再好的政策都需要有合格的官員執行，漢國政府內部官員成分複雜，大部分是未經過系統教育，半路出家的落魄秀才、舉人以及稍有文化知識的商人，他們的加入。雖然在一定程度上解決了漢國官員人數不足的困擾，但是隨着時間的推延和漢國國土面積倍增的影響，倉促間登上官位的他們不僅無法爲政府的有效運轉提供幫助，而且還直接或者間接的損害了國家的利益。
林亞相和他控制的義興公司所涉事的案件就是一場典型的官員腐敗、官商勾結的例子，雲州地方上的官員違背政府制定的法令，明裡暗裡向相關人員輸送利益，侵害國家公有土地、稅收等，他們明明知道這樣做不符合律法要求，但是因爲官員專業素養的欠缺，許多官員抱着冒險試試，無人察覺的心態去做，最終導致整個雲州地方政府烏煙瘴氣，腐敗橫行。
立國初期，新的統治階級取代舊的階級，是最容易滋發權力壟斷的時期，如果不在源頭時期對政府官員隊伍進行整頓，往後時間推遲越久，進行改革的代價和後果也會越高。
清理官員隊伍、提高政府機關行政效率沒有好的方法，結合漢國當前實際情況，李明遠決定從四個方面開始入手。
一從國家安全部抽調專業的情報人員赴各地方州縣進行調查，蒐集地方官員、商人違法犯罪的證據，發現一批處理一批。
二在督察院內部新設廉政司部門，行政級別高配爲副部級，直接向皇帝負責，專門負責處理官員腐敗、官商勾結、經濟領域犯罪等案件。
三加快專業官員的培養速度，擇優選拔高校畢業生進入中央、地方政府行政機關工作，初期從事一些輔助主官性質的工作，分擔主官的權力和對主官進行一定程度的權力牽制。
四鑑於南美洲十年內難有大戰爆發，國家將處於一段長時期的和平期，李明遠認爲，把那些具有一定文化素養、執行能力強的軍官、士兵繼續安排到政府基層機構，能夠加強政府對地方基層的掌控，雖然復員軍官、士兵中也不可避免會出現腐敗份子，但是和那些半路加入進來的大陸舊氏文人、商人相比，李明遠更相信經過一段時期的軍隊教育、訓練，服從性強的退役軍官們更加可靠。
1879年11月初，經過幾個月摸索調查，針對漢國境內各州府的第一輪清理整頓工作開始啓動。
林亞相和義興公司作爲重點關注的對象，最早遭受抓捕與查封，林亞相本人因爲侵吞國家荒地數額巨大，多次隱瞞所管轄公司、種植園發生的重大傷亡事故，被判處死刑並且沒收全部個人財產，同時與林亞相案件牽涉的一百多名官員、義興公司大小管事全部被抓，義興公司名下百分之八十的資產被查封充公，被義興公司非法僱傭和限制人身自由的六千二百名工人恢復自由人身份，並且獲准從義興公司的資產中得到一部分作爲經濟補償。
第一輪內部整頓的風暴在一京三府十八州各地全面掀起，截止1879年11月24日，總計有1075名大小官員被逮捕入獄，2148名商人、舊式文人被立案調查，沒收涉案土地、店鋪、財產總價值摺合白銀約1070萬兩，約佔漢國一年總財政收入的二分之一。
按照同一時期滿清朝廷財政收入3萬萬兩白銀計算，漢國每年財政總收入2000萬兩白銀，只佔滿清朝廷收入的十五分之一，摺合人均財政收入，漢國人均財政收入也只比滿清治下多出三倍左右，但是算上漢國政府軍每年補貼在移民運輸、本土土地開發、工業建設等方面的成本支出，以及漢國本土糧食、布匹等商品價格低廉的因素，平均一戶漢國百姓的生活水平，要比滿清治下百姓高出四到五倍，人均財政收入也比賬面上要多出許多。
疾風驟雨般的內部整頓和大批官員、商人涉事被抓的情景，給本土的官員、商人們帶來了極大的震撼，原本因爲阿根廷戰爭勝利、李明遠登基稱帝，帶來的對漢國未來發展前景看好，打算各使手段謀求官位高升、生意規模擴大的相關人員，迅速息滅了心中不該有的想法，老老實實的做着本份工作，生怕一個不小心，被國家安全部、督察院的人抓住了證據，一生心情打了水花，本人也要落得個身死財破的下場。
被本土的官場整頓風波嚇到，也有不少商人打了退堂鼓，決定離開漢國本土，帶着在漢國賺取的資金回到大陸或者南洋，當自己的土財主，對於這部分人，李明遠沒有好說的，指示政府官員一個字，查，認真調查他們的從商經歷，但凡有一件事情觸碰國家法律，立刻對他們執行懲罰，如果涉事程度低甚至是奉公守法，那也要繳納三分之一的財產作爲出鏡稅收，畢竟無論李明遠還是他手下的官員將領，都不是大方的人，拿夠了漢國給予的好處，想要離開，必須吐出來一部分。
