肖遠發現問題，是在對03:12:31以後的數據包的分析過程中，這時不同的數據包並不完全相同，說明世界還沒有完全靜止下來。
分析工具一邊比對每一次的內存數據樣本，一邊將這些數據以圖表的形式展示出來，便於肖遠更直觀的觀察這些數據的變化特徵，只不過因爲分析數據要花費一定的時間，所以，圖像的變化比起god程序的監控圖像來，變化慢了很多。
因爲這裡的圖像和god監控程序的顯示原理一樣，所以顯示出來的圖形也與那裡的完全相同，剛開始的時候，圖像上一個與其他地方有着明顯分別區域在緩慢的四處移動，肖遠知道這個漩渦是種子的代碼在世界中的映像。
看着種子的映像仍然存在，肖遠想起第一階段的分析中，那些不再發生變化的內存影像中，好像種子不見了。
“它難道被抹殺了？”肖遠盯着電腦屏幕上的分析過程，心中暗暗思忖，“不應該的，如果種子被抹殺的話，god應該會很快就將世界的平衡恢復，但是事實是沒有恢復，這其中一定發生了什麼我沒有想到的事情。”
“咦，怎麼回事？”正在思考的時候，肖遠發現原本在圖像上還十分明顯，一眼就能分辨出來的種子突然消失了，接下來圖像又變化了兩幀，就靜止了，既沒有繼續恢復平衡，也沒有因爲不平衡而繼續變化下去。
肖遠暫停了分析軟件，從圖像靜止下來的時間點提取了一個內存樣本，拿來和最後的內存樣本文件進行了對比..完全一樣。
“種子突然消失了，然後god也不工作了，有點兒像同歸於盡。”
肖遠再次回放了剛纔的圖像演變過程，瞪大了眼睛盯着屏幕上的圖像，想要看清楚在圖像消失的一瞬間，究竟發生了什麼，但是卻一無所獲。
於是他乾脆不讓圖形自動運行了，而是手動讓這些圖像一幀一幀的出現，仔細觀察，在圖像消失的上一幀停了下來，仔細觀察了一下，仍然是沒有發現什麼問題，於是他將這一幀的內存樣本提取了出來，從中將種子的代碼單獨提取了出來，對其進行了反彙編。
得到種子程序這一時刻的彙編程序後，肖遠發現得到的它和種子未放入世界進行進化之前的程序相比，已經發生了很大變化，閱讀時給他的感覺就像在閱讀一段全新的程序一樣，要知道這個程序根本就是出自他手。
“看來種子真的自我進化了，只是它爲什麼會自動消失呢？”肖遠努力在代碼中尋找着種子自動消失的痕跡。
將程序通讀了一遍，肖遠發現進化後的種子程序無論是長度還是複雜性都增加了很多，其中存在一段奇異的代碼。
“這應該就是種子能夠突然消失的原因了。”肖遠覺得自己似乎已經找到了答案，但是這段代碼很晦澀，難以理解，這讓他感到有些受傷。
“見鬼了。”肖遠不由得罵了一句，然後反覆讀了幾遍這段代碼，並將其中涉及到的寄存器，以及寄存器之間的數據流向繪製成了圖像，並找來一本這臺工作站的cpu編碼的詳細手冊，一點一點兒加以對照。
所謂讀書百遍，其義自現，程序也是如此，反覆讀過幾遍後，肖遠越來越覺得這兩端程序有些非比尋常，並有種隱隱的預感，讀懂這兩端程序將是他解開種子程序以及god程序反常表現的關鍵所在。
終於，肖遠從這些代碼中找到了最關鍵的邏輯，卻被他的發現下了一跳，甚至有些難以置信，因爲這段代碼竟然用一種很巧妙的方法完成了一個遠程跳轉，跳轉到目的地已經超出了god創造的世界的內存範圍，它所使用到的指令竟然是工作站cpu的一段特殊的指令序列，而這段指令肖遠事先根本就不知道，更不會寫到程序中。
肖遠心中疑惑，如果不是他有非常豐富的閱讀代碼的經驗，手邊又有cpu指令集的詳細資料可查，這段代碼究竟是幹什麼用的，就算他讀上一百遍，恐怕也不會知道的。
“只是種子程序的代碼裡怎麼會有這樣的代碼段了？”
肖遠對這個現象倍感不解，覺得不把這個現象搞清楚，會很不甘心，於是他再次將沒有反彙編之前的種子二進制代碼拿了出來，決定從二進制代碼入手，試試能找到什麼端倪不能。
直接閱讀二進制代碼顯然是不可行的，好在肖遠手裡還有另外一個工具，這個工具的界面分成左右兩欄，左欄是二進制代碼，右欄是二進制代碼對應的彙編代碼，兩邊對照着閱讀，就不是那麼困難了。
可惜這樣反覆讀了兩遍，肖遠還是沒有發現什麼規律，隨即意識到自己的研究思路有點兒問題，種子的這段程序一定是進化而來的，也就是說它的代碼本身也是在不斷演變的，自己這樣靜態的看，本身就有問題。
既然意識到了問題，肖遠馬上改變了策略，將多個內存樣本中的種子程序的二進制代碼截取了出來，然後對這些不同時間點的二進制代碼進行了縱向比對，重點關注了那段奇異代碼的演化過程，並不斷對比手邊的cpu指令手冊。
經過一番比對，肖遠又想到種子程序的進化還受到god程序的影響，於是又將god程序代碼拿來，橫向縱向做了很全面的分析比對，兩個小時後，他終於搞明白了這段代碼的來歷，心中卻暗暗驚異。
首先要確定的一點，這段代碼並不是憑空產生的，種子程序雖然具有一些初步的進化功能，但是還沒有智能化到自主的分析cpu指令集，並加以利用的逆天程度，但是它的來源卻也讓肖遠感到了一場驚奇，因爲這段代碼是從god程序中學習而來的，而god的程序中的這段代碼來自於彙編時，彙編程序對它進行的自動優化。
更讓肖遠感到驚訝還有另外一件事情，種子程序學習到的這段代碼竟然利用了god程序自身的監控機制存在的一個漏洞，執行後悔進行跨區段遠程跳轉，將自己複製到了god程序的代碼段中，而肖遠設定的種子規則中，有一條是禁止種子進行自我複製繁衍，因此當種子將自己複製到god代碼段中時，世界中的種子自動進行了自我銷燬。
種子侵佔了god程序的代碼段，結果導致與god程序代碼段有一部分被破壞掉了，從而失去了一部分功能，而這部分功能恰恰是世界的平衡修復功能，因此纔會出現種子突然消失後，世界中雖然存在大量不平衡，但是god卻沒有再對其進行修復的現象。
而種子在進入god程序的代碼段之後，自身安全的到了保障，再也沒有被修改或抹殺的危險存在，於是按照肖遠最初設定的進化模型，它的自我進化也就停了下來，代碼也不再運行。
“真想不到啊，這段程序竟然能夠找到god程序的一個漏洞，究竟是巧合呢，還是它自我進化的原因，我需要再做一下試驗……”
肖遠發現了有些很有意思的東西，進而產生了一些新的想法，於是再做幾個試驗，加以驗證，如果這些想法成立的話，他覺得自己似乎找到了一個非常實用的大殺器。