碇源渡的計劃成功的，不過也失敗了，在運送EVA的途中使徒，如預期那般出現了，好強的明日香拉着碇真嗣一同進入了二號機的駕駛艙，駕駛着二號機跟使徒作戰。
不過二號機並沒有裝備有水下作戰裝備，於是二號機直接被第六使徒，一個外形跟鯨魚有點類似，一張血盆大嘴長滿利齒的使徒吞掉了，再然後他就涼了。
這使徒仗着自己的嘴巴夠大，吃東西居然都不帶嚼的，於是他就被吞進肚子裡的二號機弄死了，不過這個過程中碇真嗣的表現並不是很好，這讓明日香對他的印象更差了，在打敗使徒之後就直接將她踢出了二號機的駕駛艙。
將碇真嗣踢出駕駛艙之後，明日香一臉傲嬌的叉腰看着碇真嗣，高聲說道：“碇真嗣，你真是太讓我失望了，就你這個樣子居然還幹掉了第三使徒，我真懷疑是不是發消息的那些人發錯了，果然薇前輩纔是我的偶像，還有云前輩。”
說到這裡，明日香突然停了下來，露出了一幅若有所思的模樣，低聲自語道：“對了，不知道雲前輩有沒有女朋友，雲前輩這樣的纔是真正的男子漢，要是能成爲他的女朋友…不行，等下就去問問。”
明日香後面這句話雖然比較小聲，但碇真嗣離着並不遠，再加上週圍雖然不是靜悄悄的，但除了海浪聲也沒有什麼雜音，所以他還是能聽得清楚的，這讓他的心情頓時低落了起來，也就是此時，他突然想到了綾波麗，那個無口、無心、無表情的三無少女。
明日香已經將葉雲當成追求目標的事情葉雲是不知道的，此時的他已經悄然截住了加持，以他現如今的實力，對付加持這種普通人簡直不要太簡單。
用神識力量暫時控制了加持的葉雲打開那個裝有亞當的箱子，打開箱子之後他用針管抽取了亞當一管血液，然後用小刀切割下來一小塊組織裝在另一個試管當中，再然後將箱子鎖上，並交回到加持的手上，而這整個過程不超過二十秒，因此當葉雲拿着自己想要的東西離開是，加持只是感覺恍惚了一下，就接着趕路了。
加持離開不久，葉雲從黑暗當中走了出來，回到了訓練室，亞當的血液跟組織已經被他妥善的保存起來放到了儲物空間，想要的東西已經拿到了，而也就是此時系統突然告訴他，主神已經開始關注這個世界了，因爲他們已經擊殺了不止一個使徒，且劇情已經進入中程，所以它要加快入侵速度了。
系統要加快入侵這個世界的速度，葉雲沒有反對，哪怕這樣會消耗更對的能量，但這段時間裡系統存儲了不少的能量，已經達到了百分之九十多，所以他並不心疼，他頭疼的是，系統要讓他儘量搞出一些轟動性的事件，並儘可能的破壞劇情，讓這個世界本就已經混亂的世界意識變得更加的混亂，並將主神的注意力儘可能的引到他們的身上。
葉雲在心中微嘆了口氣，暗道：“看來是得加快進度了，不過這還得先想想該怎麼做才行。”
本來葉雲是想一點點改變劇情，讓量變引起質變，最後徹底翻轉劇情的，不過現在看來，這是不行的了，因爲系統已經開始加快入侵這個世界的腳步了，如果他不加快腳步將注意力吸引過來，那將會有很大的可能會被發現。
“我到底該怎麼做呢？”葉雲坐在訓練室旁邊用來休息的椅子上，暗自思索。
明日香，碇真嗣他們幾個主角暫時不能動，一動他們很有可能劇情就有可能引起連鎖反應，劇情有可能會直接結束，這得不償失。
碇源渡也暫時不能動，他是人類補完計劃的關鍵性人物，他要是死了，整個劇情直接就會亂掉，加持倒是可以，而且反正他也是要死的，先讓他出局吧，然後再給碇源渡施加壓力，加快擊殺使徒的速度。
計劃就這樣定下來了，決定好接下來要做什麼的葉雲再沒有心思跟碇源渡他們玩過家家，直接追上了拿着亞當的加持，直接搶走了亞當並將他放逐到了南美的雨林，他能不能活下來就只能看他自己厲不厲害了。
葉雲先是將搶走的亞當放在人種袋之中，然後葉雲若無其事的回到了訓練室，一直待到明日香他們回來，而讓葉雲沒想到的是，明日香一進來就對葉雲非常的熱情，讓葉雲有點摸不着頭腦，畢竟他們從來都沒有見過面。
不過明日香雖然傲嬌，但依然不過是一個十四五歲的女孩，所以很快就被葉雲跟銘煙薇將心裡話全部套出來，葉雲也明白了是怎麼回事，不過可惜現在他要加快速度了，不然按照之前的情況，他還是很有興趣跟明日香打好關係，慢慢改變劇情的。
明日香不止是明日香，銘煙薇也感覺到了葉雲的冷淡，銘煙薇她可是知道葉雲計劃的，所以看到葉雲對明日香有點冷淡，當即就猜到了計劃肯定有變，不過葉雲沒有說，她也不便問，而且她還主動跟明日香打好關係，畢竟跟明日香打好關係總是不會錯的。
另一邊的碇源渡看到明日香他們已經回來，但加持卻依然沒有到，這讓他產生了一種不祥的預感，隨後他查了一下加持的行蹤，證實了自己的猜測，加持確實出事了。
加持出不出是碇源渡其實並不是很關係，他關心的是加持手中的亞當有沒有出事，畢竟這關係到他是否能成神，他可是爲之付出了無數的心血，如果因爲這個出問題了，他真的會吐血。
不允許出現意外的碇源渡直接動用了所有的力量開始尋找亞當，甚至連渚薰都動用了，不過很可惜，亞當的身體已經被葉雲收到人種袋裡面去了，所以別說渚薰只是亞當靈魂轉世，就算是已經完全覺醒的亞當都不可能找得到被也收起來的亞當肉身。
這一結果讓碇源渡慌了，他用了很長的時間才恢復了平靜，而他恢復平靜的第一件事就是加快人類補完計劃的實施，讓使徒連續出現，並先讓初號機成神。
想要讓初號機成神必須擁有s2機關（也就是生命果實），原劇中初號機就是吞噬了十四使徒力天使獲得了s2機關，而一點獲得了S2機關，初號機就能覺醒成神，不過在成神的過程中會引發了第三次衝擊，第三次衝擊之後，地球上將再沒有生命留存。