經過當年的南海一戰和後來的葡萄牙王國的談判，現在的大明和葡萄牙的關係非常微妙。
在遠東海戰的慘敗，葡萄牙王國不僅丟掉了強大的遠東艦隊，而且還爲了戰爭而付出了不小的代價。
其中不僅僅只是賠款，就連被葡萄牙驕傲的澳門也徹底失去了由王國統治的機會。眼下，澳門已經成了自由港，在澳門的葡萄牙人包括一些其他西方國家的商人也因爲澳門的原因直接加入了大明國籍。
但相比之下，大明並沒有真正派官員來進行澳門的統治，現在統治澳門的依舊是市議會，作爲議長的費爾南多擁有兩國國籍和兩國的爵位，再加上自由城市港口的名義，也算是給戰敗的葡萄牙王國留了一塊最後的遮羞布。
葡萄牙國王若昂五世雄才大略，在他的統治時期，葡萄牙王國重新開始強盛，而且趁着歐洲戰爭的爆發，葡萄牙王國的國力得到了長足的發展。
可惜的是，這位國王的運氣實在不好，又或者說他當年派到澳門的總督和艦隊指揮官太過自負，從而導致了後面的一系列悲劇的發生。事後，葡萄牙國王若昂五世也知道，這結果已不可能改變了，所以又派來使者企圖和大明和談，以想辦法挽回一些利益，繼續讓葡萄牙在遠東保持之前的影響力。
但最終的結果有些差強人意，強大的大明並沒有同意葡萄牙王國的要求，而且還壓迫葡萄牙王國最終簽署了帶有“羞辱”的條約。但這些年來，葡萄牙王國雖然知道失去的東西已經不可能再奪回，而且隨着大明的力量越來越強大，葡萄牙王國如果想繼續在遠東立足，那麼必須要和大明拋棄前嫌，取得大明的支持。
從歷史來看，葡萄牙人進入遠東的時間是最早的，也曾一度獲得了東南亞大片殖民地，可是現在葡萄牙的殖民已在西班牙和荷蘭兩國的不斷吞併中丟失了不少，尤其是前者，更是從葡萄牙手中奪去了本應該屬於他們的土地。
要說起葡萄牙和西班牙，這兩個國家的恩怨可不是幾句話可以說明白的。從地理位置來講，葡萄牙和西班牙是領國，兩國的國土挨在一起，葡萄牙語和西班牙也同是出自同一語系，許多話的發音甚至都是一樣，可以說就像是中國的一個省和另外一個省那樣，雙方的口音不同，但依舊可以無障礙的交流。
大航海時代的興起後，葡萄牙和西班牙再加上後來的荷蘭幾乎在全球範圍內瘋狂地佔據殖民地，從而開始了西方國家殖民統治的開端。但隨着後來，葡萄牙的開始衰弱，海外領土也逐漸丟失，如果僅僅只是軍事原因，葡萄牙人也許就認命了，可偏偏其中還有着政治原因，這說起來就有些複雜了。
1580年，由於葡萄牙國王恩裡克登上了王位，但恩裡克年事已高，根據繼承法，以後的葡萄牙王位的第一繼承人是他孫子輩的菲利普二世，可偏偏這個菲利普二世卻是西班牙的國王，從而導致了葡萄牙人的強烈不滿。
因爲一旦菲利普二世繼承葡萄牙王位，那就勢必造成一個結果，就是葡萄牙和西班牙合併。這個結果是葡萄牙人絕對不願意看見的，所以葡萄牙人最終選擇了第二繼承人強行登上葡萄牙的王位，但這時候菲利普二世勃然大怒，爲此發動了戰爭，在強大的西班牙軍隊面前，葡萄牙很快就被西班牙佔領，然後菲利普二世直接奪得了葡萄牙王位，同時宣佈西班牙和葡萄牙合併。
正是這件事造成了葡萄牙一度被西班牙併吞，並且被統治了六十年之久。在這期間，葡萄牙的海外殖民地許多都被西班牙所接手，從而失去了大量地盤。由於葡萄牙人一直不承認西班牙的統治，再加上殖民地的丟失，使得葡萄牙人對於西班牙無比仇恨，終於在1640年，若昂四世時期舉兵佔領了王宮，殺死了西班牙所派的國務大臣，戰勝西班牙在葡萄牙的軍隊，從而再一次使得葡萄牙獲得了獨立。
由此可見葡萄牙和西班牙的恩恩怨怨，這兩個原本是兄弟的國家早就反目成仇，這也是之前西班牙王位戰爆發，原本加入西班牙行列和法國作戰的葡萄牙王國非但沒這麼做，反而幸災樂禍袖手旁觀的真正原因。
