時間，總是世界上最無情的東西。
一座嶄新而充滿活力的都市，只要一兩個月失去住民的運作維護，就會荒草遍佈，鴉雀橫飛，變成廢墟一樣破舊，陰森森的鬼城。
第三新東京市，現在就是這樣的例子。
這座城市，已經被廢棄了。
荒蕪，是它唯一的形容。
自從數十天之前的那場大雷雨，以及神秘的藍色大爆炸，使得城市中心的要塞建築羣全面毀滅，隨之而來的數小時的持續地震和雷鳴，更是令城市避難通告延長了一整夜。
幸好，直到太陽再次升起，這個世界依舊存在。
不過在第二天清晨，居民們等來的不是NERV發佈的允許回家通告，而是一道來自聯合國與日本政府的措辭強硬的戒嚴令。
這道命令宣佈：因爲惡性病毒擴散，整個第三新東京市必須全面封閉，市內居民在確認了沒有感染之後，將在四十八小時之內，被強制分散撤離，市內的所有相關機構，被轉移到長野的第二新東京市，而NERV總部，即時關閉，時間期限爲無限。
同時，大批軍隊進駐市區，將整個城市納入軍事化管制之中。
由於政府的做得夠快夠好，所以在一切疑問和抵抗發生之前，就已經抑制了，一個星期之後，曾經作爲整個人類生死線的第三新東京市，就好像完全被蒸發了一樣，徹底消失於人們的視線之中，再也沒人提起了。
很少有人知道，穿過那貫穿二十四層裝甲的天坑，在第三新東京市的地下，曾經宛如地底王國般的平原上，豎立着一座巨大的銀色十字架。它用兩座原本位於地表，現在墜落到地底的金屬大樓交叉而成。
而此刻，在這巨大的十字架上，一柄鑲嵌着碩大綠寶石的紅色長矛，正插在其上，死死釘着一頭獨角的紫色巨人。
那是真正的隆基努斯之槍，以及……EVA初號機。
………………
和儼然末世一般的廢棄城市不同。
在遙遠的另一個地方，生活，正沿着不同的路線發展。
清晨。
陽光，從東方的紅色海平面上升起，灑下金色的光華。
一道清脆的少女音色，驚破了晨曦，白色的鴿子展開了翅膀，撲棱棱飛起。
只是，內容卻不那麼美麗就是了。
“笨蛋真嗣，誰允許你進入我的房間啦——————”十三歲的金髮少女，以彪悍的氣勢從牀上跳起，對於闖進了自己臥室的少年大喝道。
清秀的少年，在日式校服外穿着圍裙，躲開少女的飛踹，笑着答道：“早上好，明日香。早飯已經好了，洗臉刷牙之後下來吧。”
“什麼叫做早上好啊，別以爲跟我有着從小一起長大的情分，就可以在淑女的臥室亂闖！”少女瞪起漂亮的藍色眼眸，將枕頭擲出來，叫罵道。
“再不來就遲到了哦——”少年早已習慣了少女的脾氣，微笑着轉身離開，順利躲過了隨之而來的枕頭攻擊。
樓下，是這個家庭的其他兩位成員，正在抽菸看報紙的深沉的黑鬚中年人，和一面喝咖啡一面看着電腦的金髮年輕女性。
“父親，律子阿姨，我先準備走了，吃完的碗筷放在水池裡就好。”少年走過兩人身邊時說道。
碇元堂，這個家庭的男主人，留着一圈圍繞臉頰的連鬢鬍子，眼睛一直盯着報紙，延遲了兩秒鐘，才發出一個意義不明的：“嗯——”的回答。
而有着金色短髮的成熟女性律子，碇元堂的再婚對象，則放下畫着貓咪的咖啡杯，微笑道：“真嗣，辛苦了哦，現在每天都代管家事，再這樣下去，你就可以成爲合格的新娘了。”
“律子阿姨，如果你有閒心笑話我的話，不如盡到女主人的責任，把今天的晚飯解決了吧。”
“很遺憾，那是不可能的，因爲今天會通宵加班呢。”
兩邊正在明刀暗箭地鬥嘴，忽然一串“咚咚咚”的腳步聲從樓上響了下來，隨即，就見明日香金髮飄揚，一步三個臺階地從二樓跳下來，一手抓着書包一手抄起桌上的黃油麪包，叫道：“笨蛋真嗣，快走，你要遲到了。元堂叔叔，律子阿姨，再見！”
“喂喂，這可不是賴牀的你應該說的話啊……”少年嘟囔着，也抄起書包，追了出去。
當房門關閉的瞬間，房間忽然陷入了詭異的寂靜。
而奔跑在街道上的少年少女，卻沒有發現任何異常，一面跑着，一面說話。
“喂喂，笨蛋真嗣，下個月我媽媽就出差回來了，到時候我就不會寄住在你家了，哼哼，到時候你就沒有機會偷偷闖入我的臥室了！”
“哦，那太好了，明日香，這樣我也不用每天替你準備便當了。”
“……__