趙昺接到倪亮的通報大鬆口氣，三旅以傷亡三百多人爲代價殲敵四千多人，收降潁州軍餘部，順勢攻取昌化縣，他當然是聖心大慰。下令以孫晉旻嶺關守將，率七團和八團鎮守旻嶺至老竹嶺這段徽杭咽喉要道，如此便截斷了敵軍從西路增援杭州的通路，再命倪亮率九團押解潁州軍降軍歸隊。
紹興這邊護軍四下出擊，三天之內收復了所屬八縣，而董義成部退入太湖後，又遣陸戰一旅收復平江府，而隨着潁州軍的投降，宋軍已然從南、西、北三個方向完成了對杭州的包圍，東面則是大海，那裡也有陸秀夫率領的水軍在外海待機。而杭州萬戶府的四個萬戶三個已經被團滅，因而臨安府可以說已是囊中之物。
不過趙昺並沒有急於動手，而是將矛頭轉向駐紮在建康的真定萬戶軍，只有將他們從城中調出來才能給趙孟錦創造戰機。當前董義成劫了劉家港，拿下了平江，就是放下了魚餌。因爲在軍事上建康是重鎮，但是在經濟上劉家港卻是南糧北運的樞紐，掐着大都的經濟命脈，而失了建康只不過是一地的得失，所以他堅信敵真定軍必會來爭奪太湖，現在已經有跡象表明敵龍灣水軍和海道運糧萬戶府下轄的其它幾個千戶在向長江口集結。
而其它幾個戰場打的還算順利，收復了許多州縣，有力的牽制了元軍的力量。不過卻難以攻取當地的中心城市，這其中有新編宋軍武器落後，缺乏攻堅手段外，在野戰中仍處於劣勢，即便是文天祥統領的人數最多的懷恩軍仍然難以攻破鄂州城，打成了一場消耗戰。
宋軍能在短時間內將江南搞得天翻地覆，當然有趙昺厚積薄發之故，也常常暗自慶幸忽必烈死的是時候。他當初‘謀算’其的手段高明是高明，卻有着諸多不確定的因素，它不像毒藥吃了當下就見效，也不像刀子扎進去就見紅，誰也不知道忽必烈哪天會病發身亡。而偏偏其在死前又幹了件大事，給趙昺幫了忙，當然忽必烈的本意卻非如此，也是形勢所迫。
元朝疆土遼闊素爲史家稱道，但元朝政局動盪也爲史家詬病。之所以動盪，實由版圖過大、治理不善所致。由於版圖內分佈衆多部族，而各族及各地區的經濟、文化存在着很大的差異，這給有效行政帶來實際困難。開國後曾附會漢法，採用中原制度，以圖糾弊更新，但仍無法克服此伏彼起的民族矛盾、社會矛盾，加上過度掊克的財政政策激起不斷反抗，國勢難以穩定。
基於武力開國的蒙古貴族統治者於是又將武力鎮壓作爲治國重要手段，爲此建立了軍事戍防體系。元朝最高軍事機構是樞密院。院由知院、同知、副樞、僉院、同僉及院判、參議、經歷、都事等職官組成。另有負責軍法獄訟的斷事官。樞密院直隸皇帝，其職責是“掌天下兵甲機密之務。凡宮禁宿衛、邊庭軍翼、征討戍守、簡閱差遣、舉功轉官、節制調度，無不由之”。如遇地方有事需調軍出征，則於地方設行樞密院，事已則罷。
由於元朝奉行蒙古至上政策，所以軍籍機密唯一二蒙古長官知曉，漢人等不得查看。元朝中樞另有兵部。與樞密院相較，兵部職權相對較小，其職掌主要是“掌天下郡邑郵驛屯牧之政令。凡城池廢置之故，山川險易之圖，兵站屯田之籍，遠方歸化之人，官私畜牧之地，駝馬、牛羊、鷹隼、羽毛、皮革之徵，驛乘、郵運、祗應、公廨、皁隸之制，悉以任之”，職同軍需後勤部門。
元朝的軍事戍防，大體可分爲中央宿衛制和地方鎮戍制兩大類。入元以前，蒙古大汗的宿衛是由怯薛擔任的。怯薛制度起源於遊牧貴族的那可兒（伴當）、親軍。與漢地中央禁軍不同，怯薛在草原遊牧社會中，不僅是大汗的親衛，還具皇室家務幹部、質子營、貴族子弟訓練學校等性質。蒙古汗國軍政官員大多由怯薛出任，因而怯薛又有汗國中央政府的功能。
