喬飛拿起手機,直接撥樑曉慧的電話。
只響了一聲,對方就接通了。
“174大神!額,不對……喬飛,什麼事?”電話另一邊的聲音有些驚訝。
“有點事情請教你…”喬飛說道。
“什麼?有事情要請教我?你這麼快就在學習生物信息學了?不錯耶!”聲音從驚訝轉爲了興奮。
“我是正在研究。”喬飛不想讓她失望,先肯定的說道。
果然,電話那頭一陣歡呼…
“現有有點事情需要你幫個忙。”喬飛接着說道。
“沒問題。”樑曉慧斬釘截鐵的承諾:“說吧!”
“對於我缺失的那段DNA,2.7kb的,我想知道這一段DNA序列上有多少個SNP,或者STR也行,我對NCBI這個庫不太熟悉,怕自己查的信息不準。”
“好的,沒問題,STR估計不會有的,因爲這段DNA是外顯子,一般不會有STR,SNP肯定會有的,我馬上去確認。話說NCBI你怎麼能不會用,這可是學生物信息學的基礎,你要儘快掌握哈,過兩天不忙了我去教你,包教包會…”
電話那頭滔滔不絕的熱情,讓喬飛莞爾。
……
用那段DNA確定是否和蔣慕軒有關,必須知道這段序列上,有多少SNP位點或者STR信息。
因爲人與人的DNA序列,有99.9%都是相同的,必須測定那些人與人之間不同的核苷酸位點,才能說明問題,這也是親緣關係鑑定的技術原理。
喬飛問樑曉慧這段序列上的SNP與STR變異,就是爲了找到這段序列上的不同,如果這些人與人之間不同的點,和蔣慕軒卻相同,就能夠證明了。
SNP,單核苷酸多態性,簡單來說,指的是經常出現的單個DNA位點的變異,這和單點基因突變只有不到1%人羣概率不同,這種變異廣泛存在。
比如發現某個基因位點,有70%的人是TT型,有19%是CT型,有11%是CC型,這三種類型的人,出生的時候,沒有明顯的個體差異。
如果這個基因位點有99%以上的人都是同一類型,只有不到1%的人不一樣,這屬於基因突變而不是SNP變異,基因突變一般情況下,是會引起嚴重的疾病的。
從喬飛出生的2002年左右開始,世界範圍內開始了針對SNP變異的廣泛研究,發現了這一類的變異,雖然不會直接導致個體的差異,卻會讓人產生一些不同——患上某種疾病概率的不同。
就像上面的基因型,大部分人是TT型的,結果經過統計發現,CT型的人,比TT型的人,更容易患上糖尿病…
所以大概2008年左右,整個世界範圍內,出現了大量針對SNP位點進行測序服務的公司,通過檢測SNP變異,告訴受檢者容易患上哪種疾病,提前預防…市場火熱了十多年——京西商城上面的那些基因檢測產品,都是此類。
而STR,是DNA的短串重複序列,是指的DNA序列上某些固定序列的重複,重複的數量,人與人之間也經常不同。
如5’—ATCGGAGAGAGAGAGACTAGTA—3’這段序列,STR指的就是其中的GA,重複了六次,而有些人是七次,有些人是五次,一般情況下,也不會引起個體太大的差異。
但是無論SNP還是STR,都可以作爲喬飛鑑定的依據。
再次思考了一次自己的邏輯,喬飛覺得沒有任何問題,果斷的將自己具有2.7kb基因序列的全基因組數據,和蔣慕軒的基因數據,一起上傳到樑曉慧做的程序中。
如果系統能夠直接分析基因序列,就太好了,喬飛喃喃自語。
不過現在不用着急,系統以後會升級的,也許真的就會有這個功能也說不定,喬飛感覺對自己的系統,還是充滿希望的,即使到現在也沒搞清楚它升級的經驗,到底是什麼鬼。
喬飛直接從樑曉慧的程序裡面進行設置,只比對那2.7kb的DNA序列——因爲其他的DNA片段根本沒有任何必要。
因爲數據少,綠色的進度條几乎一秒鐘,就跑到了盡頭。
而顯示的結果,則是——完全相同!
自己那缺失的2.7kbDNA片段,那段莫名其妙回到自己細胞中的DNA片段,果然和蔣慕軒的——一模一樣!
喬飛十指交叉,頂着自己的下巴,等待樑曉慧查詢的結果,因爲還不確定這段DNA上是否有SNP,如果沒有,那說明不了任何問題——因爲如果沒有的話,這段DNA序列,所有人類都是一樣的。
理論上,平均每1000個DNA鹼基對,差不多會有一個SNP位點,只是這段樣本序列太短了,只有2.7kb,按照概率算,只有不到3個——位點太少的話,同樣說明不了什麼問題,因爲,會有大量的人羣重合。
喬飛就這樣平靜的等待,內心深處卻有一絲複雜的感覺,既希望這段DNA序列中,SNP變異位點能夠扎堆,能夠直接證明這段DNA序列,的確來自蔣慕軒,又擔心證明這個結論後,該如何面對這個結論——實錘了自己身體,和蔣慕軒的關係。
隨着電話響起,喬飛接了起來,淡淡的問道:“已經查好了?”
“必須啊,你好好學哈,我發到你啓明局系統了…你現在看看,我等你。”喬飛聽到對方把手機放在了桌子上,發出一聲清脆的碰撞。
打開啓明局的通訊系統,果然發現了樑曉慧的郵件:
STR變異,沒有,果然沒有。
SNP位點,共計四個…
這個數量,有點差強人意,喬飛繼續往下看:
四個SNP分別是rs87394 AA45% AG40% GG15%
rs87402 AT…
…
…
居然連基因頻率也幫忙查到了,通過計算,喬飛馬上得出了結論,這段2.7kb的DNA序列,和蔣慕軒相同的概率是8.32%。
8.32%,似乎,會有巧合的情況存在啊,喬飛喃喃自語,對這個數值很不滿意。
因爲SNP數量太少,導致和蔣慕軒這段基因相同的概率太大,有8.32%的人,會完全和蔣慕軒的這段基因一樣,還是無法確定,自己的這段DNA序列,是否在8.32%的人羣之中。
“喂,你看到了沒?”電話那頭傳來有些焦急的聲音,似乎是等喬飛等的太久了。
喬飛思考了一下,說道:“樑老師,我發給你一段2.7kb的DNA序列,您幫忙上面有沒有突變。”
“老師”這兩個字非常的受用,喬飛感覺電話的另一頭熱情急劇上升,連說沒問題。
果然,情商高好辦事,喬飛笑了笑,將蔣慕軒的那段2.7kb的DNA序列,直接發送了過去。
SNP無法證明這段序列是蔣慕軒獨有,只有做最後的嘗試——蔣慕軒的DNA上有突變,如果有突變,就可以直接確定了。
只是會有突變的概率會很低——因爲一般基因突變的人會有嚴重的先天疾病,就像自己的白化病,而蔣慕軒明顯是健康的。
即使沒報什麼希望,喬飛還是決定嘗試,可能是想起了秦蘭的工作態度,大膽假設,小心求證。
不到三分鐘,樑曉慧回覆——查到了。
喬飛又一次撥通了樑曉慧的電話,還沒等說什麼,樑曉慧已經迫不及待的告訴他:“你手真快,我正要給你打過去的…你發我的這段DNA上,有兩個點突變,是沉默突變!”
“頻率呢?”喬飛問道。
“等我算算,額...都很低,一個0.04%,另一個0.6%...”
……
掛斷了電話,喬飛內心掀起了一陣驚濤駭浪——實錘了!