因此，這些部隊的生死，國府根本就沒有考慮過，當時所有的重心都放在了金陵保衛戰上邊。
所以，這些部隊在快要抵達金陵的時候，就被日本人包圍了。
據說在朝香宮聽取報告之後，他的指揮部就發佈了一系列蓋有他私人印章的命令，並標有‘機密，閱畢銷燬’的字樣，而這些命令，便是‘處決所有俘虜’。
哪怕到未來，這些命令也無法確定是否是朝香宮本人下達，畢竟所有的命令都已經銷燬。
這次屠殺戰俘，也爲日後金陵大屠殺埋下伏筆。
而在日軍進入金陵後，消滅所有中國戰俘的命令，已經不僅僅停留在文件上，而是由上至下，傳達到每一位下層軍官。
1937年12月13日，日軍第66師團接到命令：
師團戰鬥通訊員2點接到師團司令部命令：奉本旅指揮部命令，所有戰俘必須全部處死。處決方法：將戰俘分爲12人一組，分別槍決。
下午三點，各連隊指揮官召開會議，就如何處決戰俘問題交換意見。經討論決定，把戰俘平均分配給各個連隊，以50人爲一組，從關押地帶出去處決，並對每個連隊的處決地點進行標註，甚至處決時間都有詳細標註。
這份命令包含一種殘忍的邏輯。
日軍無法向戰俘提供足夠的食物，所以必須消滅他們，殺掉戰俘不僅可以解決糧食問題，而且消除了報復的可能性，畢竟，只有死去的敵人，纔不會組織游擊隊，對他們的部隊進行打擊報復。
然而，執行命令卻又是另外一回事。
12月13日拂曉，當日軍突破金陵城之後，他們進入的是一座人數遠超過自身軍隊人數的城市。
金陵城內大約有50萬平民以及9萬多中國軍人，受困於金陵，相比之下，進攻金陵的日軍士兵只有5萬人。
用5萬人殺光大約60萬人，也就意味着，每個日本士兵要屠殺12名中國人。
在當時，處置一千、五千或是一萬名俘虜，別說是處置，即便是解除他們的武裝都是一件極爲困難的事情，更別提面對的金陵城有六十萬人。
所以，在如何解除這些中國軍人的武裝上，日軍下足功夫，他們依靠欺騙政策處置俘虜，甚至制定了詳細的步驟。
這種大規模屠殺戰略，先向中國人假意許諾，只要停止抵抗，就可以得到公正的待遇，哄騙他們向日本佔領軍投降，然後把這些哄騙的中國軍人按照100-200人分組，最後將他們誘拐到金陵近郊附近的不同地方殺害。
中島認爲這個方案不太可能實現，因爲從當時淞滬會戰的情況來看，中國人是存在血性的，甚至有向死而生的精神，他們落後，愚昧，貧窮，人口基數龐大，但面對着他們的重機槍，這些愚昧、落後的中國人卻聽着胸膛，迎着槍林彈雨向前衝鋒。
他只希望，大部分戰俘會猶豫進一步抵抗無望而失去信心，到不信任日本的哄騙政策，能夠欺騙到中國人，從而服從日本人的任何指揮。
然而，真當日本人開始實行欺騙政策的時候，日本人驚訝的發現，中國人竟然只是進行了零星的抵抗，事實上，這些抵抗幾乎可以忽略不計。
當日本攻入金陵時，許多中國士兵丟下武器，試圖棄城而逃，當他們發現逃跑無望的時候，便會繳械投降。
短短一天，日軍便抓獲了七千多名中國軍人俘虜，這些人面對着日本鬼子的槍口，表露出任人宰割的消極態度，就像是面對就封建社會的壓迫剝削，又像是案板上的豬肉。
舊時代的中國人似乎被壓迫剝削習慣了，他們聚集在一起，爆發出如同蛙鳴般的吵嚷聲，一些日軍軍官還沒有看到中國戰俘，便在黑夜中看到了數不清的菸頭在黑暗中閃爍。
靠近一些，場面尤爲壯觀。
在七千名戰俘聚集的同一個地方，圍攏在兩面白旗周圍，那面白旗是一塊塊白布東拼西湊的，白旗掛在一根枯樹枝上，在寒風呼嘯的黑夜裡招展。