作爲皇權的干城，侍衛親軍受樞密院直轄。其功能大致有以下幾項：第一，作爲常備軍，防守兩都及附近地區。第二，作爲控御地方的中央武力，逢有反叛，出征討伐。第三，非軍事時期，屯田自給軍食，減輕國家負擔。第四，承任兩都營建、修繕等勞役。這不僅成爲元廷加強民族間制衡的力量，而且爲色目權臣在政治舞臺上崛起打下了基礎。
入元以後，怯薛權力大爲削弱，但作爲蒙古傳統的皇家衛士之角色依然存留，並受特殊優待。怯薛設長，分四班輪值，並負責宮城守衛和帝室警衛。與侍衛親軍不同，怯薛不隸於樞密院而直屬皇帝。不過怯薛也失去了蒙古國時代的大中軍功能，非皇帝親征，很少出徵，其軍事作用在於與衛軍相互制衡。而怯薛與侍衛親軍構成的中央禁軍又是控制地方鎮戍諸軍的平衡力量。
與宋朝“強幹弱枝”政策不同，在保持中央精兵的同時，基於治安和國防的需要，元朝在內地重鎮及邊遠要塞派駐了大量軍隊。忽必烈與謀臣斟定全國鎮戍規模，命宗王將兵鎮邊徼襟喉之地，而河洛、山東據天下腹心，則以蒙古、探馬赤軍列大府以屯之。淮、江以南，地盡南海，則名藩列郡又各以漢軍及新附等軍戍守，又根據區域、軍隊的分佈，劃分若干鎮戍區。
所謂漢地，主要指原金朝轄境而言，即河北、山西、山東、河南、遼東、陝甘等地，還包括了四川。滅宋以後，元以宋境爲新拓疆域，江南又系當時經濟中心，統軍大帥伯顏等人審地理之宜，據軍事佈防需要，擬定留六十三處屯兵所，然後由此分兵，四出鎮守。
按元朝鎮戍兵力分佈，江南因原宋都所在，又是經濟發達、人口稠密地區，故置重兵戍守，由宋朝降兵組成的新附軍大都駐紮在此。而華南兵力相對較弱，所以遇有反元勢力崛起，元廷往往抽調江南兵力支援，以致有時江南兵力爲之削弱。
元朝軍政建置中鎮戍作用的突出是因爲元朝在征服漢地、南宋以後，許多地方對異族統治並不認同，反抗活動不斷髮生，加上元朝在以往所謂羈縻地區推行直接統治，引發當地部族首領激烈反抗；在江南地區過度聚斂則激化了當地的社會矛盾。上述情況的發生使元朝的統治處於不穩定狀態，因而軍事鎮戍對元朝統治者來說無疑是必要手段。而爲加強對遼闊境土的有效控御，根據蒙古傳統的分封習俗，元朝還建立了宗王出鎮制度。
所謂宗王出鎮，即宗王受封某地，負責該地區鎮戍征伐，並代表朝廷監臨當地軍政。其實這種受封並非實封，是封藩不治藩，僅取“封建之餘意”。他們的主要職責在於軍事鎮戍。所以從名義上講出鎮宗王爲鎮戍區最高軍政長官，但地區行政並不歸其管領，行政由行省地方官員掌握。二者的分工在於，出鎮宗王重在統軍鎮戍，而地方行政及部分治安由元朝地方官僚系統控制，正是所謂“鎮之以親王，使重臣治其事”。由此形成戍地、宗派不同的出鎮體系。
江南元軍經過兩次征討瓊州，討伐安南、占城及遠征日本幾乎皆是由江南新附軍抽調，這些戰事使得新附軍兵力大損，尤其是徵日本就有十五萬人殞命大海。而這也可以說是忽必烈有意爲之，要知道探馬赤軍人的軍需裝備，主要由軍戶自備，不足部分由政府補給。漢軍士兵的冬、夏軍裝和武器，由政府發給，並按月發放口糧，服裝的不足部分、其他裝備和開支，由本軍戶和貼戶湊齊，定期送到軍中。
