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十、在京的其他機構
明代的卿寺，如太常寺、光祿寺、大僕寺、鴻臚寺等建置皆如前代。只有尚寶司是增設的，其職掌據《明史·職官志三》說：
凡寶之用，必奏請而待發。每大朝會，本司官二員，以寶導駕，俟升座，各置寶於案，立待殿中。禮畢，捧寶分行，至中極殿，置案而出。駕出幸，則奉以從焉。歲終，移欽天監，擇日和香物入水，洗寶於皇極門。籍奏一歲用寶之數。凡請寶、用寶、捧寶、隨寶、洗寶、繳寶，皆與內官尚寶監俱。
這些職務在古代只屬於門下省的一小部分工作，而明代卻特立機構，並以卿（正五品）、少卿（從五品）各1人爲其主官。這個位置專與大臣、勳戚子弟而作爲榮寵的。
特設而無專署的，有吏、戶、禮、兵、刑、工六科都給事中（正七品），左、右給事中（從七品），掌侍從，規諫，補闕，拾遺，稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而頒之；若有失誤，則封還執奏。凡內外所上章疏，分類抄出，參署付部，並駁正其違誤。六科於鄉試時充考試官，會試時充同考官，殿試時充受卷官。冊封宗室，諸蕃或告諭外國時，則充正，副使、六科與御史同有言責，所以經常不免互有袒護而產生矛盾。習慣上以御史爲臺，以給事中爲垣，臺垣不相容是明代政局中的奇特現象。
中書科，有中書舍人20人（從七品），直文華殿東房中書舍人，直武英殿西房中書舍人，內閣誥敕房中書舍人，制敕房中書舍人（並從七品，無定員）。其名雖與古代之中書舍人相似，而實際職掌則不同。中書科舍人掌書寫誥敕，制詔，銀冊，鐵券等事。文華殿舍人，掌奉旨書寫書籍。武英殿舍人，掌奉旨篆寫冊寶，圖書，冊頁。內閣誥敕房舍人，掌書辦文官誥敕，翻譯敕書，並外國文書，揭帖，兵部紀功，勘合底簿。制敕房舍人，掌書辦制敕，詔書，誥命，冊表，寶文，玉牒，講章，碑額，題奏，揭帖一應機密文書，以及各王府敕符底簿。總之，這些舍人實際任務只是照例書寫誥敕而已，此外並沒有什麼重要職權。中書舍人建於永樂初年。《明史·職官志三》載：
洪武間，置承敕監，司文監，考功監，參掌給授誥敕之事。永樂初，命內閣學士典機務，詔冊、制誥皆屬之。而謄副、繕正皆中書舍人入辦，事竣輒出。宣德初，始選能書者處於閣之西小門，謂之西制敕房。而諸學士掌誥敕者居閣東，具稿付中書繕進，謂之東誥敕房。正統後，學士不能視誥敕，內閣悉委於中書、序班、譯字等官，於是內閣又有東誥敕房。
這就是內閣誥敕房及制敕房中書舍人的由來。若從其沿革看，似乎是古代中書舍人演變而降爲低級。至於直文華殿東房，武英殿西房中書舍人，最初爲內官之職，繼而以中書分直，最後則選擇能書者充任。其地位更爲卑微，舍人大約有兩方面，《明史·職官志三》說：
大約舍人有兩途：由進士部選者，得遷科道部屬，其直兩殿，兩房舍人，不必由部選，自甲科、監生、生儒、布衣能書者，俱可爲之。不由科甲者，初授序班，及試中書舍人，不得遷科道部屬，後雖加銜九列（卿），仍帶銜辦事。
