如今以朱怡成現在敏感的身份，重拾開府的確是個好辦法，但對於開府後各官職的設置朱怡成花了不少心思，同時也找來些典籍研究了一番。
經過一番推敲，朱怡成的大都督府將設置文武各職，從具體職能劃分建立起六科，這六科分別爲吏、戶、禮、兵、刑、工六科，以對應朝堂的六部，各科分工明確：吏科掌官吏任用、考覈及調動：戶科掌糧銀、民政、財政；禮科掌禮儀、慶典、考試、祭祀諸事；兵科負責地方兵差渚事；工科掌水利、起蓋城池、衙門、倉庫等事。
各科主官稱爲大使，副職爲副使。除去六科外，並設置軍中指揮使、同知、僉事、鎮撫、千戶、副千戶、百戶、試百戶、總旗、小旗等武職，以對應義軍中各級將領等級。除此之外，還設置左右長史、主簿、參軍等幕府直屬官職，以對六科和各級軍職進行制約，同時也擔任大都督的參謀團和秘書處工作。
這些官職的設置不僅參考了明朝時期王府的編制，更把明制錦衣親軍的軍職進行照搬，同時還加入了歷朝代各開府的結構，然後再糅合在一起。從目前來看，這樣的設置基本已能滿足需求，說起來只是換個名義罷了，但至少對外宣傳上來看不像袁奇當日所做的那麼引人注目。
官職設定，那接下來就是封賞各人，可惜朱怡成手中可用的人太少，軍職的封賞還好些，朱怡成以大都督身份兼領指揮使一職，同時由董大山領同知，並封了另一個從杭州之戰就跟隨自己的老人馬功成也爲同知，而下的各級官職也均有人擔任，雖然遠不足所設置的數量，但這麼一來至少已能達到整頓的目的。
廖煥之擔任左長史併兼吏科大使，這個職位可不低，所謂千金買馬骨，作爲第一個投靠自己的文人和大清官員，朱怡成這點肚量還是有的。對於廖煥之來講，他也非常滿意朱怡成對自己的任命，這足以證明他如今在義軍中舉足輕重的地位。
蔣瑾被封爲參軍，併兼領工科副使，在正使空缺的情況下，蔣瑾也異常高興地接受了任命。王樊爲戶科副使，至於其他幾科的大使暫時空缺，朱怡成同諸人商議後僅僅任命了幾個各科屬官，先行把各科運行起來，至於後續等有合適人選後再行任命。
任命下達後，得到封賞的各人心中均是大喜，同時也表示在寧波的義軍真正擺脫了“反賊”的帽子，從一羣烏合之衆開始向正規軍開始轉變。同樣，這次的封賞也令義軍內部加強了凝聚力，使得義軍士氣大振，更有利於義軍將來的發展。
既然開府，就要有開府後的規矩，之前隨心所欲已一去不復返，今後的議事包括一些命令的發佈都有了規章。作爲左長史的廖煥之倒是很快就適應了自己新的角色，把整個大都督府打理的井井有條，倒是讓朱怡成輕鬆了不少。
辦完開府的事，朱怡成一方面要對開府後的各科工作進行考察，另一方面對於手下的義軍的整編也在緊鑼密鼓地進行之中。除去這些外，還有四海商行和水師的工作，再加上火器研發和其他種種要事，忙忙碌碌幾日，朱怡成這才稍稍放鬆，這一日聽完廖煥之等人向自己的彙報後，朱怡成提了一些建議，讓各人按他的意思儘快去辦。
“西邊的情況現在如何？”朱怡成交代完各科工作要求後，喝了口茶問道。
情報工作基本還是由董大山直接負責，董大山當即回答道：“回大都督，祝建才部接連吃了幾個敗仗，其勢已不如月前。清軍步步緊逼，祝建才抵抗不住已帶手下人馬往西南而去，看樣子是想同袁奇部匯合。”
“袁奇部怎麼樣？”朱怡成又問道。
“袁奇自奪了清軍軍糧後實力擴充迅猛，而且已佔了三縣之地，不過據說其部有繼續西進的預兆，從這點來看袁奇是不想和江南清軍直接抗衡。”
微微點頭，看來袁奇這老小子是吃一塹長一智，相比之前穩重的多。雖說他借勢死灰復燃，可畢竟時間太短，而且大阿哥集合清廷江南的精銳，硬碰硬肯定要吃大虧。
袁奇的盤算很清楚，那就是把祝建才頂在前頭吸引清軍火力，而他在後面積累實力避開清軍鋒芒。不過祝建才也不是傻瓜，董大山不是說了麼，祝建才吃了幾個敗仗後已經開始帶兵朝袁奇部靠攏，意圖非常明顯就是要抱團取暖，只不過不知道袁奇肯不肯接納祝建才了。
“還有一事。”見朱怡成沉思不語，董大山開口道。
“何事？”
“杭州那邊傳來消息，近期有些不太平。”
“杭州傳來的消息？不太平？具體指什麼？”朱怡成心中一動，連忙問道。
董大山回道：“之前杭州大戰後，袁奇的義軍崩潰，戰敗的義軍被清廷俘虜大批，再加上不少裹挾的民衆和當地流離失所的老百姓，這些人之後被清廷進行就近安置。大都督您也知道，自我軍在桐廬截獲清廷軍糧和袁奇設伏斷了清軍江南大軍糧道後，清軍的糧草一直緊張，爲保證前線供應清軍在江南各地不斷徵糧，而如今江南糧荒已越演越烈，尤其是那些安置的流民和義軍俘虜更是得不到清廷的糧食救濟，這一來就鬧出事來了。”
緊接着，董大山把所知道的消息一一道來，據說杭州周圍已接連發生好幾起民變，最大的一起居然有近千人，如不是當地官員嚴防死守，及時派兵的話，恐怕早就鬧出大亂子。
可就算這樣，在沒有充足的糧食情況下，江南各地還在繼續徵糧，這簡直已不給那些老百姓活路走，如果不出意外，大變就在眼前。
“大都督，這是好事啊！”廖煥之眉飛色舞道：“清狗無道，失其民心，一旦民變沸騰壓無可壓之時，整個江南……不！可以說整個南方各省就將峰火四起，到時候大都督坐鎮東南，振臂一呼，何愁大事不成？”
“是極是極！”蔣瑾同樣也興高采烈：“大都督眼光卓遠，佈局深長，如今江南糧荒，但我寧波一地卻囤積糧草如山，四海商行更在抓緊從各地朝寧波運糧，等到年末打通南洋航線，我寧波糧食更無後顧之憂，這全是大都督的深謀遠慮啊！”