀儡充當繮繩，帝國這頭巨獸才能行走於正確的道路，不斷壯大稱霸銀河，可你聽過桑增定律麼？”
傀儡點頭：“任何一個封閉系統內部，混亂程度都會不斷增加，最終在熱寂中毀滅，在灰燼中重生！”
“帝國也一樣！”
阿爾法說道：“它會不可避免的腐朽衰敗，最終將人類帶入深淵，這時，它就需要外力做功，來降低內部混亂，延遲滅亡的時刻！”
賽義德搖頭：“不，帝國不是一個封閉的系統，國教、機械教、原體和親王軍團都是獨立系統，更像一個緊密開放的聯盟！”
“每當出錯之時，都有人進行糾正，這也是淨化遠征的目的之一，無數腐敗的貴族，多少陰影中的罪惡被清洗！”
這時阿爾法問道：“那麼你呢？帝國親王、國教教宗、原初動力、超人議會主席，如果你出現熵增，誰來外力做功？”
賽義德回道：“我們還有神皇，若我腐朽了，神皇自當降下制裁，若帝國高層腐朽墮落，還會有千萬萬不怕犧牲的勇士清除腐敗，糾正錯誤！”
“卑劣的叛徒啊，你口中註定要因熵增而滅亡的帝國，已經在銀河中屹立萬年，只要有我們這樣忠誠的勇士存在，它就不會滅亡！”
賽義德並非煲雞湯，原本歷史中，高領主經常抽風，先後出現過萬格里奇和範達爾，以及審判官各種不當人。
這時候就會天降猛人，或者星際戰士挺身而出，兵諫泰拉處決瘋狂的領袖，強制進行武裝改革，讓帝國重歸秩序。
阿爾法嘆氣道：“我說不過你，親王殿下，淨化遠征快結束了，阿爾法間諜網消失，生存空間被極大壓縮。“
“失去間諜網，我們將與流寇無異，失去繼續縱橫的資本。”
傀儡冷道：“還算有自知之明，卑劣的叛徒！”
阿爾法平靜搖頭道：“我重複一遍，我們不是叛徒，只是忠誠的方式不一樣！”
賽義德此時懶得廢話：“你們已經失敗，既然選擇忠誠，就忠誠地去死，爲錯誤道路殉葬！”
“當然！”
賽義德愣神，問道：“你說什麼？”
阿爾法堅定道：“我們會爲忠誠殉葬！阿爾法將永遠消失在這個宇宙，你們永遠不會再見到我們！”
賽義德反問道：“間諜網被清除，你們要自殺？”
阿爾法點頭道：“九頭蛇有屬於自己的驕傲，不會像流寇海盜一般暗搓搓搞事，失去了間諜網，九頭蛇將陷入癱瘓，失去存在意義。”
賽義德雖然不是很懂，但這羣神經病能集體自殺，對帝國無疑是一大利好，於是回道：
“希望如此吧，一路走好，如果你能見到帝皇，希望能得到公正審判！”
阿爾法堅定道：“每個忠誠的阿爾法都將進入神皇的懷抱！”
說完，他掏出熱熔手槍，對準自己頭顱，一陣藍光閃爍，半個頭都阿爾法戰士倒地身亡。
傀儡上前檢查，發現已經失去生命體徵，它離開對話的艙室，發現到處是倒地的阿爾法戰士。
不難想象，在談判失敗後，他們都堅定地選擇死亡。
整艘飛船除了傀儡，沒有生還者，這是紅燈閃爍，傳來機魂呆滯的聲音：
“自毀，自毀，三分鐘內自毀…”
傀儡再一次檢查屍體，確定都是阿爾法戰士，不禁想道：
“其他地方的阿爾法也是這樣嗎？九頭蛇承諾帝國不會再遭遇阿爾法了，應該和這艘飛船一樣，全部自裁。”
這時，烈焰席捲整艘飛船，將傀儡吞沒，賽義德與傀儡斷開連接。