中書舍人這一官，性質十分難辨，明代制度，富家子弟，儘管一無所能，但可用資捐得一中書舍人，再加一卿銜，便儼然成爲高官顯爵。如與唐、宋之舍人相較，則有天淵之別。沿至清代，雖不至如此之濫，而中書科中書（刪去“舍人”二字）只以廕生，貢監補授，至於內閣中書，則幾乎是非進士不可補。
明代又有行人司，洪武十三年（公元1380年）初置，設行人，秩正九品。左、右行人，從九品。不久，改行人爲司正，左、右行人爲左、右司副，另設行人345人。洪武二十七年（公元1394年），升司正爲七品，左、右司副爲從七品，行人爲正八品，職專捧節，奉使之事。《明史·職官志三》載：
凡頒行詔赦，冊封宗室，撫諭請蕃，徵聘賢才，與夫賞賜，慰問，賑濟，軍旅，祭祀，鹹敘差焉。每歲朝審，則行人持節傳旨法司，遣戍囚徒，送五府填精微冊，批繳內府。最初多由孝廉充任行人，奉使常不稱旨。後定行人司官40員，全在進士中選授。非奉旨不得隨便派遣。從此，行人之職才受到重視。
十一、衛所和五軍都督府
軍隊是國家政權的主要組成部分之一，因此，明初的統治者也特別注意對軍隊的管理和建設。朱元璋建立了衛所制度。《明史·兵志》雲：“自京師達於郡縣，皆立衛所”。在軍事上重要的地方設衛，次要的地方設所。當時明朝約有軍隊二百萬，都編置在衛所中，大抵每112人編爲一個百戶所，1，120人編爲一個千戶所，5，600人爲一衛。衛所的軍官稱衛指揮、千戶、百戶。軍戶皆另立軍籍，是世襲的。精銳的軍隊多駐在京師，朱元璋在南京一帶設有48個衛，有軍士20餘萬人，朱棣在北京設72個衛。
明代初年置行樞密院，太祖自領之。又置諸翼統軍元帥府。不久，罷樞密院，改置大都督府，以朱文正爲大都督，統領中外諸軍事，下設司馬、參軍、經歷、都事等官。明代定製，大都督府、大都督爲從一品，又有左、右都督，正二品；同知都督，從二品；副都督，正三品，僉都督，從三品；經歷從五品，都事從七品，統軍元帥府元帥正三品，同知元帥從三品，副使正四品，經歷正七品，知事從八品，照磨正九品。不久罷統軍元帥府。洪武十三年（公元1380年），在廢丞相制的同時，爲防止軍權的過分集中，也廢大都督府，改爲中、左、右、前、後五軍都督府，分別管理京師及各地衛所。五軍都督府各設左、右都督，正一品；都督同知，從一品；都督僉事，正二品。以中軍都督府斷事官爲五軍斷事官。洪武十五年（公元1382年），置五軍十衛參軍府，設左、右參軍。洪武十七年（公元1384年），五軍各設左、右斷事2人，提控案牘1人，並從九品。二十三年（公元1390年），升五軍斷事官爲正五品，總治五軍刑獄。分爲五司，每司設稽仁、稽義、稽禮、稽智、稽信5人，均爲正七品，各理其軍之刑獄。同時，朱元璋爲了防範統軍將領的專權，又規定五軍都督府對軍隊無調遣權，其調遣之權由皇帝直接掌管；兵部在軍隊中雖有任免、升調、訓練之權，但不統兵。每逢戰事，由皇帝臨時委派專人擔任總兵官，統率衛所部隊出征，戰事結束，總兵歸還將印，軍隊歸還衛所。兵權始終掌握在皇帝手中，這是朱元璋從軍事上加強和鞏固皇權的重要措施。
