軍機處參考雍正朝設置，現在初立工作相對較少，按照趙昺的設想由三位臣僚協理，由大學士、各部尚書、侍郎、督撫等三品以上官員奉特旨充當，均爲兼職，其數無定額，任期無限止。┡ω81中文網下有負責撰擬旨諭的和管理檔案的幫辦若干名。他們同樣皆爲兼職，由內閣中書、六部郎中、員外郎、主事、七品小京官由進士、舉人出身者兼充；凡承旨入值軍機處的官員，仍爲原衙門的實缺並照例升轉。也就是說大家都是‘借調’軍機處工作而已。
軍機處是應對戰事的機構，但戰爭並不只是涉及軍隊，還會牽扯到方方面面，因而協理之人不僅要熟知軍務，還要通曉政務，當然也是信的過的人。趙昺經過考慮，覺得還是應節嚴貼心，其治理軍政皆是好手，且經驗豐富，正是不二人選。
但老頭兒畢竟年紀大了，不能靠其一人擔起全部工作，因而趙昺選定的第二人是瓊州的提點刑獄高應鬆，此人對大宋忠心不二，做事雷厲風行到瓊後就將涉及刑獄之事處理完畢，絕對是幹臣；另一位是吏部尚書陳仲微，歲數雖也大點兒，不過其在資歷也深，爲官清正，又熟知朝廷中的官員情況，也比較合適。至於那些幫辦，趙昺則授權三人在朝中挑選，而他也將林之武、蔡喬和蔡若水三人放入其中加以鍛鍊。
公務處理的具體流程，趙昺也做了規定，每日寅時協理大臣前往宮中面見皇帝，聆聽對軍務的處理意見，成爲‘承旨’；皇帝在徵詢協理大臣對事務的意見後下達指示，協理大臣回到軍機處，將皇帝的意思轉述給幫辦們；幫辦立刻‘擬旨’，然後協理大臣拿着擬好的御旨，再回宮中報呈皇帝批准，一來一去間事務處理完畢。
協理大臣每日承旨後，留一人在值房輪值，兩日一換班。以其中一人爲，稱作總理事，當前非應節嚴莫屬了；幫辦分成左右兩班輪流值守，日夜不可離開，即便是節日也不能離開。現在每班暫編十五人，由協理大臣任命其中一人爲主辦，一人爲同知，平日由他們帶領幫辦們工作。
趙昺追求高效，而對軍機處工作人員的要求就三個字：勤、、密。勤當然就是勤快，當天的事情必須當天處理完成，決不許拖到次日；就是有事要迅通報給皇帝，報告要言簡意賅，能用一個字的絕不準多說一個字。無論事情多複雜，一定在三句話內講完，免得皇帝再問。批文封好後，就會加蓋軍機處大印，並寫明驛遞日行裡數，交給兵部驛馬傳遞，決不許拖沓；密自然是要保守秘密，軍機處片紙不得帶離，話一字不能透露給外人，王公貴族，宮女內侍皆不可入內，若是泄露定當嚴懲。
當然除了這些人還有警衛和雜役，負責軍機處的安全和照顧他們的生活。警衛有侍衛營中遴選，忠心嘴嚴是最基本的條件，且要有六親不認的工作態度，即便是皇帝沒有腰牌都不能進入其中。而雜役皆出自內侍省的小黃門，年齡要求十四歲以下，都是不識字的文盲，歲數一到立刻離開，隔離一年後再另做任用。至於伙食皆由宮中膳房供應，以防止有人夾帶消息出宮……
“唉，自己這個皇帝當的真夠失敗的，連這點事兒都沒搞明白，瞎擔心了。”大朝會過後的次日清晨，趙昺早早便起來了，洗漱更衣準備上朝，卻惹得上下莫名其妙，他馬上意識到哪裡出了問題。趕緊將王德叫過來一問，才知自己前世又被那些狗屁導演拍的帝王影視劇給騙了，鬧了個大笑話。
趙昺本以爲當皇帝除了生病或是偷懶纔會不上朝，而天天不朝的皇帝都是昏君，卻不清楚皇帝真的不用天天上朝的。
在大宋朝會基本分成三種：大朝會，元日和冬至日舉辦的大朝會，最隆重，需要有大陳設，展宮懸鼓吹，陳車輅輿輦，皇帝是必須到的，且要服袞冕，御輿以出，曲直華蓋，警蹕侍衛如常儀，接受羣臣客使朝參禮賀；在就是朔望朝會每逢這兩日羣臣要上殿朝見，皇帝一般也要出席；另外就是常朝，朝廷各司的朝官，每五天一次赴上殿朝見，因此也被人戲稱爲“六參官”。而常朝是更多是禮儀性質的，可由宰相主持，帶頭向御座行禮，一般不會處理政務，大事都是在朝會之後執政們一起議事。
常在古裝戲劇中出現的君臣在朝廷上問答的場景，其實就是演的就是開朝會。而這種朝會一般都是在進行重要的人事任免和重大的工作安排、典章頒佈時，皇帝纔會開。有資格參加朝會的都是相當於今國家領導級別的三公、九卿，即便擴大化最低也得是副廳級的正五品官員，絕不會出現影視劇那種排着大隊，依此進殿上朝的場面。而這種情形也只能在此種情況下出現，因爲即便是今日的故宮太和殿也裝不下這麼都人同時進去上朝，更不要說天天如此了。
其實除‘法定起居日’外，早朝的常態是每天早晨，文武百官須先到待漏院等候，上殿之前先在殿門之外文武東西相向分兩行列隊，新任命及將辭職的官員站在南邊。站好後御史臺官員巡檢一過，如沒現衣冠不整，位置不對的現象，便與巡使先登殿，然後文武官員依班序魚貫而入。殿門打開後，入殿立班，除有旨免常朝及值夜班的官員外，一律不得缺席。
站班完畢後宰相率領少數大臣前往便殿向皇上奏事，衆官仍呆在殿中靜候。奏事畢，宰相返回，在引贊官的帶領下，走到押班的位置上，西向立定，率百官虛拜前殿庭下；若是宰相議事較多，日頭老高仍不見出來，自會有通事舍人一員到合門宣佈“奉敕不坐”，衆官員心領神會，自動按班位站好，虛拜而出，至此每日的早朝就結束了。
“阿彌陀佛，陛下是做功課的時候了！”正當趙昺咧着嘴笑的燦爛，爲不用天天早朝而高興的時候，突然有人高宣佛號道，他的臉一下就青了……