離境繳稅政策實行下來，約五分之二的人改變了想法，捨不得損失近一半財產，而選擇留下來，另一批意志堅定的，除掉一部分因爲財產來源違法被抓了起來，總共有648名商人和215名舊式秀才、舉人離開了南美本土，或是到了南洋或是直接回到大陸地區，過起了他們認爲適合自己的生活。
漢國國內移民成分複雜，普通華人勞工、逃荒來的百姓、海外華商等不同類別的人羣，因爲不同的目的來到南美，除去大部分人是爲了吃上一口飽飯、帶着家庭老幼尋一條活路，還有一些投機的商人、在大陸違法犯罪的地痞流氓爲了出人頭地來到了南美。
爲了統一管理移民，漢國政府苦思冥想，採取了一整套措施和行政命令，用來改造那些抱着不良目的移民而來的華人，從最初運輸船隻上岸，政府對移民進行簡單的衛生、漢國本土政策法令的教育與培訓，到兩年集體勞動，參與政府組織的道路修整、定居點房屋建設，以及兩年勞動期結束，按照勞動期間表現，分房分地的獎勵政策，
可以說，經過十多年摸索與改進，漢國的移民教育與改造政策總體上是成功的，但是，一部分華人本性頑固的華人，很難在外力教育與培訓下獲得徹底改變，熬過兩年勞動期，在定居點接受統一的民兵訓練，獲得正式國民身份後，一些幫派分子、地痞流氓出身的華人，重新活躍了起來，敲詐新移民、賄賂基層官員橫行鄉里，從事賭博、放高利貸等活動。
可以說，舊式幫派分子、地痞流氓爲政府官員腐敗、官商勾結提供了很大的活動空間，林亞相無官無職，只是一個商人身份的他，爲什麼能夠在雲州拉攏到一百餘名大小官員，其中不僅是他手中掌握的財富發揮作用，義興公司名下，和依附義興公司生存的數千名幫派、地痞流氓也是一股不可忽視的勢力。
立國之初，漢國政府就下達行政命令，取締本土的一切幫派，未經過政府允許，普通國民不能私自將訓練使用的火槍帶回家，而且更加嚴令禁止原本的幫派份子拉幫結派，擾亂地方治安。
有警備軍和民兵震懾地方，1870年到1874年間，雷厲風行處置一批地痞流氓、幫派份子，該判刑的判刑，改流放剛果的流放剛果，經歷四年清理期，本土地區社會風氣爲之一淨，可是隨着丁戍奇荒的影響，移民本土的華人數量暴漲，中央和地方政府的精力被移民事務牽絆，因此放鬆了對本土治安環境的監管，給那些新移入本土的幫派份子提供了活動空間，進而導致了1879年下半年本土政府內部、經濟、社會治安問題的集中暴露。
藉着整頓官場、商業兩方面問題的機會，連帶着把那些牽涉其中的幫派份子、地痞流氓、打手全部清理一遍，同時審問抓捕到的人員、深挖隱藏在各地幫派的分佈情況，大魚小魚一起抓，即是爲了國家穩定，也是向李明遠請功，各級地方官員、督察院、國家安全部，上至部級高官下至普通情報人員、基層官員，都攢足了勁頭，準備在李明遠登基稱帝前做出成績，使轄區內的社會風貌煥然一新，符合帝國新氣象的要求。
挖出一批國家蛀蟲，新多出來的官位激發了各級官員的積極性，受傳統文化影響，本土地區從來不缺少想要坐官的人，即使眼看着一些身邊的同僚因貪腐、違法等問題被抓，但是這卻並不能物阻止其他官員升職的野心，漢國地廣人稀，當了政府官員更不缺少土地和滿足生活需求的財富，那些官員之所以被抓，只能怪他們貪心不足、不識時務，老老實實依照法令做事，雖然官位升遷慢一點，但是沒有風險，不用整天提心吊膽的睡不着覺，野心與能力相匹配，有自知之明，還怕沒有一個好結局嗎？
官員們鼓足幹勁處置轄區內的各項違法犯罪活動，民兵和警備軍出動兵力，負責抓捕逃犯，到了12月中旬，約一萬三千名幫派份子、流氓地痞被抓獲，對於這一批人，政府粗略的審判過後，大筆一揮，全部流放到海外殖民地，其中一萬一千人發配非洲剛果殖民地，剩餘則分作三批，分別進入淄魯、湯加、薩摩亞三地，按照1878年7月與德國人簽訂的殖民地交換協議，接收德國人直接控制的淄魯、薩摩亞兩島，以及接收德國人在湯加設立的商業據點。