在京各衛，稱爲京衛。京衛有上直衛，南京衛，北京衛，品秩相同。各有掌印、僉書。上直衛的親軍指揮使司有26個衛，即錦衣衛、旗手衛、金吾前衛、金吾後衛、羽林左衛、羽林右衛、府軍衛、府軍左衛、府軍右衛、府軍前衛、府軍後衛、虎賁左衛（以上12衛，洪武中置），金吾左衛、金吾右衛、羽林前衛、燕山左衛、燕山右衛、燕山前衛、大興左衛、濟陽衛、濟州衛、通州衛（以上10衛，永樂中置）、騰驤左衛、騰驤右衛、武驤左衛、武驤右衛（以上4衛，宣德八年置）。其中錦衣衛掌侍衛，緝捕，刑獄之事，常以勳戚都督領之，恩蔭寄祿無常員。凡朝會，巡幸，則具鹵簿儀仗，率領大漢將軍（共1，507員）等侍從扈行。宿衛則分番入直。錦衣衛名爲宿衛扈從，實則假偵事之權，以欺壓平民及一般官員，最爲專橫跋扈，特異於其他各衛。
留守5衛：舊爲都鎮撫司，總領禁衛，先屬於中書省，後改隸大都督府，設都鎮撫（從四品），副鎮撫（從五品），知事（從八品）。旋即改稱宿衛鎮撫司，設宿衛鎮撫，宿衛知事。洪武三年（公元1370年）改留守衛指揮使司，專領軍馬守禦各城門，及巡警皇城與城垣造作之事。後升爲留守都衛，統轄天策、豹韜、飛熊、鷹揚、江陰、廣洋、橫海、龍江、水軍左、右10衛。洪武八年（公元1375年），復爲留守衛，與天策等8衛，俱爲親軍指揮使司（惟水軍左右衛爲指揮使司）並隸大都督府。洪武十一（年公元1378年）改爲留守中衛，增置留守左、右、前、後4衛，仍爲親軍。洪武十三年（公元1380年）始分隸五都督府。
南京另有一套軍職：
南京設守備1人，協同守備1人，參贊機務1人。守備，以公、侯、伯充任，兼領中軍都督府事。協同守備，以侯、伯、都督充之，領五府事。參贊機務，以南京兵部尚書領之，其治所在中府，掌南都一切留守、防護之事。
南京五都督府爲：左、右都督，都督同知，都督僉事，不全設。其掌印、僉書，皆以勳爵及三等都督充任。分掌南京衛所，以達於南京兵部。
南京衛指揮使司，王府護衛指揮使司：設官皆如北京衛司。
明朝地方官制
明代地方區域的劃分，除南、北兩京外，還有十三個布政司，明之布政使司是由元代行中書省演化而來的，《明史·職官志四》載：
洪武九年（公元1376年）改浙江、江西、福建、北平、廣西、四川、山東、廣東、河南、陝西、湖廣、山西諸行省俱爲承宣布政使司，罷行省平章政事、左，右丞等官。改參知政事爲布政使……十五年（公元1382年）置雲南市政司……永樂元年（公元1403年），以北平布政司爲北京……十一年（公元1413年）置貴州布政司……宣德三年（公元1428年）除兩京外，定爲十三布政司。
承宣布政使司，設左、右布政使各1人（從二品），左、右參政（從三品），左、右參議，無定員（從四品。參政、參議因事而添設，各省不等）。經歷司，經歷1人（從六品），都事1人（從七品）。照磨所，照磨1人（從八品）、檢校1人（正九品）。理問所，理問1人（從六品）、副理問1人（從七品）、提控案牘1人。司獄司，司獄1人（從九品），庫大使1人（從九品），副使1人、倉大使1人（從九品）、副使1人。雜造局、軍器局、寶泉局、織染局，各大使1人（從九品）、副使1人。
布政使是一省最高的行政長官，掌一省之政，朝廷有德澤、禁令、承流宣播，下達於有司。凡僚屬滿秩，負責考察其稱職與不稱職，上報達吏部、都察院。每三年則率其府、州、縣正官，朝覲京師，以聽察典。參政、參議分守各道，及派管糧儲、屯田、清軍、驛傳、水利、撫民等事。經歷、都事負責文書往來。照磨、檢校、典勘理卷宗，理問典刑名。
