昭慈怒極，偏又拿葉楓毫無辦法，反而冷靜下來，扳楓辯起來：“臺地民情浮動，械鬥豎?，層見疊出，若再開墾番地，將來內地匪徒，竟與番類勾連，剿辦必更費手。再者生番世隸化外，罔知法度，現雖困苦來歸，衣食充裕，無所顧慮，安見不始順終悖。”
“哈哈，大人方纔也曾說，漳泉異情，閩粵異性，豈不知匪徒與番聲氣本不相通？本官溯查歷年檔案，只有官兵不敷派撥，酌調屯兵協剿之案，未有匪番勾結，隨同附和之事也。”
“再者說生番不識不知，絕無機巧，只要衣食無憂，豈會造反？縱使譎變無常，而所需之械，與所習之技，又無一足恃，剿捕亦甚易易。”葉楓哈哈大笑，伸手指了指門前衛兵：“有此精銳，平一臺灣足以。”
孔昭慈沉着臉，不甘道：“臺地本屬外洋，現在閩省兩口通商，洋情或不無叵測，若番地墾殖一開，土地廣而財賦多，外洋之垂涎更甚，如之奈何？”
葉楓忍不住又笑了起來，不願再和孔昭慈兜：“大人，如今英法的炮艦就堵在大沽口，揚言要殺入北京，請問，是因爲大清土地廣而財賦多？”
“不，那是因爲我們太弱了！”
“明知墾殖番地可廣財賦，便因爲害怕強盜上門而禁墾？若是孔聖人在此，也要被你氣死！”
葉楓也被孔昭慈的所謂理由給氣壞了：“不知自強，怯於外而厲於內，此所謂暴政。這樣的命令，恕下官不能接受。”
“你、你放肆！”孔昭慈跳了起來：“來人啊，給我將這個要造反地叛逆拿下。”
綠營兵們都沒有動，偷偷拿目光瞧着自家的守備大人，林振皋則低着頭，好像睡着了一般，對孔昭慈的話充耳不聞：這個時候他可不敢亂動，不說自己和葉楓本來就是一條船上的，光是房間裡那些藍衣護衛手上的短槍，就讓他沒有其它想法。
護衛隊卻刷地一聲。端平了手中的步槍，雪亮的刺刀排成一條直線，對準了綠營兵，而房間中的護衛則掏出了轉輪手槍，斜斜地指着孔昭慈和林振皋。
孔昭慈愣了一愣，突然跳起來指着那些護衛。大聲吼道：“你、你們居然剪了辮子。你們這是數典忘祖，要砍頭的。”
“孔大人。令祖上孔聖人可有辮子？”葉楓站了起來，冷冷地說道：“孔大人是聖人後裔。華夏正溯，當不會忘記。兩百年前我漢人可有辮子？”
“是誰數典忘祖？不是我葉某人，恰恰是你這個聖人後裔，你竟然說出這等話來。孔聖人在天之靈，也當爲此蒙羞。”
“你……來人啊，給我拿下這個叛逆！”孔昭慈臉上一陣紅一陣白，不甘地指着葉楓叫道。
誰都沒有動，大廳裡頓時陷入僵持，孔昭慈喘着粗氣，突然身子後仰，跌坐在椅子上。
就在這個時候，門外突然出來一個尖利的聲音：“聖旨到，臺灣府知府、按察使銜、分巡臺灣兵備道孔昭慈，臺灣府淡水廳撫民同知葉楓接旨！”
刷刷刷，林振皋和綠營兵率先跪倒，孔昭慈掙扎着，葉楓也勉強跪了下去，他看到跟在太監身後地徐榮村，知道自己託他辦的事情，多半是有了成果。
“你們是什麼人，怎麼不跪？”領頭的太監不滿了瞪了一眼依然站在那裡，手上端着長槍的護衛，心裡也有些發。
“稟上差，他們都是美利堅合衆國的人，不懂天朝禮儀，請恕罪，”葉楓半跪在地上解釋道。
“啊，”太監頭子嚇傻了，護衛們雖然是東方人的模樣，裝扮確實洋人地風格，又都端着槍，聽說他們是美國人，太監也不知道美國人是啥樣，還以爲美國人打過來了，站在那半天不敢動作，直到葉楓催了幾次，才顫抖着念出了聖旨。
“除孔昭慈按察使銜、分巡臺灣兵備道，授葉楓按察使銜，遷分巡臺灣兵備道，授徐潤淡水廳撫民同知。”
聖旨剛唸完，葉楓就跳了起來，連謝恩都沒有，不過被嚇傻了地太監也沒有注意到，只是在葉楓熱情招呼他的時候，才戰戰兢兢道：“奴、奴婢是不是可以離、離開這裡？”
“上差請隨意，”葉楓也不懂怎麼接待這些太監，便給徐榮村打了個眼色，讓他去處理。
那個太監和兩個大內侍衛出了院子就拼命往船上跑，徐榮村趕緊過去詢問原因，那個太監也說不清楚，只是道：“天殺地，這個孔昭慈的兵備道怎麼當地，居然讓美國人拿洋槍給對着，扎家這是九死一生啊。”
