馬廷鸞接管紹興府後也立刻開始着手整頓，當前首要任務便是剷除蒙元殘餘勢力**細，畢竟皇帝駐蹕於此，若是出了差錯，他是萬死莫贖。在護軍一旅的配合下，隨即展開了清洗，已有廣州、泉州的先例所循，首先對一衆舊官員進行甄別和調換，與蒙元有關的商旅巨賈進行抓捕。
紹興臨近杭州本就是商業繁榮之地，貪財的蒙古人當然不會這塊肥肉，他們紛紛在利用自己特殊的身份在在此設置商號，侵佔良田，因此暴富。在此聚集的蒙古人和色目人不下萬千，可沒想到一夜之間變了天，能夠逃走的十中無一，且人能跑，多年的積攢卻帶不走，皆被查封沒官。
令趙昺沒想到的是別看馬廷鸞平日溫文爾雅，但殺起人來同樣毫不手軟，甚至比自己有過之而不及。凡是蒙古及色目官員，上至斷事官，下至駐於鄉里的‘彈壓’的小吏皆被處死，家財沒收，家眷入官；而對於當年叛降的大宋官員也不客氣，管你是因爲未免百姓被屠戮而獻城的，還是遵照太后‘詔令’開城迎賊的，全部拿下；對於資敵的商賈士紳同樣也不留情，盡數一網打盡。
馬廷鸞殺紅了眼，趙昺都有些看不下去了。對於殺蒙古人和其狗腿子色目人，他沒有什麼意見，這些人是元王朝的受益者，也是最爲堅定的支持者，在當前敵強我弱的形勢下即便投降也是虛以爲蛇，等待哪天變天呢！一旦自己稍有失利，便會重新跳出來助敵，殺了倒也乾脆，免留後患。
當年叛降及主動助敵的原宋朝官員，趙昺也沒有一絲憐憫皆以謀叛之罪處死，未成年子弟及女眷充官爲奴；而對於被動降敵，屬於從犯者只追究其一人之罪，家眷得免；在王師到來能主動獻城者，前罪得免，視其所爲再加以任用，這其中當然也有藉此逃罪的。這與當年打泉州畢竟不同，那會兒是摟一杆子邊走，現在是要賴着不走了，因而不問詳情一律皆殺以後便無人投降了，對以後的作戰不利，權衡之下還是留他們條命。
至於現任的僞官，趙昺以爲還是視其官聲、民意，查實後依律處置，該殺的殺，該關的關，不可一殺了之；而對於鄉間的士紳豪強，也是要區分對待，罪大惡極助紂爲虐者堅決鎮壓，收其財產。能維護鄉梓利益，急公好義者，尤其是反元助宋者要加以褒獎，維護其權益，畢竟維護地方還要靠這些人。
還有就是那些商賈了，官商和蒙古人、色目人的生意全盤由官府接收；鉅富大商，趙昺以爲這些人若非勾結官府，串通蒙古人肯定是難以致富的，因而對其要嚴厲打擊，深挖其罪，當然也是爲了解決軍費和開支；而那些中、小商人及手工業者則不必追究，畢竟物資流通還離不開這些人，將來稅收也要靠他們予以保障。
有懲就得有撫，對於當年殉國的官員和將士家屬要予以褒獎和補償，優先分配田地，減免稅賦，有功名者優先補錄入仕；百姓是統治的基礎，也是勞動力和兵員及稅賦的重要來源，要保證有資產者的權益，對於‘無產階級’則要先行賑濟，然後理清情況，合理分配田地，使耕者有其田，居者有其屋。但是趙昺知道這些工作異常繁瑣，絕非數日之功可完成，且當前的形勢也不允許，可姿態是必須要做的。
稅賦是國之根本，趙昺對此十分慎重，畢竟復國之戰剛剛開始，戰爭要持續數年，甚至十數年之多，什麼時候能結束誰也說不清楚。而戰爭的不僅是人力的付出，還需有巨大的財政支持，只靠沒收敵資、戰場繳獲是無法滿足的。因此他不能，也不敢擅自減免稅賦，自然不能完全恢復舊制，只能暫時削減些不合理的苛捐雜稅安撫民心，待時局哨穩後與衆臣商議後重新釐定。