明初置提刑按察司，洪武十四年（公元1381年），於各道置按察分司。十五年（公元1382年），又在府州縣置按察分司。建文時，改爲十三道肅政按察司，每司設按察使1人（正三品）、副使（正四品）、僉事無定員（正五品）。經歷司，設經歷1人（正七品），知事1人（正八品）。照磨所，照磨1人（正九品）、檢校1人（從九品）。司獄司，司獄1人（從九品）。
按察使掌一省刑名按劾之事。糾官邪，奸暴，平獄訟，雪冤抑，以振揚風紀而澄清其吏治。副使、僉事，分道巡察，《明史·職官志四》載，洪武十五年，以儒士王存中等531人爲試僉事，每人按察二縣，“凡官吏賢否，軍民利病，皆得廉問糾舉。”
又有都指揮使司，掌各省之軍事。與布政使司、按察使司合稱爲“三司”。都、布、按三司鼎立之制，雖能防止地方權力之擴大，但又不免釀成運用不靈之弊。所以明中央又派遣監察御史或部院大臣出任總督、巡撫、巡按各差，以駕凌於三司之上。《明史·職官志二》說：
其在外加都御史或副、僉都御史銜者，有總督、有提督、有巡撫，有總督兼巡撫，提督兼巡撫，及經歷、總理、贊理、巡視、撫治等員。
“巡撫”之名即起於明代，據沈德符《萬曆野獲編》記載，“洪武二十四年（公元1391年）辛未，太祖令皇太子（即懿文太子）巡撫陝西地方，巡撫之名，始見於此。”永樂十九年（公元1421年）遣尚書蹇義等26人巡行天下，安撫軍民。此後，逐漸派一些尚書，侍郎，都御史，少卿等官去巡撫各處的邊境腹地，辦完事情就回朝廷覆命。這樣的官員，當時稱爲“巡撫”，或名“鎮守”。巡撫兼軍務的加提督，有總兵地方加贊理或參贊，所轄多而事務重者加總督。以尚書、侍郎任總督軍務的，皆兼都御史，以便行事。由於總兵、宦官也可稱爲“鎮守”，容易造成混亂，所以後來凡是文職官員奉命出朝，就一律稱爲“巡撫”，以與“鎮守”相區別。此外，明代還派監察御史巡視各省，以資監察，稱爲“巡按”。“巡撫”、“巡按”略有不同，但這些都是明代才設置的差務。由於這些官職是臨時性的，所以各處名稱都不同。比較經常設置的，有總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道1員，總督薊、遼、保定等處軍務兼理糧餉1員，總督陝西三邊軍務1員，總督兩廣軍務兼理糧餉帶管鹽法兼巡撫廣東地方一員，總理糧儲提督軍務兼巡撫應天等府1員，巡撫順天等府地方兼整飭薊州等處邊備1員，巡撫保定等府提督紫荊等關兼管河道1員，巡撫南贛、汀韶等處地方提督軍務1員。巡撫偏沅地方贊理軍務1員，撫治鄖陽等處地方兼提督軍務1員。這些官員設置都是以邊防或鎮壓人民爲主要任務的。日久之後，便變成定製，到清代纔將督撫看作一省的最高長官。總督在明代有稱總制的，所以清代一般還稱總督爲制臺。而督撫仍用欽差官的體制，不給印綬而給關防，稱部堂、部院，而不單稱總督，巡撫。
布政使屬下的參政、參議分司諸道的有督糧道，督冊道、各處分守道。按察使下之副使、僉事分司諸道則有提督學道、清軍道、驛傳道、各處分巡道。兩直隸無布、按兩司，故北直隸各道寄銜于山東、山西；南直隸各道寄銜于山東、浙江、江西、湖廣。至清代北直隸成立直隸一省，南直隸成立江蘇、安徽二省，均設布、按兩司，省制就比較合理而完整了。
