碇源堂和碇真嗣父子最後走不同的道路，碇源堂不斷人類補完，碇真嗣不斷重啓。之所以父子做了不同的選擇，主要還是因爲碇源堂的目標是自己內心限定的小愛，只能在內心尋找幸福。
而碇真嗣的目標是大家幸福，這就不是說自己心裡認爲就夠了。碇真嗣吃飽了，不能就認爲別人也吃飽了，碇真嗣幸福了，不能就認爲別人也幸福了，他無法依靠自己一個人完成目標。
因爲目標不同，所以父子走了兩條不一樣的路。渚薰爲什麼阻止近第三次衝擊？就是知道碇真嗣不會滿足於自己和綾波麗過小日子的，他肯定會自責。
如果碇真嗣滿足過小日子的話，tv版和舊劇場版裡兩次的補完，一次補完了自己，一次就剩下自己和明日香，但他都沒有接受，而是選擇了重啓。所以就算碇真嗣從力天使裡救出綾波麗，但如果真的發生第三次衝擊，那麼他肯定不會幸福。所以渚薰阻止了初號機，因爲他要幫碇真嗣打出完美結局。
不過近第三次攻擊之後，大地也全變紅了，已經不適合人類生存，只有葛城美里等人使用淨化儀器才能讓小範圍的土地恢復清潔。更可憐的是碇真嗣還成爲了背鍋俠，他怎麼知道救綾波麗會導致衝擊？他根本不知道，更不要說最後還沒救出他熟悉的綾波麗。
對碇真嗣來說完美的結局並不是自己的幸福，而是大家的幸福。但這種結局太難了，最後他也只能選擇了妥協，他無法把世界變成百分之一百符合自己的心意，那自己也只能退而求其次，改變自己。不去追求每個人的幸福結局，而是刪除使徒就好了，剩下的就順其自然。
刪掉了使徒，那麼世界也就變得平凡了，大家或許都能在平凡的世界中找到幸福。碇真嗣也不是救世主了，不會把自己的內心強加於社會之上，他不會成爲父親那樣的大人。
其實杜蘭覺得沒有使徒的世界並不好，還是打使徒有意思。
“好了，就這麼決定了，以後你和碇唯每年七夕可以見一面，其他的時間你就以普通人的身份活下去吧，別再整幺蛾子了，要是你再搞陰謀詭計，那你每搞一次陰謀，見面時間就縮短十二小時，沒有什麼好再商量的了。”杜蘭表示就是這樣決定。
碇源堂心裡不高興，但也不敢違抗，因爲杜蘭給他的感覺太神秘了，太過無所不能。所以他最後只能說道：“你還說我唯心，我看你纔是最唯心的那個，纔是最不可理喻的那個。你比惡魔還要邪惡，還要捉弄人。”
“多謝誇獎。”杜蘭說道：“不過不是我喜歡作弄人，
而是你太不善於改變了。世界上不是所有事情都會按照你的計劃運行的，不能說每次遇到不隨自己心意改變的東西就是邪惡，就是捉弄。人生在世不如意事常八九，你還是經歷了太少。這點你要好好向你兒子學習。”
要是沒有杜蘭，碇真嗣會先失去母親，再失去好基友，再失去美少女，最後失去大姐姐，每次都是剛剛得到就立刻失去，而且剛剛想要打起精神做個救世主，就因爲作戰的不科學，以及使徒的神奇能力，被按在地上摩擦，總是經歷險象環生。
碇真嗣各種鬧彆扭、鬧情緒，都無法讓事情朝着自己希望的方向發展，最後更是直接補完，只留下他一臉懵逼。打敗使徒不是拯救人類麼？怎麼拯救了人類之後，就是對神經元的大清洗，怎麼就是邪惡的補完儀式？他是一臉懵逼，根本不知道爲什麼會這樣。
谷通過一次次碰壁，最後碇真嗣終於認識到了自己和客觀世界碰撞的話，自己改變不了客觀世界，還是妥協好了。
碇源堂卻依靠陰謀詭計控制了神經元，而且一步步地奪取了人類補完計劃的主導權。其實對於碇源堂到底是如何成爲神經元司令的，並沒有太多的介紹，很有可能是碇唯家族的勢力幫忙，或者是碇唯自己建立的勢力在幫忙。
劇情裡只是介紹了碇源堂在大學時候和碇唯談戀愛，然後加入seele，之後就是成爲了司令。成爲司令之後他又是通過美男計控制了赤木母女，之後又通過多面間諜加持良治得到了鑰匙。然後通過對綾波麗的培養，試圖建立補完的通道。最後就是利用兒子駕駛初號機，希望初號機能發揮全部實力消滅所有的使徒。這就是他的佈局。
當然過程中司令還有破局，主要就是針對seele的監視，以及破壞seele主導融合的關鍵，也就是渚薰。渚薰也是使徒，但被seele控制之後以人類胚胎的形式誕生出來，就成爲了seele融合的通道。所以碇源堂必須要把渚薰激化爲使徒，然後合情合理地幹掉。
渚薰每次也很配合，把機會讓給了碇真嗣，說不是真愛都不行。
碇源堂的佈局和破局是就沒有不順利的，只有到最後纔出現問題，第一赤木律子的反派，這點問題不大。第二綾波麗二號的反叛，這點問題很大。第三就是碇唯的選擇，她選擇幫助兒子。
在新劇場版裡還要加上冬月和真希波所代表的碇唯勢力的反叛，要不是冬月和真希波把希望之槍送給了碇真嗣，他最後還沒法重啓一個沒有使徒的世界。
所以碇唯家族或者碇唯自己肯定是有一方勢力的，屬於seele中的改良選擇派。他們不認爲融合是最好的結局，所以做了其他的安排。可以推測出碇源堂一直在利用碇唯的改良派對抗原教義派， 但最後改良派把碇源堂出賣了，轉而選擇碇唯的兒子。
從人類補完計劃中衍生出四大勢力，原教義派，改良選擇派，篡奪派，反對派。碇唯的改良派絕對是很吸引人的，畢竟原教義派的融合好不好並不確定，所以肯定有人會有疑問，有疑問就可以加入改良選擇派，不把籌碼壓在融合一端上。而且碇唯自己是以身作則，進入初號機，創造了新的選項。
碇源堂的錯誤就是把改良派的成功當做了是自己的功勞，而且渚薰也總說什麼‘裡林的王’，簡直是把碇源堂誇得沒邊了，但事實上碇源堂不是一個人完成這麼多工作的，幕後還有碇唯留下的改良派的努力。碇源堂只是一個代表而已，杜蘭表示要用人民歷史觀看待問題，不能學渚薰用英雄歷史觀看待問題。
如果一切都是碇源堂的努力，那麼最後他也不會被兒子打敗了。因爲碇源堂所代表的就是篡奪派，碇唯纔是改良派的代表。當碇唯一次兩次表達反對之後，改良派也就意識到篡奪派和改良派的宗旨出現了分歧，最後只能選擇與碇真嗣進行合作。當然碇真嗣是一臉懵逼的，不過碇唯相信兒子的善良能讓他做出正確的選擇。