費爾南多來南京，固然有朱怡成招他前來，同時他也帶着葡萄牙的使命。大明和葡萄牙籤定條約後，葡萄牙付出了慘重代價，這些年葡萄牙王國也想明白了，要對付大明這種強大的帝國是絕對不可能，丟失的東西既然回不來了，那麼就討好大明，跟在大明後面撈取些好處，這更加符合葡萄牙的利益。
之前曾經代表國王的談判使者，瓦斯康塞洛伯爵正在澳門，他這一次來也是湊巧，因爲當初談判雖然沒有成功，但同樣讓瓦斯康塞洛伯爵看明白了大明的強大，回到葡萄牙王國後，他同國王長談了幾次，國王最終決定再派他前往遠東，而這一次是力求在外交上打破突破，取得和大明實際的外交關係，並且看看遠東那邊還有什麼機會。
瓦斯康塞洛伯爵是一個老道的政治家，他的豐富經驗和眼光不是普通人能比的，來到澳門沒有多久，他就察覺到了遠東局勢的微妙變化，再通過澳門的商人又收集到了許多信息，之後他就找到了費爾南多，直接詢問大明是否有可能向西班牙下手，費爾南多是知情人之一，但他怎麼都沒想到瓦斯康塞洛伯爵居然通過蛛絲馬跡判斷到了這點，大驚之下幾乎等於承認了這件事。
瓦斯康塞洛伯爵坦率地告訴費爾南多，這是他通過各方面信息判斷的，並沒有絲毫想打聽大明情報的想法。不過，瓦斯康塞洛伯爵覺得這是葡萄牙王國在遠東重新獲得之前權利的機會，他提出讓費爾南多向大明的皇帝陛下提出建議，葡萄牙王國願意在這件事上和大明站在一起，如果有需要的話葡萄牙王國還可以派出他在遠東的所有軍事力量進行協助，只要大明在擊敗西班牙後，讓葡萄牙王國重新獲得殖民地的些許利益，並且完全開放對葡萄牙王國的貿易就行。
這是一個意外之喜，朱怡成怎麼都沒想到他之前佈局南海，企圖把英國拉到大明這一邊同時，葡萄牙也跳了出來。如果有這兩家的協助，大明徹底驅逐西班牙的戰略就容易多了。
這也是今天朱怡成特意把費爾南多一起叫來見面的原因，雖然他對於威廉.亞當斯還是比較信任的，可畢竟相比費爾南多，甚至瓦斯康塞洛伯爵來講，他還是有些年輕，所以直接用葡萄牙的表態來壓制英國人，逼迫英國方面讓步，這纔是最好的辦法。
接下來的情況發展正如朱怡成所預料的那樣進行着，威廉.亞當斯很快就把皇帝的回覆帶給了喬治.丘吉爾，一開始當得知大明拒絕了英國在呂宋的利益索取後，喬治.丘吉爾很是失落，可後來又聽說大明願意協助英國取得文萊的殖民地時，喬治.丘吉爾先是一愣，接着又不由得思索了起來。
雖然文萊相比呂宋有些差距，可從實際的出產來講文萊和呂宋並沒有多少區別，只不過文萊的王朝反抗性比較強烈，西方國家曾經多次想佔領文萊卻沒能成功。
與此同時，威廉.亞當斯並沒有把所有希望寄託在喬治.丘吉爾身上，英國和大明不同，英國的海外殖民尤其是遠東地區是由東印度公司進行的，而東印度公司並非真正英國的官方機構，而僅是一個比較複雜的半官方商業集團。
作爲商業集團，自然對於商業利益的需求更大於政治利益，再加上威廉.亞當斯原本就出自於東印度公司，而他的叔叔又是東印度公司的高層。英國要在遠東發動戰爭，東印度公司是一個根本就繞不過去的地方，因爲戰爭所需要的軍艦和士兵大多都是在東印度公司的名下，而喬治.丘吉爾作爲英國在大明的公使，雖然一定程度上可以代表女王陛下，可卻代表不了東印度公司。
利用自己的渠道，威廉.亞當斯先是說服了自己叔叔，然後又說服了東印度公司的其他幾位股東，接着東印度公司在利益面前反而主動勸起了喬治.丘吉爾，讓他必須看在商業的利益上就此和大明展開軍事和政治上的合作，以擴大英國在遠東的影響力。
同時，葡萄牙王國的舉動也讓喬治.丘吉爾感到了迫切性，在這種情況下，他終於同意了大明的意見，十月下旬，當瓦斯康塞洛伯爵又澳門趕到南京的時候，三個國家進行了一場爲期三天的會晤，會晤結束前，三方簽了一份針對南海的協議，而這份秘密協議在後世被稱爲改變世界格局的南京密約。