◎府
明代初年，改諸路爲府。洪武六年（公元1373年），分天下府爲三等；糧二十萬石以上爲上府，知府秩從三品；二十萬石以下爲中府，知府正四品；十萬以下爲下府，知府從四品。後來一律定爲正四品。全國之府共有159個。每府設知府一人，同知（正五品）、通判無定員（正六品），推官一人（洪武三年始設，正七品）。下屬有經歷司，設經歷一人（正八品）、知事一人（正九品）。照磨所，設照磨一人（從九品），檢校一人。司獄司，設司獄一人。《明史·職官志四》說：“知府掌一府之政，宣風化，平獄訟，均賦役，以教養百姓。每三歲，察屬吏之賢否，上下其考，以達於省，上吏部”。同知、通判分掌軍紀、巡捕、管糧、治農，水利，屯田，牧馬等事。推官理刑名，贊計典。經歷、照磨，檢校，受發上下有關文書，磨勘六房宗卷。
明初選任府州縣官時都先賜給布疋、銀兩，稱爲“養廉”，使其到任時能奉公守法，不致敲榨人民。《明會要·職官十三》引鄭曉《今言》載，洪武元年（公元1368年），明太祖詔中書省：“自今除府州縣官，賜銀十二兩，布六疋”。明太祖、明成祖都很重視地方官吏的選授，據《世法錄》記載：
洪武七年（公元1374年）諭吏部曰：古稱：“任官惟賢才”。凡郡得一賢守，縣得一賢今，如穎川之黃、中牟之魯恭，何憂不治？今北方郡縣有民稀事簡者，而設官與繁劇同，祿入供給未免疲民，可量減之。
永樂元年（公元1403年），上謂吏部都察院曰：“爲國牧守，莫切於守令。守令賢，則一郡一邑之民有所恃，而不得其所者寡矣，如其不賢，當速去之。然吏部選授之時，出於倉猝，未能盡其才。其令巡按監察御史及按察使，凡府州縣到任半歲之上者，察其能否廉貪之實，具奏。
明成祖還特諭吏部，府州縣官必須相對穩定，不能隨意更換、抽調或額外增加雜務，使他們能夠專心理民。
◎州
州有二種，即屬州和直隸州。屬州的待遇與縣同等，直隸州的待遇與府同等，但品秩相同。據《大政記》載，洪武十七年（公元1384年）八月，“詔州民戶不滿三千者皆改爲縣，凡三十七州。”此外，全國尚有234個州。每州設知州一人（從五品），掌一州之政令，同知（從六品），判官無定員（從七品），視其州事之繁簡以供其職。凡面積不到30平方里的州，又無屬縣，不設同知、判官。有屬縣的，不設同知而置判官。州之屬吏還有吏目一人（從九品）。
◎縣
吳元年定天下縣爲三等：糧十萬石以下爲上縣，知縣從六品；六萬石以下爲中縣，知縣正七品；三萬石以下爲下縣，知縣從七品。後來全部改爲正七品。明代分全國縣共1，171個。每縣設知縣一人，掌一縣之政，《明史·職官志四》說：
凡賦役，歲會實徵，十年造黃冊，以丁產爲差。賦有金谷、布帛及諸貨物之賦。役有力役、僱役、借倩不時之役，皆視天時休咎，地利豐耗，人力貧富，調劑而均節之。歲歉則請於府，若省蠲減之。凡養老、祀神、貢士、讀法，表善良、恤窮乏、稽保甲、嚴緝捕、聽獄訟，皆躬親厥職而勤慎焉。若山海澤藪之產，足以資國用者，則按籍而致貢。
知縣之下有縣丞一人（正八品）、主簿一人（正九品）分掌娘馬、巡捕之事。其屬吏還有典史一人，管文書收發。若無縣丞，或無主簿，則分領丞簿之職（凡編戶不及二十里者，並裁丞簿）。