趙昺這時也發現自己對於復國之戰的政策儲備太少了，難以應對新情況和新形勢，一切尚需完善，而紹興作爲比較具有代表性的城市，他決定將這裡作爲試驗田進行開發和完善。因而根據情況連續頒佈了多道詔令，並對實施的情況進行跟蹤和總結，以便能形成一套完整的政策，使以後可以有章可循。
眼下還有一個堪待解決的問題，那就是現在已至深秋，這江南不比瓊州四季不分，一套單衣可以糊弄一年。而這裡冬季還是十分寒冷的，一套單衣是無法過冬的，所以當前必須要準備冬裝，且這個數目不小，按照一人一身也至少需要二十萬套。
趙昺與馬廷鸞和徐宗仁及陳仲微商議後，他們也認爲事不宜遲。而此時大軍征戰在外，瓊州那裡距離太遠，一來一往冬天都過去了，其它幾個根據地財力有限難以完成如此浩大的任務。只有紹興算是個安穩之處，且此地自古便是養蠶的傳統地域，每年絲綢產量巨大，也是重要的賦稅來源。
攻佔紹興後，府庫中積存了大量的絲綢，又抄沒了不少，眼下也到了蠶繭的收穫季節，製造棉衣的材料是不缺。不過都作院尚在瓊州，這回成了有東西缺人手了，好在紹興比瓊州經濟要發達很多，加工業也強了不知道多少倍。輜重市場化趙昺在瓊州已經有了先例，當下便採用分包的形式交給當地的大小作坊，最後還是用錢解決了問題。
而這件事也給趙昺提了個醒兒，如今大軍在外作戰，每天消耗的火藥都是個不小的數目，皆從瓊州千里迢迢的調運已經不現實，尤其是到了信風季更難以保證按時調運，長久如此定會貽誤戰機，因此建立後期基地的事情已是刻不容緩。他又下旨給周翔命他將火藥工坊和槍彈工坊一分爲二，隨着下批輜重一起前來紹興建立新工坊，爲將到來的大戰做準備。
趙昺本來就對政務的繁瑣頭疼，如今這些事情又都壓在他和三個老頭兒身上，實在是讓他不勝其煩，而一切又不能不操心，可應節嚴和劉黻在瓊州留守，文天祥在江西。眼前只有飄在海上一個來月的陸秀夫領着的隨扈班子最近，可做的工作等於兩人掉了個兒，不擅長軍事的其在指揮奪取建康殲滅真定軍，自己卻幹起了後勤部長的活兒，別提多彆扭了。
有了這個心思，又有了‘替罪羊’，當下雙方正處於大戰前的調整階段，趙昺便趁這個空檔下旨召陸秀夫率隨扈的衆臣前來紹興議事，並調禁軍第五師前來協防。馬廷鸞等人本來也是忙得腳不沾地，當前又缺少人手，而戰事也到了關鍵時刻，理應召開集議商議下一步的計劃，於是也未加反對，更沒窺破小皇帝的心思……
九月初十接到小皇帝的詔令後，陸秀夫和張世傑率領一衆隨扈大臣及第五師乘船來到紹興，大軍駐於城外，陸秀夫等人換船入城前來參見陛下，馬廷鸞率人將他們迎入府衙中。趙昺已經在二堂相候，衆臣參見後，又寒暄幾句後，林之武介紹了殲滅敵上都新軍、益都軍及逼降潁州軍的情況，馬廷鸞說了說紹興府的事情，趙昺又把自己獲知的最新國內外事件做了通報。
“陛下，當前形勢對我朝極爲有利，我軍應趁此良機展開全面進攻，爭取在僞元奪嫡之爭前完成對長江中、下游的控制，便可憑天險拒敵，穩固江東，進而平定整個江南！”陸秀夫聽罷首先言道。