“不行，一定
個消息告訴皇上，”那個太監上了船，又催着馬上出榮村目瞪口呆，敢情以爲那些護衛隊是洋兵，以爲洋兵打進雞籠，被嚇跑了啊！
徐榮村沒有解釋，也來不及解釋，他也看出剛纔的形勢不對，連忙趕回去，只看到葉楓正微笑着與林振皋在說話，林守備很謙卑地道：“大人現在執掌臺灣軍事，下官一切唯大人之命是從。”
兵備道是臺灣最高軍事長官，掌管臺灣水陸各營數千軍隊，由於此前地小刀會起義，以及眼下閩浙戰事，具有戰鬥力的軍隊和將領已經悉數調往福建，留在臺灣的不過是些守地雜兵，不堪大用。
葉楓名正言順擁有臺灣各軍地指揮權，加上大部分有能力、有權勢的將領都已經被調往福建，留下來的大多是林振皋這一類缺少進取，無論是能力還是聲望都顯不足的弱勢軍官，這使葉楓對軍隊的整編非常順利。
臺灣實行班兵制，大部分軍隊都是從大陸遣戍而來，只有少部分是當地人，葉楓以抽調精銳整訓的名義，將其中的當地人和部分大陸士兵組成一個五百人的新營進行訓練，並新募士兵五百人，與原本的護衛隊組成新軍，共計四個新營，兩千餘人。新營以外其它軍隊的任務是進行治安和巡查，也不指望他們有多大的戰鬥力。
本來這些軍隊的定位就是對內防範盜匪，葉楓則徹底讓他們變成防盜隊，至於當地的匪患，以兵備道名義進行招撫，不肯就範的，調用新軍在練兵的過程中予以征剿，在平滅匪患的同時，也鍛鍊軍隊，起到實戰作用。
孔昭慈被葉楓氣得昏迷，醒來後長途跋涉回到府治，病情更加眼中，他向福建巡撫、閩浙總督處報告葉楓的情況，正逢石達開從浙江撤軍，猛攻福建，自然無暇處理這樣的事情。
孔昭慈在病榻上等待消息，沒想到等來的卻得到了朝廷的申斥，說他身爲臺灣兵備道不知掌兵，導致美隊登陸雞籠，差點害死上差性命，罷免他臺灣知府，回家思過，同時任命葉楓兼臺灣知府，從此，葉楓集臺灣軍政大權於一身，全面開啓臺灣島的墾殖和開發，實現自己計劃的第一步。
七月中旬，福建方面傳來消息，清廷終於起復曾國藩，與此同時，福建前線的戰事也突然安靜下來，李世賢停止了對福建的攻擊。
隨即，華爾那邊也和石達開聯繫上，據華爾送回的信件，石達開正在從浙江撤軍，似有退往福建的跡象。
華爾向石達開轉送了葉楓的信函，葉楓在信中主要是向石達開提出三個問題：首先根據地問題，葉楓認爲石達開的軍隊要逐步發展壯大，必須建立自己的根據地，輜重和士兵纔能有保證，而不能像流寇一樣，打一把就走。
其次是和天朝的關係，石達開在與洪秀全分裂以後，並沒有公開表明獨立的態度，還是奉太平天國的旗號和官爵，葉楓認爲，這會弱化他對軍隊的控制力，如果軍事行動一旦不順，很可能分崩離析。
第三是雙方合作的可能性，葉楓表達了自己對中國未來的展望和政治態度，舊朝必須推翻，但不是由太平天國某個人當皇帝，而是建立一個新式的共和國家，“在國家處於內憂外患的情況下，當團結一切可以團結的力量，打倒主要的敵人，建立新式政權，復興中華，而不是重複一家一姓之天下，興亡盛衰之輪迴”，如果石達開能夠認同，雙方可以展開合作，葉楓將幫助石達開攻取福建，建立根據地。
在石達開的回信中，葉楓驚訝地發現，自己提出的前面兩個問題，石達開早已經認識到，他說“餘攻閩浙，本欲建閩浙根據地，期與天京連成一片，夾攻江南大營，奈何成爲空談。今將取福建，君若能相助，當親往臺島共商大計。”
對於第二個問題，石達開不願意公開與天朝分裂，一是這樣做會傷了手下老太平軍戰士的感情，他自己不到萬不得已，也不願意這樣做；另外，他還擔心自己這樣做了，會成爲很不好的先例，損害天國大業，但是他對於葉楓提出的一些治理主張，表現出很濃厚的興趣，“當勉力一試”。
石達開在征戰安徽、江西的時候，就比較注重佔領區的建設，頗有些成效，曾國藩等人說石達開是收買人心，便證明石達開是做了些得人心的事情，他來信所表達的態度也深得葉楓讚賞。是該行動的時候了！