陰中期以前，州縣首官多從監生中選任。監生坐監後到吏部聽選，前後經二十多年，方得出身，至除授之時，年已五十以上，神志昏倦。又自認爲在任不久便將黜退，升任的可能性很少，故受命之後，惟圖私利，沒有治民之心。從《明臣奏議》所見，當時有不少大臣上疏，建議改從進士、舉人中選拔年富力強、資質英俊者任地方官，但皆未能實行。據《夢餘錄》所載，隆慶五年（公元1571年），穆宗才同意大學士高拱建議，從舉人中選任，就選者必稽其年貌。凡五十以上者，授以雜官，不得爲州縣之長。
府縣的雜職尚有醫學，陰陽學，僧網司，道紀司。這些都是有官而無祿，是明代創制而爲清代相沿不革。
◎儒學
關於地方學校考課之事，自宋代設提舉學事司始，元代則設儒學提舉司，都是地方高級督學之官職。各府、州、縣分設教授、學正、教諭。明初沿之，置儒學提舉司。洪武二年（公元1369年），詔天下府州縣皆立學。洪武十三年（公元1380年），改各州學正爲未入流（以前爲從九品）。二十四年（公元1391年），定儒學訓導位在雜職以上。三十一年（公元1398年），詔天下學官，凡在本籍任職者，一律改授旁郡州縣。
明代儒學，府設教授1人（從九品），訓導4人。州設學正1人，訓導3人。縣設教諭1人，訓導2人。教授、學正、教諭，掌教誨所屬生員，訓導協助其工作。
英宗正統元年（公元1436年）始設提督學校官，又有都司儒學（洪武十七年始置於遼東）、行都司儒學（洪武二十三始置於北平）、衛儒學（洪武十七年始置岷州衛），以教武臣子弟。俱設教授1人，訓導2人。河東又設都轉運司儒學，其制如府。
至於考選生員入學之事，明初本未設專官，中期以後，才由御史提督兩京學校，以按察司副使、僉事爲各省提督學道。不僅生員，連府州縣教官也歸其考覈。
◎地方軍職
都指揮使司爲明代地區軍事總機構，長官有都指揮使1人（正二品）、都指揮同知2人（從二品）、都指揮僉事4人（正三品），其屬有經歷司經歷（正六品）、都事（正七品）。斷事司斷事（正六品）、副斷事（正七品）、吏目各1人。司獄司司獄（從九品），倉庫、草場、大使、副使各一人。行都指揮使司，設官與都指揮使司同。長官之中有一人統司事，稱掌印，簡稱都司，位次在布、按兩司之上。《明史·職官志五》說：“都司掌一方之軍政，各率其衛所以隸於五府，而聽於兵部。”
衛指揮使司設官與京衛同。外衛皆統於都司及行都司。衛以下爲千戶所，千戶所又轄百戶所。千戶所有正千戶1人（正五品），副千戶2人（從五品），鎮撫2人（從六品）。其屬吏目1人。千戶所轄百戶所10個，共有百戶10人（正六品），總旗20人，小旗100人。刑獄則歸鎮撫掌管。凡衛所皆隸於都司，而都司又分隸於五軍都督府。自衛所以下，其官兵多世襲，這是明代特殊制度之一。