中國戰俘們衣衫襤褸，穿着藍色棉布軍服和外套等待着帽子，他們有沒有帶帽子，用毯子蓋着頭，有的帶着草蓆，還有的揹着棉褥子。
日軍讓戰俘排成四隊，隊前豎着白旗，幾千名中國戰俘耐心等待日軍將他們帶走，並指引他們下一步該怎麼做。
中國戰俘的順從，讓所有的日本軍官感到驚訝，他們進攻中國的時候，遭到這些人的頑強阻擊，然而當他們放下槍，又表現的極爲順從，就像是圈養的牲畜，甚至連牲畜都不如，一些牲畜還需要鞭策，而他們，壓根就不需要。
在日本的軍隊文化中，飛行員佩戴的是匕首而非降落傘，他們寧可自殺，也不願意被俘。
對來自這種文化背景的人來說，中國人不與敵人死戰到底的行爲實在是令人費解。
當發現戰俘人數遠超過征服者的人數時，他們對中國人就更加鄙夷。
一些日本軍官甚至想到，這些中國戰俘是如何把所有能夠找到的白布收集起來，然後掛在枯樹枝上，一羣人舉着枯樹枝向皇軍頭像，感覺真是既可笑又可悲。
“我想，他們是怎麼變成戰俘的呢？他們有這麼多人——超過兩個師團的兵力，竟然沒有嘗試任何抵抗。這麼多軍隊中，一定有爲數不少的軍官，但沒有一個留下來，我想他們都逃跑了，儘管我們只有兩個連的便利，而那些7000名戰俘也已經被解除了武裝，但如果他們奮起反抗，我們的部隊一定會被徹底消滅。”
接受中國戰俘投降的史東郎這樣寫道。
他心中五味雜陳，爲這些中國士兵接下來的命運感到難過。這些中國戰俘，或許渴望的是日本人能把他們安置在某一處戰俘營，卻不知曉，帶着他們去的地方，是早就已經挖好，甚至屠殺他們的大坑。
這些人又飢又渴，飽受驚嚇，不斷地要水喝，並再三要求日本人保證不會殺掉他們。
史東郎對這些戰俘的懦弱又感到十分厭惡，七千人，被兩個連的日軍指揮着，分批帶走。
他又寫道：“他們成羣結隊地往前走，如同在地上爬行的螞蟻，他們看上去就像一夥無家可歸的遊民，臉上帶着愚昧無知的神情。”
“他們就像一羣愚昧的綿陽，在黑暗中交頭接耳，還無秩序的往前走。”
“他們一點兒都比像昨天還朝我們射擊，給我們製造麻煩的敵人。實在難以置信，他們曾經是敵人的士兵。”
“想到我們一直在拼死與這羣愚昧的奴隸戰鬥，感覺太傻了，他們中有些人還只是十二三歲的小男孩。”
日軍把戰俘帶到一個附近的村莊，並集中關押在一個大房子裡，戰俘覺得這裡像是一個大的屠宰場，猶豫不決要不要進去，但最後還是屈服在日軍的槍口下，順從的排隊進入。只有當日本人想要收走這些戰俘的毯子和被褥時，這些囚犯纔會與日軍爭奪。
而後，這些戰俘便在深夜，被分成兩三百人一組，接着遭到集體屠殺。
在屠殺的來臨的時候，這些戰俘壓根不清楚發生了什麼，深夜，天氣寒冷，能見度太低太低，壓根看不清楚周圍有什麼，只知道，這些日本鬼子把他們帶走，估計是要尋找新的安置地點。
隊伍中，一些年紀較大的老兵還安慰的說：“日本鬼子怕，我們這麼多人關在一起，他們不放心，所以要把我們分開關，這樣他們才放心。”
這些話也得到了大家的一致認可。
殊不知，就在他們四周看不見的黑暗地方，輕重機槍，乃至步槍的槍口，就已經對準了他們。
當處決行動開始的時候，密集的槍聲響起，入肉的聲音，伴隨着慘叫的發生，這些戰俘才猛然發現，日本鬼子壓根就不是想要安置他們，而是要把他們殺死，之前所講的安置，得到公平的對待都是假的，那是爲欺騙他們纔講的。
然而，一切都晚了。
槍聲和絕望的哭喊交織在一起，這些投降的中國人在絕望中，痛苦的掙扎死去。