軍戶制的實行，可以保證國家有穩定的兵源，又可以維持一支龐大的軍隊而使政府負擔不致過重。而新附軍人的裝備，全由政府供給，口糧每月米六鬥、鹽一斤，家屬每月每人支糧四鬥，可以說供給全是由國家財政支付，龐大的數目對於哪個國家都是沉重的負擔，忽必烈便將他們當做了消耗品。多年後屯駐江南的新附軍數量大爲減少。
隨着對外戰事的減少，忽必烈覺得江南業已穩定，便在至元二十二年，元廷將江淮、江西兩行省所轄兵力進行了整編，重新編成三十七個萬戶鎮戍各地，其中又區分爲上中下三等，算下來屯駐江南的元軍總數也就減少到二十餘萬，比之從前少了近半。
經過整編後負擔是減輕了，但是隨之而來的是地廣兵少的矛盾便凸顯出來，唯一解決的辦法就是將有限的兵力部署在重點地區，一般按照府治由萬戶府鎮戍，再分兵駐守所轄的州治，縣裡一般就由新附軍和鄉兵組成的尉軍擔任維護治安，討賊緝盜的任務，而根據縣的等級不同，配置的尉軍也由二、三百到上千人不等。
不過蒙古人對新附軍十分不信任，不給他們配備兵器，尉軍們只能人手一根悶棍，以致在緝盜的時候不但無法抓住盜匪，反被其所傷。考慮到現實情況，經過慎重考慮蒙古人纔給大縣的尉軍配發了十副弓箭，小縣只有五副弓箭，由此可見其戰鬥力如何了。
所以尉軍嚇唬下鄉民百姓還湊合，打仗還得依靠鎮戍軍。這也使得佔據偏遠地區的宋朝義軍得以發展、壯大，而開戰後也能迅速收復衆多縣城的原因。當下趙昺一聲令下，江南地區烽煙四起，江南元軍顧此失彼，自顧不暇，當然也就難以支援其它地方的戰事，只能看着其被宋軍逐個殲滅。
另一方面元軍各萬戶府歸於樞密院管轄，而樞密院使例由太子或宗王兼任，所以現在是真金兼任樞密使統管各地鎮戍軍。可忽必烈死了，他又還未能登上汗位，南必皇后又以太后的身份監國，由大汗直領的怯薛軍兵權也未能轉移到他的手中。
這種種原因使得真金手中的權力大受限制，能夠轄制諸位宗王的也就只剩下樞密使這個實職了，而他要想能成功登上汗位就必須抓兵權。但是各個宗王能否支持他尚很難說，當下宗王出鎮的地區，有嶺北、河西、土蕃、雲南、江南等地。出鎮宗王中，以北邊宗王軍權在握，權力最大。江淮諸王統軍權略爲遜色。河西、雲南諸王則介於兩者之間。
漠北本是蒙古勃興的根本之地，和林更是昔日帝國首都所在，但在元朝將政治重心南移並定都於開平、燕京以後，漠北失去舊日的輝煌而被視爲邊徼。然而，元朝皇帝作爲名義上的蒙古大汗，必須統有草原地區，使漠北諸王聽命於自己，確保該地區政治上不向敵對勢力動搖。爲此，元朝逐步地加強了漠北地區的軍政建置。
至元三年，忽必烈封第四子那木罕爲北平王，出鎮漠北，統領諸王之軍，以防範海都等拒命的西道諸王。至元八年，趁海都與察合臺系后王爭奪河中地區時，那木罕受命率嶺北諸王軍隊進駐阿力麻裡。元朝在不斷補充阿力麻裡駐軍給養、軍器等物的同時，又派中書省右丞相安童以行中書省事、樞密院事之銜，前往阿力麻裡，以輔佐那木罕，並加強對海都的進攻。
但是，這個出鎮體系在至元十三年冬被打破。是時諸王昔裡吉等執那木罕、安童叛元，漠北陷入混亂。後經元朝發兵，勘定戰亂，但西部防線已向東撤，不過和林仍是漠北戍防重鎮，稱海等地則設宣慰司管理駐軍的屯田、戍防。至元二十一年，那木罕等人獲釋還朝，又被忽必烈改封爲北安王，仍受命出鎮嶺北，其作爲忽必烈的幼子也是汗位最有力的競爭者，而真金要想平安就位就必須得到其它宗王的支持……