都督府的都督名稱後來變爲空頭的官階，而統兵之官則須別加總兵、副總兵、參將、遊擊將軍、守備、把總等名目。《明史·職官志五》：“總鎮一方者爲鎮守，獨鎮一路者爲分守，各守一城一堡者爲守備，與主將同守一城者爲協守。又有提督、提調、巡視、備禦、領班、備倭等名。凡總兵、副總兵一職均須有公、侯、伯、都督爵銜者充任。其總兵掛印稱將軍者，雲南曰徵南將軍，大同曰徵西將軍，湖廣曰平蠻將軍，兩廣曰徵蠻將軍……其在薊鎮、貴州、湖廣、四川及儹運淮安者，不得稱將軍掛印。宣德間，又設山西、陝西二總兵。嘉靖間，分設廣東、廣西、貴州、湖廣二總兵爲四，改設福建、保定副總兵爲總兵，又添設浙江總兵。萬曆間，又在臨洮、山海增設總兵。至明代末年，總兵官增置繁多，不可勝記。總兵在明代本爲無品級之差委，至清代則爲正二品的正規武職。
此外，還有軍民府、土州、土縣，其官員設置，與府、州、縣制相同。
◎整頓吏治
洪武元年（公元1368年），明太祖徵召天下之賢才爲府州縣官，並敕命給予新授的郡縣官以厚賜，鼓勵其自知廉恥，冀到任之後，無擾害生民。據《昭代典則》載，洪武元年，太祖對新授北方縣令說：
新附之邦，生民凋瘵（zh4i，音債），不有以安養之，將複流離失望。爾等宜體朕意，善拊循之，毋加擾害。簡役省費，以厚其生；勸孝勵忠，以厚其俗。能如聯言，不特民有受惠之實，即汝亦獲循良之名。
又據《典故紀聞》載，洪武年間吏部選用了一批國子生爲六品以下郡縣官，太祖詔諭之說：
事君之道，惟盡忠不欺；治民之道，惟至公無蔽。凡一郡一邑之民，必有飢寒不得其所者，有獄訟冤抑者，有賢才不舉者，有豪猾蠹民者。汝等到任，能不爲私慾所蔽，人言所惑，則方寸自明，而諸蔽可息。一牽於私慾，而惑於人言，則冥然如坐暗室，飢寒者無由獲濟，冤抑者無由伸理，賢才壅蔽，而豪猾縱橫，則爲廢職矣。古人有言：人始入官，如入暗室，久而乃明，明乃治。汝等切記之，毋爲人蔽惑也。
當時，天下之府州縣官，凡廉能正直，不畏權勢，考課得最者，則越級擢用。據《明政統宗》載，洪武二十四年（公元1391年），新化縣丞周舟以廉考課得最，升吏部考功主事。後其縣民蕭俊等詣闕奏言：“自舟去後，民被擾不安”。爲安定縣民，太祖只好改詔，再令周舟爲新化縣丞，並令禮部宴賞遣之。又《昭代典則》載，洪武十九年（公元1386年）四月，寧波知府李仲文遣府吏馬仁生到慈溪縣巡察，府吏不遵守該縣法規，被慈溪縣丞秦仲彰械逮至京都，太祖甚嘉之，遂擢秦仲彰爲寧波知府，降原知府李仲文爲慈溪縣丞。又《典故紀聞》載，御史凌漢審獄公正，罪犯很爲感激，有個釋放犯在路上碰到凌漢，特邀請他飲酒，並贈以厚金。凌漢說：“子罪當爾，非我私子。酒可飲，而金不可受。”堅決拒絕接受厚金。太祖得知其事，即擢凌漢爲副都御史。同書又載，有個小吏，因貪贓事發，投井自殺。太祖聞之，對羣臣說：“彼知利之利，而不知利之害，徒知愛利，而不知愛身，人之愚孰有甚於此？……今其人死不足恤。”
朱元璋目睹元末政治**，官吏貪污的種種弊政，在他建立明王朝以後，就特別注意整頓吏治。《典故紀聞》記載他曾對羣臣說：
朕昔在民間時，見州縣官吏多不恤民，往往貪財好色，飲酒廢事，凡民疾苦，視之漠然，心實怒之。故今嚴法禁，但遇官吏貪污蠹害吾民者，罪之不恕。卿等當體朕言，若守己廉而奉法公，猶人行坦途，從容自適；苟貪賄罹法，猶行荊棘中，寸步不可移，縱得出，體無完膚矣，可不戒哉！