泰拉皇宮中，賽義德凝視着星圖，此時淨化遠征已經完成百分之九十五，再過數小時，帝國將被徹底淨化。
賽義德心道：“皇哥，阿爾法說你支持他的叛亂，是真的嗎？”
他依稀記得，當得知阿爾法叛亂時，帝皇說了句：“這孩子爲何要與我們的道路作對呢？”
所以賽義德認爲，帝皇對阿爾法叛亂早有準備，阿爾法後來表現拉胯，白白佔了一個原體名額，有曲線忠誠的味道。
但帝皇否定道：“你想錯了，阿爾法叛亂只是其中一種可能，事實上任何人叛亂都不意外，我只知道它們叛亂的理由。”
賽義德說道：“正因爲知道理由，所以纔不擔心他們？”
帝皇說道：“沒錯，九頭蛇九個頭，雖然難以殺死，但每個頭都有各自的想法，一旦原體死亡，軍團立刻散成原子狀態。”
”殺死阿爾法瑞斯之後，阿爾法軍團已經不構成威脅。“
但賽義德有不同看法：“可弗拉克斯和連綿不絕的叛亂，危害並不小。”
帝皇平靜道：“但放在足夠宏觀與龐大的尺度，它們都微不足道，不是嗎？”
“帝國的危機不在現實宇宙，而是亞空間和混沌四神，無論綠皮泰倫還是阿爾法，或者各種叛亂，都無法摧毀帝國。”
”只有亞空間，纔是寄生於人類身上的毒瘤！“
此時，淨化遠征完成，戰爭委員會一片歡呼，由於持續時間短，無論是阿巴頓還是各路異形，都沒能及時作出反應。
隨着忠嗣學院軍官畢業，充實各軍團，恢復組織度，帝國再一次穩如泰山，傲視銀河。
但有一支軍團賽義德沒動，那就是食屍鬼星羣的休倫軍團，因爲戰事緊張，休倫特意請求延遲清洗，賽義德同意了。
其他星區同樣戰事不斷，賽義德唯獨同意休倫請求，是因爲在食屍鬼星羣，帝國撞上了一個甦醒的太空死靈王朝——德拉扎克白骨王朝。
這個王朝由剝皮者組成，死靈們渴望披掛血肉，來獲得內心片刻安寧，但血肉會腐化，需要定期掠奪。
因此德拉扎克向周邊世界徵收血稅，即定期上交規定數量的生物，否則盡數屠滅。
休倫在肅清大批異形之後，主要進攻德拉扎克白骨王國。
期間，賽義德得到塔拉辛的情報支持，然後然後轉交休倫，休倫憑藉情報，成功擊敗了白骨王國，對墓穴世界使用滅絕令。
至此，帝國肅清了食屍鬼星羣，剩下海盜流寇不足爲慮，對新世界展開殖民。
而對休倫軍團的淨化遠征，也在徐徐展開。
但令賽義德意外的是，休倫接連以戰事緊張，死靈王朝餘孽橫行爲由，繼續拒絕淨化，這引起賽義德的警惕。
休倫軍團難道藏有不可告人的秘密？
隨後，在賽義德的運作下，泰拉否決了休倫推薦的食屍鬼星羣行星總督名單，將軍功貴族調任帝國其他星球。
在程序上，泰拉的任命沒有任何問題，許多輔助軍的軍功勳貴高興踏上帝國飛船，前往其他星系成爲貴族。
和食屍鬼星區相比，他們更願意去安全的內地。
但休倫不滿意了，因爲這些人都是他的老部下，雖然是輔助軍，但卻是不可或缺的中堅力量。
凡人輔助軍走了，誰來開飛船，誰來幹雜活，誰來搬炮彈，誰來抗線。
可以說，泰拉一道命令，就瓦解了休倫的整個輔助軍。
休倫急了，立刻找到傀儡，開成公佈地說道：
“親王殿下，我希望獲得星區的行星總督任免權！”
馬上還有一張，打算寫個番外，算是承諾的加更……