“陸相所言正是，但是僞元的奪嫡之爭何時塵埃落地我們尚難做出準確判斷，但是雨季就要結束，長江進入枯水期後水面收窄，便於江北敵軍渡河，也有利於元軍作戰，因而朕以爲應在十一月前冬季到來前完成控制長江沿岸重鎮的任務。當然忽必烈的幾個狼崽子掐的時間越長越好，他們搶權，咱們趁亂搶地盤！”趙昺笑笑言道。
“呵呵，陛下說得是，冬季有利於敵軍作戰，我軍若不能控制長江天險，遺禍無窮啊！”陸秀夫也笑笑道。
“陛下，當前我軍大隊一直徘徊於外海等待戰機，至今已在海上月餘，如今糧草將要耗盡，軍士只靠乾糧充飢，再如此下去恐怕不僅影響士氣，也會使體力下降，臣以爲應儘快展開對敵真定軍的圍殲，並乘勝攻取建康！”張世傑這時面帶愁容地道。
“樞帥所說不錯，數萬人漂於海上，給養不得補充，缺少肉食、果蔬，體力難以保持，是該儘早動兵，但是真定軍似乎還在猶豫，遲遲不肯前往平江！”趙昺點點頭，卻又嘆口氣道。
“陛下，我們的兵力充足，可以強攻建康，逼他們水軍與我們決戰於江上！”張世傑建議道。
“不妥，建康城池堅固易守難攻，真定軍乃是北人編成精於守城，他們若是死守城池。攻也許就會打成持久戰，牽制住我們的兵力；若是放棄，則會在防線上留下空當，成爲釘在我們心頭的一顆釘子。另外我們的兵力看似充足，但是沿江尚有諸多重鎮一一攻取，而其它各路進展緩慢，就是兵力最爲雄厚的懷恩軍也尚未到達鄂州，如此一來我們的兵力還是十分緊張的。”趙昺搖搖頭道。
“另外守長江必然依靠水軍，而敵水軍徵日中損失慘重，其荊襄水師、湖廣水師和江淮水師基本損失殆盡，沿海的福州、泉州及廣州水師也在我水軍連番的打擊下喪失了戰鬥力。如今其能戰之師只有駐紮於龍灣的第新水軍和糧道萬戶府的水軍，我們若是不能將其殲滅就會給日後的防守造成麻煩，可其若是不離開長江就能隨時逃亡江北。”
“陛下，可敵就是賴着不肯出兵，我們還要一直等下去嗎？實在不行我們是否可以先打杭州調動敵軍一下！”張世傑面帶憂色道。
“杭州現在已處於我們的包圍之中，且兵力空虛，只剩下益都軍的輜重及留守和一些剛剛徵集的鄉兵和弓手，取之如探囊取物，想敵軍也以自知，但其遲遲不肯催促真定軍南下增援，而即便我們攻取杭州也需大量的兵力固守，顯然是想分散我們的兵力！”趙昺言道。
“陛下，那真定軍遲遲不動，豈不也讓我們十分被動嗎！”這是陸秀夫插言道。
“一定會動的，他們等不起！”趙昺笑笑道。
“陛下爲何如此肯定？”陸秀夫看陛下信心滿滿的樣子，仍心存疑慮地道。
“左相，其實陛下早已經挖好了坑，等着他們跳呢！”這是倪亮皺皺眉解釋道，“陛下在護陵之戰時，就已經令董義成部襲取了劉家港，劫了他們的存糧，並且陸戰一旅趁益都軍增援上都軍時佔據了平江。”
“那又如何呢？”陸秀夫沉思片刻，仍未能參透其中的奧妙，皺着眉問道。
“陸相，倪都統嘴笨，還是朕來解說吧！”趙昺看看其他人也是大眼瞪小眼不得其解，若是讓倪亮再言則讓大家都尷尬，接過話道。
“請陛下釋疑！”陸秀夫等人施禮道。
“劉家港乃是南糧北運之樞紐，京杭運河也是漕運通道，我們佔據了這兩條通路就等於卡死了南糧北運的所有道路，而這關係到蒙元江北所有人的飯碗，且與誰登上汗位無關，所以他們寧可丟了杭州，也要守住這兩條命脈，且信風將至他們等不起，因而朕斷定其定會出兵。”