三個輔政大臣現只剩下張居正一人，而其因曾任帝師，所以，小開同志也放手讓其施政，猶如歷史上一般，張居正很快便正式向小開提出了“尊公權、杜私門”的幾項改革主張，抑制土地兼併，而其中最著名的便是對各級官員的“考成法”與經濟上的“一條鞭法”，同時張居正還向小開建議興修水利，改革軍事。
小開作爲後世人，當然知道這些措施的效果，立刻召見了張居正，林小開道：“先生的方案朕看了，很好，不過朕也有個小建議，那就是納糧當差的範圍可擴大，所有士紳當一體當差一體納糧，其二，叫攤丁入畝，稅制由人頭徵收改爲按田畝徵收。”小開同志將後世他人之法又剽竊了。
張居正呆了呆，想不到這小皇帝竟然如此jing明，但他也顧慮重重，知道如此一來，得罪的便是整個士紳階級，而他便是天下第一惡人了！想想便道：“皇上，如此凌厲的改革恐怕會激起民變啊！”
林小開道：“朕知道如此一來會阻力重重，但朕也有朕的策略，此番改革可分幾步而行，先施行先生的考成法與一條鞭法，再依次推進，同時，還要建立一個新的機構，那便是在坻報之外，另建一個塘報，職司向天下萬民宣講各項改革的好處，從下層入手減少改革的阻力。”
張居正呆在那裡，林小開道：“請先生以此爲思路，擬個方略，循序漸進吧！”
處理完張居正將要進行的政務改革，林小開同志便再次進行他的軍事改革了。
他的第一步便是在羽林衛中設立講武堂，建立起歷史上最早的軍官學校，由於羽林衛上早有模擬作戰，講評作戰得失的機構，所以基本沒做什麼工作便順利的讓各將校都接受了，而講武堂的另一個好處也讓各軍將校眼熱，那便是任何校尉以上軍職，都須通過講武堂的學習、考覈合格後方有任職資格，同時大力在軍中教習普通軍士識字。
林小開的第二步便是在羽林衛中正式設立情報、參謀、指揮、後勤各司，並參照後世經驗設立政工司，主管宣傳、動員、教育、政治思想工作，更重要的是解決士兵爲誰而戰的問題，而各級軍官，也仿照後世分爲將、校、尉三大級，每一級又分三小級……
隨着林小開這一參照後世軍隊的措施的推進，羽林衛再次脫胎換骨，而在嚴格的訓練下，小開同志“軍紀嚴明、絕對忠誠、敢打必勝”的治軍思想也漸漸深入人心。
在羽林衛完成脫胎換骨後，整個禁軍、原三大營也都仿效羽林衛進行了整編，不再保留原有番號，統一整編成新的禁軍。
新禁軍經過裁撤，整編，雖然人數只保留了二十萬，但這卻是實打實的二十萬，其戰鬥力，顯然不是原號稱的五十萬所能比擬。
裁撤下來的人員，林小開也沒有將他們打發回家，除將部分確實濫竽充數、劣跡斑斑的人裁撤外，分三年調到長城以北，成爲新皇莊的屯兵，這些兵員下馬務農，上馬成軍，而前三年收成全部歸已，以後，小開也表示只收賦稅，所得糧馬等可按市價售於朝廷，相比以前，雖然艱苦，但收益，豈能同ri而語？小開同志又剽竊了後世建設兵團的做法……在頭一年榜樣的帶動下，原本三年的計劃，竟然兩年就完成了。
小開同志最得軍心的是第三步，建立軍隊遺孤撫卹院，對在戰爭中爲國捐軀的軍人遺孤，由國家負責撫育，長大後根據其意願，優先進入羽林衛！
小開同志對原神機營的改造最不爲人所知，經過整編，神機營全營划進羽林衛，由於新設立的羽林衛神機營駐地絕對保密，外人根本無從窺視。
小開同志還別出心裁的軍中建立了一個新機構，取名軍事科學院，從全國各地招募能工巧匠，好象一天到晚鼓搗着什麼，只是一隊隊的馬隊馱着各種材料進進出出……
若干年後，人們評價小開此次強力推行的改革爲“開民智之先河，創萬世強軍之典範！”史稱“萬曆革新”，事實證明，這個古老的東方帝國，從來就不缺創新和變革jing神，少的只是一個合格的引路人或者說思想。