朱元璋對官吏的考課非常嚴格，除了採取賞罰措施外，還輔之以嚴刑峻法。他執法很嚴，還在農民戰爭時期，因當時糧食困難，朱元璋下令禁止釀酒，大將胡大海的兒子犯酒禁，應按禁令懲治。這時胡大海正在浙江紹興一帶打仗，都事王愷便建議不要殺他兒子，以穩住胡大海。朱元璋說：“寧可使大海叛我，不可使我法不行”①，竟親自抽刀把胡大海的兒子殺死。明王朝建立後，中書省都事李彬犯法，丞相李善長爲其求情，朱元璋不僅不允，反而採納了劉基的建議，處李彬以死刑②。
朱元璋對貪官污吏的懲治和用法之嚴酷是歷史上所罕見的。據《草木子》及《明朝小史》的記載，他規定：地方官貪污錢財六十兩以上的，就斬首示衆，還要剝皮實草。朱元璋在府、州、縣、衛衙門的左邊，特別建立一座廟，作爲剝人皮的場所，稱爲“皮場廟”；在官府公座兩邊，各懸掛一個填滿草的人皮袋，使官吏觸目驚心，知所警惕。
明代統治者對官吏的嚴格整治，在一定程度上限制了官吏的貪殘殉私，橫徵暴斂，對人民是有利的。但明代君主對待官吏的殘暴，也是絕無僅有的。在古代，低級官吏雖然也有被責杖的，但畢竟爲數極少。而明代統治者在處罰官吏時卻使用了一種殘酷的“廷仗”。廷仗本無法律規定，只要官員違忤旨意，惹得皇帝不高興，便立即拖下鞭打杖責，不少官員被活活打死在鞭杖之下。連朱元璋的親侄兒，曾在南昌保衛戰中爲他堅守孤城，苦戰八十五天的朱文正，也以“親近儒生，胸懷怨望”的罪名被鞭死。廷仗行刑的地點在午門前的御路東側。行刑時，衆官員陪到午門外西墀下，左邊是太監，右邊是錦衣衛官校，下列旗校數十人，都是臂帶袖套，手執木棍。監杖的司禮太監宣讀完命令後，旗校就用麻布兜將犯人的肩脊以下部分束起來。用繩子捆住兩腳，四面牽曳，犯人俯臥，讓大腿受杖。這時，左右厲聲高喝“擱棍”，就有一個執棍擱在犯人的大腿上；喝聲“打”，就開始用刑。每打五棍，就換一個人打。如果要置犯人於死地，監杖人就喝令“着實打”，或“用心打”，於是，受杖人就無生還。據說錦衣旗校行刑時，只要看監杖的司禮太監的兩隻靴尖，便知犯人是活是死。如果兩隻靴尖向外成八字形，那麼他們就不會將人打死。如果靴尖向內一收，就把犯人打死。正德（公元年）以前，凡受杖的不必剝去衣褲。正德初年宦官劉瑾專權時，把犯人的衣褲剝去受刑，此後被杖死者就更多了。正德十四年（公元1519年），羣臣勸諫武宗皇帝不要到江南遊玩，惹得武宗大發雷霆，把勸阻的大臣146人統統施以廷仗，當場打死了11人。嘉靖三年（公元1524年），世宗因議論追尊其父的帝號向題，對敢於忤逆旨意的羣臣也大動肝火，下令廷仗了134人，當場打死了16人。這兩起是明史上最大的廷仗案件。中期以後，法紀鬆弛，賞罰不明，真正貪酷不法的宮吏，往往反而罰不當其罪。
◎封爵
明代除宗室以外，文武有功之臣及外戚之封爵有公，侯，伯三等，只有歲祿，而無實際之封邑。但後世可以襲封。功臣則給鐵券，封號分爲四等：（一）佐太祖定天下者，稱開國輔運推誠；（二）從成祖起兵，稱奉天靖難推誠；（三）奉天翊運推誠；（四）奉天翊衛推誠。武臣稱宣力武臣；文臣稱守正文臣，歲祿以其功勞大小爲差。凡封后而又立功者，或進爵或增祿。受封而有賢才者，充任京營總督，五軍都督府掌僉書，南京守備，或是出充鎮守總兵官。才德低下者，則食祿奉朝請而已。凡年幼而嗣封者，則先入國子監讀書。嘉靖八年（公元1529年），定外戚封爵不得世襲，或有世襲一、二代者，則出於特恩。