一個小時後，人羣變得鴉雀無聲。
日本士兵開始用刺刀逐個砍刺屍體，從夜晚一直持續到天亮。
隨後，如何處理屍體，對日軍來說，成爲一個巨大的問題。
在幕府啥三的大屠殺中，死亡人數只佔日軍在金陵城內外屠殺人數的一小部分，但是清理屍體的工作，持續了好幾天。
將屍體掩埋是一種辦法，但中島將軍在日記中抱怨，很難找到可供掩埋七八千人屍體的巨大壕溝，把屍體火化也是一種辦法，但是日軍通常缺乏足夠的燃燒。
在幕府山屠殺之後，日軍在屍體堆上澆了好幾大桶汽油，但還沒等到屍體化爲灰燼，汽油就用完了，結果只剩下一大堆被燒焦的屍體。
於是，有很多屍體都是拋入到了長江之中。
到後來，日軍找到了方法，便是讓俘虜們自己挖掩埋自己的坑。
日軍不光屠殺中國軍人，同樣還屠殺拼命。
夏遠率領三十餘人的殘兵，撤退的較晚，行動比較隱蔽，所以遇到的都是日軍屠殺後的場景。
有學校，有商鋪，有醫院，屍體遍地都是。
且從城裡的各個方向，又傳來零碎的槍聲，不知道是不是城中還有人抵抗，還是日本鬼子在射殺逃跑的金陵城普通民衆。
夏遠倒是能夠沉住氣，他帶着這些人，一邊搜尋落單的潰兵，一邊把傷員安排在老百姓的家中暫時休養。
但他心中也清楚，這樣的方式治標不治本，日本鬼子遲早會在整個金陵城展開血腥屠殺。
日軍內部，對於大屠殺的開始，始終是一個不解之謎。
有人說是朝香宮擅自下令，隨後銷燬文件。
也有人說，命令是鬆井石根聯合朝香宮下達的：“此次我皇軍進攻金陵，支那軍頑強抵抗。爲致謝皇恩御酒御煙，發揚威武懾服敵國首都金陵，殺掉全部俘虜。”
命令還說：“觀察華北和滬上戰場，一般支那老百姓，縱令是老人、女人或者小孩，很多從事敵人的間諜，或告知以日軍的位置，或誘敵襲擊日軍，或害於日軍的單兵等等，故不能掉以輕心，需要特別注意。如發現這些行爲，不得寬恕，應採取斷然措施殺掉。”
而基層的日軍軍官爲了能讓士兵牢牢記住這一命令，把命令全文簡化爲：殺掉全部俘虜，殺掉全部老百姓。
12月13日。
對金陵人來說，是個災難性日子，慘絕人寰的血腥大屠殺，隨着國軍放棄駐守金陵，開始了！
這天，中國軍隊抵抗的槍聲稀疏，數以萬計的日軍帶着復仇的心理，帶着爆炸的獸慾，等候在中華門、漢中門、水西門、通濟門、中山門，如餓狼獵食，瘋狂地向城內衝去，他們已經喪失了人性，如同殘暴的野獸。
看到房屋就燒，見到手無寸鐵的百姓就殺，見到女人就奸，甚至從刺刀劃破肚子，看着她在痛苦，絕望之中死去。
日本的變態深入骨子裡，他們甚至強迫老父親和自己的女兒，就連小女孩、八十幾歲的老人也不放過。
他們甚至把男人的頭顱砍下來，在嘴巴里塞上一根香菸，一字擺在空地上，以此取樂。
日軍松田大隊的向井中隊和野田中隊，剛從水西門殺進城內。他們瞪着血紅的眼睛，揮舞大刀，尋找目標。
跑了一會兒，沒有看到一個人，向井中隊長髮起牢騷，對野田說：“鬆井司令官命令我們殺光支那兵，殺光金陵人，怎麼街上一個人都沒有呢？支那官兵都躲在哪裡？”
野田露出一臉殺氣，安慰他說：“別急，該殺的一個都跑不掉。，”
向井一想金陵城這麼大，不會沒有人的，因此他獸性大發，想起了一個可以讓他發泄獸性的點子，向野田建議說：“野田君，你敢不敢和我比賽。”
“比什麼？”野田一時間不明白他的用意，甚至好笑着打趣說：“是比吃飯，還是比睡覺，或者比跑步？”
“你這個笨蛋，殺進金陵城，你說比什麼，當然是比殺人了！”